Heatmap: Cluster_48 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
strain_5001420,control,fromUrine
strain_5001420,fromUrine
ch1034,13h_old_biofilm,biofilm_dispersed
ch1034,13h_old_biofilm,sessile
ch1034,7h_old_biofilm,sessile
ch1034,Log,planktonic
ch1034,Stationary,planktonic
control,fromNasalSwab,fromSwine
dmc1097
dmc1097,control,fromBlood
dmc1097,fromBlood
ekp16,fromSputum
eugenol,fromNasalSwab,fromSwine
fromBlood
fromHospitalPatients
fromRectalSwab
fromUrine
je01
k26,mero_susceptible,fromHospitalPatients
k56,mero_resistant,fromHospitalPatients
kctc2242
kp4,FeLimited,fromRespiratoryTract
kpr1,+CTX
kpr1,+gent
kpr1,+mero
kpr1,+TMP/SMX
kpr1,control
kpr2,+CTX
kpr2,+gent
kpr2,+mero
kpr2,+TMP/SMX
kpr2,control
kps1,+CTX
kps1,+gent
kps1,+mero
kps1,+TMP/SMX
kps1,control
kps2,+CTX
kps2,+gent
kps2,+mero
kps2,+TMP/SMX
kps2,control
mrsn 1319
ms6671
njst258-1,FeLimited,fromUrine
njst258-1,fromUrine
rb011,+mero,mero_resistant
rb011,control,mero_resistant
rb012,+gent,gent_resistant
rb012,control,gent_resistant
rb013,+cip,cip_resistant
rb013,control,cip_resistant
rb039,+cip,cip_resistant
rb039,+mero,mero_susceptible
rb039,control,cip_resistant
rb039,control,mero_susceptible
rb040,+cip,cip_susceptible
rb040,+gent,gent_susceptible
rb040,control,cip_susceptible
rb040,control,gent_susceptible
rb041,+cip,cip_susceptible
rb041,control,cip_susceptible
rb121,+gent,gent_susceptible
rb121,+mero,mero_susceptible
rb121,control,gent_susceptible
rb121,control,mero_susceptible
rb122,+gent,gent_resistant
rb122,control,gent_resistant
rb257,+mero,mero_resistant
rb257,control,mero_resistant
uhkpc05,FeLimited,fromBlood
uhkpc05,fromBlood
uhkpc07
uhkpc07,control,fromUrine
uhkpc07,fromUrine
uhkpc18
uhkpc18,control,fromUrine
uhkpc18,fromUrine
uhkpc33
uhkpc33,control,fromUrine
uhkpc33,fromUrine
uhkpc48
uhkpc48,FeLimited,fromUrine
uhkpc67
uhkpc67,control,fromBlood
uhkpc67,fromBlood
vakpc297
vakpc297,FeLimited,fromUrine
AGT22759 (N559_0972)
-1.67 -1.39 0.36 0.22 0.04 -0.17 -0.02 -0.79 - - - -0.28 0.02 -0.35 0.92 -0.78 0.24 -4.68 -0.64 1.58 1.38 -1.25 -0.55 0.16 0.58 -0.62 -0.15 -0.32 0.33 -0.2 -0.16 -0.16 0.63 1.76 -0.24 0.2 -0.22 0.64 1.7 0.08 0.84 -0.15 -1.05 -1.64 -1.58 -0.04 0.47 0.28 0.33 0.44 -0.38 -0.5 -0.28 0.05 -0.44 -0.67 2.19 2.29 -0.26 0.22 -0.28 -0.44 1.76 0.2 0.4 -0.23 0.16 -0.16 -0.34 -0.52 -1.97 -2.21 -0.69 -1.25 -1.19 -1.0 -1.49 -1.07 -0.58 -1.64 -1.44 -2.08 -1.22 -1.07 -1.67 -1.16 -1.2 -2.02
AGT23046 (N559_1282)
- - - - - - - - -4.58 -2.46 -3.13 - - - -0.76 - -2.41 - - - - - - - 4.39 - 2.62 - - 2.3 - 0.47 - - -5.97 - - - - -5.84 - - - - -4.14 -1.36 4.07 4.3 - - 1.58 1.7 - -6.71 - - - - - - -5.33 - - -6.58 - - - - 1.98 2.37 - -5.71 - - -7.95 -3.27 -2.66 -2.38 - - - -2.23 -3.62 - -3.33 -2.72 - -4.31
AGT24160 (N559_2468)
- - 4.26 1.3 1.05 3.06 0.26 0.21 - - - - 0.92 2.74 2.33 0.8 2.17 -0.16 -0.48 -0.91 - -0.56 - - - - - - - - - - - - - - -7.54 - 2.53 - - -1.03 - - - -6.5 - - - - - - - - - - 2.39 3.93 1.14 0.97 - - - - -5.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT24161 (N559_2469)
- - 3.92 1.37 0.64 1.68 1.71 0.86 - - - - 1.77 3.91 1.73 0.72 3.13 -0.07 -1.33 -1.12 - 1.57 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.09 - - -0.18 - - - -4.52 - - - - - - - - - - 2.26 2.98 2.07 1.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT24598 (N559_2933)
1.04 1.0 - - - - - - -0.76 0.85 0.68 - - - 1.31 - -1.78 - 1.9 1.85 - - - - 3.87 - 1.88 - - 0.43 - -1.99 - - - - -7.79 - - - - - - - -0.97 0.89 3.55 3.55 - - -0.83 -0.32 - - - -5.79 - - - - - - - - - - - - 0.11 -0.08 0.08 -0.19 -1.9 0.85 0.76 -3.03 0.52 0.39 -0.57 0.54 0.95 -1.99 0.98 -0.5 0.55 0.35 0.4 0.17
AGT24599 (N559_2934)
-1.05 -1.03 - - - - - - -3.05 -0.93 -0.96 - -7.6 -5.62 0.87 - -0.89 -9.2 0.45 0.09 - - - - 4.61 - 2.58 -9.91 -9.97 -0.0 - -2.23 -6.94 -6.63 -7.92 -8.9 -7.99 -7.1 -5.72 -6.73 -8.02 -9.0 - -8.1 -2.4 0.15 4.29 4.25 -9.97 - -1.12 -0.98 - -8.66 - -6.98 -8.67 -4.79 -10.28 -8.26 -7.09 -8.18 -6.63 -7.47 -8.59 -7.62 - - -0.33 -0.33 -1.74 -2.09 -1.46 -0.9 -1.23 -3.0 -0.57 -0.84 -0.25 -1.01 -0.94 -3.9 -1.99 -2.46 -1.73 -1.66 -1.74 -1.94
AGT24626 (N559_2962)
-3.39 -3.73 - - - - - - - - - - - 0.28 1.25 -1.03 0.6 - 0.18 -0.12 1.36 - - - 3.27 2.18 1.97 - - -0.17 - -3.14 1.01 1.42 2.31 0.2 0.84 -1.37 - -0.06 -3.99 -1.74 - - - -0.97 2.98 3.06 - - -0.83 -1.19 1.81 1.89 1.45 2.22 - - - - -0.47 -0.06 1.42 -0.8 -0.3 -0.4 - - 0.95 1.27 -2.64 -3.19 -1.78 -3.71 -2.85 - - - - -3.24 -2.85 - - - - - - -
AGT24636 (N559_2972)
- - - - - - - - - - - -6.82 - - 2.16 - - - 1.56 1.0 - - - - 4.77 - 2.8 - - - - - - - - - -9.27 - - -4.7 - - - - - - 4.45 4.48 - - - - - - - -7.27 - - - - - - - -5.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25090 (N559_3438)
-0.09 -0.16 - - - - - - -1.29 -0.92 -0.27 - - -0.07 -0.22 1.55 -0.75 - - - - -6.84 0.34 -0.06 3.58 - 2.06 - - 1.57 1.0 0.39 - - -4.83 - -9.43 - - -6.55 -5.61 -9.17 3.05 - -1.25 -0.49 3.26 3.5 - - 0.72 0.82 - -5.56 - - - - - - - - - -2.46 - - -0.06 0.59 1.24 1.65 0.31 -3.11 -1.44 -0.56 0.05 -1.4 -0.02 0.32 -0.3 -0.22 -0.25 0.23 -0.61 -5.04 -0.95 -0.19 -2.72 -1.03
AGT25091 (N559_3439)
-0.25 -0.12 - - - - - - 2.05 -2.27 -0.45 - - 0.6 -1.18 2.75 2.06 - - - - - -1.71 -0.81 2.93 - 1.23 - - 1.23 -0.81 -0.22 - - - - - - - - - - 0.84 - -1.45 3.83 2.6 2.74 - - -0.43 -1.34 - - - - - - - - - - - -2.65 - - -0.81 -0.54 0.91 1.2 -0.19 0.8 -0.49 -0.61 -0.35 -0.62 -0.92 -0.96 0.65 -0.83 -0.42 0.88 -2.92 1.52 -1.52 -1.18 1.31 -1.14
AGT25500 (N559_3864)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.96 4.02 2.06 - - - - -1.94 - - - - - - - - - 3.91 0.47 3.45 - - -1.36 0.69 - - - - - - - - - - -0.43 1.49 -0.74 - - - - - 2.47 3.29 - 1.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25503 (N559_3867)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25504 (N559_3868)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25506 (N559_3870)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25507 (N559_3871)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25508 (N559_3872)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25509 (N559_3873)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25510 (N559_3874)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25512 (N559_3876)
- - - - - - - - - - - 6.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25513 (N559_3877)
- - - - - - - - - - - 6.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25514 (N559_3878)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25515 (N559_3879)
- - - - - - - - - - - 6.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25516 (N559_3880)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25517 (N559_3881)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25518 (N559_3882)
- - - - - - - - - - - 6.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25519 (N559_3883)
- - - - - - - - - - - 6.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25520 (N559_3885)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25522 (N559_3886)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25523 (N559_3887)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25524 (N559_3888)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25525 (N559_3889)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.16 0.32 - - - - - - - 4.9 - 1.43 - - - - - - - - - - - - - - - 2.86 4.31 2.95 3.69 - - - - - - - - - - - - 0.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25527 (N559_3891)
-2.23 -2.92 - - - - - - - -2.22 -2.72 -4.41 - - -1.17 - -2.65 - 1.64 0.9 - - - - 4.68 - 2.68 - - -2.44 - -2.67 - - - - - - -1.67 - -0.04 -2.51 1.47 - -4.21 -4.13 4.36 4.36 - - -4.45 - - -2.14 - - -2.54 -0.17 - -2.03 - - - - - - - - -2.76 -0.77 -3.0 - - -3.14 -3.54 - -3.97 -3.56 - -2.43 -3.04 - -3.42 -2.57 -2.4 -2.95 - -3.13
AGT25528 (N559_3892)
- - - - - - - 2.08 - - - - 3.8 -2.1 - 1.43 - - 2.57 0.75 5.1 - - - - 0.84 -1.31 - - - - -4.87 - - 2.48 - -0.77 - -0.45 - - -2.86 - - - - - - - -2.97 - - 1.43 1.75 1.38 1.0 - 0.97 -2.87 -0.86 - - - - - - - - 0.03 0.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT25531 (N559_3895)
-0.74 -1.12 - - - - - - - - - - - - 2.09 - -3.05 - 0.55 -0.58 - - - - 4.3 0.0 2.37 - - 1.51 - -1.67 - - 0.8 - -1.34 - - - - - - - - 1.12 3.97 3.97 - - -0.0 -0.14 0.47 0.06 0.0 0.53 - - - - - - - - - - - - 1.56 0.81 -0.75 -2.36 -2.95 -0.2 -0.18 - - -5.86 -1.03 -1.2 -0.66 - - - - - - -
AGT25533 (N559_3897)
-0.63 -0.46 - - - - - -1.98 - - - -2.93 -1.43 0.49 0.94 - -0.33 - 1.11 0.51 0.0 -2.22 -0.95 -1.3 3.8 -2.91 2.04 - - 0.74 -2.06 -1.14 -2.95 -1.96 -3.98 - -3.14 -3.39 -0.95 -2.43 - -2.65 1.09 - - 1.15 3.48 3.65 - - -0.32 -0.38 -4.15 -4.71 -3.45 -3.68 -1.47 -0.32 -1.42 -1.16 -3.33 -4.2 -1.96 -0.68 -2.08 -4.55 -1.3 -1.65 0.42 0.51 -2.23 0.75 3.11 -0.59 -0.36 -3.43 - - 1.84 -0.38 -0.14 - - -3.9 - - - -
AGT25535 (N559_3899)
-1.24 -0.84 - - - - - -3.33 -2.0 -1.96 -2.05 - -2.39 -3.35 0.55 - -1.75 - 0.96 0.43 0.11 -4.74 - - 4.22 -5.43 2.08 - - 0.11 -4.39 -1.85 - - - 0.23 -4.28 -2.08 - - - -3.6 -0.91 - -1.2 0.78 3.9 3.75 - - -0.86 -0.4 - - - - - -6.03 -5.1 -3.8 3.06 -1.85 - -1.18 - -2.68 - - -0.22 0.03 -1.68 0.44 1.75 -0.99 -0.89 -2.28 -3.36 -3.59 0.18 -1.01 -0.87 -0.82 -2.18 -4.33 -5.04 -4.28 -1.44 -1.74
AGT25536 (N559_3900)
-1.14 -0.78 - - - - - - - - - - - 1.18 -1.48 0.62 0.27 - 0.63 0.3 - - - - 4.4 - 2.3 - - 1.49 - -1.44 - - -3.12 - - - - - - - - - - 0.87 4.07 3.98 - - -0.19 -0.05 - -3.86 - - - - - - - - - - - - - - 1.17 0.47 -0.93 0.08 2.33 -0.58 -1.24 -2.39 - - - -0.33 -0.21 - - - - - - -
AGT25538 (N559_3902)
-0.33 -0.3 - - - - - - - - - - - 0.45 0.04 1.45 -0.33 - 0.85 0.32 - - - - 4.45 - 2.42 - - 1.34 - -1.11 - - - - -9.91 - - -6.06 - - -0.02 - - 0.89 4.13 4.1 - - -0.48 -0.45 - - - - - - - - - - - -6.8 - - - - 1.02 0.8 -1.82 -1.3 -1.36 0.08 -0.64 - - -9.13 -3.3 -0.28 -0.26 - - -5.24 - -8.47 - -
AGT25549 (N559_3913)
- -5.45 - - - - - - - - - - - -1.47 -1.8 -0.85 - - 0.38 0.08 1.4 - - - 4.64 -3.97 2.74 - - 1.33 - -1.74 - - -2.31 - -6.65 - - - - - -2.77 - - -1.93 4.31 4.42 - - -1.77 -0.8 -2.53 -3.05 -2.83 -4.65 -3.36 -4.06 -2.59 - - - - - - - - - 1.0 0.17 - -1.76 - -3.61 -2.86 - - - - -4.32 -4.85 - - - - - - -
AGT25550 (N559_3914)
0.4 0.3 - - - - - - - - - - - 1.2 1.06 1.32 1.29 - 0.84 0.81 2.1 - -6.84 -7.07 3.21 0.77 1.48 - - 1.24 -7.56 -0.99 - - 1.7 - -1.1 - - - 0.74 -1.67 0.26 - -8.48 1.67 2.89 2.92 - - 0.19 0.37 0.76 1.45 0.71 0.71 - - - - -8.93 - - - - -9.61 -7.07 -6.74 1.11 1.23 0.36 -0.34 0.15 0.54 0.49 -7.05 -8.02 -7.9 1.68 0.52 0.29 -7.0 - -7.51 -6.06 - - -8.62
AGT25738 (N559_4112)
-0.96 -1.08 -0.06 0.73 -0.05 -0.84 0.85 -1.31 -3.08 -1.32 -0.87 -0.23 0.12 -0.01 0.93 -0.73 -0.14 2.38 0.3 -0.04 2.75 -0.84 -1.27 -0.82 1.08 -0.64 -0.21 0.67 -0.04 0.52 -0.55 0.12 -0.99 0.13 -0.41 1.33 -0.39 0.67 0.16 -0.75 1.71 0.25 -0.94 -1.16 -0.5 -1.48 0.93 0.87 -0.04 0.22 -0.46 -0.85 -1.19 0.7 -0.71 -0.35 -0.35 0.57 -0.81 -0.4 0.73 0.59 0.13 0.78 -0.48 -0.11 -0.82 -0.79 0.58 0.24 -1.37 -4.22 -2.81 -0.55 -0.2 -2.36 -0.54 -1.13 - -0.77 -0.58 -1.31 -1.14 -2.83 -0.95 -1.06 - -1.48
AGT26735 (N559_5161)
- - - - - - - - - - - - - 1.89 5.94 4.49 -1.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT26736 (N559_5162)
- - - - - - - - - - - - - 3.81 4.71 5.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGT26763 (N559_5189)
-5.81 - - - - - - - 0.7 1.61 2.18 - - - - - - - - - - - - - 3.68 0.54 2.13 - - - - - - - 0.75 - -1.63 - - - - - - - - - 3.36 3.64 - - - - 0.41 0.61 0.53 0.56 - - - - - - - - - - - - -2.69 - 1.75 0.88 1.4 -6.35 -6.99 1.65 1.66 1.57 0.73 0.44 0.11 - -0.63 1.56 - - 1.11 1.3
AGT26806 (N559_5232)
-3.32 -2.0 -7.14 -5.17 -6.28 -4.77 -4.81 - -0.38 0.73 0.46 - - -1.46 - - -0.6 - -1.75 0.6 3.43 - -4.63 -3.23 2.86 -4.61 0.82 1.75 1.52 -1.06 -4.13 1.25 - - -12.43 1.23 -0.56 1.5 - - - -1.09 1.11 0.83 -30.58 0.16 2.54 2.34 1.52 1.88 -2.18 -2.01 -1.08 -2.46 -1.31 -1.92 - - - - -1.04 0.6 - 0.12 - -0.06 -3.23 -3.91 -0.82 -1.0 0.16 -2.64 2.48 -5.39 -3.39 -1.93 0.75 0.93 -0.9 -0.26 -0.86 -2.18 -0.51 -11.18 -0.61 -0.42 -22.07 -0.29
AGT26833 (N559_5259)
-3.1 -3.08 -0.76 -0.9 -1.21 0.63 -2.21 - -3.33 -2.58 -2.7 - - 2.3 2.54 3.25 2.5 - 1.04 0.47 -1.84 - 0.99 1.09 0.31 -2.39 0.52 -2.79 -2.87 -1.73 1.29 -0.24 - - -1.71 3.2 0.04 2.18 -1.47 - -3.5 -0.03 2.1 -1.97 - -0.19 -0.01 -0.3 -2.87 -1.78 -2.38 -3.6 -2.52 -2.45 -3.13 -2.25 -4.04 -0.89 -4.4 -3.07 1.83 1.77 - 0.98 - -0.23 1.09 1.37 -2.05 -3.14 -5.04 -4.62 -0.72 -2.8 -2.48 -3.61 -2.06 -2.09 -3.15 -4.44 -4.13 -2.19 -3.75 -2.67 -2.8 -3.17 -2.18 -3.05

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.