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Heatmap: Cluster_47 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
ATCC_14028
SL1344
ATCC_14028,E-stationary,WT
14028s
ATCC_14028,Log,rpsL*_mut
14028s,mLPM
opgGH_mut
LT2
Florfenicol
NCTC_12023,37_C
Chlortetracycline
SL1344,NarS_defic
ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut
LT2,ridA
fliA_del
High-patho
LT2,Cell_susp_cult
14028s,hilC_del,pBAD24
14028s,sprB_del,pBAD24
14028s,pBAD24
gastro
hfq_mut
Low-patho,42C
plank_cells
ATCC_14028,gastro
Typh_14028s,Expo_phase
biofilm,cpxR_mut
14028s,typhoid
14028s,rtcR
Typh_14028s
infection
ATCC_14028,Log,WT
14028s,rtcB
High-patho,42C
LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C
plank_cells,cpxR_mut
biofilm
ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut
ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19012 (slpA)
 0.28 0.18 -0.17 0.18 0.39 -0.04 -0.48 0.63 0.29 -0.1 -0.21 0.79 0.4 1.01 -0.45 -1.09 -0.98 -0.67 -0.59 -0.49 -0.81 -0.05 -1.06 0.27 -0.8 0.06 0.38 0.33 0.6 -2.36 -0.83 0.5 0.47 -1.79 -1.16 0.06 0.4 0.11 0.71
AAL19013 (lytB)
 0.3 0.34 -0.57 0.2 0.0 -0.01 0.01 0.57 -0.15 -0.38 -0.73 0.67 -0.06 1.24 0.53 -1.36 -0.54 -0.35 -0.14 -0.04 -0.74 -0.15 -1.61 0.52 -0.87 0.18 0.4 0.04 0.45 -2.75 -1.33 0.21 0.44 -2.21 -0.06 -0.12 0.87 -0.41 0.51
AAL19087 (murE)
 -0.54 -0.05 0.49 -0.34 0.17 -0.12 0.17 1.04 -0.52 -0.16 -1.15 0.51 0.17 1.74 0.39 -1.28 0.54 -0.11 -0.09 0.12 -1.33 -0.96 -1.88 -0.02 -1.31 0.45 -0.14 0.2 0.15 -2.42 -0.34 0.15 -0.26 -2.53 0.7 -0.32 -0.11 0.16 0.24
AAL19088 (murF)
 -0.25 0.26 0.45 0.02 0.21 0.88 -0.42 0.86 -0.2 0.13 -0.56 0.77 -0.03 1.64 0.2 -0.91 -0.38 -1.1 -1.05 -0.8 -1.06 0.15 -1.33 0.12 -1.04 0.88 -0.34 0.14 0.4 -1.51 -0.49 0.13 0.03 -1.92 -0.44 -0.47 -0.04 -0.04 0.2
AAL19092 (murG)
 -0.04 0.39 0.35 0.04 -0.01 1.21 -0.73 0.51 -0.09 0.08 -0.24 0.93 0.09 1.21 -0.16 -1.37 -0.1 -1.08 -0.77 -0.71 -0.54 0.19 -2.09 0.21 -0.62 0.59 0.41 -0.11 0.22 -1.89 -0.59 0.26 0.21 -2.5 -0.24 0.11 -0.11 -0.47 0.32
AAL19093 (murC)
 -0.29 0.05 -0.03 0.28 -0.05 1.61 -0.45 0.72 0.11 -0.05 -0.1 0.74 0.01 1.37 0.56 -0.68 -0.46 -1.13 -1.02 -0.82 -1.34 -0.21 -1.28 -0.1 -1.03 0.51 0.02 0.14 0.42 -2.1 -0.34 0.14 0.25 -1.6 -0.33 -0.22 -0.13 -0.68 0.23
AAL19094 (ddlB)
 -0.36 0.2 0.14 0.3 -0.37 1.32 -0.1 0.56 0.39 0.31 0.32 0.25 -0.08 0.66 0.1 0.07 -0.36 -0.47 -0.26 0.15 -1.13 -0.29 -0.37 -0.37 -1.07 0.12 -0.39 0.25 0.26 -1.15 0.27 -0.3 0.11 -0.4 -0.36 -0.13 -0.58 -0.32 -0.05
AAL19095 (ftsQ)
 0.37 0.17 0.22 -0.32 -0.49 0.25 0.54 0.76 0.46 -0.39 0.54 -0.28 0.24 0.61 -0.08 0.25 0.42 -0.12 -0.03 0.27 -1.49 0.08 -0.14 -0.32 -1.37 -0.24 -0.69 0.09 -0.47 -2.09 -0.51 -0.0 -0.44 0.27 0.67 -0.79 0.19 -0.2 0.07
AAL19096 (ftsA)
 -0.37 0.13 0.02 0.01 -0.16 0.66 0.12 0.57 0.38 0.05 0.44 -0.2 0.29 0.76 0.48 -0.35 -0.09 -0.24 -0.23 0.14 -0.88 0.08 -0.64 -0.33 -1.1 -0.04 -0.08 0.01 0.13 -0.99 -0.13 0.23 0.02 -0.51 -0.14 -0.27 -0.07 -0.12 0.32
AAL19097 (ftsZ)
 -0.64 -0.0 0.78 0.69 0.06 2.17 -1.08 0.15 0.29 0.47 0.04 0.29 0.53 0.81 -0.97 -1.22 -1.99 -0.97 -1.0 -0.63 -0.4 -0.15 -1.78 -0.76 -0.83 0.39 0.1 0.35 0.48 -2.81 -0.22 0.24 0.26 -1.93 -2.25 -0.24 -0.59 0.16 0.43
AAL19116 (aceE)
 1.07 0.45 -0.32 0.81 -0.95 0.61 0.98 0.14 0.43 0.07 0.09 -0.99 -0.42 0.69 1.94 -1.34 -1.93 -0.28 0.09 -0.03 -1.86 -0.14 -2.08 0.23 -2.32 0.55 0.34 0.54 -0.8 -2.76 0.67 0.03 -1.03 -2.33 -2.56 -0.24 -0.08 -0.5 -0.93
AAL19117 (aceF)
 1.18 0.71 -0.08 0.81 -0.94 0.98 0.37 -0.13 0.78 0.18 0.07 -0.47 -0.1 0.53 1.05 -1.23 -1.61 -1.07 -0.65 -0.77 -1.28 0.53 -2.63 0.6 -1.91 0.83 0.59 0.36 -0.27 -2.61 0.41 0.11 -0.68 -2.62 -2.22 0.19 0.1 -0.52 -0.96
AAL19179 (map)
 0.56 0.04 -0.35 -0.12 -0.05 -1.05 0.22 0.52 0.02 -0.02 0.22 0.26 0.26 0.96 -0.32 -1.0 -1.18 -0.73 -0.58 -0.5 -1.23 -0.4 -1.04 0.23 -0.64 0.65 0.03 0.68 0.54 -0.75 -0.43 0.59 0.38 -1.32 -0.84 0.32 0.48 -0.62 0.96
AAL19184 (dxr)
 0.42 0.21 -1.03 0.16 -0.44 -1.05 -0.02 0.39 -0.06 -0.16 0.07 1.0 -0.12 0.94 -0.67 -0.76 -1.25 -0.19 0.05 -0.0 -1.17 -0.41 -0.82 0.41 -0.5 0.58 0.47 0.52 0.63 -0.85 -0.21 -0.21 0.73 -1.02 -1.12 -0.31 0.69 -0.69 0.57
AAL19190 (lpxD)
 0.21 0.01 -0.1 0.2 0.39 -0.27 0.71 0.32 -0.57 -0.33 -0.77 0.83 0.31 0.45 1.03 -0.82 -0.11 -0.11 -0.19 0.13 -1.06 0.96 -0.38 -0.17 -1.65 0.01 -0.2 -0.03 -0.17 -1.48 -1.32 0.54 -0.08 -1.36 0.33 -0.35 -0.51 -0.23 0.65
AAL19191 (fabZ)
 0.48 -0.04 -0.76 0.61 -0.21 0.41 0.07 0.04 -0.04 0.11 0.08 1.05 -0.27 0.54 -0.05 -0.45 -1.23 -0.28 -0.16 0.09 -0.9 -0.1 -0.06 0.14 -1.32 0.49 0.41 0.26 0.79 -1.57 -0.92 -0.34 0.73 -0.61 -1.22 0.33 -0.12 -0.84 0.22
AAL19192 (lpxA)
 0.24 0.09 -0.43 0.44 0.03 0.66 -0.88 0.28 0.02 -0.03 -0.09 1.02 -0.16 0.9 -0.55 -0.86 -1.57 -0.59 -0.37 -0.38 -0.77 0.19 -0.55 0.32 -1.32 0.65 0.61 0.22 0.74 -1.5 -0.91 -0.26 0.87 -1.06 -1.67 0.51 0.02 -0.34 0.31
AAL19193 (lpxB)
 0.22 0.24 -0.83 0.35 -0.68 -0.14 0.5 0.36 -0.9 -0.15 -0.51 0.41 -0.42 0.57 1.25 -2.18 0.63 0.53 0.64 0.8 -1.07 0.95 -2.12 0.47 -1.55 -0.05 -0.45 -0.36 0.31 -1.76 -2.29 -0.47 0.28 -2.71 0.61 -0.55 0.67 -1.05 0.06
AAL19194 (rnhB)
 0.65 0.35 -1.01 0.36 -0.4 0.53 0.21 0.57 -0.79 -0.21 -0.23 0.65 -0.57 1.24 0.29 -1.58 0.13 -0.54 -0.27 -0.32 -0.74 0.77 -1.58 0.33 -1.23 0.31 0.03 0.23 0.72 -1.54 -1.13 -0.5 0.58 -2.6 0.51 -0.2 0.23 -0.74 0.05
AAL19195 (dnaE)
 -0.05 0.06 -0.9 0.01 0.08 0.06 0.51 0.73 -0.34 0.05 -0.34 0.41 -0.41 1.22 0.06 -0.97 0.14 0.3 0.44 0.47 -0.81 -0.4 -0.61 0.28 -1.18 0.16 -0.25 -0.04 0.22 -1.63 -1.03 -0.45 0.14 -1.31 0.6 -0.38 0.34 0.33 0.0
AAL19597 (holA)
 0.15 0.15 -0.32 -0.18 0.2 -0.41 0.2 0.97 -0.72 -0.32 -0.92 0.75 0.57 1.29 0.75 -1.93 0.08 0.12 0.29 0.51 -1.3 0.23 -2.39 -0.18 -1.55 0.28 -0.11 0.12 0.22 -2.38 -1.23 0.09 0.14 -2.78 0.57 -0.55 -0.18 0.04 0.49
AAL19598 (rlpB)
 -0.06 -0.03 0.23 0.02 0.51 -0.34 -0.42 0.62 0.18 -0.17 -0.32 0.43 0.67 0.95 0.06 -0.88 -0.43 -0.3 -0.58 -0.29 -1.11 -0.19 -0.55 -0.49 -1.31 0.57 0.19 -0.08 0.55 -1.59 -0.35 0.17 0.55 -0.73 -0.48 -0.3 -0.51 1.05 0.36
AAL19599 (leuS)
 -0.04 0.09 -0.35 -0.03 -0.31 -0.76 0.45 0.69 0.21 -0.04 -0.3 1.06 0.34 1.01 0.35 -1.58 -1.51 -0.35 -0.02 -0.05 -1.29 -0.13 -1.24 0.71 -1.38 0.77 0.43 -0.04 0.49 -2.2 -0.66 -0.33 0.49 -1.69 -1.17 -0.05 0.46 0.24 0.34
AAL19655 (ybgI)
 -0.68 0.21 1.23 0.05 -0.87 0.22 0.02 0.42 -0.22 0.46 -0.36 -0.36 0.44 0.97 0.58 -0.92 -0.65 -0.48 -0.46 -0.24 0.05 -0.11 -1.97 -0.31 0.89 0.62 0.34 -0.18 0.3 -3.46 -1.05 -0.27 0.24 -1.77 -0.82 0.23 0.26 0.18 -0.04
AAL19656 (ybgJ)
 -0.94 0.37 1.08 0.15 -0.99 0.14 -0.67 0.62 -0.68 0.02 -0.8 -0.23 0.32 1.51 0.63 -2.39 -0.54 -0.47 -0.76 -0.45 0.36 0.27 -3.82 -0.01 0.41 0.54 0.64 -0.47 0.91 -4.17 -1.26 -0.72 0.82 -3.38 -0.63 0.26 0.48 0.13 -0.31
AAL19785 (yliB)
 -0.95 0.51 1.14 -0.1 -0.53 1.24 0.0 0.76 -1.26 0.12 -1.35 -1.17 0.88 1.31 0.82 -0.61 -0.6 -0.63 -0.58 -0.26 -0.81 -0.33 -1.76 0.4 -0.21 0.9 -0.32 0.02 -0.06 -2.83 -1.24 -0.45 -0.33 -1.13 -0.2 -1.15 0.79 0.52 -0.41
AAL19890 (aat)
 -0.29 0.71 0.34 -0.57 0.21 -0.81 0.37 0.89 -0.86 0.21 -0.7 0.15 1.0 1.43 0.13 -1.18 -0.59 -0.31 -0.29 0.27 -0.66 0.75 -1.12 -0.4 -0.44 0.16 -0.27 -0.17 0.25 -1.8 -0.85 0.74 -0.07 -1.72 -0.07 -0.76 -0.35 -0.31 0.47
AAL19892 (cydD)
 -0.43 0.55 -0.45 -0.4 -0.9 -1.86 0.37 0.71 -0.47 0.25 -0.32 0.39 0.14 1.21 0.54 -1.49 -0.11 0.78 0.64 0.99 -1.78 0.28 -0.99 0.31 -1.64 0.43 -0.16 -0.04 0.07 -1.36 -0.47 -0.21 -0.01 -1.51 0.07 -0.72 0.46 -0.73 0.45
AAL19896 (lolA)
 -0.22 -0.02 0.78 -0.18 0.5 0.83 0.63 0.63 -0.78 0.02 -0.97 -0.35 0.76 0.98 0.03 0.2 -0.92 -0.55 -0.28 -0.1 -1.1 -0.78 0.1 -0.55 -0.92 -0.15 -0.1 0.14 0.02 -2.78 -0.3 0.53 -0.28 0.27 -0.82 -0.63 0.09 0.3 0.41
AAL19897 (ycaJ)
 -0.12 0.34 0.46 -0.15 0.33 0.42 0.25 0.81 -1.21 -0.3 -1.2 0.06 0.74 1.41 0.2 -1.07 -0.7 -0.12 0.06 0.32 -0.45 -0.02 -1.51 -0.2 -0.86 0.0 -0.05 0.06 0.46 -2.06 -0.19 0.32 0.13 -1.47 -0.15 -0.34 0.05 -0.45 0.41
AAL19998 (ymbA)
 0.1 0.36 0.59 0.01 0.58 0.66 -0.15 0.5 -0.32 -0.46 -0.29 -0.27 0.29 1.1 -0.96 0.14 -0.44 -0.95 -0.96 -0.75 -0.07 0.79 -0.47 0.02 -0.43 0.3 0.16 -0.42 -0.13 -1.48 -0.89 0.35 -0.35 -0.56 -0.03 -0.2 0.53 -0.1 0.25
AAL20150 (cobB)
 -0.57 0.29 0.14 0.01 0.14 1.0 -0.49 0.54 -0.29 0.47 -0.46 -0.12 -0.07 0.79 1.0 -0.77 -1.02 -0.24 -0.13 0.03 0.11 0.43 -1.12 -0.19 0.17 0.35 -0.33 -0.07 0.39 -2.21 -0.03 -0.2 0.24 -1.17 -0.88 -0.48 0.0 0.24 -0.04
AAL20618 (fabI)
 -0.18 0.06 -1.21 0.77 -0.08 0.5 0.36 -0.18 0.06 0.33 -0.07 0.57 -0.69 0.27 -0.29 -1.53 -0.42 -0.67 -0.75 -0.55 -1.15 0.61 -0.9 0.31 -0.4 0.76 0.46 -0.02 1.07 -0.69 -0.96 -0.29 1.21 -1.48 -1.46 0.62 -0.18 -0.3 0.21
AAL20722 (dsbB)
 0.41 0.14 -1.16 -0.48 -0.11 -0.26 -1.23 0.66 -0.09 -0.95 0.15 0.52 -0.85 1.43 -1.28 -1.8 -1.12 -1.71 -1.58 -1.39 -0.52 0.76 -1.74 0.6 0.42 0.45 1.44 -0.36 0.42 0.5 -1.18 -0.67 1.03 -2.06 -1.02 0.78 0.86 -0.52 -0.07
AAL20814 (ruvC)
 0.05 0.42 -0.44 0.31 0.13 0.27 -1.2 0.57 0.34 0.46 -0.09 1.49 -0.77 1.42 -1.48 -1.09 -3.44 -1.89 -2.15 -1.63 -0.57 0.89 -1.76 0.61 -1.24 1.17 0.37 -0.16 0.81 -1.23 -1.13 -1.01 1.31 -2.17 -3.59 0.47 0.1 -0.13 -0.93
AAL20915 (amn)
 -0.78 0.12 1.61 0.33 0.24 0.12 -0.09 0.3 -0.46 0.42 -0.58 -1.41 0.65 0.74 0.07 -0.27 -0.78 -0.34 -0.26 -0.13 -0.77 -0.14 -1.19 -0.36 -0.79 0.35 -1.38 0.08 0.79 -3.92 -0.44 0.33 0.65 -1.03 -0.34 -0.96 0.3 0.59 0.42
AAL21266 (folC)
 -0.41 0.31 -0.51 -0.23 -0.32 -0.27 -0.09 0.71 0.29 0.21 0.53 0.61 -0.38 1.16 0.93 -2.3 0.74 0.15 1.0 0.25 -1.26 0.27 -2.42 -0.2 -1.16 0.5 0.23 -0.54 -0.63 -2.51 -1.24 -0.22 -0.64 -3.21 0.63 0.0 0.01 -0.18 0.18
AAL21267 (accD)
 -0.07 0.45 -0.78 0.1 -0.35 0.15 -0.38 -0.06 0.03 0.23 0.31 1.08 -0.27 0.62 -0.22 -1.81 -0.66 -0.75 -0.41 -0.3 -0.78 0.75 -1.89 0.11 -0.8 1.1 1.05 -0.25 0.6 -1.3 -1.14 -0.7 0.79 -2.17 -0.27 0.99 -0.13 -0.49 -0.13
AAL21282 (yfcM)
 0.19 0.2 -0.93 -0.36 0.92 -0.85 0.95 0.87 -0.64 -0.64 -0.34 0.54 -0.5 1.52 0.16 -1.37 -0.05 -0.57 -0.5 -0.5 -1.1 -0.55 -1.53 0.33 -1.15 0.37 0.32 -0.61 -0.43 -2.74 -1.28 0.45 -0.34 -2.53 1.08 -0.18 0.63 0.29 0.78
AAL21870 (recB)
 -0.28 0.29 -0.34 -0.08 -0.25 -0.17 0.16 1.33 -0.54 -0.29 -0.66 0.04 -0.44 1.63 0.67 -1.05 0.38 -0.38 -0.35 -0.15 -0.63 0.43 -0.62 0.47 -1.25 -0.42 -0.08 -0.32 -0.05 -2.53 -1.04 -0.12 -0.05 -1.6 0.8 -0.2 0.89 -0.51 0.14
AAL22154 (pnp)
 0.55 -0.25 -0.45 0.5 0.66 -0.62 -0.52 0.51 0.69 -0.29 0.26 0.37 -0.18 0.78 -0.07 -1.28 -1.04 -0.25 0.21 -0.13 -2.06 -1.39 -0.41 0.03 -1.95 0.51 0.69 -0.06 0.82 -2.75 -0.83 0.46 0.91 -1.79 -1.11 -0.06 0.06 0.22 0.67
AAL22192 (yhbJ)
 -0.08 0.3 0.65 0.26 0.16 0.64 -0.24 0.39 -0.37 0.31 -0.55 0.12 0.87 0.86 0.83 -0.45 -1.32 -0.88 -0.99 -0.51 -0.81 0.39 -0.72 -0.37 -0.84 0.56 -0.41 0.05 0.56 -2.65 -0.92 0.49 0.34 -1.07 -0.72 -0.55 -0.2 0.21 0.5
AAL22772 (rffH)
 0.2 0.28 0.83 -0.25 1.18 0.77 -0.6 0.34 -0.54 -0.29 -0.85 0.54 0.73 1.17 -1.08 -0.88 -1.53 -2.48 -2.12 -2.15 1.24 -0.06 -1.93 -0.29 0.09 0.25 0.06 0.2 -0.55 -2.75 -0.38 1.13 -0.76 -2.43 -0.95 -0.32 -0.46 0.67 0.76
AAL22773 (wecD)
 0.21 0.21 -0.22 0.27 0.47 0.83 -0.06 0.38 -1.31 -0.29 -1.21 0.94 0.23 1.01 0.18 -1.91 -0.45 -0.69 -0.42 -0.32 0.28 -0.69 -2.91 0.35 -0.29 0.44 0.39 -0.04 0.33 -2.38 -1.84 0.64 0.2 -3.51 -0.02 -0.11 0.83 -0.17 0.41
AAL22774 (wecE)
 -0.17 0.25 -0.26 0.01 0.56 0.47 0.08 0.68 -0.95 -0.15 -0.91 0.69 0.12 1.35 0.23 -0.59 -0.11 -1.18 -0.89 -0.77 0.1 -0.61 -0.77 -0.01 -0.53 0.7 -0.02 -0.32 0.11 -1.79 -0.93 0.6 -0.08 -1.18 0.79 -0.53 0.17 -0.24 0.51
AAL22794 (yigB)
 0.32 0.53 -0.26 0.19 -0.2 0.28 -0.88 0.72 -0.76 -0.2 -0.39 0.51 -0.2 1.47 0.23 -1.49 -1.05 -0.89 -0.55 -0.68 -0.7 -0.4 -2.04 0.25 -0.42 0.61 0.25 0.35 0.85 -2.31 -0.32 0.25 0.72 -2.47 -0.48 0.09 0.58 -0.46 0.63
AAL22959 (argE)
 0.25 0.13 0.89 0.32 -0.81 1.35 -1.58 1.03 -0.67 -0.02 -0.33 -1.5 0.31 1.42 -0.1 -0.49 -1.83 -1.87 -1.78 -1.42 -0.06 -1.02 -1.84 0.02 -0.31 0.16 -0.32 0.47 1.54 -3.44 -0.96 -0.11 1.43 -2.04 -1.92 -0.71 0.58 -0.66 0.4
AAL22981 (rpoB)
 0.51 -0.02 -0.46 0.67 0.49 0.69 0.15 0.19 0.33 0.07 -0.61 0.88 -0.42 0.56 -0.5 -1.08 -1.66 0.03 0.5 0.25 -2.33 -0.49 -0.7 -0.22 -1.94 0.72 0.74 -0.34 0.65 -2.65 -1.49 0.16 0.71 -1.73 -1.57 -0.47 -0.15 0.74 0.42
AAL22982 (rpoC)
 0.11 -0.08 -0.24 0.82 0.67 1.56 0.08 0.19 0.37 0.05 -0.67 0.35 -0.1 0.64 -0.6 -0.78 -1.46 -0.4 -0.14 -0.14 -2.19 -0.72 -0.74 -0.12 -2.3 0.66 0.51 -0.59 0.49 -2.51 -1.37 0.5 0.57 -1.52 -1.62 -0.15 -0.22 0.82 0.51

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.