Heatmap: Cluster_43 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene
ATCC_14028
SL1344
ATCC_14028,E-stationary,WT
14028s
ATCC_14028,Log,rpsL*_mut
14028s,mLPM
opgGH_mut
LT2
Florfenicol
NCTC_12023,37_C
Chlortetracycline
SL1344,NarS_defic
ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut
LT2,ridA
fliA_del
High-patho
LT2,Cell_susp_cult
14028s,hilC_del,pBAD24
14028s,sprB_del,pBAD24
14028s,pBAD24
gastro
hfq_mut
Low-patho,42C
plank_cells
ATCC_14028,gastro
Typh_14028s,Expo_phase
biofilm,cpxR_mut
14028s,typhoid
14028s,rtcR
Typh_14028s
infection
ATCC_14028,Log,WT
14028s,rtcB
High-patho,42C
LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C
plank_cells,cpxR_mut
biofilm
ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut
ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19063 (STM0099)
0.05 0.7 0.01 0.02 0.01 0.06 0.18 0.08 0.02 0.09 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.2 0.03 0.04 0.04 0.02 1.0 0.01 0.1 0.22 0.01 0.04 0.05 0.03 0.0 0.01 0.01 0.03 0.02 0.1 0.02 0.21 0.0 0.02
AAL19155 (fhuA)
0.47 0.19 0.18 0.05 0.02 0.21 0.46 0.46 0.08 0.02 0.19 0.01 0.19 1.0 0.01 0.04 0.15 0.1 0.15 0.13 0.3 0.47 0.0 0.11 0.17 0.17 0.03 0.07 0.05 0.03 0.02 0.12 0.01 0.0 0.19 0.03 0.23 0.11 0.51
AAL19264 (STM0307)
0.09 0.17 0.11 0.08 0.08 1.0 0.45 0.18 0.1 0.07 0.17 0.05 0.12 0.08 0.3 0.15 0.1 0.08 0.08 0.09 0.21 0.08 0.22 0.24 0.36 0.07 0.24 0.14 0.05 0.03 0.07 0.09 0.05 0.1 0.28 0.1 0.65 0.07 0.11
AAL19423 (rpmE2)
1.0 0.09 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.02 0.0 0.01 0.0 0.0
AAL19424 (rpmJ2)
1.0 0.94 0.05 0.01 0.05 0.03 0.27 0.02 0.01 0.01 0.01 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.29 0.0 0.05 0.09 0.0 0.03 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.02 0.44 0.02 0.08
AAL19425 (ylaC)
1.0 0.47 0.83 0.15 0.11 0.06 0.53 0.24 0.09 0.16 0.16 0.1 0.97 0.57 0.08 0.41 0.24 0.23 0.24 0.38 0.1 0.64 0.34 0.24 0.44 0.11 0.07 0.16 0.04 0.04 0.34 0.38 0.06 0.49 0.28 0.41 0.22 0.24 0.24
AAL19436 (ybaN)
0.34 0.47 0.21 0.11 0.09 0.14 0.31 0.34 0.12 0.1 0.18 0.08 0.26 0.61 0.05 0.17 0.08 0.12 0.09 0.13 0.49 1.0 0.04 0.45 0.35 0.23 0.22 0.16 0.16 0.03 0.12 0.36 0.11 0.03 0.11 0.28 0.48 0.1 0.51
AAL19536 (fepA)
0.49 0.46 0.04 0.11 0.01 0.25 0.86 0.68 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03 1.0 0.02 0.15 0.03 0.02 0.02 0.03 0.12 0.54 0.01 0.13 0.07 0.06 0.2 0.02 0.02 0.0 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.09 0.42 0.02 0.05
AAL19537 (fes)
0.22 0.61 0.03 0.03 0.0 0.12 0.42 0.66 0.03 0.01 0.1 0.0 0.02 1.0 0.02 0.11 0.05 0.02 0.03 0.03 0.46 0.84 0.0 0.09 0.17 0.08 0.19 0.07 0.02 0.0 0.01 0.05 0.01 0.0 0.04 0.15 0.27 0.01 0.11
AAL19538 (ybdZ)
0.41 0.6 0.02 0.11 0.0 0.53 0.35 0.43 0.01 0.0 0.04 0.01 0.01 0.74 0.0 0.14 0.01 0.0 0.0 0.0 0.22 1.0 0.0 0.06 0.14 0.06 0.16 0.02 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.11 0.24 0.01 0.01
AAL19539 (entF)
0.21 0.39 0.04 0.04 0.01 1.0 0.23 0.45 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.74 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.57 0.0 0.1 0.1 0.04 0.15 0.03 0.03 0.0 0.01 0.01 0.01 0.0 0.01 0.1 0.29 0.02 0.01
AAL19545 (fepB)
0.43 0.25 0.09 0.04 0.02 0.13 0.21 0.52 0.06 0.02 0.14 0.01 0.08 1.0 0.01 0.08 0.06 0.03 0.04 0.03 0.19 0.32 0.0 0.14 0.14 0.15 0.16 0.13 0.05 0.03 0.03 0.08 0.03 0.01 0.06 0.2 0.28 0.03 0.17
AAL19546 (entC)
0.34 0.36 0.02 0.05 0.01 0.15 0.31 0.55 0.04 0.01 0.18 0.01 0.01 1.0 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.0 0.17 0.03 0.07 0.26 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.0 0.03 0.32 0.35 0.02 0.05
AAL19547 (entE)
0.42 0.45 0.05 0.08 0.01 0.5 0.35 0.64 0.04 0.01 0.11 0.01 0.03 1.0 0.01 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.0 0.2 0.04 0.07 0.29 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.0 0.05 0.32 0.4 0.03 0.02
AAL19548 (entB)
0.29 0.31 0.06 0.07 0.01 1.0 0.27 0.39 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.62 0.01 0.1 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.0 0.2 0.03 0.05 0.24 0.02 0.02 0.0 0.01 0.02 0.01 0.0 0.03 0.33 0.38 0.04 0.02
AAL19549 (entA)
0.47 0.43 0.08 0.09 0.03 1.0 0.21 0.5 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.87 0.01 0.09 0.04 0.01 0.02 0.02 0.07 0.11 0.0 0.2 0.05 0.06 0.36 0.04 0.04 0.0 0.01 0.04 0.02 0.0 0.03 0.49 0.41 0.06 0.03
AAL19550 (ybdB)
0.96 0.34 0.1 0.25 0.04 0.84 0.46 0.68 0.04 0.03 0.04 0.02 0.06 1.0 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.04 0.05 0.1 0.0 0.19 0.04 0.05 0.31 0.04 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.0 0.06 0.48 0.46 0.07 0.04
AAL19729 (ybhB)
0.15 0.33 0.51 0.15 0.11 1.0 0.24 0.24 0.09 0.16 0.09 0.11 0.48 0.33 0.2 0.08 0.09 0.13 0.09 0.12 0.72 0.36 0.01 0.09 0.75 0.31 0.32 0.17 0.16 0.03 0.07 0.11 0.11 0.04 0.06 0.2 0.17 0.14 0.17
AAL19798 (yliJ)
0.19 0.44 0.49 0.29 0.15 0.39 0.74 0.39 0.26 0.48 0.29 0.13 0.35 0.44 0.72 0.15 0.4 0.67 0.53 0.69 0.27 0.26 0.08 0.36 0.44 0.51 1.0 0.54 0.28 0.04 0.45 0.26 0.24 0.12 0.28 0.8 0.65 0.23 0.27
AAL19894 (lrp)
0.39 0.38 0.28 0.37 0.14 0.35 0.48 0.61 0.2 0.38 0.24 0.2 0.18 0.83 1.0 0.2 0.99 0.4 0.32 0.42 0.08 0.37 0.27 0.18 0.08 0.25 0.21 0.3 0.24 0.09 0.15 0.17 0.25 0.19 0.51 0.22 0.19 0.18 0.21
AAL19930 (ycbK)
0.14 0.45 0.38 0.21 0.27 0.2 0.98 0.66 0.18 0.54 0.21 0.21 0.42 1.0 0.6 0.27 0.27 0.62 0.69 0.81 0.27 0.73 0.55 0.3 0.28 0.31 0.23 0.34 0.2 0.03 0.3 0.2 0.17 0.36 0.52 0.16 0.4 0.29 0.34
AAL20133 (fhuE)
0.41 0.46 0.08 0.08 0.06 0.34 0.35 0.57 0.06 0.02 0.1 0.03 0.1 0.83 0.02 0.23 0.03 0.04 0.04 0.05 0.31 1.0 0.04 0.36 0.16 0.07 0.3 0.07 0.05 0.01 0.04 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 1.0 0.04 0.18
AAL20188 (STM1263)
1.0 0.25 0.02 0.17 0.02 0.0 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.0 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.35 0.01 0.0 0.01 0.45 0.01 0.14 0.01 0.06 0.02 0.02
AAL20268 (nlpC)
0.39 0.57 0.32 0.25 0.31 0.16 0.45 0.4 0.22 0.39 0.26 0.11 0.59 0.48 0.6 0.16 0.22 0.53 0.31 0.56 0.37 1.0 0.2 0.36 0.39 0.87 0.13 0.25 0.33 0.15 0.15 0.14 0.32 0.1 0.17 0.11 0.48 0.45 0.35
AAL20283 (aroD)
0.35 0.75 0.74 0.55 0.37 0.32 0.57 0.78 0.48 0.61 0.51 0.29 0.48 0.71 1.0 0.37 0.84 0.56 0.56 0.69 0.21 0.64 0.31 0.31 0.26 0.8 0.55 0.52 0.74 0.1 0.25 0.43 0.72 0.3 0.69 0.37 0.44 0.51 0.51
AAL20504 (STM1586)
0.22 0.08 0.04 0.06 0.01 1.0 0.12 0.16 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.33 0.01 0.07 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.1 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.1 0.16 0.02 0.07
AAL20521 (yncJ)
0.04 0.13 0.01 0.02 0.01 0.26 0.09 0.28 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.09 0.06 0.11 0.19 0.09 0.23 1.0 0.27 0.1 0.14 0.81 0.03 0.02 0.11 0.03 0.02 0.27 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.2 0.0 0.01
AAL20526 (tehB)
0.23 0.48 0.73 0.43 0.58 0.35 0.85 0.53 0.31 1.0 0.36 0.32 0.53 0.63 0.7 0.58 0.95 0.43 0.37 0.48 0.22 0.32 0.64 0.31 0.25 0.46 0.39 0.57 0.33 0.09 0.25 0.47 0.28 0.65 0.99 0.27 0.53 0.73 0.54
AAL20556 (STM1638)
0.18 0.22 0.13 0.22 0.19 0.16 0.21 0.68 0.1 0.3 0.14 0.08 0.09 1.0 0.26 0.05 0.35 0.21 0.26 0.3 0.01 0.13 0.09 0.15 0.02 0.42 0.1 0.08 0.26 0.07 0.05 0.17 0.23 0.08 0.5 0.08 0.25 0.25 0.21
AAL20567 (STM1649)
0.2 0.06 0.3 0.04 0.21 0.15 0.1 0.02 0.22 0.2 0.2 0.12 0.35 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.17 0.36 0.0 0.25 0.31 0.0 0.08 0.23 0.18 0.01 0.0 0.0 0.33 0.18 0.23 0.27
AAL20655 (tonB)
0.19 0.33 0.14 0.09 0.06 0.15 0.89 0.5 0.14 0.08 0.28 0.06 0.19 1.0 0.06 0.07 0.21 0.44 0.42 0.52 0.18 0.52 0.02 0.13 0.14 0.21 0.13 0.09 0.1 0.02 0.08 0.19 0.11 0.03 0.41 0.12 0.25 0.07 0.35
AAL20723 (STM1808)
0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.16 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.0 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.0 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 1.0 0.03 0.04
AAL20806 (yebA)
0.75 0.86 0.27 0.41 0.34 0.12 0.48 0.47 0.27 0.4 0.31 0.3 0.39 0.54 0.73 0.34 0.46 0.74 0.95 1.0 0.2 0.41 0.59 0.47 0.15 0.34 0.29 0.55 0.53 0.06 0.36 0.24 0.64 0.38 0.76 0.28 0.54 0.27 0.46
AAL20807 (znuA)
1.0 0.99 0.12 0.33 0.16 0.06 0.16 0.4 0.12 0.18 0.17 0.1 0.26 0.44 0.28 0.12 0.26 0.21 0.22 0.27 0.04 0.24 0.18 0.2 0.05 0.19 0.11 0.21 0.43 0.02 0.11 0.2 0.69 0.14 0.38 0.13 0.25 0.16 0.24
AAL20808 (znuC)
0.42 0.61 0.37 0.36 0.29 0.06 0.16 0.56 0.21 0.25 0.26 0.28 0.52 0.45 0.22 0.21 0.13 0.25 0.24 0.32 0.1 0.28 0.28 0.22 0.13 0.24 0.17 0.32 0.75 0.06 0.35 0.47 1.0 0.26 0.18 0.17 0.26 0.37 0.34
AAL20984 (udg)
0.25 0.5 0.24 0.15 0.08 0.4 0.23 0.24 0.04 0.1 0.05 0.02 0.08 0.26 0.26 0.44 0.17 0.26 0.32 0.3 0.26 1.0 0.15 0.12 0.34 0.16 0.12 0.25 0.19 0.1 0.08 0.08 0.24 0.09 0.12 0.07 0.28 0.02 0.1
AAL21103 (cirA)
0.53 0.15 0.02 0.04 0.01 0.28 0.06 0.57 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 1.0 0.0 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.1 0.04 0.05 0.16 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.04
AAL21450 (hmpA)
0.02 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 1.0 0.04 0.02 0.04 0.1 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.0 0.01 0.03 0.21 0.06 0.06
AAL21740 (ygbA)
0.07 0.11 0.08 0.08 0.02 0.01 0.17 0.09 0.04 0.34 0.07 0.04 0.07 0.03 0.03 0.02 0.04 0.09 0.08 0.1 0.04 0.15 0.02 0.13 0.06 0.03 0.03 0.12 0.05 0.01 0.07 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 1.0 0.04 0.05
AAL21843 (STM2963)
0.34 0.42 0.53 0.35 0.35 0.14 0.36 0.64 0.3 0.33 0.24 0.28 0.25 0.87 0.75 0.13 0.74 0.27 0.22 0.28 0.16 0.31 0.11 0.19 0.26 0.51 0.25 0.34 0.26 0.07 0.13 0.44 0.24 0.09 1.0 0.42 0.14 0.38 0.43
AAL22032 (exbD)
0.7 0.38 0.13 0.2 0.12 0.13 0.8 0.61 0.1 0.04 0.22 0.02 0.35 1.0 0.09 0.27 0.43 0.34 0.34 0.35 0.3 0.35 0.08 0.29 0.24 0.24 0.28 0.22 0.24 0.14 0.09 0.36 0.1 0.08 0.67 0.23 0.63 0.1 0.77
AAL22033 (exbB)
0.46 0.2 0.15 0.18 0.1 0.1 0.78 0.6 0.07 0.05 0.15 0.02 0.34 1.0 0.07 0.25 0.22 0.28 0.29 0.35 0.24 0.2 0.08 0.16 0.24 0.22 0.17 0.23 0.23 0.04 0.1 0.44 0.09 0.07 0.3 0.16 0.37 0.17 0.53
AAL22307 (bfd)
0.21 0.53 0.06 0.02 0.01 0.05 0.45 0.06 0.02 0.0 0.09 0.0 0.06 0.12 0.0 0.11 0.03 0.08 0.06 0.1 0.49 1.0 0.01 0.05 0.14 0.03 0.04 0.05 0.01 0.16 0.02 0.1 0.01 0.01 0.06 0.05 0.22 0.01 0.13
AAL22364 (ompR)
0.22 0.53 0.57 0.46 0.37 0.34 0.71 0.48 0.46 0.69 0.51 0.41 0.53 0.34 0.37 0.28 0.54 0.54 0.52 0.63 0.28 0.46 0.19 0.49 0.33 0.6 0.88 0.54 0.3 0.1 0.24 0.45 0.27 0.18 0.47 1.0 0.79 0.4 0.62
AAL22367 (feoA)
0.37 0.18 0.11 0.12 0.06 0.19 0.33 0.19 0.03 0.06 0.05 0.02 0.16 0.17 0.02 0.32 0.06 0.09 0.09 0.11 0.65 0.14 0.06 0.07 1.0 0.07 0.11 0.15 0.31 0.01 0.06 0.24 0.13 0.06 0.09 0.06 0.27 0.07 0.21
AAL22368 (feoB)
0.33 0.46 0.39 0.27 0.33 0.97 0.31 0.73 0.15 0.19 0.17 0.06 0.55 0.77 0.05 0.58 0.09 0.23 0.26 0.25 0.8 0.71 0.09 0.18 0.74 0.29 0.38 0.37 0.73 0.04 0.28 0.88 0.32 0.08 0.15 0.19 0.72 0.31 1.0
AAL22689 (dgoR)
0.15 0.38 0.38 0.42 0.29 0.31 0.28 0.48 0.22 0.36 0.3 0.12 0.23 0.44 1.0 0.25 0.58 0.29 0.35 0.4 0.08 0.16 0.16 0.18 0.2 0.27 0.2 0.33 0.18 0.04 0.31 0.41 0.14 0.19 0.69 0.34 0.16 0.45 0.33
AAL23219 (ytfE)
0.21 0.1 0.07 0.07 0.06 0.01 0.04 0.07 0.07 1.0 0.09 0.03 0.09 0.07 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.11 0.02 0.13 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05 0.02 0.18 0.04 0.27 0.07 0.08
AAL23273 (treC)
0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 1.0 0.24 0.01 0.02 0.19 0.03 0.02 0.0 0.03 0.02 0.01 0.18 0.02 0.43 0.23 0.02 0.04
AAL23368 (fhuF)
0.35 0.32 0.09 0.03 0.02 0.13 0.44 0.41 0.04 0.02 0.14 0.01 0.08 1.0 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.28 0.58 0.01 0.1 0.17 0.14 0.1 0.1 0.04 0.01 0.02 0.15 0.02 0.01 0.17 0.12 0.24 0.03 0.19

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)