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Heatmap: Cluster_22 (HCCA)

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(Showing raw values)

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Gene
strain_5001420,control,fromUrine
strain_5001420,fromUrine
ch1034,13h_old_biofilm,biofilm_dispersed
ch1034,13h_old_biofilm,sessile
ch1034,7h_old_biofilm,sessile
ch1034,Log,planktonic
ch1034,Stationary,planktonic
control,fromNasalSwab,fromSwine
dmc1097
dmc1097,control,fromBlood
dmc1097,fromBlood
ekp16,fromSputum
eugenol,fromNasalSwab,fromSwine
fromBlood
fromHospitalPatients
fromRectalSwab
fromUrine
je01
k26,mero_susceptible,fromHospitalPatients
k56,mero_resistant,fromHospitalPatients
kctc2242
kp4,FeLimited,fromRespiratoryTract
kpr1,+CTX
kpr1,+gent
kpr1,+mero
kpr1,+TMP/SMX
kpr1,control
kpr2,+CTX
kpr2,+gent
kpr2,+mero
kpr2,+TMP/SMX
kpr2,control
kps1,+CTX
kps1,+gent
kps1,+mero
kps1,+TMP/SMX
kps1,control
kps2,+CTX
kps2,+gent
kps2,+mero
kps2,+TMP/SMX
kps2,control
mrsn 1319
ms6671
njst258-1,FeLimited,fromUrine
njst258-1,fromUrine
rb011,+mero,mero_resistant
rb011,control,mero_resistant
rb012,+gent,gent_resistant
rb012,control,gent_resistant
rb013,+cip,cip_resistant
rb013,control,cip_resistant
rb039,+cip,cip_resistant
rb039,+mero,mero_susceptible
rb039,control,cip_resistant
rb039,control,mero_susceptible
rb040,+cip,cip_susceptible
rb040,+gent,gent_susceptible
rb040,control,cip_susceptible
rb040,control,gent_susceptible
rb041,+cip,cip_susceptible
rb041,control,cip_susceptible
rb121,+gent,gent_susceptible
rb121,+mero,mero_susceptible
rb121,control,gent_susceptible
rb121,control,mero_susceptible
rb122,+gent,gent_resistant
rb122,control,gent_resistant
rb257,+mero,mero_resistant
rb257,control,mero_resistant
uhkpc05,FeLimited,fromBlood
uhkpc05,fromBlood
uhkpc07
uhkpc07,control,fromUrine
uhkpc07,fromUrine
uhkpc18
uhkpc18,control,fromUrine
uhkpc18,fromUrine
uhkpc33
uhkpc33,control,fromUrine
uhkpc33,fromUrine
uhkpc48
uhkpc48,FeLimited,fromUrine
uhkpc67
uhkpc67,control,fromBlood
uhkpc67,fromBlood
vakpc297
vakpc297,FeLimited,fromUrine
AGT22202 (N559_0389)
 3.0 4.05 7.37 22.5 10.8 2.56 21.24 7.21 1.06 3.26 4.31 12.32 11.67 5.47 45.68 2.04 10.75 0.09 21.34 19.87 45.42 4.44 6.58 5.63 14.84 4.74 6.65 10.34 6.99 7.18 4.64 7.84 5.89 6.0 9.86 5.76 5.56 9.43 6.53 8.77 8.52 6.24 13.82 4.25 5.3 8.27 13.04 10.0 6.99 7.88 4.16 3.83 4.08 12.38 4.41 5.68 6.3 9.73 4.67 7.4 5.67 5.37 6.0 12.1 5.47 7.01 5.63 4.95 7.27 10.36 4.27 3.0 4.62 3.24 3.76 4.04 4.39 4.79 5.81 3.52 5.05 6.7 3.86 3.93 4.59 4.7 0.63 3.91
AGT22203 (N559_0390)
 3.5 4.4 0.86 3.89 1.74 0.27 4.39 1.47 0.34 3.33 3.76 10.39 3.32 2.78 22.23 1.14 3.04 0.0 10.94 12.17 26.36 3.93 4.1 4.19 3.18 2.01 2.96 6.21 2.73 3.97 1.18 3.48 2.88 2.13 3.67 1.43 2.01 4.91 2.17 2.38 3.3 2.15 8.65 1.38 3.34 2.33 3.39 3.43 2.73 3.65 2.36 2.43 3.26 7.67 2.69 1.99 7.05 2.94 3.06 2.64 3.68 4.75 2.13 7.48 2.99 5.78 4.19 2.99 6.0 7.71 4.33 1.84 0.0 2.89 3.41 0.84 3.98 4.35 0.77 3.19 5.49 0.29 3.05 3.22 3.75 5.6 2.0 2.75
AGT22204 (N559_0391)
 0.82 0.69 5.52 11.4 7.06 1.29 12.45 2.22 0.53 1.42 0.98 9.16 5.0 6.19 27.38 3.05 12.05 0.0 9.54 8.04 24.69 1.62 2.04 3.76 3.66 1.8 2.8 4.06 2.51 2.43 3.54 3.19 3.54 3.29 4.85 0.79 1.68 5.14 1.89 2.5 2.84 2.24 6.19 2.37 0.69 6.14 3.55 3.86 2.51 4.16 1.27 2.41 1.71 8.92 1.8 1.48 4.22 5.08 1.79 1.76 4.2 1.47 3.29 7.8 1.77 2.97 3.76 2.48 5.65 1.86 0.48 2.18 0.64 0.55 0.74 3.07 1.45 0.86 2.42 1.07 1.36 3.62 1.2 8.24 1.53 1.34 1.58 0.75
AGT22856 (N559_1082)
 0.1 0.17 0.25 0.5 0.31 0.05 0.58 0.69 0.31 0.22 0.28 8.85 0.71 0.2 3.45 0.04 0.76 0.0 2.01 2.07 9.37 0.12 0.43 0.64 1.72 0.5 0.54 0.74 0.76 0.79 0.35 0.52 0.47 1.61 0.49 0.81 0.51 1.0 1.08 0.38 1.27 0.43 1.23 0.18 0.1 0.37 1.65 1.15 0.76 0.44 0.21 0.61 0.77 2.33 0.68 0.51 1.45 1.81 0.58 0.64 0.64 0.8 1.61 1.46 0.57 0.51 0.64 0.49 0.99 1.03 0.11 0.05 0.0 0.19 0.23 0.0 0.34 0.25 0.93 0.25 0.34 0.26 0.12 0.12 0.21 0.33 0.0 0.11
AGT23021 (N559_1257)
 0.81 1.22 1.06 2.53 1.96 0.51 3.52 1.74 0.5 1.46 1.48 3.97 3.01 1.0 5.4 0.68 1.75 0.4 6.18 5.12 10.28 1.92 2.18 2.01 3.19 1.04 2.09 0.0 0.0 1.88 1.64 0.48 1.73 1.91 1.68 2.52 1.46 2.25 1.17 1.08 2.46 1.47 2.05 0.62 1.01 0.94 2.65 3.31 0.0 0.0 0.42 0.64 1.14 1.79 0.9 1.45 2.29 2.41 1.33 2.18 1.36 1.52 1.91 3.07 1.32 1.57 2.01 1.42 3.05 2.74 0.98 0.61 0.4 1.16 2.04 0.28 1.13 1.79 0.0 1.37 1.44 0.43 1.36 0.4 1.39 1.22 0.86 0.87
AGT23026 (N559_1262)
 0.41 0.47 1.17 1.19 0.8 0.51 1.23 0.45 0.74 0.82 1.37 5.94 1.03 1.13 5.21 0.25 1.1 0.06 1.1 1.67 9.12 0.27 2.67 1.81 1.68 0.45 1.11 0.0 0.0 0.39 0.68 0.33 1.45 2.17 0.95 0.84 0.49 1.45 1.68 0.61 0.85 0.65 1.21 0.42 0.5 0.93 1.38 0.88 0.0 0.0 0.33 0.48 0.56 1.69 0.68 0.85 1.11 2.61 0.52 0.81 0.39 0.52 2.17 3.43 0.47 2.63 1.81 0.77 1.27 1.9 0.84 0.25 0.89 0.55 0.62 0.76 0.5 1.06 0.0 0.69 0.74 0.16 0.97 1.43 0.45 0.93 0.0 0.99
AGT23476 (N559_1735)
 0.45 0.59 8.69 10.05 11.06 13.94 4.67 0.36 0.59 1.11 2.54 3.43 1.04 4.72 0.0 1.9 7.6 99.9 0.58 0.67 20.34 4.72 2.89 3.38 5.34 2.06 2.87 0.05 0.4 2.09 2.89 1.34 5.97 22.5 4.09 5.85 4.08 4.28 13.82 4.82 4.06 4.79 2.78 0.42 3.36 3.6 4.72 3.16 0.4 0.24 1.72 1.55 2.55 3.55 2.24 3.45 4.14 30.67 5.19 9.49 3.32 3.45 22.5 5.42 5.4 3.58 3.38 3.19 1.67 1.83 1.95 0.13 0.0 0.55 0.55 0.24 0.39 0.84 1.35 0.2 0.77 0.5 2.19 1.41 0.62 1.12 1.1 1.86
AGT23543 (N559_1809)
 0.75 0.29 0.94 0.84 0.52 0.53 1.13 0.77 0.0 0.16 0.35 12.24 0.08 0.46 4.01 0.34 0.92 0.0 1.43 1.37 13.91 1.18 0.46 0.46 1.5 0.8 0.73 0.51 0.89 0.81 0.34 0.52 1.22 1.57 1.43 0.45 0.29 1.81 1.08 0.45 0.74 0.54 0.77 0.25 0.96 0.53 1.58 1.14 0.89 0.63 0.1 0.29 0.96 2.26 0.56 0.35 1.49 2.82 0.55 1.05 0.53 0.23 1.57 0.33 0.33 0.22 0.46 0.43 1.44 1.09 0.98 0.0 0.59 0.51 0.35 0.27 0.21 0.16 0.0 0.44 0.52 0.83 1.05 0.77 0.61 0.41 0.0 0.83
AGT23703 (N559_1973)
 1.08 1.02 4.15 16.39 4.33 1.9 7.57 0.63 0.16 0.8 1.54 4.73 1.1 2.03 4.51 1.21 1.74 46.04 2.42 1.9 12.46 1.72 1.49 1.88 4.6 1.17 1.67 1.64 1.67 1.94 0.91 1.67 1.83 3.66 1.39 3.02 1.13 2.0 9.92 1.56 2.62 2.21 0.8 0.5 1.81 0.75 3.9 2.95 1.67 1.66 0.76 0.84 1.38 1.79 1.08 0.98 3.76 17.13 2.22 4.66 1.01 1.53 3.66 2.78 0.8 1.12 1.88 1.22 1.64 2.15 2.93 0.07 0.0 1.21 1.22 0.0 1.22 1.44 0.37 1.4 1.18 0.55 2.03 0.29 0.77 1.19 0.0 1.89
AGT23753 (N559_2031)
 0.87 0.94 0.8 1.39 1.17 0.56 2.63 0.46 0.4 0.97 0.82 3.21 1.03 0.75 3.84 0.48 2.07 0.01 3.9 3.44 7.39 0.27 0.89 1.36 2.42 0.83 1.45 1.18 0.74 1.44 0.91 1.1 0.95 1.44 1.24 2.76 0.83 1.46 1.51 1.13 2.01 0.86 1.26 0.48 0.5 1.18 2.26 2.73 0.74 1.11 0.82 0.64 0.76 1.58 0.87 0.99 1.41 1.92 0.73 0.88 0.45 0.67 1.44 2.45 1.06 1.7 1.36 0.81 1.4 2.02 0.68 0.27 0.67 0.74 0.82 0.0 0.99 1.01 0.91 0.54 0.96 0.0 0.58 0.48 0.78 1.05 0.07 0.54
AGT23779 (N559_2060)
 0.29 0.31 0.57 0.88 0.84 0.18 1.5 0.6 0.0 0.31 0.57 4.34 0.97 0.4 2.92 0.15 0.76 0.03 2.12 2.12 9.22 0.34 0.58 0.44 0.85 0.48 0.58 0.32 0.35 0.68 0.36 0.35 0.42 0.58 0.95 0.29 0.3 0.84 0.28 0.41 0.63 0.32 0.53 0.25 0.31 0.27 0.71 0.75 0.35 0.28 0.38 0.15 0.76 1.21 0.82 0.55 0.38 0.56 0.42 0.35 0.18 0.32 0.58 0.57 0.2 0.6 0.44 0.38 0.63 0.75 0.27 0.0 0.07 0.45 0.32 0.0 0.31 0.36 0.25 0.31 0.4 0.09 0.2 0.36 0.39 0.33 0.08 0.25
AGT23780 (N559_2061)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 25.14 6.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 36.27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 3.49 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AGT23882 (N559_2168)
 0.1 0.07 0.18 0.54 0.33 0.18 1.56 0.14 0.18 0.11 0.1 3.42 0.0 0.38 3.39 0.0 0.55 0.0 0.41 0.23 6.32 0.04 0.47 0.53 0.28 0.0 0.33 0.08 0.0 0.39 0.22 0.15 0.24 0.65 0.3 0.06 0.14 0.25 0.0 0.24 1.0 0.18 0.26 0.34 0.1 0.46 0.22 0.5 0.0 0.11 0.26 0.21 0.05 0.91 0.0 0.15 0.59 0.29 0.11 0.18 0.38 0.25 0.65 0.15 0.07 0.14 0.53 0.26 0.64 0.2 0.11 0.08 0.0 0.13 0.02 0.14 0.04 0.09 0.8 0.09 0.08 0.0 0.03 0.21 0.06 0.11 0.26 0.0
AGT23883 (N559_2171)
 0.95 0.95 0.42 2.85 1.79 0.22 5.9 0.22 0.0 1.04 1.58 3.1 0.25 0.51 2.25 0.13 2.92 0.0 1.05 0.84 5.58 0.24 0.72 0.38 2.32 0.07 0.9 0.56 0.23 1.44 0.0 0.42 0.46 0.47 0.36 0.38 0.26 0.43 0.18 0.25 0.49 0.14 0.23 0.88 1.52 1.09 2.18 1.98 0.23 0.21 0.79 0.44 0.16 0.22 0.19 0.17 0.68 0.34 0.56 0.05 0.28 0.0 0.47 0.55 0.11 0.2 0.38 0.51 1.15 1.41 1.12 0.91 0.12 0.86 0.79 0.33 1.46 1.21 0.46 1.08 1.1 1.36 1.2 1.07 1.13 0.83 1.04 1.64
AGT23886 (MhpT)
 0.86 1.08 0.5 1.03 0.6 0.2 1.57 0.33 0.25 0.96 1.27 5.31 1.17 0.72 5.63 0.56 1.27 0.19 3.67 3.16 8.33 0.34 1.0 0.78 3.18 1.12 1.39 1.43 1.1 1.41 0.48 1.02 1.09 1.55 1.57 0.88 0.81 1.59 1.37 0.52 1.53 0.76 1.21 0.28 1.05 0.59 2.65 2.5 1.1 0.82 0.44 0.46 0.6 1.64 0.98 1.26 1.61 2.32 0.96 1.07 0.44 0.65 1.55 1.15 0.94 1.41 0.78 0.77 1.84 1.98 0.6 0.06 0.08 0.99 1.2 0.1 1.67 1.48 0.0 0.73 1.56 0.11 1.22 0.38 1.17 1.46 0.19 0.62
AGT23889 (N559_2177)
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AGT23891 (N559_2179)
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AGT23892 (N559_2180)
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AGT23893 (N559_2181)
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AGT23894 (N559_2182)
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AGT23896 (N559_2184)
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AGT23943 (N559_2234)
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AGT23944 (N559_2237)
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AGT23945 (N559_2238)
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AGT23957 (N559_2250)
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AGT23970 (N559_2267)
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AGT23971 (N559_2268)
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AGT23972 (N559_2269)
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AGT24084 (N559_2387)
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AGT24085 (N559_2388)
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AGT24086 (N559_2389)
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AGT24087 (N559_2390)
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AGT24088 (N559_2391)
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AGT24089 (N559_2392)
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AGT24090 (N559_2393)
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AGT24125 (N559_2432)
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AGT24126 (N559_2433)
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AGT24127 (N559_2434)
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AGT24128 (N559_2435)
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AGT24129 (N559_2436)
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AGT24196 (N559_2512)
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AGT24197 (N559_2513)
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AGT24213 (N559_2531)
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AGT24215 (N559_2533)
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AGT24260 (N559_2582)
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AGT24277 (N559_2601)
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AGT24278 (N559_2602)
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AGT24330 (N559_2654)
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AGT24331 (N559_2655)
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AGT24332 (N559_2656)
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AGT24966 (N559_3308)
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AGT24969 (N559_3311)
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AGT25212 (N559_3564)
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AGT25254 (N559_3610)
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AGT25735 (N559_4109)
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AGT25739 (N559_4113)
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AGT25740 (N559_4114)
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AGT26160 (N559_4559)
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AGT26468 (N559_4884)
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Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)