1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_40 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
ATCC_14028
SL1344
ATCC_14028,E-stationary,WT
14028s
ATCC_14028,Log,rpsL*_mut
14028s,mLPM
opgGH_mut
LT2
Florfenicol
NCTC_12023,37_C
Chlortetracycline
SL1344,NarS_defic
ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut
LT2,ridA
fliA_del
High-patho
LT2,Cell_susp_cult
14028s,hilC_del,pBAD24
14028s,sprB_del,pBAD24
14028s,pBAD24
gastro
hfq_mut
Low-patho,42C
plank_cells
ATCC_14028,gastro
Typh_14028s,Expo_phase
biofilm,cpxR_mut
14028s,typhoid
14028s,rtcR
Typh_14028s
infection
ATCC_14028,Log,WT
14028s,rtcB
High-patho,42C
LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C
plank_cells,cpxR_mut
biofilm
ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut
ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19321 (prpR)
 0.06 0.37 0.15 0.1 0.03 0.02 0.04 0.1 0.23 0.26 0.24 0.01 0.12 0.09 0.05 0.13 0.92 0.25 0.2 0.33 0.06 0.18 0.04 0.4 0.07 0.18 0.06 0.11 0.03 0.08 0.14 0.03 0.03 0.11 1.0 0.04 0.85 0.11 0.04
AAL19446 (ybaL)
 0.36 0.56 0.24 0.22 0.13 0.06 0.12 0.46 0.22 0.49 0.33 0.18 0.38 0.59 0.38 0.11 0.22 0.32 0.33 0.58 0.67 1.0 0.04 0.39 0.4 0.27 0.11 0.34 0.24 0.06 0.18 0.13 0.23 0.09 0.22 0.15 0.53 0.23 0.27
AAL19552 (ybdD)
 0.1 0.31 1.0 0.09 0.16 0.11 0.13 0.45 0.12 0.19 0.14 0.01 0.43 0.72 0.04 0.33 0.21 0.26 0.44 0.44 0.21 0.42 0.08 0.1 0.16 0.13 0.04 0.19 0.08 0.03 0.18 0.14 0.11 0.25 0.29 0.05 0.12 0.33 0.11
AAL19614 (gltK)
 0.08 0.6 0.47 0.31 0.22 0.05 0.1 0.57 0.08 0.37 0.07 0.03 0.56 0.78 0.07 0.21 0.37 0.34 0.29 0.41 0.06 0.51 0.06 0.28 0.05 0.26 0.07 0.09 1.0 0.02 0.09 0.15 0.95 0.1 0.45 0.03 0.38 0.57 0.21
AAL19615 (gltJ)
 0.12 0.66 0.55 0.32 0.2 0.06 0.15 0.7 0.1 0.39 0.08 0.03 0.72 1.0 0.04 0.19 0.37 0.46 0.35 0.53 0.03 0.55 0.04 0.22 0.05 0.29 0.08 0.09 0.91 0.01 0.12 0.18 0.87 0.1 0.36 0.02 0.41 0.63 0.25
AAL19725 (hutI)
 0.28 0.52 1.0 0.26 0.36 0.1 0.12 0.33 0.36 0.63 0.29 0.13 0.58 0.25 0.34 0.11 0.51 0.34 0.35 0.47 0.21 0.43 0.06 0.27 0.26 0.41 0.12 0.4 0.1 0.03 0.17 0.44 0.09 0.09 0.33 0.23 0.31 0.46 0.28
AAL19726 (hutG)
 0.19 0.52 1.0 0.19 0.28 0.09 0.08 0.36 0.24 0.41 0.24 0.12 0.7 0.25 0.35 0.11 0.41 0.35 0.27 0.43 0.36 0.4 0.04 0.25 0.33 0.34 0.14 0.27 0.07 0.03 0.1 0.34 0.06 0.07 0.32 0.21 0.26 0.34 0.26
AAL19727 (hutC)
 0.26 0.44 1.0 0.12 0.33 0.05 0.1 0.23 0.25 0.3 0.38 0.08 0.8 0.26 0.36 0.11 0.16 0.18 0.16 0.23 0.17 0.29 0.04 0.19 0.26 0.24 0.09 0.31 0.06 0.03 0.14 0.38 0.05 0.09 0.18 0.11 0.41 0.35 0.34
AAL19800 (deoR)
 0.36 0.55 0.35 0.19 0.22 0.12 0.46 0.58 0.24 0.27 0.37 0.36 0.48 0.96 0.39 0.36 0.21 0.38 0.5 0.58 0.29 1.0 0.19 0.29 0.35 0.46 0.27 0.4 0.3 0.12 0.25 0.26 0.32 0.31 0.26 0.22 0.38 0.17 0.43
AAL19801 (ybjG)
 0.27 0.61 0.36 0.15 0.36 0.21 0.17 0.37 0.14 0.23 0.2 0.17 0.36 0.63 0.12 0.46 0.12 0.17 0.24 0.26 0.41 1.0 0.2 0.24 0.46 0.44 0.2 0.54 0.34 0.04 0.16 0.38 0.34 0.15 0.12 0.12 0.37 0.14 0.5
AAL19876 (ybjX)
 0.23 0.4 0.52 0.25 0.25 0.17 0.73 0.55 0.13 0.15 0.16 0.24 0.27 0.7 0.85 0.6 0.31 0.85 1.0 0.98 0.25 0.23 0.4 0.18 0.28 0.54 0.27 0.34 0.28 0.23 0.37 0.22 0.28 0.54 0.38 0.17 0.18 0.15 0.22
AAL19889 (STM0954)
 0.39 0.59 0.12 0.12 0.12 0.04 0.43 0.48 0.13 0.11 0.27 0.16 0.38 0.69 0.55 0.17 0.28 0.35 0.33 0.48 0.03 0.71 0.21 0.45 0.08 0.18 0.17 0.25 0.13 0.21 0.15 0.22 0.15 0.21 0.45 0.15 1.0 0.08 0.37
AAL20195 (yeaS)
 0.38 0.8 0.34 0.26 0.28 0.24 0.44 0.61 0.22 0.35 0.2 0.46 0.3 0.98 0.42 0.71 0.41 0.77 0.79 1.0 0.69 0.57 0.65 0.44 0.52 0.47 0.52 0.64 0.42 0.06 0.24 0.29 0.45 0.68 0.48 0.49 0.45 0.18 0.48
AAL20201 (STM1276)
 0.21 0.43 0.39 0.15 0.12 0.06 0.12 0.34 0.17 0.24 0.22 0.13 0.23 0.34 0.34 0.23 0.1 0.3 0.4 0.39 0.52 1.0 0.09 0.18 0.62 0.22 0.19 0.18 0.24 0.04 0.18 0.18 0.19 0.09 0.11 0.21 0.3 0.13 0.15
AAL20232 (astE)
 0.04 0.57 0.71 0.06 0.34 0.02 0.03 0.26 0.04 0.18 0.07 0.02 0.94 0.13 0.02 0.15 0.04 0.15 0.13 0.18 0.12 0.1 0.02 0.41 0.09 0.12 0.16 0.09 0.09 0.0 0.05 0.11 0.08 0.11 0.02 0.04 0.5 1.0 0.24
AAL20394 (rstA)
 0.17 0.31 0.43 0.15 0.2 0.13 0.37 0.52 0.09 0.23 0.14 0.22 0.45 1.0 0.23 0.27 0.17 0.32 0.29 0.39 0.35 0.38 0.11 0.13 0.4 0.6 0.17 0.24 0.3 0.06 0.19 0.21 0.27 0.16 0.2 0.13 0.18 0.16 0.28
AAL20541 (STM1623)
 0.09 0.37 0.47 0.1 0.26 0.05 0.09 0.24 0.12 0.24 0.11 0.16 1.0 0.38 0.09 0.11 0.07 0.19 0.18 0.19 0.24 0.18 0.04 0.28 0.2 0.26 0.17 0.2 0.14 0.04 0.12 0.15 0.14 0.12 0.1 0.13 0.34 0.31 0.42
AAL20652 (yciC)
 0.36 0.45 0.36 0.31 0.31 0.19 0.37 0.61 0.24 0.28 0.29 0.37 0.48 1.0 0.35 0.42 0.36 0.29 0.26 0.33 0.54 0.91 0.36 0.4 0.45 0.48 0.65 0.41 0.49 0.11 0.22 0.33 0.54 0.31 0.53 0.43 0.58 0.31 0.52
AAL20653 (yciB)
 0.3 0.49 0.34 0.23 0.28 0.15 0.62 0.68 0.14 0.22 0.21 0.3 0.36 0.84 0.31 0.63 0.26 0.25 0.27 0.31 0.99 0.82 0.38 0.34 1.0 0.47 0.56 0.37 0.42 0.09 0.24 0.29 0.46 0.45 0.37 0.31 0.43 0.25 0.4
AAL20762 (yebR)
 0.36 0.36 0.35 0.28 0.33 0.13 0.42 0.7 0.2 0.27 0.25 0.24 0.32 1.0 0.76 0.23 0.35 0.34 0.26 0.36 0.32 0.73 0.15 0.26 0.42 0.51 0.22 0.29 0.35 0.14 0.18 0.35 0.43 0.17 0.41 0.3 0.28 0.26 0.4
AAL21088 (sanA)
 0.59 0.97 0.63 0.36 0.47 0.09 0.62 0.68 0.58 0.72 0.99 0.7 0.89 0.68 0.8 0.56 0.44 0.57 0.83 0.7 0.19 0.6 0.38 0.47 0.27 0.51 0.33 0.58 0.49 0.26 0.37 0.87 0.5 0.57 0.42 0.35 0.59 0.44 1.0
AAL21099 (STM2195)
 0.08 0.35 0.09 0.05 0.04 0.08 0.08 0.22 0.06 0.09 0.09 0.04 0.11 0.28 0.09 0.1 0.05 0.1 0.13 0.13 0.1 1.0 0.07 0.12 0.08 0.07 0.07 0.1 0.07 0.01 0.22 0.07 0.06 0.08 0.11 0.06 0.16 0.07 0.11
AAL21197 (ais)
 0.91 0.74 0.38 0.36 0.24 0.1 0.37 0.48 0.07 0.1 0.08 0.1 0.23 0.62 0.5 0.29 0.36 0.82 0.76 1.0 0.16 0.17 0.19 0.21 0.31 0.36 0.78 0.41 0.36 0.07 0.09 0.37 0.44 0.07 0.35 0.37 0.46 0.04 0.46
AAL21198 (yfbE)
 0.5 0.56 0.88 0.31 0.35 0.35 0.15 0.68 0.11 0.41 0.11 0.14 0.24 1.0 0.34 0.28 0.27 0.43 0.53 0.55 0.21 0.68 0.09 0.16 0.27 0.74 0.52 0.61 0.51 0.1 0.15 0.42 0.54 0.05 0.14 0.3 0.28 0.06 0.45
AAL21199 (pmrF)
 0.36 0.7 0.84 0.33 0.24 0.8 0.2 0.63 0.1 0.5 0.07 0.13 0.12 1.0 0.38 0.32 0.27 0.34 0.47 0.47 0.2 0.91 0.12 0.18 0.23 0.58 0.34 0.33 0.37 0.07 0.12 0.22 0.41 0.06 0.14 0.19 0.33 0.07 0.23
AAL21200 (yfbG)
 0.24 0.47 0.68 0.29 0.2 1.0 0.09 0.49 0.08 0.38 0.05 0.11 0.07 0.84 0.15 0.27 0.08 0.16 0.21 0.22 0.21 0.56 0.13 0.11 0.19 0.45 0.29 0.3 0.47 0.04 0.1 0.19 0.48 0.05 0.05 0.14 0.21 0.05 0.15
AAL21201 (STM2300)
 0.28 0.52 0.63 0.26 0.18 1.0 0.09 0.49 0.07 0.26 0.05 0.13 0.09 0.83 0.16 0.17 0.09 0.15 0.24 0.25 0.17 0.72 0.07 0.13 0.16 0.45 0.27 0.25 0.41 0.04 0.09 0.22 0.46 0.03 0.06 0.12 0.24 0.05 0.18
AAL21202 (pqaB)
 0.25 0.7 0.44 0.23 0.17 0.62 0.23 0.61 0.08 0.26 0.1 0.18 0.13 1.0 0.25 0.37 0.19 0.31 0.34 0.4 0.3 0.85 0.2 0.53 0.26 0.36 0.48 0.28 0.35 0.05 0.16 0.23 0.41 0.1 0.21 0.2 0.76 0.06 0.23
AAL21249 (yfcF)
 0.17 0.42 0.65 0.24 0.19 0.26 0.41 0.58 0.17 0.23 0.16 0.09 0.55 1.0 0.28 0.24 0.27 0.37 0.33 0.46 0.6 0.5 0.07 0.27 0.58 0.37 0.24 0.31 0.47 0.01 0.21 0.32 0.39 0.1 0.26 0.21 0.46 0.27 0.39
AAL21341 (STM2447)
 0.21 0.3 0.25 0.18 0.2 0.25 0.2 0.36 0.35 0.3 0.53 0.25 0.22 0.46 0.29 0.11 0.17 0.23 0.27 0.24 0.34 1.0 0.29 0.28 0.43 0.32 0.2 0.34 0.17 0.05 0.2 0.19 0.15 0.08 0.17 0.19 0.39 0.29 0.18
AAL21386 (STM2492)
 0.67 0.97 0.61 0.2 0.37 0.07 0.46 0.58 0.34 0.5 0.5 0.31 0.56 0.91 0.2 0.05 0.16 0.13 0.2 0.19 0.14 1.0 0.02 0.26 0.24 0.32 0.26 0.43 0.36 0.03 0.16 0.61 0.35 0.03 0.4 0.25 0.46 0.34 0.84
AAL21669 (tctE)
 0.14 0.66 0.71 0.18 0.28 0.06 0.15 0.45 0.4 0.45 0.48 0.06 0.64 0.66 0.2 0.14 0.72 0.43 0.39 0.55 0.07 0.39 0.07 0.62 0.12 0.24 0.1 0.21 0.1 0.08 0.25 0.26 0.09 0.13 0.71 0.11 1.0 0.55 0.23
AAL21675 (ygaF)
 0.02 0.37 0.76 0.03 0.07 0.1 0.02 0.06 0.03 0.11 0.05 0.01 1.0 0.07 0.01 0.02 0.06 0.11 0.08 0.11 0.11 0.16 0.0 0.16 0.06 0.17 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.25 0.32 0.05
AAL21678 (gabP)
 0.03 0.37 0.68 0.03 0.14 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.06 0.01 1.0 0.05 0.02 0.1 0.03 0.05 0.06 0.08 0.11 0.16 0.02 0.52 0.13 0.07 0.04 0.09 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.15 0.03 0.03 0.74 0.26 0.1
AAL21679 (ygaE)
 0.18 0.44 0.56 0.1 0.15 0.11 0.12 0.14 0.13 0.1 0.25 0.04 1.0 0.18 0.11 0.28 0.07 0.22 0.24 0.27 0.37 0.2 0.02 0.32 0.38 0.2 0.1 0.5 0.2 0.02 0.16 0.14 0.18 0.21 0.1 0.07 0.58 0.24 0.25
AAL21681 (yqaE)
 0.17 0.18 1.0 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.87 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.05 0.52 0.35 0.1 0.0 0.03 0.49 0.0 0.05 0.04 0.1 0.0 0.08 0.0 0.04 0.84 0.22 0.22
AAL21836 (relA)
 0.33 0.54 0.62 0.45 0.33 0.37 0.37 0.78 0.33 0.43 0.33 0.25 0.49 1.0 0.62 0.32 0.39 0.58 0.53 0.63 0.54 0.78 0.23 0.25 0.37 0.55 0.27 0.5 0.7 0.1 0.37 0.46 0.57 0.21 0.34 0.23 0.37 0.42 0.79
AAL22001 (STM3127)
 0.14 0.46 0.56 0.18 0.24 0.33 0.17 0.28 0.29 0.2 0.51 0.08 0.32 0.31 0.18 0.26 0.15 0.14 0.14 0.17 0.23 0.17 0.15 0.51 0.32 0.24 0.15 0.22 0.24 0.13 0.18 0.22 0.21 0.22 0.1 0.15 1.0 0.32 0.19
AAL22078 (cca)
 0.23 0.34 0.32 0.17 0.17 0.07 0.18 0.31 0.17 0.2 0.29 0.19 0.5 0.38 0.5 0.1 0.14 0.23 0.22 0.26 0.28 1.0 0.14 0.22 0.27 0.22 0.21 0.34 0.19 0.04 0.19 0.25 0.19 0.07 0.14 0.19 0.32 0.17 0.32
AAL22098 (ygjU)
 0.23 0.52 0.35 0.25 0.15 0.09 0.07 0.48 0.2 0.33 0.12 0.2 0.58 1.0 0.14 0.12 0.26 0.28 0.25 0.33 0.06 0.34 0.04 0.18 0.15 0.27 0.09 0.18 0.7 0.01 0.11 0.24 0.75 0.08 0.16 0.07 0.25 0.24 0.53
AAL22099 (yqjA)
 0.34 0.43 0.46 0.16 0.18 0.1 0.14 0.55 0.24 0.21 0.31 0.19 0.39 0.68 0.23 0.28 0.15 0.19 0.19 0.25 0.26 1.0 0.23 0.28 0.39 0.42 0.11 0.31 0.35 0.07 0.26 0.27 0.33 0.21 0.21 0.1 0.32 0.2 0.32
AAL22100 (yqjB)
 0.5 0.42 0.52 0.23 0.33 0.12 0.11 0.77 0.29 0.24 0.25 0.27 0.45 1.0 0.17 0.51 0.12 0.15 0.12 0.16 0.37 0.8 0.45 0.21 0.38 0.54 0.18 0.46 0.55 0.13 0.19 0.39 0.56 0.43 0.24 0.15 0.22 0.33 0.48
AAL22266 (yrdD)
 0.45 0.86 0.71 0.28 0.36 0.08 0.28 0.59 0.3 0.33 0.34 0.31 0.81 0.94 0.29 0.48 0.17 0.33 0.32 0.43 0.37 1.0 0.37 0.28 0.36 0.35 0.38 0.59 0.51 0.1 0.29 0.65 0.43 0.45 0.23 0.26 0.39 0.31 0.9
AAL22867 (yihZ)
 0.27 0.45 0.16 0.27 0.09 0.27 0.37 0.33 0.1 0.2 0.12 0.31 0.12 0.48 0.68 0.14 0.21 0.23 0.24 0.32 0.37 1.0 0.09 0.26 0.3 0.4 0.33 0.18 0.28 0.04 0.05 0.15 0.26 0.08 0.34 0.22 0.55 0.09 0.17
AAL22868 (yiiD)
 0.31 0.45 0.51 0.28 0.19 0.42 0.4 0.55 0.21 0.27 0.36 0.2 0.26 1.0 0.68 0.33 0.31 0.38 0.37 0.37 0.42 0.96 0.19 0.27 0.29 0.45 0.35 0.33 0.28 0.03 0.15 0.25 0.25 0.16 0.52 0.26 0.56 0.27 0.3
AAL22957 (yijP)
 0.17 0.57 0.16 0.29 0.24 0.18 0.49 0.58 0.2 0.2 0.2 0.49 0.12 1.0 0.39 0.22 0.28 0.33 0.44 0.38 0.11 0.76 0.14 0.24 0.16 0.69 0.75 0.28 0.43 0.06 0.14 0.21 0.53 0.11 0.48 0.31 0.45 0.25 0.27
AAL23115 (basS)
 0.47 0.45 0.82 0.25 0.4 0.37 0.22 0.52 0.18 0.29 0.21 0.27 0.29 0.72 0.28 0.32 0.24 0.14 0.16 0.19 0.21 1.0 0.1 0.26 0.23 0.71 0.28 0.34 0.27 0.09 0.13 0.33 0.26 0.09 0.36 0.24 0.41 0.16 0.29
AAL23116 (basR)
 0.29 0.43 1.0 0.34 0.36 0.48 0.27 0.53 0.26 0.45 0.22 0.26 0.32 0.74 0.39 0.4 0.35 0.26 0.3 0.34 0.33 0.65 0.13 0.31 0.26 0.96 0.31 0.41 0.28 0.04 0.16 0.27 0.24 0.12 0.4 0.34 0.39 0.18 0.27
AAL23117 (yjdB)
 0.34 0.59 0.52 0.32 0.34 0.18 0.34 0.47 0.12 0.25 0.13 0.3 0.22 0.69 0.65 0.5 0.5 0.23 0.28 0.32 0.06 0.67 0.24 0.38 0.09 1.0 0.33 0.59 0.27 0.11 0.11 0.23 0.26 0.14 0.72 0.29 0.61 0.1 0.42
AAL23218 (cycA)
 1.0 0.66 0.64 0.24 0.3 0.12 0.15 0.41 0.36 0.37 0.3 0.25 0.66 0.67 0.11 0.23 0.35 0.26 0.28 0.32 0.12 0.41 0.1 0.46 0.21 0.44 0.56 0.34 0.45 0.04 0.19 0.26 0.56 0.22 0.5 0.27 0.75 0.4 0.4
AAL23249 (STM4429)
 0.16 0.17 1.0 0.08 0.27 0.1 0.14 0.53 0.32 0.25 0.22 0.0 0.62 0.88 0.28 0.0 0.09 0.03 0.1 0.1 0.28 0.15 0.0 0.0 0.16 0.21 0.0 0.41 0.16 0.19 0.24 0.28 0.11 0.0 0.03 0.0 0.0 0.42 0.4
AAL23359 (mdoB)
 0.2 0.43 0.47 0.15 0.15 0.22 0.2 0.51 0.18 0.22 0.24 0.17 0.31 1.0 0.39 0.28 0.37 0.17 0.19 0.22 0.38 0.97 0.13 0.24 0.33 0.71 0.21 0.21 0.15 0.07 0.24 0.16 0.11 0.16 0.28 0.25 0.29 0.26 0.19
AAL23403 (creB)
 0.2 0.51 0.39 0.24 0.16 0.1 0.15 0.41 0.41 0.32 0.51 0.28 0.27 0.66 0.3 0.09 0.31 0.21 0.24 0.24 0.19 1.0 0.1 0.29 0.22 0.39 0.19 0.37 0.42 0.06 0.15 0.26 0.37 0.06 0.38 0.16 0.47 0.25 0.26

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)