Heatmap: Cluster_45 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	ATCC_14028	SL1344	ATCC_14028,E-stationary,WT	14028s	ATCC_14028,Log,rpsL*_mut	14028s,mLPM	opgGH_mut	LT2	Florfenicol	NCTC_12023,37_C	Chlortetracycline	SL1344,NarS_defic	ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut	LT2,ridA	fliA_del	High-patho	LT2,Cell_susp_cult	14028s,hilC_del,pBAD24	14028s,sprB_del,pBAD24	14028s,pBAD24	gastro	hfq_mut	Low-patho,42C	plank_cells	ATCC_14028,gastro	Typh_14028s,Expo_phase	biofilm,cpxR_mut	14028s,typhoid	14028s,rtcR	Typh_14028s	infection	ATCC_14028,Log,WT	14028s,rtcB	High-patho,42C	LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C	plank_cells,cpxR_mut	biofilm	ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut	ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19056 (surA)	0.43	0.5	0.55	0.46	0.36	0.25	0.5	0.67	0.35	0.39	0.28	0.74	0.62	1.0	0.75	0.27	0.65	0.41	0.55	0.54	0.31	0.84	0.34	0.39	0.21	0.71	0.51	0.54	0.57	0.12	0.31	0.37	0.48	0.21	0.82	0.4	0.42	0.53	0.43
AAL19145 (panC)	0.34	0.43	0.19	0.39	0.25	0.26	0.19	0.37	0.38	0.37	0.34	1.0	0.19	0.59	0.34	0.1	0.1	0.13	0.17	0.16	0.04	0.31	0.12	0.42	0.1	0.88	0.95	0.35	0.32	0.16	0.12	0.28	0.39	0.08	0.49	0.81	0.5	0.37	0.39
AAL19146 (panB)	0.25	0.33	0.12	0.21	0.16	0.2	0.1	0.3	0.26	0.28	0.2	1.0	0.12	0.44	0.2	0.04	0.04	0.08	0.1	0.11	0.02	0.17	0.04	0.35	0.05	0.47	0.99	0.23	0.14	0.05	0.08	0.2	0.18	0.03	0.12	0.96	0.38	0.18	0.27
AAL19166 (hemL)	0.27	0.5	0.29	0.4	0.34	0.24	0.23	0.51	0.65	0.41	0.49	0.76	0.26	0.77	0.33	0.05	0.22	0.21	0.22	0.24	0.13	0.2	0.05	1.0	0.17	0.59	0.47	0.35	0.65	0.14	0.25	0.36	0.68	0.04	0.25	0.58	0.62	0.27	0.44
AAL19171 (pfs)	0.34	0.52	0.25	0.42	0.52	0.47	0.22	0.5	0.54	0.58	0.53	1.0	0.27	0.7	0.28	0.07	0.31	0.16	0.17	0.19	0.1	0.32	0.06	0.58	0.11	0.72	0.51	0.43	0.41	0.12	0.25	0.39	0.48	0.05	0.24	0.79	0.41	0.36	0.46
AAL19182 (pyrH)	0.65	0.39	0.18	0.78	0.51	0.35	0.96	0.44	0.55	0.58	0.69	1.0	0.25	0.57	0.62	0.16	0.2	0.53	0.6	0.61	0.1	0.18	0.28	0.47	0.09	0.61	0.69	0.34	0.38	0.19	0.11	0.61	0.45	0.12	0.22	0.5	0.45	0.46	0.64
AAL19183 (frr)	0.7	0.64	0.34	0.76	0.45	0.41	1.0	0.55	0.63	0.64	0.73	0.89	0.54	0.62	0.57	0.32	0.47	0.3	0.36	0.38	0.26	0.48	0.38	0.65	0.28	0.67	0.85	0.62	0.51	0.46	0.3	0.59	0.54	0.33	0.55	0.77	0.57	0.36	0.75
AAL19187 (yaeL)	0.3	0.36	0.24	0.27	0.32	0.1	0.32	0.47	0.4	0.25	0.45	0.34	0.29	0.6	0.47	0.25	0.25	0.37	0.35	0.39	0.27	1.0	0.58	0.3	0.19	0.31	0.36	0.41	0.36	0.11	0.2	0.35	0.38	0.27	0.27	0.3	0.36	0.33	0.43
AAL19188 (yaeT)	0.39	0.49	0.68	0.42	0.74	0.29	0.36	0.67	0.51	0.44	0.36	0.54	0.55	0.89	0.52	0.33	0.27	0.26	0.3	0.3	0.31	1.0	0.74	0.36	0.22	0.58	0.62	0.54	0.49	0.13	0.27	0.73	0.49	0.28	0.29	0.39	0.46	0.77	0.72
AAL19196 (accA)	0.31	0.38	0.12	0.42	0.29	0.3	0.24	0.5	0.48	0.62	0.61	0.52	0.19	1.0	0.18	0.12	0.31	0.2	0.2	0.23	0.16	0.29	0.11	0.4	0.22	0.84	0.57	0.3	0.49	0.1	0.12	0.19	0.47	0.06	0.4	0.54	0.37	0.23	0.3
AAL19277 (proB)	0.26	0.42	0.19	0.45	0.2	0.2	0.58	0.58	0.44	0.31	0.45	0.86	0.21	0.99	1.0	0.15	0.41	0.39	0.44	0.44	0.15	0.26	0.17	0.47	0.26	0.74	0.5	0.47	0.57	0.09	0.2	0.19	0.52	0.12	0.53	0.49	0.59	0.2	0.33
AAL19278 (proA)	0.25	0.53	0.36	0.53	0.29	0.43	0.4	0.56	0.51	0.37	0.49	0.96	0.23	1.0	0.59	0.15	0.32	0.25	0.32	0.28	0.21	0.41	0.17	0.45	0.3	0.88	0.64	0.43	0.77	0.1	0.19	0.2	0.68	0.1	0.35	0.5	0.62	0.37	0.24
AAL19362 (secF)	0.6	0.44	0.29	0.47	0.5	0.29	0.42	0.64	0.3	0.35	0.15	1.0	0.35	0.92	0.4	0.64	0.37	0.39	0.44	0.43	0.16	0.39	0.6	0.64	0.18	0.53	0.64	0.43	0.46	0.15	0.24	0.38	0.52	0.48	0.35	0.51	0.54	0.6	0.49
AAL19400 (yajG)	0.22	0.38	0.18	0.18	0.25	0.22	0.15	0.3	0.46	0.34	0.54	0.85	0.3	0.5	0.25	0.07	0.36	0.08	0.11	0.11	0.05	0.31	0.12	0.38	0.07	0.82	1.0	0.28	0.17	0.11	0.12	0.3	0.18	0.07	0.38	0.76	0.51	0.18	0.48
AAL19404 (clpX)	0.43	0.57	0.48	0.61	0.33	0.34	0.37	0.65	0.5	0.5	0.5	0.69	0.58	0.88	0.55	0.45	0.29	0.34	0.36	0.36	0.51	0.85	0.33	0.39	0.46	0.65	0.5	1.0	0.91	0.3	0.34	0.43	0.78	0.38	0.39	0.44	0.33	0.33	0.54
AAL19694 (ybgF)	0.25	0.43	0.22	0.28	0.51	0.32	0.29	0.55	0.26	0.34	0.2	0.41	0.26	1.0	0.1	0.28	0.21	0.14	0.19	0.19	0.14	0.79	0.51	0.13	0.13	0.59	0.37	0.21	0.19	0.15	0.13	0.39	0.19	0.21	0.32	0.24	0.17	0.38	0.46
AAL19724 (ybhC)	0.17	0.28	0.17	0.34	0.33	0.2	0.14	0.37	0.49	0.45	0.39	0.58	0.16	0.63	0.22	0.03	0.22	0.1	0.11	0.12	0.03	0.23	0.04	0.42	0.05	1.0	0.84	0.19	0.13	0.11	0.06	0.3	0.11	0.02	0.22	0.83	0.34	0.4	0.32
AAL19932 (aspC)	0.18	0.34	0.14	0.42	0.22	0.68	0.24	0.51	0.19	0.36	0.16	0.34	0.13	1.0	0.34	0.1	0.22	0.28	0.32	0.33	0.1	0.27	0.09	0.15	0.2	0.51	0.26	0.22	0.44	0.05	0.12	0.17	0.39	0.08	0.21	0.23	0.17	0.14	0.23
AAL19934 (asnS)	0.27	0.42	0.31	0.41	0.35	0.18	0.51	0.71	0.56	0.68	0.48	0.63	0.31	1.0	0.47	0.21	0.46	0.53	0.63	0.58	0.19	0.38	0.19	0.48	0.29	0.7	0.38	0.54	0.46	0.13	0.23	0.22	0.39	0.19	0.37	0.33	0.44	0.75	0.31
AAL20124 (fabG)	0.81	0.66	0.47	0.99	0.94	0.72	0.54	0.62	0.58	0.65	0.53	0.75	0.57	0.76	0.57	0.38	0.37	0.28	0.27	0.31	0.45	0.28	0.41	0.61	0.35	0.67	0.94	0.48	0.49	0.32	0.23	0.77	0.55	0.33	0.37	1.0	0.4	0.68	0.91
AAL20135 (ycfL)	0.28	0.52	0.53	0.44	0.35	0.83	0.22	0.67	0.29	0.56	0.29	0.35	0.69	1.0	0.18	0.14	0.11	0.22	0.24	0.26	0.4	0.65	0.04	0.33	0.49	0.57	0.42	0.35	0.52	0.08	0.33	0.37	0.5	0.08	0.1	0.34	0.36	0.48	0.46
AAL20136 (ycfM)	0.34	0.44	0.75	0.55	0.5	0.87	0.56	0.61	0.3	0.53	0.23	0.32	1.0	0.79	0.5	0.37	0.24	0.61	0.65	0.67	0.34	0.36	0.16	0.32	0.67	0.5	0.44	0.56	0.52	0.08	0.28	0.49	0.52	0.31	0.28	0.32	0.37	0.63	0.72
AAL20372 (pdxY)	0.24	0.37	0.17	0.25	0.2	0.2	0.44	0.57	0.3	0.23	0.33	0.79	0.2	1.0	0.31	0.12	0.16	0.22	0.26	0.26	0.14	0.29	0.17	0.39	0.13	0.32	0.6	0.28	0.29	0.06	0.2	0.26	0.34	0.08	0.22	0.39	0.45	0.15	0.38
AAL20386 (ydgA)	0.24	0.37	1.0	0.41	0.44	0.4	0.4	0.4	0.29	0.35	0.2	0.34	0.84	0.46	0.37	0.38	0.17	0.45	0.52	0.48	0.32	0.29	0.14	0.41	0.41	0.83	0.35	0.62	0.38	0.09	0.37	0.35	0.33	0.38	0.14	0.36	0.39	0.53	0.41
AAL20398 (pntA)	0.42	0.49	0.36	0.65	0.29	0.76	0.18	0.99	0.46	0.77	0.41	0.63	0.34	1.0	0.9	0.19	0.19	0.38	0.37	0.44	0.12	0.39	0.18	0.49	0.27	0.63	0.43	0.61	0.88	0.07	0.23	0.36	0.84	0.2	0.12	0.45	0.45	0.39	0.47
AAL20399 (pntB)	0.31	0.43	0.42	0.55	0.25	0.55	0.13	0.92	0.36	0.5	0.25	0.6	0.36	1.0	0.47	0.18	0.22	0.24	0.24	0.29	0.16	0.35	0.13	0.45	0.19	0.51	0.36	0.52	0.86	0.08	0.24	0.32	0.79	0.15	0.13	0.36	0.4	0.37	0.33
AAL20540 (ydcG)	0.26	0.37	0.27	0.23	0.22	0.2	0.2	0.39	0.27	0.35	0.25	0.36	0.35	0.61	0.36	0.11	0.25	0.28	0.26	0.29	0.1	0.35	0.1	0.33	0.15	0.71	1.0	0.3	0.16	0.06	0.11	0.18	0.15	0.11	0.26	0.6	0.59	0.34	0.27
AAL20695 (prsA)	0.22	0.21	0.13	0.4	0.41	0.49	0.27	0.61	0.2	0.42	0.14	0.43	0.18	1.0	0.13	0.1	0.09	0.22	0.23	0.25	0.06	0.17	0.16	0.14	0.04	0.53	0.28	0.18	0.28	0.05	0.14	0.27	0.38	0.07	0.11	0.19	0.13	0.34	0.4
AAL21072 (pbpG)	0.33	0.43	0.29	0.24	0.26	0.18	0.43	0.55	0.28	0.27	0.36	0.95	0.47	1.0	0.32	0.18	0.33	0.2	0.24	0.26	0.27	0.32	0.2	0.46	0.3	0.58	0.54	0.26	0.36	0.08	0.16	0.29	0.35	0.16	0.44	0.37	0.5	0.21	0.54
AAL21293 (vacJ)	0.35	0.53	0.51	0.51	0.49	0.38	0.3	0.58	0.56	0.71	0.68	0.68	0.68	0.87	0.63	0.28	0.4	0.37	0.31	0.39	0.27	0.39	0.32	0.44	0.42	1.0	0.67	0.47	0.39	0.17	0.33	0.4	0.38	0.34	0.51	0.78	0.53	0.51	0.59
AAL21414 (yfgL)	0.6	0.54	0.35	0.53	0.33	0.51	0.51	0.63	0.33	0.62	0.31	0.6	0.37	0.84	1.0	0.39	0.2	0.53	0.61	0.63	0.26	0.67	0.48	0.38	0.28	0.58	0.46	0.44	0.45	0.19	0.27	0.3	0.5	0.22	0.19	0.36	0.44	0.51	0.36
AAL21415 (yfgM)	0.41	0.5	0.37	0.45	0.26	0.38	0.36	0.62	0.31	0.51	0.28	0.62	0.31	1.0	0.48	0.26	0.12	0.34	0.38	0.37	0.39	0.87	0.25	0.38	0.37	0.65	0.58	0.38	0.6	0.12	0.27	0.23	0.59	0.11	0.11	0.47	0.43	0.4	0.32
AAL21455 (glnB)	0.47	0.69	0.8	0.62	0.64	0.38	0.66	0.74	0.4	0.7	0.42	0.53	0.88	1.0	0.6	0.43	0.23	0.41	0.29	0.42	0.33	0.6	0.48	0.56	0.3	0.66	0.77	0.74	1.0	0.95	0.53	0.71	0.92	0.47	0.25	0.73	0.65	0.55	0.97
AAL21553 (yfiO)	0.71	0.43	0.22	0.36	0.3	0.29	0.31	0.62	0.25	0.46	0.35	0.6	0.37	1.0	0.54	0.28	0.37	0.18	0.21	0.22	0.26	1.0	0.52	0.39	0.27	0.74	0.6	0.57	0.48	0.27	0.24	0.42	0.58	0.25	0.46	0.53	0.4	0.16	0.59
AAL21710 (ygaD)	0.55	0.67	0.53	0.38	0.34	0.26	0.4	0.61	0.4	0.56	0.37	0.46	0.94	0.77	0.55	0.09	0.42	0.41	0.45	0.46	0.23	0.72	0.09	0.58	0.37	0.59	0.93	0.82	0.48	0.05	0.2	0.52	0.51	0.05	0.54	1.0	0.72	0.41	0.9
AAL21953 (speB)	0.27	0.3	0.16	0.34	0.54	0.3	0.17	0.3	0.53	0.17	0.5	0.31	0.27	0.36	0.24	0.05	0.3	0.08	0.1	0.09	0.08	0.16	0.03	0.57	0.09	1.0	0.79	0.29	0.22	0.15	0.12	0.43	0.18	0.03	0.44	0.63	0.65	0.58	0.44
AAL21961 (speA)	0.29	0.17	0.18	0.25	0.19	0.42	0.11	0.31	0.2	0.1	0.23	0.21	0.15	0.7	0.11	0.09	0.09	0.09	0.12	0.11	0.11	0.13	0.04	0.27	0.1	0.57	1.0	0.2	0.27	0.05	0.08	0.12	0.23	0.06	0.64	0.36	0.38	0.28	0.16
AAL22164 (mrsA)	0.35	0.6	0.3	0.61	0.52	0.34	0.31	0.58	0.86	0.66	0.79	0.83	0.3	0.78	1.0	0.1	0.6	0.33	0.33	0.35	0.16	0.34	0.14	0.51	0.23	0.71	0.62	0.47	0.55	0.1	0.19	0.46	0.61	0.08	0.7	0.57	0.62	0.49	0.7
AAL22248 (accB)	0.52	0.35	0.17	0.59	0.32	0.35	0.89	0.43	0.33	0.41	0.45	0.67	0.25	0.68	0.38	0.09	0.47	0.32	0.33	0.32	0.07	0.23	0.12	0.56	0.07	0.98	0.73	0.44	0.34	0.12	0.15	0.3	0.28	0.07	1.0	0.56	0.44	0.24	0.48
AAL22249 (accC)	0.44	0.3	0.1	0.4	0.24	0.33	0.24	0.58	0.37	0.36	0.38	0.51	0.13	1.0	0.12	0.09	0.21	0.09	0.12	0.1	0.05	0.23	0.12	0.48	0.06	0.92	0.64	0.29	0.25	0.19	0.15	0.2	0.23	0.05	0.37	0.51	0.34	0.23	0.3
AAL22359 (yrfH)	0.38	0.29	0.16	0.24	0.1	0.21	0.35	0.31	0.14	0.17	0.22	0.19	0.27	0.4	0.38	0.08	0.39	0.27	0.55	0.3	0.17	0.58	0.05	0.25	0.12	0.29	0.31	0.37	0.19	0.07	0.07	0.17	0.22	0.05	1.0	0.27	0.24	0.15	0.22
AAL22360 (yrfI)	0.41	0.27	0.12	0.38	0.11	0.47	0.48	0.34	0.13	0.24	0.18	0.25	0.14	0.39	1.0	0.17	0.34	0.58	0.81	0.52	0.27	0.27	0.16	0.44	0.13	0.29	0.32	0.31	0.22	0.06	0.07	0.14	0.28	0.11	0.85	0.3	0.6	0.15	0.15
AAL22384 (glpR)	0.43	0.51	0.34	0.48	0.23	0.37	0.97	0.48	0.32	0.29	0.31	0.52	0.3	0.64	1.0	0.15	0.41	0.42	0.58	0.44	0.2	0.33	0.1	0.46	0.22	0.61	0.39	0.43	0.38	0.08	0.2	0.22	0.33	0.09	0.78	0.35	0.64	0.36	0.27
AAL22590 (dut)	0.5	0.52	0.45	0.45	0.57	0.21	0.4	0.46	0.52	0.58	0.53	1.0	0.52	0.58	0.54	0.13	0.2	0.32	0.3	0.32	0.12	0.23	0.18	0.65	0.14	0.65	0.69	0.73	0.47	0.13	0.21	0.61	0.59	0.11	0.21	0.77	0.71	0.62	0.94
AAL22729 (atpB)	0.64	0.73	0.39	0.61	0.83	0.55	0.37	0.64	0.61	0.63	0.61	0.87	0.49	0.85	0.69	0.27	0.5	0.4	0.26	0.38	0.22	0.69	0.31	0.54	0.16	1.0	0.88	0.66	0.65	0.25	0.2	0.8	0.72	0.29	0.58	0.65	0.52	0.8	0.9
AAL22818 (tatB)	0.67	0.66	0.43	0.51	0.45	0.29	0.56	0.69	0.4	0.5	0.58	0.94	0.68	0.75	1.0	0.35	0.39	0.33	0.34	0.44	0.36	0.83	0.45	0.49	0.26	0.53	0.6	0.68	0.78	0.38	0.26	0.49	0.77	0.28	0.61	0.7	0.45	0.3	0.87
AAL22819 (tatC)	0.93	0.55	0.22	0.33	0.36	0.27	0.44	0.67	0.25	0.34	0.38	0.98	0.37	0.93	0.57	0.46	0.52	0.2	0.17	0.23	0.4	0.57	0.69	0.5	0.26	0.44	0.58	0.57	0.46	0.19	0.25	0.37	0.52	0.44	1.0	0.53	0.52	0.22	0.68
AAL22974 (tufB)	0.31	0.36	0.34	0.47	0.7	0.39	0.26	0.39	0.86	0.45	1.0	0.79	0.23	0.55	0.45	0.12	0.32	0.17	0.15	0.17	0.05	0.23	0.18	0.37	0.05	0.59	0.66	0.24	0.39	0.17	0.05	0.65	0.31	0.07	0.49	0.65	0.3	0.59	0.46
AAL23182 (hflX)	0.78	0.67	0.72	0.6	0.51	0.31	0.55	0.73	0.42	0.54	0.57	0.55	0.89	0.94	0.86	0.37	0.47	0.53	0.61	0.64	0.32	0.32	0.49	0.51	0.31	0.66	0.59	1.0	0.77	0.22	0.34	0.69	0.71	0.34	0.87	0.49	0.51	0.49	0.99
AAL23183 (hflK)	0.42	0.31	0.34	0.42	0.24	0.54	0.3	0.46	0.24	0.35	0.24	0.37	0.35	0.6	0.54	0.19	0.45	0.29	0.35	0.32	0.43	0.46	0.13	0.25	0.28	0.62	0.34	0.46	0.38	0.1	0.13	0.29	0.32	0.09	1.0	0.24	0.25	0.25	0.41
AAL23184 (hflC)	0.47	0.5	0.55	0.58	0.34	1.0	0.2	0.56	0.46	0.44	0.51	0.46	0.48	0.76	0.42	0.33	0.39	0.18	0.21	0.22	0.6	0.89	0.27	0.32	0.34	0.93	0.46	0.58	0.72	0.22	0.21	0.37	0.58	0.2	0.72	0.36	0.3	0.46	0.5
AAL23257 (yjgA)	0.51	0.24	0.17	0.38	0.14	0.28	0.75	0.25	0.17	0.17	0.23	0.24	0.24	0.2	1.0	0.22	0.23	0.45	0.55	0.59	0.16	0.08	0.12	0.41	0.13	0.22	0.32	0.17	0.13	0.08	0.11	0.11	0.15	0.19	0.2	0.37	0.43	0.16	0.17
AAL23295 (holC)	0.38	0.68	0.59	0.51	0.26	0.36	0.54	0.66	0.58	0.69	0.6	0.65	0.58	1.0	0.86	0.08	0.32	0.5	0.41	0.54	0.25	0.94	0.06	0.51	0.31	0.81	0.48	0.57	0.42	0.32	0.18	0.38	0.38	0.05	0.4	0.48	0.38	0.54	0.37
AAL23296 (pepA)	0.3	0.52	0.75	0.6	0.32	0.72	0.26	0.48	0.73	0.82	0.68	0.64	0.77	0.74	0.44	0.09	0.24	0.22	0.25	0.27	0.27	0.6	0.05	0.52	0.36	1.0	0.59	0.53	0.46	0.15	0.13	0.37	0.42	0.07	0.21	0.69	0.45	0.66	0.47
AAL23396 (yjjK)	0.42	0.43	0.29	0.61	0.36	0.84	0.3	0.52	0.46	0.57	0.42	0.87	0.41	0.92	0.41	0.09	0.31	0.21	0.22	0.23	0.18	0.45	0.08	0.41	0.2	1.0	0.62	0.33	0.46	0.12	0.12	0.3	0.39	0.05	0.33	0.54	0.39	0.55	0.5

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)