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Heatmap: Cluster_11 (HCCA)

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(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
AES-1R,ASMDM+
AG1,ciproflaxin
D+7bld
DK2
E01
LB
LB,log
LB,untreated
PA1201
PA14
PA14,0.25xMIC G3KL
PA14,0.25xMIC T7
PA14,0.25xMIC polymyxin-B
PA14,LB
PA14,LB,log
PA14,WT
PA14,ciproflaxin
PA14,cmrA+
PA14,late stat,NaPyruvate+Arabinose
PA14,late stat,untreated
PA14,sutA-KO,late stat,NaPyruvate+Arabinose
PA14,untreated
PA212
PA2596
PA558
PA580
PAK,LB
PAK,WT
PAK,WT,LB
PAK,pilR
PAK,pmrB6,LB
PAO1
PAO1,0.56mg/mL farnesol
PAO1,ABTGC
PAO1,DDS
PAO1,GUN,LB,glucose
PAO1,HapZ,early stat
PAO1,LB
PAO1,LB,glucose
PAO1,LB,untreated
PAO1,M9-CA,early stat
PAO1,M9-CA,log
PAO1,RsmN+
PAO1,SagS,early stat
PAO1,WT
PAO1,WT,BHI
PAO1,WT,LB
PAO1,WT,MOPS acetate
PAO1,WT,MOPS glycerol
PAO1,early stat
PAO1,ersA,BHI
PAO1,lasR rhlR,M9-CA,early stat
PAO1,lasR rhlR,M9-CA,log
PAO1,liquid culture
PAO1,mexZ,LB
PAO1,oxylipin-
PAO1,pBAD-yhjH
PAO1,pUCP18::msr(E)
PAO1,qslA,M9-CA,early stat
PAO1,qslA,M9-CA,log
PAO1,qteE,M9-CA,early stat
PAO1,qteE,M9-CA,log
PAO1,untreated
PAO1,wspFpelApslBCD,LB
PAO1,wspFpelApslBCD,LB,untreated
Y31,LB
Y71,LB
Y82,LB
Y89,LB
ciproflaxin
liquid culture
m pheno
mexT
nirS
pHerdB20T-gp68
untreated
CRN63955 (yejE_1)
 1.67 1.15 1.06 3.08 60.22 2.43 0.88 0.45 1.25 2.33 0.7 0.75 0.79 1.86 0.25 1.36 0.12 0.26 1.83 3.49 2.55 0.55 1.85 1.09 2.79 2.63 0.66 0.91 0.67 0.47 0.88 2.92 1.09 0.76 0.37 2.62 0.87 0.41 0.96 0.43 0.92 0.42 1.28 0.78 1.05 2.15 1.95 0.7 1.09 0.98 0.86 0.98 0.41 0.83 1.2 0.11 1.54 0.62 0.53 0.49 0.52 0.47 0.57 0.28 0.43 1.51 5.41 1.61 1.17 0.72 0.58 1.93 0.43 0.71 28.63 0.25
CRN63988 (gsiA_1)
 2.72 3.63 5.13 7.25 45.8 6.55 2.32 0.8 1.52 4.73 2.98 2.87 3.17 4.21 1.32 7.12 1.05 1.34 9.14 14.1 12.04 2.73 3.66 2.49 7.52 6.02 1.12 4.12 1.67 9.49 1.73 4.75 3.22 2.57 2.26 5.38 4.46 1.46 2.35 2.19 1.35 0.88 4.2 3.6 2.26 4.65 1.46 2.94 5.09 3.67 3.54 1.05 0.94 2.63 2.05 0.45 2.82 2.12 1.48 1.07 1.39 0.83 2.46 1.17 2.01 3.53 7.67 3.03 3.54 3.17 1.7 3.32 1.26 1.32 32.3 0.62
CRN65340 (macB_2)
 14.16 4.6 5.72 3.69 60.25 8.06 2.86 0.82 7.14 18.71 16.27 17.88 16.4 9.19 10.79 18.71 5.87 8.65 17.0 13.03 22.19 12.02 6.94 3.86 25.23 23.25 2.32 5.22 3.89 4.23 2.63 8.33 5.44 10.51 1.57 5.36 2.79 6.38 4.1 3.12 8.73 5.81 4.94 3.45 3.68 18.23 3.45 5.34 6.67 2.73 28.66 5.72 4.51 8.13 4.46 0.96 6.65 4.6 17.29 6.18 12.94 7.37 3.39 2.41 2.8 28.66 22.12 9.88 12.65 5.49 4.75 8.59 10.3 2.57 43.56 0.98
24.52 4.2 7.49 2.14 34.0 6.45 5.77 2.32 12.44 16.87 20.61 20.67 18.67 19.4 28.17 15.95 10.38 10.91 16.97 9.25 23.46 15.91 7.31 5.41 26.74 22.45 2.66 5.84 3.89 4.51 3.18 9.28 4.83 17.74 1.7 22.12 1.79 6.58 12.43 14.9 3.63 1.94 4.6 1.83 5.81 55.9 10.82 9.04 7.84 2.11 73.01 3.0 1.31 10.91 9.92 5.95 7.53 6.12 7.77 2.62 6.48 3.27 5.05 4.28 5.85 24.06 22.53 10.31 12.63 5.72 12.49 10.24 11.24 3.32 25.65 4.1
CRN65389 (mdtN_1)
 18.9 3.84 8.26 3.26 50.42 8.27 4.75 3.54 11.89 18.94 26.01 28.37 24.51 23.36 24.1 13.8 9.12 7.11 24.37 15.3 28.84 18.49 12.14 7.71 31.95 22.24 2.68 6.66 2.99 5.36 3.78 11.19 5.48 17.98 2.25 31.2 2.01 26.13 17.04 22.94 6.07 3.61 6.25 3.51 7.04 28.54 7.13 8.26 8.13 1.37 25.07 5.68 3.3 9.12 7.59 1.22 8.32 7.43 14.3 4.53 16.83 5.11 6.28 4.37 6.73 21.55 19.94 8.31 10.31 6.46 9.44 10.41 10.08 4.2 40.24 3.49
CRN65427 (ompP1)
 7.92 4.82 5.39 8.06 30.04 12.09 10.18 3.93 7.08 24.2 33.95 33.15 26.49 38.54 27.79 17.82 63.03 9.9 16.53 11.64 18.04 22.3 8.71 24.92 33.59 14.15 6.7 6.69 5.46 4.46 10.53 11.85 6.72 29.63 1.94 41.34 6.4 4.55 16.83 21.23 2.07 0.73 6.68 6.54 7.47 16.57 11.32 10.35 11.58 5.58 15.73 1.72 1.05 7.24 12.54 5.81 7.32 15.35 4.4 1.17 3.74 1.44 7.67 4.46 4.24 14.3 32.14 12.39 11.69 3.85 8.3 18.08 12.29 7.18 24.91 2.58
0.99 2.16 0.87 4.85 64.35 3.5 3.2 1.1 1.17 3.94 1.56 2.16 4.97 3.17 0.9 3.68 1.33 0.63 4.59 1.34 8.76 1.12 2.02 1.99 3.03 3.72 0.59 3.08 1.3 5.47 0.75 3.82 2.0 1.62 0.48 3.52 6.8 1.19 1.51 0.98 1.18 0.73 1.86 10.02 1.35 3.51 1.43 1.35 2.03 8.7 1.62 0.8 0.65 1.54 1.0 0.01 1.63 1.14 1.0 0.93 1.03 0.86 0.99 0.68 0.96 17.66 6.72 9.49 12.98 1.33 1.91 5.36 0.75 2.0 36.17 1.05
CRN70997 (frc_1)
 2.26 5.37 0.77 5.17 77.46 5.13 3.23 2.26 1.46 4.72 2.0 1.99 4.15 4.84 0.96 3.7 1.62 0.64 5.47 0.88 11.03 1.54 1.24 2.41 2.31 4.0 1.46 4.06 1.66 4.45 2.08 4.7 2.78 2.87 1.03 9.23 8.47 4.84 3.27 3.32 11.11 7.16 2.26 11.52 2.25 5.09 4.11 1.55 2.1 11.12 3.17 8.03 6.76 2.58 2.69 0.05 4.03 1.41 8.81 10.42 8.09 7.45 1.98 1.32 1.93 27.4 6.96 14.68 10.66 1.78 2.79 6.14 0.57 2.04 33.93 0.8
CRN71022 (citE)
 2.5 3.03 1.5 8.38 67.3 5.29 2.31 1.45 1.87 5.17 3.05 3.76 8.59 6.03 0.98 4.87 1.81 0.9 6.96 1.47 13.97 2.41 2.24 5.1 3.48 3.97 1.27 5.63 2.56 4.18 1.38 5.1 2.2 3.08 0.67 4.0 11.75 1.51 3.11 2.25 0.67 0.9 1.9 19.04 1.58 4.26 2.19 1.59 2.4 14.93 2.7 0.74 0.5 1.22 2.3 0.0 2.8 1.65 1.04 0.5 0.63 0.58 1.53 1.26 2.12 42.12 11.33 17.96 14.4 1.26 2.39 5.55 0.93 2.14 40.39 0.6
CRN79441 (aldH_1)
 4.14 2.21 2.23 5.83 51.69 4.95 2.06 0.88 1.87 3.27 2.13 2.08 2.32 2.87 1.21 3.86 1.18 1.06 4.06 4.25 7.13 1.85 1.92 2.43 3.77 5.08 1.4 2.02 1.16 2.47 2.11 3.5 3.69 2.49 0.71 2.8 1.51 1.07 2.22 1.87 1.0 0.54 2.57 1.44 1.35 1.8 1.49 2.35 3.31 1.52 1.57 1.06 0.4 1.41 1.74 0.16 2.38 1.36 1.06 0.48 1.04 0.39 0.97 1.0 0.78 4.36 9.2 3.8 5.0 2.62 1.99 4.36 0.96 1.91 35.7 0.75
6.42 2.63 3.15 80.2 70.46 11.51 3.55 9.97 59.42 7.07 5.02 5.1 5.12 7.1 1.71 8.95 3.52 1.82 21.28 62.8 19.04 5.26 2.89 4.25 9.07 8.84 1.66 7.94 1.49 10.97 1.94 10.75 7.11 11.64 1.82 10.87 10.03 2.51 5.66 2.77 1.74 0.3 11.58 7.25 13.7 10.85 2.34 7.32 11.8 11.23 8.09 0.85 0.31 5.53 1.79 3.35 5.6 5.4 1.36 0.27 1.43 0.46 5.84 3.36 5.64 4.45 12.67 4.29 9.39 2.4 3.44 7.76 1.75 2.92 51.25 2.74
5.0 3.22 3.14 24.84 41.95 3.83 1.25 0.44 15.33 4.85 3.37 2.96 3.49 1.86 0.95 10.36 1.28 1.11 8.39 31.64 11.53 3.29 1.8 2.01 7.74 8.0 1.96 3.9 1.06 3.12 1.73 6.92 7.17 3.83 1.46 2.96 6.66 1.95 0.37 0.68 3.87 0.69 5.78 6.12 6.17 4.39 0.73 4.43 9.03 6.96 2.37 2.74 0.61 3.86 1.53 0.38 5.71 1.69 3.92 0.69 3.38 1.02 2.17 1.09 1.71 3.47 10.56 3.09 6.15 1.67 1.14 3.68 1.18 2.7 35.18 0.27
CRN82468 (pbuE_1)
 3.09 3.9 3.28 14.04 59.51 4.57 2.43 0.46 11.49 4.46 1.97 1.76 1.78 2.94 1.93 10.82 0.92 0.78 7.91 28.15 9.83 1.85 3.54 1.2 7.82 6.43 1.44 2.39 1.02 1.32 0.98 5.94 4.18 2.43 0.79 3.12 13.39 1.28 1.08 1.02 2.18 0.48 4.33 11.1 4.05 2.26 0.55 3.26 3.94 10.29 1.72 1.37 0.48 1.39 0.68 0.42 2.54 1.26 2.21 0.47 2.5 0.51 1.38 0.78 1.26 3.37 7.1 2.45 2.02 1.33 1.66 2.86 0.84 0.58 44.38 0.18
2.28 0.81 1.2 5.51 62.87 2.47 0.63 0.36 9.92 3.5 1.7 1.25 1.23 2.65 0.84 8.18 0.66 0.74 4.6 11.37 5.69 1.69 1.05 0.68 3.99 4.86 1.56 0.76 0.35 0.73 0.76 3.31 1.05 1.2 0.47 2.72 1.22 0.87 1.91 0.72 1.6 0.56 2.06 0.85 2.35 3.35 0.64 2.27 1.83 0.84 1.11 0.96 0.37 1.07 0.71 0.07 2.13 0.61 0.95 0.44 1.14 0.47 0.61 0.44 0.49 2.1 4.82 1.64 1.43 0.64 1.11 2.06 0.75 0.28 32.75 0.16
CRN82522 (ssuD_1)
 4.96 1.06 1.58 7.98 59.76 2.6 0.79 0.75 18.19 4.5 2.58 2.12 1.81 2.15 1.17 12.84 1.69 1.05 5.72 14.02 6.79 3.05 1.57 2.03 3.68 4.66 2.06 1.31 0.98 1.19 0.86 4.06 1.92 2.42 0.49 1.69 2.81 1.4 1.19 0.86 1.54 0.29 2.41 3.25 2.99 2.76 0.78 3.52 3.71 2.1 1.32 0.97 0.37 1.77 1.2 0.08 2.16 0.83 1.23 0.24 1.4 0.26 0.74 0.48 0.69 2.99 2.7 1.85 1.18 0.66 2.21 2.89 1.08 0.84 34.45 0.68
CRN82550 (pfeA_2)
 9.43 9.61 14.98 17.79 53.28 11.25 5.42 2.61 19.08 12.09 10.06 10.88 10.73 7.43 4.56 23.33 6.88 4.17 17.74 39.73 20.64 10.01 6.09 12.33 15.15 14.82 4.66 8.4 2.6 9.97 5.03 11.45 12.86 7.23 3.95 12.6 14.23 4.28 5.62 6.62 7.05 1.98 10.45 11.72 8.93 11.76 3.42 8.43 13.56 13.89 9.42 4.08 2.22 5.71 4.4 1.33 7.88 5.67 5.69 1.96 5.58 2.25 5.89 3.53 6.78 15.41 15.66 9.66 9.06 3.76 4.53 8.33 4.61 12.38 29.89 2.13
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CRN95468 (epsE_2)
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CRN95627 (xcpT_1)
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CRN95817 (fpvA_1)
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CRN98431 (qorA_1)
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CRO11649 (pcaF_1)
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CRO11788 (aidB_1)
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CRO24286 (ecpD_3)
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CRO24472 (fabG_2)
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CRO24803 (gutB_1)
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CRO24838 (kduD)
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CRO30385 (yiaV)
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CRO30444 (eamA_2)
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CRO37313 (fabG_4)
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CRO39062 (ynfM_1)
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CRO50338 (arnT_2)
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CRO50371 (yfdH)
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CRO52697 (ureF)
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CRO55386 (aruI_1)
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CRO55466 (paaG)
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CRO55515 (rpfC_1)
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CRO72193 (hcaR_3)
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CRO79743 (puuC_3)
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CRO80309 (pht4)
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CRO80334 (iolI)
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CRO80494 (aroE_1)
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CRP00666 (lcdH_2)
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CRP05205 (gabR_3)
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CRP06484 (gatA_2)
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CRP22590 (dmlR_24)
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CRP22917 (dmlR_25)
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CRP22942 (oprM_4)
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CRP37404 (phoC)
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CRP37437 (oprD_8)
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CRP37564 (ssuC_3)
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CRP38457 (ssuB_3)
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CRP38492 (ssuC_5)
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CRP38520 (ssuA_4)
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CRP43314 (pcaK_5)
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CRP43335 (nagL_2)
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CRP53511 (cynT_2)
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CRP59382 (cfiB_2)
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CRP60179 (aaeB_5)
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CRP60260 (hcnC_3)
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CRP60728 (aldH_2)
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CRP61050 (mdtN_7)
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CRP61205 (aaeA_4)
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CRP62406 (limB_2)
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CRP64318 (gltS)
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CRP66869 (bedC2)
 2.08 2.3 2.33 10.89 45.35 3.31 1.82 1.23 42.09 7.54 6.72 5.71 4.06 4.41 2.17 9.41 2.12 1.92 7.37 20.44 8.36 5.83 3.64 2.78 6.41 7.91 1.91 2.41 2.07 5.92 1.82 7.28 3.74 2.94 1.18 5.75 1.78 1.86 1.32 2.49 3.6 1.09 6.08 1.79 5.77 6.97 1.77 5.44 6.15 1.58 3.01 1.98 0.93 2.48 0.93 1.76 4.18 2.07 1.87 0.82 1.79 0.89 2.38 1.57 2.31 4.3 10.6 5.54 3.62 1.43 2.24 3.58 2.84 1.55 29.49 0.86
CRP66898 (asnO_2)
 1.26 1.29 2.31 31.34 52.89 7.84 1.32 0.74 21.54 5.69 4.07 3.53 3.16 5.36 3.77 8.62 1.7 1.84 6.28 20.55 6.27 4.04 2.33 1.08 5.33 12.74 0.86 1.94 0.92 1.77 0.78 12.56 19.94 10.28 4.41 12.28 4.77 3.65 5.64 7.12 4.65 0.95 21.58 4.15 8.57 9.19 3.11 11.68 12.46 4.8 9.96 4.08 1.17 5.06 4.31 0.33 6.17 5.2 5.84 0.74 5.79 1.07 5.17 5.54 7.51 3.72 9.06 3.43 3.0 1.01 2.93 2.94 1.77 0.73 34.54 0.48
CRP68785 (dmlR_33)
 8.09 5.98 6.01 13.39 72.23 10.25 9.42 8.35 9.07 9.01 8.02 8.3 8.3 5.26 5.42 8.32 6.67 4.1 7.58 10.59 10.11 7.36 4.91 5.45 14.11 12.79 2.87 8.25 4.81 7.61 4.72 8.89 8.38 6.92 3.52 6.73 4.05 3.08 4.27 2.27 7.43 3.06 7.76 3.18 2.81 8.88 2.09 6.66 9.7 3.99 8.68 4.92 2.48 5.61 3.59 0.75 11.44 5.51 6.83 2.26 6.0 2.4 4.01 1.24 2.08 8.33 26.4 10.8 9.93 6.58 5.42 12.84 4.09 6.12 41.5 6.1
8.46 4.27 4.87 5.83 44.97 7.36 4.52 1.88 7.97 10.08 5.27 4.85 5.56 9.99 12.92 8.15 6.08 2.84 5.92 6.6 7.19 4.83 4.55 3.47 16.26 14.91 3.78 6.19 2.65 6.98 4.05 8.03 15.58 6.42 1.83 7.11 1.57 3.91 6.04 5.1 2.44 1.62 8.36 1.37 3.2 13.04 3.55 3.92 5.39 1.87 9.84 1.6 1.15 6.98 3.84 0.4 8.46 4.8 3.58 1.53 2.72 1.55 3.39 1.07 2.09 7.03 24.24 7.07 7.4 4.16 5.58 4.78 3.22 5.48 42.24 2.27
4.05 4.01 2.3 5.64 52.62 6.38 2.09 0.64 0.79 7.11 3.34 3.45 3.13 2.11 2.48 8.34 3.9 2.28 5.02 9.52 5.97 3.3 3.17 1.37 7.46 8.09 1.24 5.59 2.78 6.2 1.24 5.7 26.84 3.09 2.79 2.99 1.0 3.14 2.42 0.99 5.89 1.47 2.9 0.89 2.35 3.46 1.54 4.52 6.39 1.04 3.36 5.4 1.7 5.05 2.17 0.4 6.74 0.88 4.19 1.35 2.47 1.51 1.29 0.49 0.86 4.14 15.76 5.67 7.44 3.84 2.05 4.0 2.62 3.38 61.38 0.67
CRP78265 (dhaT_4)
 6.19 7.44 5.75 8.65 73.46 9.7 4.42 3.17 4.16 7.28 5.52 7.19 7.4 5.09 3.57 8.82 3.43 2.85 8.77 41.01 12.32 5.43 7.94 3.55 15.08 16.42 3.21 5.81 1.91 8.02 4.44 7.58 12.27 4.19 2.89 3.78 3.79 1.7 1.89 2.09 1.34 0.67 4.04 3.49 3.72 8.39 2.52 3.05 6.02 4.68 6.76 1.16 0.57 3.41 3.04 0.07 6.85 1.82 1.64 0.58 1.3 0.58 1.91 0.98 1.1 10.71 20.5 10.5 9.68 4.37 2.15 5.92 3.73 15.12 47.32 2.34
CRP79431 (ydhC)
 2.52 3.45 6.77 4.78 97.79 12.94 30.59 3.38 0.71 6.75 4.61 5.1 5.75 6.91 3.89 5.82 1.11 1.79 4.11 7.23 5.39 4.75 3.81 3.37 6.5 7.53 1.5 2.75 1.96 3.84 2.11 5.55 5.61 3.33 1.8 6.96 5.03 1.21 4.33 5.33 0.97 0.21 2.61 4.1 3.34 8.33 1.58 2.36 3.81 5.97 7.36 0.81 0.25 1.66 3.02 0.01 5.31 3.12 0.82 0.36 0.66 0.26 2.16 0.98 1.26 4.98 17.34 6.08 5.97 1.64 2.07 2.96 1.77 7.98 46.67 1.02

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)