Heatmap: Cluster_56 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
AES-1R,ASMDM+
AG1,ciproflaxin
D+7bld
DK2
E01
LB
LB,log
LB,untreated
PA1201
PA14
PA14,0.25xMIC G3KL
PA14,0.25xMIC T7
PA14,0.25xMIC polymyxin-B
PA14,LB
PA14,LB,log
PA14,WT
PA14,ciproflaxin
PA14,cmrA+
PA14,late stat,NaPyruvate+Arabinose
PA14,late stat,untreated
PA14,sutA-KO,late stat,NaPyruvate+Arabinose
PA14,untreated
PA212
PA2596
PA558
PA580
PAK,LB
PAK,WT
PAK,WT,LB
PAK,pilR
PAK,pmrB6,LB
PAO1
PAO1,0.56mg/mL farnesol
PAO1,ABTGC
PAO1,DDS
PAO1,GUN,LB,glucose
PAO1,HapZ,early stat
PAO1,LB
PAO1,LB,glucose
PAO1,LB,untreated
PAO1,M9-CA,early stat
PAO1,M9-CA,log
PAO1,RsmN+
PAO1,SagS,early stat
PAO1,WT
PAO1,WT,BHI
PAO1,WT,LB
PAO1,WT,MOPS acetate
PAO1,WT,MOPS glycerol
PAO1,early stat
PAO1,ersA,BHI
PAO1,lasR rhlR,M9-CA,early stat
PAO1,lasR rhlR,M9-CA,log
PAO1,liquid culture
PAO1,mexZ,LB
PAO1,oxylipin-
PAO1,pBAD-yhjH
PAO1,pUCP18::msr(E)
PAO1,qslA,M9-CA,early stat
PAO1,qslA,M9-CA,log
PAO1,qteE,M9-CA,early stat
PAO1,qteE,M9-CA,log
PAO1,untreated
PAO1,wspFpelApslBCD,LB
PAO1,wspFpelApslBCD,LB,untreated
Y31,LB
Y71,LB
Y82,LB
Y89,LB
ciproflaxin
liquid culture
m pheno
mexT
nirS
pHerdB20T-gp68
untreated
- 3.14 3.1 - - - - -2.2 - - - - - - - - - - - - - - - 3.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.02 4.97 3.08 2.35 0.08 - -3.08 - - - -
- 2.61 2.57 - - - - -2.4 - - - - - - - - - - - - - - - 2.24 4.79 -0.03 - - - - - -1.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.33 3.67 3.18 1.42 1.65 - -1.97 - 0.58 - -
- 3.88 4.31 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.39 - - - 3.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.57 3.81 - 1.78 - - - - - -
- 4.85 4.33 - - - - - - - - - - - - - - - -2.8 - - - - 3.58 -0.08 -4.32 - - - - - -4.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.43 - - - - - - 0.52 - 2.92 - 2.01 -4.01 -1.84 -4.91 -1.41 - -
- 4.31 3.63 - - - - -1.7 - - - - - -3.23 - - - - - - - - - 3.41 0.68 -0.08 - - - - - -1.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.65 3.47 3.04 1.2 2.15 - -3.7 - -1.37 - -
- 2.85 4.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.0 - 1.37 - - - - - -
- 3.43 3.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.59 3.19 4.01 1.69 3.75 - - - - - -
- 2.96 4.08 - - - - -1.14 - -8.81 - - - - - - - - - - - - - 3.47 3.44 1.11 - - - - - -3.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.35 - 2.67 - 2.35 - -0.64 - 2.06 - -2.98
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - -1.38 - - - -4.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.43 -1.41 0.79 -0.76 - -0.78 -1.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.29 - - 4.46 1.4 0.14 -0.68 2.46 - 1.09 - 5.13 - -
- - - - - - - - - -8.34 - - - - - - - - - - - - - - - - -1.47 0.01 -3.28 -0.99 -1.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.68 - - - 1.73 - 2.47 - 3.75 - -
- - 2.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.85 -1.23 - -1.75 -2.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.49 - - - - - -4.76 - - 4.88 3.42 1.1 1.58 3.08 -2.59 1.45 - 3.75 - -
- - -1.69 - - - - -2.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.02 -1.82 0.6 -2.24 0.05 -1.0 -4.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.76 -1.51 -3.07 -2.99 2.24 -1.97 0.93 - 3.29 - -3.03
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.24 - - - 3.68 - 2.1 - 5.32 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.2 1.72 1.29 - 1.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.83 - - - 2.56 - 4.02 - 4.87 - -
- - -0.56 - - - -3.38 1.42 -3.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 0.73 -0.08 1.4 0.44 -8.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.23 - - 4.64 - - - 2.78 - 1.81 - 4.81 - 0.27
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.95 - - - 4.37 - 3.18 - 4.95 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.07 0.43 - - 1.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.97 - - - 2.68 - 3.25 - 4.44 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.61 0.74 1.26 2.55 -0.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.6 - - - 3.41 - 3.38 - 4.28 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.26 - - - 4.14 -3.52 1.78 - 5.13 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.42 - 2.37 - 2.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.97 - - - 3.63 - 2.35 - 4.77 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.89 - - - 2.0 - 2.66 - 5.17 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.01 - - - - - - - 3.77 - - - 3.16 - 1.75 - 5.62 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.9 - - - 3.78 - 2.72 - 5.59 - -
- - -0.25 - - - -3.54 0.51 - -4.0 -4.89 -5.91 -5.93 -0.23 - -4.74 -1.88 -6.22 -3.75 -2.86 -2.34 -6.37 - - -3.27 -1.93 0.43 1.82 0.52 1.57 0.99 -3.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.9 - - 5.32 2.13 0.33 -0.2 2.63 -1.59 0.68 -4.22 2.14 - 0.31
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.77 - - - 2.85 - 3.0 - 2.63 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.57 3.35 1.33 3.62 2.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.09 - - - 2.41 - 2.72 - 3.47 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.22 - - - 3.04 - 3.36 - 4.34 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.33 - - - - -0.49 - - 4.64 - - - 3.32 - 2.12 - 5.16 - -
- - - - - - -0.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.79 -0.52 0.82 0.51 1.48 -0.94 -1.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.67 0.95 0.87 1.68 3.1 -1.31 1.31 - 4.2 3.89 -
- - - - - - - - - -4.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.56 -0.33 - - 3.26 - 3.23 - 4.94 0.93 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.43 - - - 3.9 - 2.84 - 5.02 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.22 - - - 3.65 - 2.5 - 4.36 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.48 - - - 3.29 - 4.4 - 4.51 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.53 - - - 2.95 - 3.3 - 5.14 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.32 - - - 3.18 - 1.84 - 4.55 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - - - 2.57 - 0.84 - 4.97 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.47 - - - 0.52 - 2.18 - 4.68 - -
CRN94241 (topB_2)
- - 2.38 - - - -0.46 -2.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.46 2.37 1.31 1.78 3.71 -2.6 1.6 - 4.34 - -3.02
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.97 - - - 2.49 - 3.54 - 4.77 - -
- - - - - - - - - - - - - - - -1.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.24 - - - 3.53 - 2.88 - 5.24 - -
- - 2.48 - - - 0.22 0.74 - - - - - - - - - - - - - - - - -0.17 1.33 0.44 -0.92 0.91 0.88 0.74 -2.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.07 - - - 3.51 -1.8 2.28 - 3.87 2.98 -0.12
- - 3.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.19 0.04 - - - - - -2.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.64 - - - 0.53 -3.92 0.2 - 5.44 3.37 -
CRN94513 (soj_2)
- - 0.11 - - - -0.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.68 1.93 - - - - - -1.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.52 - - 4.08 - - - 2.42 -4.47 0.41 - 4.03 4.82 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.26 - - 3.29 - - - 1.99 - - - 5.9 - -
CRP29686 (ptlF_3)
- 3.26 3.91 - - - - 3.58 - - - - - - - - - - - - -4.05 - - 4.39 -1.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.93 - 3.3 - 0.29 -4.77 -3.87 - -2.34 - 2.7
- 3.15 3.53 - - - - 3.63 - - - - - -4.04 - - - - - - - - - 4.32 -0.34 - - - - - - -7.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.79 - 3.44 - 0.53 - -0.83 - -1.16 - 2.48
- 4.02 4.26 - - - - 2.95 - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 -2.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.61 -1.98 3.88 -2.44 1.08 - - - -4.88 - 1.96
- 3.82 3.64 - - - - 2.69 - - - - - - - - - - - - - - - 4.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.48 - 2.92 - - - - - 1.08
- 3.33 3.15 - - - - 4.09 - - - - - - - - - - - - - - - 4.55 - - - - - - - - - - - - - -9.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.27 - 2.69 - 0.19 - - - - - 2.97
CRP29802 (virB4_3)
- 3.39 3.54 - - - - 4.17 - - - - - - - - - - -6.67 - - - - 3.85 -1.53 - - - - - - - - - - - - -10.38 - - - - - - - - - - - - - - - -7.63 - - - - - - - - - - - -0.83 - 3.45 - 0.68 - -2.85 - -0.28 - 2.79
- 1.94 3.55 - - - - 4.73 - - - - - - - - - - - - - - - 3.57 1.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.57 - 3.04 - -0.88 - -1.6 - - - 3.18
- 2.96 3.32 - - - - 4.83 - - - - - - - - - - - - - - - 2.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.77 3.07 - 0.23 - -3.28 - - - 3.65
CRP29898 (ptlH_2)
- 3.54 3.6 - - - - 4.33 - - - - - - - - - - - - - - - 3.31 -0.22 - - - - - - -8.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.58 -0.46 3.46 -1.76 0.48 - -3.19 - -0.11 - 2.65
- 2.24 2.52 - - - - 5.43 - - - - - - - - - - - - - - - 2.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.67 3.04 -1.66 -0.79 - - - - - 2.93
CRP29958 (traG_3)
- 2.91 3.33 - - - - 5.19 - - - - - - - - - - - - - - - 0.37 -2.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.56 -0.29 3.73 -0.88 0.11 - -5.98 - -4.64 - 2.15
- 1.86 2.37 - - - - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - 1.32 -4.93 -1.63 - - - - - -4.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.15 3.77 2.05 2.09 0.87 - -2.74 - -5.55 - 4.69
- 3.5 4.14 - - - - -0.05 - - - - - - - - - - - - - - - 4.37 2.09 0.04 - - - - - -2.44 - - - - - - - - - - - - - - - - -7.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.43 - 2.37 - - - 1.26 - 0.69
- 2.79 3.56 - - - - 2.36 - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 0.76 -0.04 - - - - - -1.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.2 -0.39 4.43 -1.68 1.67 - -2.24 - 0.06 - 1.79

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.