1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_20 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
ATCC_14028
SL1344
ATCC_14028,E-stationary,WT
14028s
ATCC_14028,Log,rpsL*_mut
14028s,mLPM
opgGH_mut
LT2
Florfenicol
NCTC_12023,37_C
Chlortetracycline
SL1344,NarS_defic
ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut
LT2,ridA
fliA_del
High-patho
LT2,Cell_susp_cult
14028s,hilC_del,pBAD24
14028s,sprB_del,pBAD24
14028s,pBAD24
gastro
hfq_mut
Low-patho,42C
plank_cells
ATCC_14028,gastro
Typh_14028s,Expo_phase
biofilm,cpxR_mut
14028s,typhoid
14028s,rtcR
Typh_14028s
infection
ATCC_14028,Log,WT
14028s,rtcB
High-patho,42C
LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C
plank_cells,cpxR_mut
biofilm
ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut
ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19123 (STM0159)
 0.16 0.81 0.22 0.12 0.16 0.07 0.62 0.17 0.06 0.11 0.08 0.11 0.47 0.04 1.0 0.0 0.04 0.23 0.22 0.28 0.18 0.39 0.0 0.0 0.21 0.09 0.0 0.19 0.09 0.34 0.14 0.26 0.11 0.0 0.02 0.0 0.0 0.19 0.47
AAL19250 (STM0293)
 0.21 1.0 0.25 0.06 0.12 0.04 0.58 0.2 0.11 0.24 0.34 0.05 0.5 0.15 0.19 0.0 0.12 0.32 0.27 0.42 0.38 0.18 0.0 0.0 0.2 0.1 0.0 0.24 0.1 0.14 0.1 0.2 0.11 0.0 0.03 0.0 0.0 0.22 0.3
AAL19393 (STM0438)
 0.23 1.0 0.15 0.11 0.23 0.08 0.24 0.2 0.36 0.09 0.65 0.02 0.19 0.15 0.17 0.08 0.68 0.22 0.27 0.26 0.06 0.12 0.05 0.03 0.08 0.13 0.07 0.11 0.05 0.16 0.11 0.2 0.06 0.14 0.58 0.06 0.04 0.22 0.24
AAL19988 (STM1055)
 0.08 0.95 0.3 0.1 0.07 0.13 0.36 0.2 0.08 0.64 0.13 0.06 0.21 0.13 0.32 0.25 0.1 0.19 0.2 0.28 0.26 1.0 0.44 0.04 0.43 0.11 0.0 0.15 0.13 0.22 0.27 0.26 0.08 0.32 0.1 0.0 0.05 0.12 0.18
AAL20257 (rfc)
 0.17 1.0 0.25 0.14 0.22 0.04 0.35 0.22 0.08 0.17 0.11 0.17 0.39 0.13 0.38 0.4 0.36 0.26 0.26 0.35 0.16 0.42 0.86 0.54 0.18 0.11 0.0 0.27 0.16 0.56 0.33 0.31 0.16 0.45 0.14 0.0 0.63 0.2 0.33
AAL20748 (STM1833)
 0.12 0.3 0.13 0.14 0.37 0.03 0.18 0.21 0.06 0.07 0.06 0.32 0.22 0.22 0.46 0.12 0.05 0.05 0.06 0.09 0.08 0.08 0.29 0.25 0.08 0.05 0.16 0.22 0.16 0.02 0.04 0.66 0.13 0.22 0.1 0.11 0.35 0.05 1.0
AAL20986 (rfbP)
 0.2 0.77 0.13 0.5 0.24 1.0 0.69 0.3 0.12 0.19 0.14 0.07 0.19 0.18 0.63 0.23 0.56 0.21 0.23 0.3 0.05 0.24 0.55 0.59 0.06 0.12 0.17 0.18 0.25 0.17 0.12 0.15 0.24 0.27 0.7 0.1 0.73 0.19 0.13
AAL20987 (rfbK)
 0.2 0.8 0.27 0.73 0.4 1.0 0.8 0.29 0.19 0.3 0.2 0.14 0.27 0.18 0.62 0.28 0.53 0.26 0.27 0.34 0.05 0.12 0.7 0.42 0.07 0.22 0.25 0.22 0.29 0.18 0.14 0.3 0.28 0.28 0.67 0.18 0.79 0.38 0.21
AAL20988 (rfbM)
 0.33 0.95 0.2 0.71 0.3 0.96 1.0 0.36 0.17 0.23 0.2 0.16 0.24 0.21 0.91 0.22 0.61 0.26 0.3 0.36 0.04 0.22 0.58 0.53 0.07 0.22 0.23 0.2 0.33 0.28 0.09 0.25 0.31 0.2 0.86 0.16 0.78 0.25 0.22
AAL20989 (rfbN)
 0.27 0.93 0.16 0.6 0.26 1.0 0.65 0.29 0.18 0.22 0.21 0.16 0.19 0.22 0.4 0.2 0.37 0.13 0.15 0.17 0.05 0.22 0.58 0.79 0.09 0.21 0.24 0.16 0.29 0.61 0.08 0.22 0.28 0.19 0.47 0.18 0.71 0.19 0.24
AAL20990 (rfbU)
 0.17 1.0 0.13 0.44 0.2 0.69 0.44 0.21 0.11 0.13 0.12 0.09 0.17 0.09 0.39 0.14 0.25 0.08 0.09 0.11 0.05 0.18 0.54 0.52 0.06 0.11 0.16 0.14 0.16 0.38 0.07 0.19 0.18 0.15 0.33 0.11 0.54 0.15 0.23
AAL20991 (rfbV)
 0.27 1.0 0.13 0.37 0.26 0.41 0.83 0.33 0.1 0.17 0.11 0.11 0.19 0.12 0.52 0.0 0.32 0.19 0.2 0.25 0.07 0.16 0.0 0.0 0.06 0.11 0.12 0.11 0.18 0.41 0.12 0.22 0.17 0.0 0.37 0.14 0.0 0.18 0.26
AAL20992 (rfbX)
 0.14 1.0 0.08 0.18 0.16 0.26 0.56 0.23 0.09 0.08 0.1 0.12 0.14 0.08 0.29 0.0 0.32 0.12 0.16 0.18 0.06 0.16 0.0 0.0 0.06 0.07 0.11 0.07 0.11 0.27 0.06 0.15 0.13 0.0 0.38 0.09 0.0 0.13 0.17
AAL20993 (rfbJ)
 0.17 1.0 0.15 0.13 0.22 0.2 0.62 0.15 0.1 0.13 0.1 0.1 0.17 0.07 0.35 0.0 0.18 0.19 0.19 0.23 0.04 0.13 0.0 0.0 0.03 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.04 0.21 0.12 0.0 0.17 0.06 0.0 0.23 0.22
AAL20994 (rfbH)
 0.28 0.82 0.39 0.82 0.74 0.51 1.0 0.42 0.51 0.52 0.36 0.41 0.35 0.43 0.69 0.3 0.64 0.31 0.36 0.38 0.06 0.17 0.69 0.37 0.08 0.43 0.42 0.28 0.47 0.34 0.16 0.62 0.56 0.22 0.6 0.42 0.4 0.65 0.64
AAL20995 (rfbG)
 0.24 0.87 0.35 0.61 0.94 0.44 0.73 0.42 0.61 0.42 0.59 0.43 0.43 0.44 0.42 0.42 0.45 0.32 0.36 0.39 0.08 0.09 1.0 0.41 0.1 0.42 0.37 0.29 0.43 0.21 0.19 0.75 0.59 0.35 0.45 0.33 0.64 0.87 0.77
AAL20996 (rfbF)
 0.14 0.59 0.37 0.46 0.94 0.26 0.66 0.38 0.49 0.36 0.42 0.35 0.47 0.39 0.53 0.31 0.29 0.33 0.26 0.32 0.06 0.08 0.75 0.25 0.08 0.31 0.28 0.26 0.46 0.22 0.27 0.76 0.6 0.29 0.27 0.27 0.3 1.0 0.73
AAL20997 (rfbI)
 0.19 1.0 0.25 0.41 0.53 0.18 1.0 0.36 0.34 0.25 0.3 0.3 0.28 0.3 0.45 0.28 0.48 0.33 0.41 0.42 0.06 0.12 0.77 0.43 0.09 0.29 0.29 0.18 0.36 0.25 0.11 0.4 0.49 0.25 0.56 0.17 0.69 0.55 0.39
AAL20998 (rfbC)
 0.17 0.94 0.21 0.41 0.45 0.17 1.0 0.34 0.31 0.25 0.23 0.26 0.22 0.27 0.69 0.28 0.54 0.4 0.41 0.44 0.06 0.13 0.76 0.29 0.09 0.24 0.25 0.23 0.43 0.25 0.11 0.32 0.53 0.22 0.66 0.15 0.46 0.49 0.3
AAL21134 (oafA)
 0.17 0.87 0.08 0.24 0.09 0.09 0.44 0.19 0.15 0.15 0.15 0.15 0.07 0.22 0.36 0.0 1.0 0.21 0.22 0.23 0.01 0.09 0.0 0.0 0.02 0.16 0.2 0.11 0.08 0.24 0.04 0.12 0.09 0.0 0.64 0.14 0.0 0.08 0.09
AAL21140 (STM2238)
 0.07 1.0 0.1 0.14 0.1 0.14 0.48 0.17 0.24 0.34 0.18 0.1 0.04 0.04 0.73 0.0 0.61 0.19 0.19 0.22 0.03 0.23 0.0 0.0 0.03 0.11 0.14 0.12 0.05 0.38 0.11 0.24 0.04 0.0 0.53 0.2 0.0 0.04 0.2
AAL21182 (STM2281)
 0.14 0.46 0.05 0.17 0.07 0.03 0.04 0.12 0.21 0.08 0.18 0.08 0.04 0.02 1.0 0.07 0.27 0.1 0.09 0.12 0.02 0.09 0.12 0.19 0.03 0.08 0.05 0.13 0.02 0.02 0.23 0.09 0.02 0.05 0.62 0.04 0.43 0.06 0.09
AAL21402 (STM2508)
 0.4 0.71 0.55 0.14 0.2 0.03 0.19 0.24 0.2 0.13 0.63 0.04 1.0 0.21 0.23 0.68 0.13 0.47 0.4 0.57 0.12 0.14 0.99 0.04 0.26 0.13 0.18 0.32 0.26 0.16 0.36 0.32 0.26 0.84 0.58 0.11 0.06 0.28 0.53
AAL21478 (gogB)
 0.13 0.68 0.13 0.05 0.04 0.05 0.65 0.2 0.03 0.08 0.05 0.03 0.06 0.11 0.52 0.0 0.0 0.19 0.21 0.24 0.41 1.0 0.0 0.0 0.39 0.02 0.0 0.06 0.02 0.08 0.07 0.1 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.06
AAL21628 (STM2742)
 0.37 1.0 0.21 0.31 0.2 0.07 0.66 0.29 0.4 0.4 0.71 0.32 0.22 0.23 0.98 0.0 0.5 0.63 0.55 0.7 0.05 0.21 0.0 0.0 0.07 0.38 0.49 0.47 0.25 0.6 0.22 0.21 0.29 0.0 0.62 0.56 0.0 0.17 0.33
AAL21629 (STM2743)
 0.32 1.0 0.26 0.25 0.12 0.03 0.75 0.35 0.17 0.25 0.41 0.04 0.28 0.17 0.8 0.0 0.38 0.69 0.62 0.91 0.12 0.34 0.0 0.0 0.12 0.12 0.12 0.33 0.21 0.29 0.16 0.23 0.19 0.0 0.16 0.17 0.0 0.19 0.33
AAL21632 (STM2746)
 0.09 0.74 0.05 0.08 0.07 0.04 0.58 0.15 0.04 0.15 0.05 0.12 0.09 0.02 1.0 0.0 0.04 0.14 0.14 0.19 0.08 0.26 0.0 0.0 0.13 0.02 0.09 0.11 0.06 0.25 0.11 0.11 0.06 0.0 0.01 0.12 0.0 0.05 0.15
AAL21633 (STM2747)
 0.1 1.0 0.08 0.09 0.12 0.06 0.34 0.13 0.05 0.14 0.08 0.18 0.08 0.05 0.54 0.0 0.04 0.06 0.09 0.08 0.07 0.4 0.0 0.0 0.13 0.02 0.12 0.16 0.07 0.33 0.07 0.26 0.09 0.0 0.02 0.12 0.0 0.05 0.29
AAL21640 (STM2754)
 0.06 0.46 0.05 0.09 0.1 0.03 0.22 0.13 0.09 0.17 0.1 0.05 0.1 0.08 1.0 0.0 0.75 0.37 0.26 0.39 0.01 0.15 0.0 0.0 0.03 0.06 0.08 0.11 0.03 0.06 0.04 0.11 0.03 0.0 0.65 0.08 0.0 0.06 0.18
AAL21652 (STM2766)
 0.11 1.0 0.08 0.11 0.12 0.12 0.38 0.12 0.09 0.16 0.09 0.15 0.05 0.03 0.36 0.0 0.28 0.06 0.1 0.08 0.07 0.16 0.0 0.0 0.05 0.03 0.2 0.12 0.13 0.33 0.11 0.14 0.12 0.0 0.18 0.17 0.0 0.03 0.18
AAL21653 (STM2767)
 0.09 0.73 0.06 0.12 0.08 0.07 0.84 0.15 0.08 0.13 0.1 0.1 0.05 0.06 1.0 0.0 0.36 0.21 0.22 0.25 0.05 0.11 0.0 0.0 0.03 0.05 0.15 0.11 0.07 0.24 0.09 0.1 0.06 0.0 0.27 0.16 0.0 0.05 0.13
AAL21656 (fljA)
 0.03 0.4 0.07 0.02 0.0 0.0 0.01 0.18 0.06 0.01 0.05 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.14 1.0 0.03 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.01 0.04 0.0 0.0 0.02 0.08 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0
AAL21782 (STM2902)
 0.24 1.0 0.22 0.12 0.12 0.03 0.38 0.33 0.09 0.23 0.31 0.08 0.22 0.27 0.75 0.0 0.23 0.48 0.31 0.56 0.07 0.27 0.0 0.0 0.06 0.09 0.28 0.22 0.16 0.19 0.09 0.24 0.14 0.0 0.07 0.27 0.0 0.13 0.29
AAL22497 (lpfD)
 0.36 1.0 0.39 0.17 0.3 0.02 0.55 0.13 0.11 0.11 0.17 0.06 0.47 0.11 0.74 0.16 0.08 0.61 0.61 0.95 0.06 0.09 0.08 0.02 0.06 0.1 0.05 0.36 0.12 0.05 0.17 0.45 0.17 0.1 0.09 0.05 0.02 0.35 0.45
AAL22572 (rfaL)
 0.21 1.0 0.07 0.27 0.16 0.26 0.48 0.19 0.09 0.2 0.1 0.41 0.1 0.21 0.62 0.18 0.52 0.14 0.18 0.17 0.04 0.14 0.34 0.26 0.04 0.14 0.14 0.16 0.13 0.27 0.05 0.15 0.13 0.16 0.64 0.12 0.51 0.09 0.28
AAL22574 (rfaZ)
 0.52 0.89 0.18 0.18 0.23 0.34 0.36 0.23 0.09 0.16 0.11 0.2 0.36 0.14 0.18 0.24 0.11 0.06 0.09 0.1 0.16 0.28 0.61 0.43 0.22 0.18 0.18 0.27 0.21 0.53 0.07 0.25 0.21 0.18 0.12 0.19 1.0 0.18 0.3
AAL22575 (rfaY)
 0.32 0.95 0.08 0.22 0.21 0.37 0.81 0.26 0.07 0.15 0.08 0.17 0.14 0.12 0.75 0.15 0.33 0.24 0.22 0.29 0.04 0.11 0.56 0.92 0.05 0.07 0.12 0.15 0.14 0.35 0.06 0.14 0.15 0.16 0.44 0.13 1.0 0.13 0.13
AAL22576 (rfaJ)
 0.15 0.99 0.12 0.18 0.15 0.41 0.43 0.19 0.1 0.17 0.11 0.18 0.12 0.08 0.29 0.12 0.21 0.14 0.17 0.2 0.04 0.22 0.34 0.52 0.06 0.11 0.13 0.13 0.16 0.37 0.05 0.12 0.13 0.12 0.23 0.13 1.0 0.12 0.1
AAL22577 (rfaI)
 0.21 0.76 0.15 0.22 0.2 0.32 0.43 0.23 0.17 0.19 0.21 0.21 0.15 0.14 0.34 0.16 0.36 0.15 0.19 0.2 0.05 0.23 0.48 0.58 0.07 0.18 0.18 0.19 0.22 0.56 0.11 0.14 0.22 0.18 0.34 0.15 1.0 0.16 0.13
AAL22578 (rfaB)
 0.18 0.6 0.08 0.11 0.13 0.12 0.31 0.17 0.1 0.11 0.13 0.15 0.09 0.08 0.28 0.08 0.15 0.12 0.13 0.14 0.03 0.16 0.23 0.48 0.05 0.11 0.12 0.09 0.11 0.18 0.06 0.11 0.12 0.07 0.15 0.08 1.0 0.08 0.08
AAL22579 (yibR)
 0.2 1.0 0.14 0.09 0.19 0.13 0.17 0.13 0.17 0.14 0.18 0.15 0.12 0.1 0.04 0.08 0.04 0.04 0.02 0.04 0.13 0.22 0.34 0.06 0.1 0.07 0.12 0.13 0.17 0.31 0.09 0.14 0.14 0.08 0.04 0.1 0.07 0.17 0.09
AAL22703 (STM3845)
 0.22 1.0 0.09 0.07 0.1 0.02 0.46 0.14 0.06 0.09 0.1 0.16 0.29 0.06 0.37 0.0 0.11 0.12 0.11 0.2 0.02 0.06 0.0 0.0 0.03 0.07 0.0 0.14 0.07 0.38 0.03 0.21 0.06 0.0 0.09 0.0 0.0 0.07 0.36
AAL22704 (STM3846)
 0.18 1.0 0.06 0.04 0.08 0.01 0.17 0.09 0.04 0.11 0.05 0.11 0.06 0.06 0.2 0.0 0.02 0.04 0.06 0.05 0.03 0.06 0.0 0.0 0.03 0.02 0.0 0.09 0.06 0.23 0.05 0.11 0.05 0.0 0.01 0.0 0.0 0.04 0.17
AAL22983 (STM4155)
 0.29 0.57 0.03 0.04 0.11 0.22 0.13 0.08 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03 0.06 0.04 0.12 0.06 0.05 0.07 0.07 0.01 0.13 0.11 0.27 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.04 0.05 0.01 1.0 0.07 0.12
AAL22984 (STM4156)
 0.32 0.52 0.01 0.03 0.1 0.13 0.1 0.09 0.04 0.01 0.1 0.06 0.06 0.1 0.02 0.11 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.07 0.22 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 1.0 0.08 0.17
AAL22985 (STM4157)
 0.19 0.67 0.09 0.06 0.05 0.11 0.28 0.21 0.08 0.1 0.14 0.03 0.06 0.25 0.3 0.65 0.27 0.1 0.08 0.12 0.48 1.0 0.21 0.05 0.38 0.15 0.0 0.09 0.08 0.08 0.03 0.08 0.07 0.11 0.2 0.0 0.05 0.07 0.15
AAL23028 (STM4204)
 0.37 0.79 0.16 0.22 0.25 0.06 0.37 0.28 0.51 0.2 0.72 0.27 0.12 0.22 0.41 0.0 1.0 0.31 0.39 0.46 0.04 0.11 0.0 0.0 0.09 0.4 0.31 0.25 0.22 0.51 0.1 0.17 0.23 0.0 0.43 0.19 0.0 0.23 0.22
AAL23313 (STM4495)
 0.16 0.77 0.14 0.23 0.22 0.18 0.6 0.23 0.18 0.25 0.14 0.35 0.16 0.14 1.0 0.0 0.19 0.17 0.2 0.24 0.03 0.14 0.0 0.0 0.03 0.11 0.0 0.15 0.15 0.07 0.08 0.3 0.16 0.0 0.23 0.0 0.0 0.11 0.26
AAL23342 (hsdS)
 0.14 0.98 0.06 0.16 0.12 0.09 0.47 0.23 0.07 0.18 0.08 0.26 0.08 0.15 1.0 0.0 0.15 0.17 0.16 0.2 0.09 0.15 0.0 0.05 0.07 0.1 0.2 0.19 0.14 0.06 0.05 0.13 0.1 0.0 0.29 0.22 0.2 0.12 0.15
AAL23445 (repC)
 0.19 0.69 0.29 0.29 0.18 0.03 0.86 0.42 0.03 0.23 0.03 0.08 0.39 0.15 1.0 0.21 0.31 0.62 0.64 0.95 0.06 0.15 0.25 0.07 0.09 0.09 0.0 0.18 0.09 0.31 0.36 0.32 0.11 0.21 0.38 0.0 0.07 0.23 0.31
AAL23505 (traS)
 0.23 0.64 0.51 0.18 0.38 0.09 0.49 0.43 0.09 0.4 0.08 0.04 0.61 0.59 0.5 0.0 0.32 0.68 0.54 0.83 0.1 0.33 0.0 0.0 0.32 0.09 0.0 0.24 0.14 0.02 0.34 0.55 0.11 0.0 0.14 0.0 0.0 0.65 1.0

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)