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Heatmap: Cluster_23 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
AES-1R,ASMDM+
AG1,ciproflaxin
D+7bld
DK2
E01
LB
LB,log
LB,untreated
PA1201
PA14
PA14,0.25xMIC G3KL
PA14,0.25xMIC T7
PA14,0.25xMIC polymyxin-B
PA14,LB
PA14,LB,log
PA14,WT
PA14,ciproflaxin
PA14,cmrA+
PA14,late stat,NaPyruvate+Arabinose
PA14,late stat,untreated
PA14,sutA-KO,late stat,NaPyruvate+Arabinose
PA14,untreated
PA212
PA2596
PA558
PA580
PAK,LB
PAK,WT
PAK,WT,LB
PAK,pilR
PAK,pmrB6,LB
PAO1
PAO1,0.56mg/mL farnesol
PAO1,ABTGC
PAO1,DDS
PAO1,GUN,LB,glucose
PAO1,HapZ,early stat
PAO1,LB
PAO1,LB,glucose
PAO1,LB,untreated
PAO1,M9-CA,early stat
PAO1,M9-CA,log
PAO1,RsmN+
PAO1,SagS,early stat
PAO1,WT
PAO1,WT,BHI
PAO1,WT,LB
PAO1,WT,MOPS acetate
PAO1,WT,MOPS glycerol
PAO1,early stat
PAO1,ersA,BHI
PAO1,lasR rhlR,M9-CA,early stat
PAO1,lasR rhlR,M9-CA,log
PAO1,liquid culture
PAO1,mexZ,LB
PAO1,oxylipin-
PAO1,pBAD-yhjH
PAO1,pUCP18::msr(E)
PAO1,qslA,M9-CA,early stat
PAO1,qslA,M9-CA,log
PAO1,qteE,M9-CA,early stat
PAO1,qteE,M9-CA,log
PAO1,untreated
PAO1,wspFpelApslBCD,LB
PAO1,wspFpelApslBCD,LB,untreated
Y31,LB
Y71,LB
Y82,LB
Y89,LB
ciproflaxin
liquid culture
m pheno
mexT
nirS
pHerdB20T-gp68
untreated
- 5.04 - - - - - - - - - - - -6.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.25 4.2 -7.4 4.62 - - - - - - -
-1.95 4.53 -5.05 -5.21 - -1.94 2.91 - - -7.65 - - - -6.54 -7.06 - - - - - - - -0.94 - - -1.42 -3.17 -0.55 -2.28 -1.35 -2.0 -2.75 -7.2 -8.54 -7.95 -1.62 -8.05 -7.45 -1.73 -2.41 -8.55 - -6.78 - -4.15 -6.84 - - -6.13 - - - - -5.29 -5.61 -5.98 -3.83 -8.82 -7.07 - - - -5.89 - - -6.86 -7.94 4.67 -6.35 -0.86 2.42 3.04 - -0.67 -0.38 -
- 4.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.55 - 1.15 - 3.23 - - - -
CRO17800 (ptlG_1)
 - 4.36 0.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.08 5.1 2.04 -3.67 - 2.66 - -0.94 - -
CRO17831 (ptlF_1)
 - 1.42 -1.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.84 5.34 3.08 4.32 - - 1.84 - - - -
- 4.62 0.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.07 3.78 4.67 1.56 - - 2.77 - - - -
- 3.39 1.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.98 3.73 4.84 3.06 - - 3.33 - - - -
- 4.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.53 - - - 2.88 - - - -
- 4.43 0.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.56 2.88 4.77 1.97 - - 3.75 - - - -
CRO17993 (virB4_1)
 - 3.62 -1.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.08 -3.6 - - - - - -6.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.1 2.11 5.06 1.59 -0.27 -2.89 3.88 - 0.7 - -
CRO18083 (ptlH_1)
 - 4.36 0.96 - - - - - - -4.0 - - - - - - - - - - - - - - 1.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.67 2.2 4.97 0.76 -3.6 -0.63 2.99 - 0.77 - -
- 3.49 1.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.35 - 4.56 - - - 3.62 - - - -
CRO18131 (traG_1)
 - 4.64 -1.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.65 1.44 5.15 0.41 - - 3.38 - - - -
- 4.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - 4.31 - - - -
CRO18180 (catM_1)
 - 4.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -8.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.17 - - - 3.11 - - - -
- 4.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.23 5.41 - - - 1.93 - - - -
CRO18233 (nahD)
 - 4.04 - - - - - - - - - - - -3.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -7.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.36 - - - 4.19 - - - -
- 4.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.19 5.15 - - - 4.24 - - - -
- 5.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.57 - - -10.01 4.07 - - - -
- 5.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.72 - - - -
CRO32851 (gsiA_2)
 - 5.02 - - - - - - - -6.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -8.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.88 - 5.44 - - - -
CRO32891 (fmdA)
 - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.49 - - - -
CRO32936 (hbpA)
 - 5.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.28 - - - -
CRO32970 (gsiC)
 - 5.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.51 - - - -
CRO33006 (gsiD)
 - 5.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.61 - - - -
- 4.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.56 - - - -
CRO33056 (amiC_2)
 - 5.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.88 - - - -
- 4.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.4 - - - 3.11 - - - -
CRO70974 (echA8_2)
 - 3.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.76 - - - 2.63 - - - -
CRO71014 (crp_2)
 - 5.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -11.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.42 -6.09 4.94 - - - 1.26 - - - -
- 5.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.23 - 5.21 -6.33 - - 2.06 - - - -
- 3.96 -1.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.13 -1.56 -2.76 - - - - - -3.93 - - - - - -9.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.04 3.1 5.46 1.21 -6.53 - 2.11 - -1.9 - -
- 3.89 -1.35 - - - - -1.38 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.89 1.49 - - - - - -1.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.09 - -1.06 -2.42 2.72 - 4.14 - -0.89
- 4.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.33 - - - 3.76 - - - -
- 4.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.59 - - - 2.8 - - - -
CRO71186 (soj_4)
 - 4.43 - - -0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.42 - -3.33 -1.44 3.07 - - - -
- 3.91 2.12 - - - - -0.65 - - - - - - - - - - - - - - - - -0.32 0.73 - - - - - -0.37 - - - - - -6.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.95 2.4 4.88 0.37 -1.52 -2.62 3.58 - - - -1.64
- 3.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.32 1.36 - - - - - -0.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.09 - - - 3.9 - 2.86 - -
- 4.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.69 -2.41 - - 2.4 - - - -
- 4.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.93 - - - 4.05 - - - -5.55
- 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.74 -5.02 5.37 -6.18 - - 3.43 - - - -
- 4.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.54 -3.06 - - 3.6 - - - -
CRO71473 (parB_1)
 - 4.75 -4.48 - - - - - -3.91 - - - - - - - - - - - - - - - -1.65 -1.97 - - - - - -4.22 - - - - - -9.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.51 - 5.27 - -4.66 - 3.23 - -3.4 - -
- 4.23 - - - - - 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.16 -1.44 - - - - - -2.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.66 5.11 -0.35 -0.88 - 3.08 - -3.07 - -0.26
- 5.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.6 - 4.22 - - - 3.51 - - - -
- 4.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.11 1.16 5.12 1.36 - - 3.05 - - - -
- 4.8 - - - - - - - - - - - -7.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.21 -3.04 4.95 -4.45 - - 4.09 - - - -
- 3.52 - - - - - - - - - - - -6.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -9.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.58 - - - 4.06 - - - -
- 4.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.46 -6.87 5.46 -6.85 - - 3.11 - - - -
- 3.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -9.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.15 5.66 -6.09 - - 3.4 - - - -
- 4.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -9.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.65 -4.99 5.45 -7.33 - - 3.54 - - - -
- 4.95 - - - - - - - - - - - -7.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -11.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.31 -8.39 5.08 -7.33 - - 3.47 - - - -
- 4.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -9.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.81 -6.89 5.46 -7.18 - - 3.23 - - - -
- 4.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -9.77 - - - - -8.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.57 -6.87 5.43 -6.61 - - 3.17 - - - -
- 5.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.68 - 4.99 -6.32 - - 3.05 - - - -
- 5.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -11.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.01 -7.09 4.55 - - - 3.41 - - - -
- 4.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.69 -4.56 - - 2.88 - - - -
- 4.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -11.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.81 -6.89 5.16 -5.87 - - 4.17 - - - -
- 4.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -8.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.37 - 5.32 - - - 3.68 - - - -
CRO71932 (intS_3)
 - 4.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -9.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.66 - 5.55 -4.1 - - 2.98 - - - -
- 3.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.16 3.24 2.77 2.32 3.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.74 - 3.98 - - - 1.18 - - - -
- 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -7.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.54 5.39 - - - 1.01 - - - -
- 2.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.41 2.16 2.69 0.41 2.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.92 - - - -0.38 - - - -
- 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.99 - - - 2.1 - - - -
- 5.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.0 -5.08 4.6 - - - 1.16 - - - -
- 5.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.37 4.99 -5.31 - - 1.24 - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.