Heatmap: Cluster_47 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	ATCC_14028	SL1344	ATCC_14028,E-stationary,WT	14028s	ATCC_14028,Log,rpsL*_mut	14028s,mLPM	opgGH_mut	LT2	Florfenicol	NCTC_12023,37_C	Chlortetracycline	SL1344,NarS_defic	ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut	LT2,ridA	fliA_del	High-patho	LT2,Cell_susp_cult	14028s,hilC_del,pBAD24	14028s,sprB_del,pBAD24	14028s,pBAD24	gastro	hfq_mut	Low-patho,42C	plank_cells	ATCC_14028,gastro	Typh_14028s,Expo_phase	biofilm,cpxR_mut	14028s,typhoid	14028s,rtcR	Typh_14028s	infection	ATCC_14028,Log,WT	14028s,rtcB	High-patho,42C	LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C	plank_cells,cpxR_mut	biofilm	ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut	ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19012 (slpA)	0.61	0.56	0.44	0.56	0.65	0.48	0.36	0.77	0.61	0.46	0.43	0.86	0.66	1.0	0.36	0.23	0.25	0.31	0.33	0.35	0.28	0.48	0.24	0.6	0.29	0.52	0.65	0.63	0.75	0.1	0.28	0.7	0.69	0.14	0.22	0.52	0.66	0.53	0.81
AAL19013 (lytB)	0.52	0.54	0.29	0.49	0.42	0.42	0.43	0.63	0.38	0.33	0.25	0.68	0.41	1.0	0.61	0.16	0.29	0.33	0.38	0.41	0.25	0.38	0.14	0.61	0.23	0.48	0.56	0.44	0.58	0.06	0.17	0.49	0.57	0.09	0.41	0.39	0.77	0.32	0.6
AAL19087 (murE)	0.21	0.29	0.42	0.24	0.34	0.28	0.34	0.62	0.21	0.27	0.13	0.43	0.34	1.0	0.39	0.12	0.44	0.28	0.28	0.33	0.12	0.15	0.08	0.3	0.12	0.41	0.27	0.34	0.33	0.06	0.24	0.33	0.25	0.05	0.49	0.24	0.28	0.33	0.35
AAL19088 (murF)	0.27	0.38	0.44	0.33	0.37	0.59	0.24	0.58	0.28	0.35	0.22	0.55	0.31	1.0	0.37	0.17	0.25	0.15	0.16	0.18	0.15	0.36	0.13	0.35	0.16	0.59	0.25	0.35	0.42	0.11	0.23	0.35	0.33	0.08	0.24	0.23	0.31	0.31	0.37
AAL19092 (murG)	0.42	0.57	0.55	0.44	0.43	1.0	0.26	0.61	0.41	0.45	0.37	0.82	0.46	1.0	0.39	0.17	0.4	0.2	0.25	0.26	0.3	0.49	0.1	0.5	0.28	0.65	0.57	0.4	0.5	0.12	0.29	0.52	0.5	0.08	0.37	0.47	0.4	0.31	0.54
AAL19093 (murC)	0.27	0.34	0.32	0.4	0.32	1.0	0.24	0.54	0.35	0.31	0.31	0.55	0.33	0.85	0.48	0.2	0.24	0.15	0.16	0.19	0.13	0.28	0.13	0.3	0.16	0.47	0.33	0.36	0.44	0.08	0.26	0.36	0.39	0.11	0.26	0.28	0.3	0.2	0.38
AAL19094 (ddlB)	0.31	0.46	0.44	0.49	0.31	1.0	0.37	0.59	0.52	0.49	0.5	0.48	0.38	0.63	0.43	0.42	0.31	0.29	0.33	0.44	0.18	0.33	0.31	0.31	0.19	0.44	0.3	0.48	0.48	0.18	0.48	0.32	0.43	0.3	0.31	0.37	0.27	0.32	0.39
AAL19095 (ftsQ)	0.76	0.67	0.69	0.47	0.42	0.7	0.86	1.0	0.81	0.45	0.86	0.49	0.7	0.9	0.56	0.7	0.79	0.54	0.58	0.71	0.21	0.62	0.54	0.47	0.23	0.5	0.37	0.63	0.43	0.14	0.42	0.59	0.44	0.71	0.94	0.34	0.68	0.51	0.62
AAL19096 (ftsA)	0.46	0.65	0.6	0.59	0.53	0.93	0.64	0.88	0.77	0.61	0.8	0.51	0.72	1.0	0.83	0.46	0.56	0.5	0.5	0.65	0.32	0.63	0.38	0.47	0.28	0.58	0.56	0.6	0.65	0.3	0.54	0.69	0.6	0.41	0.53	0.49	0.56	0.54	0.74
AAL19097 (ftsZ)	0.14	0.22	0.38	0.36	0.23	1.0	0.11	0.25	0.27	0.31	0.23	0.27	0.32	0.39	0.11	0.1	0.06	0.11	0.11	0.14	0.17	0.2	0.06	0.13	0.12	0.29	0.24	0.28	0.31	0.03	0.19	0.26	0.27	0.06	0.05	0.19	0.15	0.25	0.3
AAL19116 (aceE)	0.54	0.36	0.21	0.46	0.13	0.4	0.51	0.29	0.35	0.27	0.28	0.13	0.2	0.42	1.0	0.1	0.07	0.21	0.28	0.26	0.07	0.24	0.06	0.31	0.05	0.38	0.33	0.38	0.15	0.04	0.42	0.27	0.13	0.05	0.04	0.22	0.25	0.18	0.14
AAL19117 (aceF)	1.0	0.72	0.42	0.77	0.23	0.87	0.57	0.4	0.76	0.5	0.46	0.32	0.41	0.64	0.91	0.19	0.14	0.21	0.28	0.26	0.18	0.63	0.07	0.67	0.12	0.79	0.66	0.57	0.36	0.07	0.58	0.48	0.27	0.07	0.09	0.5	0.47	0.31	0.23
AAL19179 (map)	0.76	0.53	0.4	0.47	0.49	0.25	0.6	0.74	0.52	0.51	0.6	0.62	0.62	1.0	0.41	0.26	0.23	0.31	0.34	0.36	0.22	0.39	0.25	0.6	0.33	0.81	0.52	0.82	0.75	0.3	0.38	0.77	0.67	0.2	0.29	0.64	0.72	0.33	1.0
AAL19184 (dxr)	0.67	0.58	0.25	0.56	0.37	0.24	0.49	0.66	0.48	0.45	0.52	1.0	0.46	0.96	0.31	0.3	0.21	0.44	0.52	0.5	0.22	0.38	0.28	0.67	0.36	0.75	0.7	0.72	0.78	0.28	0.43	0.43	0.83	0.25	0.23	0.41	0.81	0.31	0.75
AAL19190 (lpxD)	0.57	0.49	0.46	0.56	0.64	0.41	0.8	0.61	0.33	0.39	0.29	0.87	0.61	0.67	1.0	0.28	0.46	0.45	0.43	0.54	0.24	0.96	0.38	0.44	0.16	0.49	0.43	0.48	0.44	0.18	0.2	0.71	0.47	0.19	0.62	0.39	0.35	0.42	0.77
AAL19191 (fabZ)	0.67	0.47	0.29	0.74	0.42	0.65	0.51	0.5	0.47	0.52	0.51	1.0	0.4	0.71	0.47	0.36	0.21	0.4	0.43	0.52	0.26	0.45	0.47	0.53	0.19	0.68	0.64	0.58	0.83	0.16	0.26	0.38	0.81	0.32	0.21	0.61	0.45	0.27	0.56
AAL19192 (lpxA)	0.58	0.52	0.37	0.67	0.5	0.78	0.27	0.6	0.5	0.48	0.46	1.0	0.44	0.92	0.34	0.27	0.17	0.33	0.38	0.38	0.29	0.56	0.34	0.61	0.2	0.77	0.75	0.57	0.82	0.17	0.26	0.41	0.9	0.24	0.15	0.7	0.5	0.39	0.61
AAL19193 (lpxB)	0.49	0.5	0.24	0.54	0.26	0.38	0.59	0.54	0.23	0.38	0.29	0.56	0.31	0.62	1.0	0.09	0.65	0.61	0.66	0.73	0.2	0.81	0.1	0.58	0.14	0.41	0.31	0.33	0.52	0.12	0.09	0.3	0.51	0.06	0.64	0.29	0.67	0.2	0.44
AAL19194 (rnhB)	0.66	0.54	0.21	0.54	0.32	0.61	0.49	0.62	0.24	0.36	0.36	0.66	0.28	1.0	0.52	0.14	0.46	0.29	0.35	0.34	0.25	0.72	0.14	0.53	0.18	0.52	0.43	0.49	0.69	0.15	0.19	0.3	0.63	0.07	0.6	0.37	0.5	0.25	0.44
AAL19195 (dnaE)	0.41	0.45	0.23	0.43	0.45	0.45	0.61	0.71	0.34	0.44	0.34	0.57	0.32	1.0	0.45	0.22	0.47	0.53	0.58	0.59	0.25	0.32	0.28	0.52	0.19	0.48	0.36	0.42	0.5	0.14	0.21	0.31	0.47	0.17	0.65	0.33	0.54	0.54	0.43
AAL19597 (holA)	0.45	0.45	0.33	0.36	0.47	0.31	0.47	0.8	0.25	0.33	0.21	0.69	0.61	1.0	0.68	0.11	0.43	0.44	0.5	0.58	0.17	0.48	0.08	0.36	0.14	0.49	0.38	0.44	0.47	0.08	0.17	0.43	0.45	0.06	0.61	0.28	0.36	0.42	0.57
AAL19598 (rlpB)	0.46	0.47	0.57	0.49	0.69	0.38	0.36	0.74	0.55	0.43	0.39	0.65	0.77	0.94	0.5	0.26	0.36	0.39	0.32	0.4	0.22	0.42	0.33	0.35	0.19	0.72	0.55	0.46	0.71	0.16	0.38	0.54	0.71	0.29	0.35	0.39	0.34	1.0	0.62
AAL19599 (leuS)	0.47	0.51	0.37	0.47	0.38	0.28	0.65	0.77	0.56	0.47	0.39	1.0	0.61	0.97	0.61	0.16	0.17	0.37	0.47	0.46	0.2	0.44	0.2	0.78	0.18	0.82	0.65	0.47	0.67	0.1	0.3	0.38	0.67	0.15	0.21	0.46	0.66	0.57	0.61
AAL19655 (ybgI)	0.27	0.49	1.0	0.44	0.23	0.5	0.43	0.57	0.37	0.59	0.33	0.33	0.58	0.84	0.64	0.23	0.27	0.31	0.31	0.36	0.44	0.39	0.11	0.34	0.79	0.66	0.54	0.38	0.52	0.04	0.21	0.35	0.5	0.13	0.24	0.5	0.51	0.48	0.42
AAL19656 (ybgJ)	0.18	0.46	0.74	0.39	0.18	0.39	0.22	0.54	0.22	0.36	0.2	0.3	0.44	1.0	0.54	0.07	0.24	0.25	0.21	0.26	0.45	0.43	0.02	0.35	0.47	0.51	0.55	0.25	0.66	0.02	0.15	0.21	0.62	0.03	0.23	0.42	0.49	0.39	0.28
AAL19785 (yliB)	0.21	0.58	0.89	0.38	0.28	0.96	0.4	0.68	0.17	0.44	0.16	0.18	0.74	1.0	0.71	0.26	0.27	0.26	0.27	0.34	0.23	0.32	0.12	0.53	0.35	0.75	0.32	0.41	0.39	0.06	0.17	0.3	0.32	0.18	0.35	0.18	0.7	0.58	0.3
AAL19890 (aat)	0.3	0.61	0.47	0.25	0.43	0.21	0.48	0.69	0.2	0.43	0.23	0.41	0.74	1.0	0.41	0.16	0.25	0.3	0.3	0.45	0.23	0.62	0.17	0.28	0.27	0.41	0.31	0.33	0.44	0.11	0.21	0.62	0.35	0.11	0.35	0.22	0.29	0.3	0.51
AAL19892 (cydD)	0.32	0.63	0.32	0.33	0.23	0.12	0.56	0.71	0.31	0.52	0.35	0.56	0.48	1.0	0.63	0.15	0.4	0.74	0.67	0.86	0.13	0.53	0.22	0.53	0.14	0.58	0.39	0.42	0.46	0.17	0.31	0.37	0.43	0.15	0.45	0.26	0.6	0.26	0.59
AAL19896 (lolA)	0.44	0.5	0.87	0.45	0.72	0.9	0.78	0.78	0.29	0.51	0.26	0.4	0.86	1.0	0.52	0.58	0.27	0.35	0.42	0.47	0.24	0.29	0.54	0.35	0.27	0.46	0.47	0.56	0.51	0.07	0.41	0.73	0.42	0.61	0.29	0.33	0.54	0.62	0.67
AAL19897 (ycaJ)	0.35	0.48	0.52	0.34	0.47	0.5	0.44	0.66	0.16	0.31	0.16	0.39	0.63	1.0	0.43	0.18	0.23	0.35	0.39	0.47	0.27	0.37	0.13	0.33	0.21	0.38	0.36	0.39	0.52	0.09	0.33	0.47	0.41	0.14	0.34	0.3	0.39	0.27	0.5
AAL19998 (ymbA)	0.5	0.6	0.7	0.47	0.7	0.74	0.42	0.66	0.37	0.34	0.38	0.39	0.57	1.0	0.24	0.51	0.34	0.24	0.24	0.28	0.45	0.81	0.34	0.47	0.35	0.58	0.52	0.35	0.43	0.17	0.25	0.6	0.37	0.32	0.46	0.41	0.68	0.44	0.55
AAL20150 (cobB)	0.34	0.61	0.55	0.5	0.55	1.0	0.35	0.72	0.41	0.69	0.36	0.46	0.47	0.86	1.0	0.29	0.25	0.42	0.46	0.51	0.54	0.67	0.23	0.44	0.56	0.63	0.4	0.47	0.65	0.11	0.49	0.43	0.59	0.22	0.27	0.36	0.5	0.59	0.48
AAL20618 (fabI)	0.38	0.45	0.19	0.74	0.41	0.61	0.55	0.38	0.45	0.54	0.41	0.64	0.27	0.52	0.35	0.15	0.32	0.27	0.26	0.29	0.19	0.66	0.23	0.54	0.33	0.73	0.59	0.43	0.91	0.27	0.22	0.35	1.0	0.15	0.16	0.66	0.38	0.35	0.5
AAL20722 (dsbB)	0.49	0.41	0.17	0.26	0.34	0.31	0.16	0.58	0.35	0.19	0.41	0.53	0.2	1.0	0.15	0.11	0.17	0.11	0.12	0.14	0.26	0.62	0.11	0.56	0.49	0.5	1.0	0.29	0.49	0.52	0.16	0.23	0.76	0.09	0.18	0.63	0.67	0.26	0.35
AAL20814 (ruvC)	0.37	0.48	0.26	0.44	0.39	0.43	0.15	0.53	0.45	0.49	0.33	1.0	0.21	0.95	0.13	0.17	0.03	0.1	0.08	0.11	0.24	0.66	0.11	0.54	0.15	0.8	0.46	0.32	0.62	0.15	0.16	0.18	0.88	0.08	0.03	0.49	0.38	0.32	0.19
AAL20915 (amn)	0.19	0.36	1.0	0.41	0.39	0.36	0.31	0.4	0.24	0.44	0.22	0.12	0.52	0.55	0.34	0.27	0.19	0.26	0.27	0.3	0.19	0.3	0.14	0.25	0.19	0.42	0.13	0.35	0.56	0.02	0.24	0.41	0.52	0.16	0.26	0.17	0.4	0.49	0.44
AAL21266 (folC)	0.34	0.55	0.32	0.38	0.36	0.37	0.42	0.73	0.55	0.52	0.65	0.69	0.34	1.0	0.85	0.09	0.75	0.5	0.9	0.53	0.19	0.54	0.08	0.39	0.2	0.63	0.52	0.31	0.29	0.08	0.19	0.38	0.29	0.05	0.7	0.45	0.45	0.4	0.51
AAL21267 (accD)	0.44	0.64	0.27	0.5	0.37	0.52	0.36	0.45	0.47	0.54	0.58	0.98	0.38	0.71	0.4	0.13	0.29	0.28	0.35	0.38	0.27	0.78	0.13	0.5	0.27	1.0	0.96	0.39	0.71	0.19	0.21	0.29	0.8	0.1	0.39	0.92	0.42	0.33	0.43
AAL21282 (yfcM)	0.4	0.4	0.18	0.27	0.66	0.19	0.67	0.63	0.22	0.22	0.28	0.51	0.25	1.0	0.39	0.13	0.34	0.23	0.25	0.25	0.16	0.24	0.12	0.44	0.16	0.45	0.43	0.23	0.26	0.05	0.14	0.48	0.28	0.06	0.74	0.31	0.54	0.43	0.6
AAL21870 (recB)	0.27	0.4	0.26	0.31	0.27	0.29	0.36	0.81	0.22	0.27	0.21	0.33	0.24	1.0	0.51	0.16	0.42	0.25	0.25	0.29	0.21	0.44	0.21	0.45	0.14	0.24	0.31	0.26	0.31	0.06	0.16	0.3	0.31	0.11	0.56	0.28	0.6	0.23	0.36
AAL22154 (pnp)	0.78	0.45	0.39	0.75	0.84	0.35	0.37	0.76	0.86	0.44	0.64	0.69	0.47	0.91	0.51	0.22	0.26	0.45	0.62	0.49	0.13	0.2	0.4	0.54	0.14	0.76	0.86	0.51	0.94	0.08	0.3	0.73	1.0	0.15	0.25	0.51	0.56	0.62	0.85
AAL22192 (yhbJ)	0.52	0.67	0.86	0.65	0.61	0.85	0.46	0.71	0.42	0.68	0.37	0.59	1.0	0.99	0.97	0.4	0.22	0.3	0.28	0.38	0.31	0.72	0.33	0.42	0.3	0.81	0.41	0.57	0.8	0.09	0.29	0.77	0.69	0.26	0.33	0.37	0.48	0.63	0.77
AAL22772 (rffH)	0.49	0.52	0.75	0.36	0.96	0.72	0.28	0.54	0.29	0.35	0.24	0.62	0.7	0.95	0.2	0.23	0.15	0.08	0.1	0.1	1.0	0.41	0.11	0.35	0.45	0.5	0.44	0.49	0.29	0.06	0.33	0.93	0.25	0.08	0.22	0.34	0.31	0.67	0.72
AAL22773 (wecD)	0.57	0.57	0.43	0.6	0.69	0.88	0.47	0.64	0.2	0.41	0.21	0.95	0.58	1.0	0.56	0.13	0.36	0.31	0.37	0.4	0.6	0.31	0.07	0.63	0.41	0.67	0.65	0.48	0.63	0.09	0.14	0.77	0.57	0.04	0.49	0.46	0.88	0.44	0.66
AAL22774 (wecE)	0.35	0.47	0.33	0.39	0.58	0.54	0.41	0.63	0.2	0.35	0.21	0.63	0.42	1.0	0.46	0.26	0.36	0.17	0.21	0.23	0.42	0.26	0.23	0.39	0.27	0.63	0.38	0.31	0.42	0.11	0.21	0.59	0.37	0.17	0.68	0.27	0.44	0.33	0.56
AAL22794 (yigB)	0.45	0.52	0.3	0.41	0.32	0.44	0.2	0.6	0.21	0.31	0.28	0.51	0.32	1.0	0.42	0.13	0.18	0.19	0.25	0.23	0.22	0.27	0.09	0.43	0.27	0.55	0.43	0.46	0.65	0.07	0.29	0.43	0.59	0.07	0.26	0.39	0.54	0.26	0.56
AAL22959 (argE)	0.41	0.38	0.64	0.43	0.2	0.88	0.12	0.7	0.22	0.34	0.27	0.12	0.43	0.92	0.32	0.24	0.1	0.09	0.1	0.13	0.33	0.17	0.1	0.35	0.28	0.39	0.28	0.48	1.0	0.03	0.18	0.32	0.93	0.08	0.09	0.21	0.52	0.22	0.45
AAL22981 (rpoB)	0.77	0.54	0.39	0.87	0.76	0.88	0.6	0.62	0.68	0.57	0.36	1.0	0.41	0.8	0.38	0.26	0.17	0.56	0.77	0.65	0.11	0.39	0.33	0.47	0.14	0.89	0.91	0.43	0.85	0.09	0.19	0.61	0.89	0.16	0.18	0.39	0.49	0.91	0.73
AAL22982 (rpoC)	0.36	0.32	0.29	0.6	0.54	1.0	0.36	0.39	0.44	0.35	0.21	0.43	0.32	0.53	0.22	0.2	0.12	0.26	0.31	0.31	0.07	0.21	0.2	0.31	0.07	0.54	0.48	0.23	0.48	0.06	0.13	0.48	0.5	0.12	0.11	0.31	0.29	0.6	0.48

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)