Heatmap: Cluster_7 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
AES-1R,ASMDM+
AG1,ciproflaxin
D+7bld
DK2
E01
LB
LB,log
LB,untreated
PA1201
PA14
PA14,0.25xMIC G3KL
PA14,0.25xMIC T7
PA14,0.25xMIC polymyxin-B
PA14,LB
PA14,LB,log
PA14,WT
PA14,ciproflaxin
PA14,cmrA+
PA14,late stat,NaPyruvate+Arabinose
PA14,late stat,untreated
PA14,sutA-KO,late stat,NaPyruvate+Arabinose
PA14,untreated
PA212
PA2596
PA558
PA580
PAK,LB
PAK,WT
PAK,WT,LB
PAK,pilR
PAK,pmrB6,LB
PAO1
PAO1,0.56mg/mL farnesol
PAO1,ABTGC
PAO1,DDS
PAO1,GUN,LB,glucose
PAO1,HapZ,early stat
PAO1,LB
PAO1,LB,glucose
PAO1,LB,untreated
PAO1,M9-CA,early stat
PAO1,M9-CA,log
PAO1,RsmN+
PAO1,SagS,early stat
PAO1,WT
PAO1,WT,BHI
PAO1,WT,LB
PAO1,WT,MOPS acetate
PAO1,WT,MOPS glycerol
PAO1,early stat
PAO1,ersA,BHI
PAO1,lasR rhlR,M9-CA,early stat
PAO1,lasR rhlR,M9-CA,log
PAO1,liquid culture
PAO1,mexZ,LB
PAO1,oxylipin-
PAO1,pBAD-yhjH
PAO1,pUCP18::msr(E)
PAO1,qslA,M9-CA,early stat
PAO1,qslA,M9-CA,log
PAO1,qteE,M9-CA,early stat
PAO1,qteE,M9-CA,log
PAO1,untreated
PAO1,wspFpelApslBCD,LB
PAO1,wspFpelApslBCD,LB,untreated
Y31,LB
Y71,LB
Y82,LB
Y89,LB
ciproflaxin
liquid culture
m pheno
mexT
nirS
pHerdB20T-gp68
untreated
- 5.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.98 -6.92 - - 3.18 - - - -
-0.5 0.6 -0.4 -1.23 0.9 -0.78 -1.98 - - -3.04 - - - -8.02 - - - - - - - -10.43 - - -8.51 -0.15 - - - - - 0.6 -0.77 0.1 -2.33 2.31 0.51 -0.21 2.33 2.64 -1.14 -2.69 -0.58 0.28 0.67 1.8 2.45 0.78 1.76 0.53 1.73 -1.47 -2.49 1.88 2.4 -1.28 0.12 0.47 -1.08 -2.57 -1.47 -2.31 0.78 0.63 -0.5 1.53 -10.86 1.56 -9.8 -1.86 -6.2 -1.38 - - - -
- 5.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.13 -7.21 5.07 - - - 2.79 - - - -
- 5.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.78 4.96 - - - 2.59 - - - -
- 5.87 - - - - - - - - - - - -7.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -12.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.22 - 3.74 - - - 2.04 - - - -
- 5.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.62 -4.66 3.06 -6.5 2.66 - - - -
- 4.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.79 -0.38 - - 0.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.36 - 1.24 - 2.05 - - - -
- 4.15 -1.58 - - - -2.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.77 1.57 - - - - - -1.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.0 - 1.73 -4.15 1.51 - 0.13 3.74 -
CRN84328 (rrrD_1)
- 6.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.11 -3.25 - - - - - -7.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -5.11 -2.68 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 6.25 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.91 -0.8 - - - - - -7.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.95 - - - - - -
CRN84465 (higA-2)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 6.24 - - - - - -
- 6.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.16 -6.42 -5.25 - - - - - -6.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.19 -5.75 - - - - -6.26
- 5.88 - - -2.17 - - - - - - - - -6.97 - - - - - - - - - 1.69 0.43 -2.48 - - - - - -5.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.11 -3.06 - - 3.47 - -
- 5.94 - - - - - - - - - - - -4.45 - - - - - - - - - -0.35 1.05 0.55 - - - - - -1.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.0 -1.68 - - 2.96 - -
- 6.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.04 -0.09 -3.38 - - - - - -5.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.65 -2.93 - - -2.5 - -
- 6.14 - - - - - - - - - - - -5.55 - - - - - - - - - -1.27 -0.0 -3.14 - - - - - -6.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.64 -2.67 - - 1.85 - -
- 6.21 - - - - - - - - - - - -6.57 - - - - - - - - - - -1.73 -8.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.6 -3.57 - - 0.57 - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - -6.44 - - - - - - - - - - -1.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.05 -4.47 - - -1.23 - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - -8.19 - - - - - - - - - - -1.5 -9.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.85 -3.91 - - -0.75 - -
- 6.16 - - - - - - - - - - - -6.64 - - - - - - - - - - 0.37 - - - - - - -11.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.55 -3.1 - - 1.51 - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.41 -6.31 - - -0.41 - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.57 -4.42 - - -1.15 - -
- 6.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.41 -3.88 - - - - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - -8.2 - - - - - - - - - - -2.11 -8.66 - - - - - -14.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.76 -4.57 - - -0.93 - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - -8.83 - - - - - - - - - - -5.84 - - - - - - -13.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -7.9 -8.41 - - -6.31 - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - -6.41 - - - - - - - - - - -1.78 -9.35 - - - - - -14.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.65 -3.81 - - -1.01 - -
- 6.23 - - - -2.7 - - - - - - - -7.47 - - - - - - - - - - -2.07 - - - - - - -13.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.81 -4.63 - - -1.96 - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - -7.85 - - - - - - - - - - -2.15 -9.99 - - - - - -12.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.77 -3.8 - - -1.18 - -
- 6.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.31 - - - -2.24 - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -8.56 - - - -4.32 - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - -4.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.64 - - - - -
- 6.24 - - - - - - - - - - - -5.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.53 - - - - -
- 6.14 - - - - - - - - - - - -5.68 - - - - - - - - - 1.38 - 0.29 - - - - - -3.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.79 - - - - - -
- 6.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.92 - - - - - -1.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.19 - - - - - -
- 6.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.94 - - - - - -1.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - -
- 6.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.96 - - - - - -
- 5.84 2.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.38 -2.84 - - - - -
- 6.05 -0.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.26 - - - - - -
- 6.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.65 - -0.8 - - - - - -3.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.8 1.69 - - - - -
- 6.06 - - - - - - - - - - - -3.53 - - - - - - - - - 2.83 - -0.16 - - - - - -2.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - -
- 6.24 - - - - - - - - - - - -7.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.78 - - - - - -
- 6.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.27 - - - - - -
- 6.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.82 - - - - - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - -
- 6.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.88 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.02 - - 6.23 - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - -9.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.2 - - - - - - - -14.13 - - - -8.66 - - - - - - - - - -1.28 -1.96 -8.19 - - - - - -14.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -8.82 - 0.77 - -1.58 -6.17 - - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.09 - - - - - -
- 6.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.35 - - - - - -
- 6.19 0.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.03 - - - - - -6.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.27 -2.13 - - - - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.37 - - - - - -4.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.76 - - - - -
- 6.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.23 -0.81 - - - - - - - - - - -7.63 - - - - - - - - - -2.32 - -2.87 - - - - - -6.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.39 - - - - - -
- 6.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.56 - - - - - -3.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 6.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.19 - - - - - -2.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CRN85807 (ssb_1)
- 6.24 - - - - -5.92 - - -8.34 - -7.03 - - - - - - -6.62 - -5.8 - - - - - - - - - -6.54 -7.95 - -9.12 - - - -8.61 - - - -6.03 - - -8.88 - - - - - - - -5.67 - - - -5.06 - - - - -6.93 - - - - - - - -8.15 -5.93 -8.46 - - - -6.25
- 6.05 - - - - - - - - - - - -5.57 - - - - - - - - - - - 2.17 - - - - - -2.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.32 - - - - -
- 6.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.48 - - - - - -3.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.39 0.96 - - - - -
- 6.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.54 - - - - - - - - -1.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.34 - - - - - -
- 5.9 1.07 - 0.83 -2.34 - - - - - - - - - - - - - - - - -1.64 -0.27 -0.85 - - - - - - -3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.26 - -0.05 0.45 - - 2.8 - -
- 5.81 4.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.35 - - - - -
- 5.44 1.49 - - - - - -0.1 - - - - - - - - - - - - - - 1.42 -0.39 -1.83 - - - - - -4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.05 - - -3.46 - - 4.38 - -
- 6.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.39 - - - - - -
- 5.86 3.67 - - - - - - - - - - -3.98 - - - - - - - - - - 0.06 -1.49 - - - - - -4.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.39 1.54 - - - - -
- 6.01 0.66 - - - - - - - - - - -4.34 - - - - - - - - - 1.08 -0.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.98 2.68 - - - - -
- 5.86 0.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.46 - -2.02 - - - - - -4.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.85 2.51 - - - - -
- 6.08 - - -1.59 - - - - - - - - -4.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.0 - - - - -
- 1.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.3 3.31 - - - - - - - -5.44 - - - - - -10.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.71 4.58 3.75 4.45 -6.03 1.07 -0.04 - - - -
- 4.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -10.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.36 - 5.62 -6.05 - - - - - - -
- 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -9.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -6.58 5.17 - - - - - - - -
- 5.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.19 - - - - - - - -
- 5.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.25 - - - - - - - -
- 4.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.68 - - - - - - - -
- 4.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.63 - - - - - - - -
- 5.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.84 5.39 - - - - - - - -
-0.87 -1.45 -0.13 -0.03 -0.09 0.31 -0.34 -1.69 -1.07 -0.29 -1.01 -1.16 -1.11 -1.08 -1.4 0.67 0.89 -1.2 -0.84 -1.61 -0.12 -1.29 -1.82 -0.15 -1.53 -2.04 -0.49 -0.5 -0.39 -0.73 -0.69 -0.45 -1.03 -0.2 -2.11 -0.11 -0.64 1.1 -0.61 -1.83 2.49 1.02 -0.31 -0.84 -1.34 -0.77 -1.84 -0.78 1.15 -0.74 -0.9 2.29 0.92 -0.1 -1.83 -1.19 0.26 0.17 2.45 0.9 2.23 0.82 0.8 -1.97 -1.43 -0.87 -0.6 -1.15 -0.69 -0.84 -1.01 -0.99 -1.23 -0.08 0.23 -0.7
CRP06305 (yfkM_2)
-1.54 -2.01 -0.34 0.75 -0.23 1.56 2.15 1.34 -1.64 -0.56 -1.91 -1.85 -1.94 1.42 0.22 0.22 1.03 -1.71 -0.5 -0.85 0.02 -1.3 -1.66 -1.31 -0.59 -0.9 -1.65 -0.19 -1.01 0.36 -1.87 0.6 -0.69 -0.17 -1.44 2.17 -1.72 -1.95 2.07 1.54 -1.31 -4.3 -0.73 -1.88 -1.35 -0.71 -2.8 -0.62 1.6 -1.7 -0.93 -1.34 -4.02 0.27 -2.62 -1.9 0.22 0.19 -1.66 -3.78 -2.17 -3.99 0.76 -2.18 -1.85 -0.33 0.17 -0.64 0.21 -0.28 1.89 -1.02 -1.79 0.09 0.58 1.91
CRP27971 (kipR)
0.42 -1.05 -0.82 -0.92 0.96 1.36 1.43 -0.57 -0.96 0.0 1.04 0.94 0.66 0.76 1.03 -0.0 -1.83 -0.46 -1.14 -0.72 -1.04 1.05 -1.12 -2.03 0.07 0.04 -1.09 0.09 -0.36 -0.08 -0.75 0.22 -0.99 0.12 -1.27 1.31 -0.75 -0.83 1.19 1.13 -2.03 -1.86 -1.32 -0.83 -0.72 0.8 -0.22 0.07 0.7 -0.76 1.29 -1.96 -1.64 -0.29 -0.15 -1.85 0.47 -0.31 -1.9 -1.9 -1.98 -1.85 -0.64 -0.61 -1.08 -0.93 0.32 -0.12 -0.36 0.81 1.44 -0.04 -0.35 -0.31 0.34 0.13

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.