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Heatmap: Cluster_45 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
AES-1R,ASMDM+
AG1,ciproflaxin
D+7bld
DK2
E01
LB
LB,log
LB,untreated
PA1201
PA14
PA14,0.25xMIC G3KL
PA14,0.25xMIC T7
PA14,0.25xMIC polymyxin-B
PA14,LB
PA14,LB,log
PA14,WT
PA14,ciproflaxin
PA14,cmrA+
PA14,late stat,NaPyruvate+Arabinose
PA14,late stat,untreated
PA14,sutA-KO,late stat,NaPyruvate+Arabinose
PA14,untreated
PA212
PA2596
PA558
PA580
PAK,LB
PAK,WT
PAK,WT,LB
PAK,pilR
PAK,pmrB6,LB
PAO1
PAO1,0.56mg/mL farnesol
PAO1,ABTGC
PAO1,DDS
PAO1,GUN,LB,glucose
PAO1,HapZ,early stat
PAO1,LB
PAO1,LB,glucose
PAO1,LB,untreated
PAO1,M9-CA,early stat
PAO1,M9-CA,log
PAO1,RsmN+
PAO1,SagS,early stat
PAO1,WT
PAO1,WT,BHI
PAO1,WT,LB
PAO1,WT,MOPS acetate
PAO1,WT,MOPS glycerol
PAO1,early stat
PAO1,ersA,BHI
PAO1,lasR rhlR,M9-CA,early stat
PAO1,lasR rhlR,M9-CA,log
PAO1,liquid culture
PAO1,mexZ,LB
PAO1,oxylipin-
PAO1,pBAD-yhjH
PAO1,pUCP18::msr(E)
PAO1,qslA,M9-CA,early stat
PAO1,qslA,M9-CA,log
PAO1,qteE,M9-CA,early stat
PAO1,qteE,M9-CA,log
PAO1,untreated
PAO1,wspFpelApslBCD,LB
PAO1,wspFpelApslBCD,LB,untreated
Y31,LB
Y71,LB
Y82,LB
Y89,LB
ciproflaxin
liquid culture
m pheno
mexT
nirS
pHerdB20T-gp68
untreated
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.47 1.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.42 - - - 2.84 - - - -
- 4.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.46 - 5.46 - - - 3.08 - - - -
- 4.12 - - - - - - - - - - - -5.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.81 -5.89 5.46 -4.84 - - 3.86 - - - -
- 5.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.71 - 5.37 -4.17 - - - - - - -
- 5.35 - - - - - - - - - - - -6.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.05 5.13 -6.0 - - - - - - -
- 4.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.72 -6.8 5.5 -6.75 - - - - - - -
- 4.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.86 - 5.76 -3.89 - - - - - - -
CRO62837 (paeR7IR)
 - 4.82 - - - - - - - - - - - -7.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.04 -5.54 5.57 -7.06 - - - - - - -
- 5.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.84 - - - - - - - -
- 5.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.53 - 5.37 - - - - - - - -
- 5.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -8.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.53 5.38 -4.48 - - - - - - -
- 5.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -13.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.78 - - - -
- 5.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 - - - -
- 5.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.22 - - - -
CRO66247 (yafN)
 - 5.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - 0.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.35 - - - -
- 5.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.67 - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.43 - - - -
- 5.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - - -
- 5.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - - - -
- 5.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.85 - - - - - - - - 0.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.93 - - - -
CRO66687 (uvrD_1)
 - 6.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.36 - - - -
- 6.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.51 - - - -
- 5.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -11.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.77 -7.85 4.61 -6.87 - - 4.19 - - - -
- 4.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.77 - - - - - - - -
- 5.14 - - - - - - - - - - - -8.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -7.58 -6.34 5.35 -7.6 - - - - - - -
- 5.64 - - - - - - - - - - - -6.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -9.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.65 - 4.7 - - - - - - - -
- 5.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -11.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.98 -8.06 5.2 -7.04 - - - - - - -
- 5.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -11.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.5 -7.58 5.1 - - - - - - - -
- 5.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.65 - 5.19 - - - - - - - -
- 4.97 - - - - - - - - - - - -8.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -9.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.48 -6.98 5.48 -6.95 - - - - - - -
CRP25195 (intA)
 - 5.71 - - - - -7.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -8.61 - 4.57 - - - -
- 5.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.55 - - - -
- 5.83 - - - - - - - -9.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.25 - - - -
- 5.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.45 - - - -
- 5.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.58 - - - -
- 6.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.42 - - - -
- 5.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.02 - - - -
- 5.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.22 - - - -
- 5.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.03 - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CRP70779 (tnsA)
 - 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CRP70809 (tnsB_2)
 - 6.25 - - - - -7.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -9.16 - - - - - -
CRP70839 (tnsC)
 - 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CRP71258 (kefC)
 - 6.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - 2.61 - 2.28 - -
CRP71293 (pleD_5)
 - 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CRP71347 (htpX_2)
 - 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CRP71374 (hhoB)
 - 6.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.81 - -3.15 - 1.27 - -4.94
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CRP75720 (merR_2)
 - 3.51 - - - - -1.23 - - 1.09 1.13 1.15 1.16 -0.38 1.59 0.56 -1.75 0.26 0.83 0.12 1.24 0.95 - 0.92 - 0.74 - - - - - -3.8 - - - - - -11.34 - - - - - - - - -2.86 - - - - - - - -4.05 - - - - - - - - - - -7.63 2.34 3.63 2.84 -0.18 -4.17 -8.17 0.36 3.44 - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.