Heatmap: Cluster_12 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene
11168-O,WT,biofilm extract
11168-O,WT,planktonic cell extract
CG8433,WT,mid-log,Mueller Hinton agar plate
CG8433,WT,mid-log,Mueller Hinton broth
CG8433,WT,mid-log,blood agar plate
NCTC11168,CRISPR-tracrRNA-KO
NCTC11168,WT
NCTC11168,WT,Fe limited
NCTC11168,WT,Fe replete
NCTC11168,WT,chicken intestinal mucus
NCTC11168,WT,cow intestinal mucus
NCTC11168,WT,defined media
NCTC11168,WT,pig intestinal mucus
NCTC11168,WT,sheep intestinal mucus
NCTC11168,WT,turkey intestinal mucus
NCTC11168,cas9-KO
NCTC11168,crRNA3-KO
NCTC11168,fur-KO,Fe limited
NCTC11168,fur-KO,Fe replete
NCTC11168,fur-KO,perR-KO,Fe limited
NCTC11168,fur-KO,perR-KO,Fe replete
NCTC11168,perR-KO,Fe limited
NCTC11168,perR-KO,Fe replete
NCTC11168,tracrRNA-KO
NCTC12661,WT,exponential,spiral
NCTC12661,WT,stationary,filamentous
NCTC12661,WT,stationary,spiral
PT14,WT,exponential,spiral
PT14,WT,stationary,filamentous
PT14,WT,stationary,spiral
Sheep Abortion,WT,24h bile inoculate
Sheep Abortion,WT,24h gallbladder inoculate
Sheep Abortion,WT,2h bile inoculate
Sheep Abortion,WT,2h gallbladder inoculate
Sheep Abortion,WT,laboratory culture
AHY39289 (CJ8421_00060)
0.05 0.7 0.1 0.37 0.62 0.05 0.05 0.0 0.52 0.02 0.55 0.05 0.38 0.27 0.03 0.05 0.06 0.08 0.02 0.1 0.87 0.04 1.0 0.05 0.14 0.01 0.04 0.32 0.02 0.03 0.27 0.12 0.33 0.25 0.17
AHY39343 (CJ8421_00360)
0.44 0.78 0.69 0.69 0.48 0.11 0.1 0.26 0.36 0.22 0.26 0.16 0.21 0.22 0.3 0.09 0.13 0.17 0.4 0.14 0.27 0.26 0.26 0.1 0.14 0.15 0.46 0.1 0.07 0.07 0.51 0.17 1.0 0.59 0.76
AHY39361 (CJ8421_00450)
0.21 0.33 0.45 1.0 0.2 0.01 0.02 0.19 0.57 0.17 0.41 0.09 0.35 0.32 0.25 0.01 0.01 0.1 0.56 0.09 0.35 0.11 0.21 0.01 0.07 0.04 0.16 0.04 0.04 0.04 0.33 0.14 0.57 0.38 0.38
AHY39368 (rpmA)
0.44 0.39 0.25 0.15 0.17 0.22 0.14 0.21 0.16 0.16 0.14 0.26 0.12 0.15 0.14 0.14 0.21 0.28 0.14 0.3 0.18 0.25 0.17 0.2 0.34 0.89 0.3 0.28 0.97 1.0 0.16 0.11 0.13 0.15 0.15
AHY39419 (CJ8421_00750)
0.03 0.14 0.73 0.39 0.71 0.33 0.27 0.56 0.23 0.44 0.28 0.44 0.3 0.27 0.37 0.23 0.29 0.58 0.23 0.49 0.26 0.72 0.46 0.26 0.92 0.66 0.77 1.0 0.58 0.66 0.41 0.3 0.42 0.37 0.6
AHY39494 (pyrE)
0.09 0.1 0.25 0.12 0.11 0.15 0.15 0.46 0.22 0.16 0.16 0.31 0.17 0.18 0.12 0.13 0.16 0.38 0.22 0.41 0.23 0.29 0.2 0.15 0.66 0.74 0.6 1.0 0.7 0.53 0.31 0.57 0.18 0.44 0.29
AHY39505 (rplT)
0.03 0.02 0.48 0.22 0.25 0.16 0.16 0.31 0.19 0.11 0.09 0.24 0.09 0.09 0.07 0.13 0.14 0.44 0.15 0.56 0.28 0.25 0.19 0.19 0.4 0.52 0.27 0.47 1.0 0.96 0.2 0.16 0.16 0.25 0.23
AHY39589 (flhB)
0.42 0.1 0.06 0.04 0.03 0.13 0.11 0.18 0.07 0.03 0.07 0.08 0.06 0.06 0.03 0.09 0.13 0.16 0.07 0.22 0.11 0.13 0.07 0.11 0.2 0.1 0.14 0.43 1.0 0.49 0.16 0.64 0.09 0.42 0.16
AHY39614 (CJ8421_01795)
0.02 0.09 0.47 0.85 0.14 0.03 0.03 0.01 1.0 0.17 0.89 0.19 0.62 0.89 0.35 0.03 0.04 0.01 0.5 0.01 0.55 0.02 0.57 0.03 0.04 0.07 0.12 0.01 0.01 0.02 0.13 0.09 0.18 0.16 0.13
AHY39626 (rpsU)
0.02 0.02 0.31 0.72 0.3 0.37 0.55 0.35 1.0 0.37 0.48 0.18 0.38 0.79 0.8 0.7 0.38 0.42 0.98 0.34 0.65 0.23 0.36 0.4 0.29 0.51 0.3 0.14 0.2 0.18 0.29 0.09 0.27 0.19 0.33
AHY39635 (CJ8421_01900)
0.08 0.02 0.24 0.08 0.27 0.02 0.01 0.9 0.03 0.49 0.06 0.28 0.06 0.08 0.41 0.01 0.02 0.81 0.03 0.78 0.31 0.75 0.42 0.02 0.28 0.66 0.54 1.0 0.41 0.51 0.26 0.27 0.42 0.44 0.57
AHY39664 (CJ8421_02045)
0.13 1.0 0.6 0.81 0.5 0.12 0.11 0.12 0.74 0.21 0.23 0.3 0.19 0.22 0.19 0.13 0.13 0.11 0.64 0.1 0.44 0.22 0.48 0.11 0.23 0.44 0.32 0.26 0.2 0.2 0.61 0.42 0.53 0.56 0.48
AHY39665 (CJ8421_02050)
0.25 0.93 0.7 1.0 0.61 0.06 0.06 0.07 0.52 0.18 0.46 0.16 0.3 0.38 0.34 0.05 0.06 0.06 0.41 0.06 0.28 0.11 0.32 0.06 0.13 0.2 0.22 0.11 0.11 0.09 0.49 0.22 0.7 0.41 0.36
AHY39666 (frdB)
0.14 0.52 0.67 1.0 0.7 0.08 0.09 0.11 0.71 0.35 0.81 0.24 0.68 0.66 0.55 0.08 0.09 0.12 0.61 0.11 0.44 0.16 0.42 0.08 0.32 0.45 0.67 0.19 0.23 0.19 0.39 0.2 0.81 0.49 0.49
AHY39693 (CJ8421_02190)
0.24 0.58 0.48 1.0 0.08 0.06 0.06 0.01 0.6 0.03 0.14 0.08 0.11 0.12 0.07 0.05 0.09 0.01 0.41 0.01 0.27 0.01 0.24 0.06 0.09 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.14 0.23 0.21 0.66 0.08
AHY39694 (CJ8421_02195)
0.17 0.23 0.41 1.0 0.09 0.02 0.03 0.01 0.45 0.03 0.17 0.05 0.13 0.13 0.08 0.02 0.03 0.01 0.3 0.01 0.2 0.01 0.18 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.02 0.04 0.08 0.11 0.14 0.29 0.05
AHY39695 (CJ8421_02200)
0.05 0.16 0.4 1.0 0.08 0.02 0.03 0.03 0.74 0.04 0.19 0.08 0.16 0.19 0.08 0.02 0.05 0.02 0.49 0.02 0.34 0.02 0.3 0.02 0.1 0.04 0.14 0.08 0.04 0.07 0.08 0.11 0.12 0.25 0.08
AHY39724 (rpmG)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.18 0.25 0.68 0.55 0.79 0.91 1.0 0.72 0.8 0.14 0.1 0.34 0.55 0.39 0.61 0.22 0.54 0.17 0.37 0.12 0.34 0.45 0.57 0.57 0.25 0.66 0.26 0.49 0.31
AHY39754 (CJ8421_02515)
0.48 0.4 0.65 0.55 0.3 0.18 0.15 0.68 0.76 0.69 0.36 1.0 0.39 0.41 0.37 0.14 0.22 0.73 0.68 0.63 0.65 0.75 0.75 0.17 0.63 0.49 0.82 0.47 0.35 0.24 0.58 0.41 0.45 0.51 0.57
AHY39755 (CJ8421_02520)
0.28 0.23 0.21 0.14 0.07 0.17 0.15 0.76 0.76 0.66 0.13 1.0 0.2 0.23 0.12 0.11 0.14 0.82 0.7 0.74 0.73 0.73 0.71 0.16 0.45 0.32 0.5 0.31 0.29 0.17 0.5 0.37 0.26 0.37 0.48
AHY39756 (CJ8421_02525)
0.5 0.28 0.59 0.37 0.24 0.22 0.2 0.76 0.83 0.56 0.42 1.0 0.44 0.47 0.34 0.18 0.23 0.87 0.79 0.83 0.88 0.68 0.73 0.21 0.69 0.46 0.84 0.49 0.42 0.19 0.55 0.34 0.44 0.61 0.72
AHY39776 (oorB)
0.38 0.34 0.93 1.0 0.59 0.07 0.08 0.1 0.32 0.16 0.32 0.15 0.22 0.29 0.28 0.07 0.08 0.09 0.31 0.1 0.27 0.15 0.3 0.07 0.19 0.32 0.33 0.06 0.03 0.02 0.65 0.14 0.72 0.41 0.6
AHY39798 (CJ8421_02735)
0.16 0.33 0.53 0.25 0.66 0.14 0.12 0.85 0.26 0.72 0.44 0.62 0.45 0.52 0.79 0.1 0.14 0.78 0.46 0.71 0.43 0.94 0.52 0.13 0.51 1.0 0.68 0.81 0.51 0.54 0.75 0.42 0.73 0.4 0.97
AHY39849 (CJ8421_02990)
0.05 0.41 0.27 0.26 0.43 0.11 0.09 0.66 0.48 0.68 0.5 0.56 0.57 0.53 0.53 0.1 0.1 0.53 0.48 0.34 0.33 1.0 0.6 0.09 0.46 0.86 0.41 0.32 0.28 0.28 0.41 0.19 0.34 0.21 0.39
AHY39967 (CJ8421_03690)
0.23 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.09 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.05 0.03 0.0 1.0 0.01 0.04 0.0
AHY39968 (CJ8421_03695)
0.57 0.05 0.01 0.0 0.01 0.03 0.01 0.12 0.03 0.01 0.01 0.05 0.0 0.01 0.0 0.01 0.07 0.24 0.03 0.21 0.03 0.07 0.03 0.03 0.06 0.0 0.0 0.12 0.36 0.39 0.05 1.0 0.03 0.07 0.01
AHY39974 (CJ8421_03725)
0.28 0.19 0.15 0.08 0.11 0.18 0.13 0.21 0.13 0.13 0.19 0.18 0.28 0.16 0.11 0.14 0.17 0.2 0.13 0.25 0.16 0.13 0.12 0.14 0.23 0.01 0.02 0.17 0.77 0.53 0.51 0.92 0.47 1.0 0.3
AHY39975 (CJ8421_03730)
0.14 0.11 0.14 0.08 0.06 0.31 0.27 0.27 0.2 0.09 0.03 0.25 0.09 0.07 0.03 0.21 0.31 0.3 0.18 0.36 0.21 0.22 0.2 0.25 0.32 0.05 0.07 0.3 1.0 0.73 0.32 0.72 0.24 0.74 0.25
AHY39994 (CJ8421_03825)
0.21 0.93 0.54 1.0 0.39 0.03 0.04 0.09 0.34 0.12 0.52 0.47 0.5 0.41 0.27 0.03 0.03 0.08 0.22 0.08 0.23 0.13 0.3 0.03 0.17 0.17 0.16 0.19 0.12 0.09 0.36 0.22 0.38 0.25 0.33
AHY39995 (napG)
0.27 0.47 0.5 1.0 0.28 0.04 0.04 0.05 0.34 0.05 0.38 0.39 0.32 0.27 0.15 0.04 0.05 0.05 0.21 0.06 0.24 0.07 0.26 0.04 0.15 0.1 0.14 0.12 0.07 0.04 0.31 0.17 0.28 0.25 0.2
AHY39996 (napH)
0.57 1.0 0.46 0.84 0.15 0.1 0.14 0.08 0.72 0.04 0.25 0.81 0.16 0.2 0.08 0.11 0.13 0.09 0.39 0.11 0.46 0.12 0.51 0.11 0.29 0.19 0.26 0.18 0.14 0.06 0.51 0.32 0.27 0.37 0.2
AHY39997 (CJ8421_03840)
0.19 0.43 0.47 1.0 0.19 0.05 0.05 0.05 0.35 0.07 0.42 0.39 0.41 0.33 0.17 0.04 0.06 0.07 0.21 0.08 0.23 0.08 0.29 0.04 0.14 0.11 0.15 0.12 0.09 0.06 0.33 0.14 0.24 0.23 0.21
AHY40090 (CJ8421_04335)
0.12 0.34 0.09 0.1 0.26 0.11 0.09 0.32 0.14 0.29 0.42 0.31 0.46 0.34 0.28 0.07 0.13 0.24 0.14 0.22 0.12 0.28 0.14 0.06 0.41 1.0 0.25 0.93 0.4 0.37 0.1 0.18 0.09 0.17 0.16
AHY40092 (CJ8421_04345)
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.22 0.08 0.32 0.43 0.17 0.47 0.39 0.38 0.01 0.01 0.15 0.08 0.13 0.06 0.26 0.15 0.0 0.38 1.0 0.25 0.73 0.27 0.46 0.18 0.2 0.28 0.16 0.14
AHY40174 (CJ8421_04755)
0.08 0.18 0.2 0.07 0.06 0.15 0.22 0.24 0.47 0.13 0.02 0.69 0.03 0.03 0.01 0.14 0.15 0.35 0.42 0.5 0.52 0.2 0.32 0.12 0.61 0.34 0.53 0.43 1.0 0.67 0.36 0.9 0.14 0.43 0.28
AHY40278 (rpsR)
0.67 0.17 0.33 0.29 0.17 0.2 0.19 0.31 0.32 0.51 0.33 0.47 0.34 0.36 0.4 0.16 0.2 0.43 0.23 0.42 0.45 0.39 0.45 0.23 0.58 1.0 0.59 0.41 0.92 0.94 0.27 0.33 0.26 0.47 0.31
AHY40428 (CJ8421_06105)
0.25 0.63 0.27 0.27 0.42 0.28 0.26 0.38 0.61 0.9 0.67 0.39 0.56 0.73 0.71 0.3 0.28 0.4 0.52 0.39 0.43 1.0 0.73 0.25 0.26 0.74 0.12 0.25 0.32 0.26 0.31 0.32 0.23 0.23 0.24
AHY40429 (CJ8421_06110)
0.03 0.13 0.14 0.13 0.13 0.44 0.37 0.35 0.49 0.46 0.15 0.38 0.16 0.33 0.2 0.41 0.53 0.41 0.42 0.34 0.32 0.83 0.59 0.35 0.36 1.0 0.2 0.35 0.45 0.67 0.11 0.19 0.09 0.11 0.2
AHY40454 (CJ8421_06235)
0.24 0.48 0.3 0.19 0.42 0.12 0.1 0.73 0.27 0.67 0.88 0.56 1.0 0.81 0.75 0.09 0.12 0.52 0.25 0.53 0.23 0.45 0.22 0.11 0.64 0.83 0.59 0.63 0.58 0.51 0.38 0.68 0.35 0.45 0.29
AHY40491 (CJ8421_06420)
0.15 0.47 0.37 0.26 0.27 0.32 0.3 0.92 0.73 0.58 0.48 0.94 0.55 0.62 0.51 0.3 0.32 1.0 0.71 0.78 0.58 0.84 0.56 0.27 0.55 0.45 0.62 0.47 0.36 0.29 0.48 0.39 0.42 0.47 0.43
AHY40539 (CJ8421_06740)
0.56 0.22 0.31 0.37 0.46 0.19 0.15 1.0 0.36 0.5 0.59 0.55 0.66 0.53 0.41 0.14 0.2 0.7 0.35 0.75 0.28 0.3 0.16 0.16 0.66 1.0 0.67 0.86 0.69 0.75 0.43 0.38 0.34 0.32 0.41
AHY40552 (CJ8421_06805)
0.19 0.28 0.23 0.43 0.14 0.01 0.01 0.03 1.0 0.2 0.91 0.56 0.69 0.89 0.33 0.01 0.01 0.03 0.83 0.03 0.47 0.06 0.97 0.01 0.34 0.14 0.14 0.17 0.17 0.19 0.23 0.26 0.17 0.25 0.06
AHY40553 (CJ8421_06810)
0.18 0.28 0.24 0.48 0.14 0.01 0.01 0.03 0.98 0.21 1.0 0.41 0.77 0.92 0.36 0.01 0.01 0.03 0.85 0.03 0.49 0.06 0.79 0.01 0.36 0.18 0.15 0.18 0.14 0.14 0.2 0.29 0.16 0.22 0.04
AHY40666 (CJ8421_07445)
0.53 0.53 0.72 1.0 0.45 0.12 0.1 0.23 0.88 0.43 0.62 0.47 0.47 0.52 0.47 0.09 0.13 0.25 0.8 0.26 0.67 0.3 0.88 0.11 0.28 0.26 0.29 0.22 0.25 0.13 0.51 0.29 0.45 0.49 0.43
AHY40675 (CJ8421_07490)
0.39 0.27 0.21 0.19 0.13 0.4 0.36 0.4 0.31 0.42 0.56 0.49 0.55 0.62 0.41 0.3 0.37 0.42 0.29 0.46 0.33 0.43 0.27 0.4 0.5 0.63 0.44 0.58 0.67 0.66 0.44 1.0 0.39 0.57 0.5
AHY40708 (CJ8421_07670)
0.01 0.14 0.28 0.27 0.25 0.04 0.03 0.54 0.27 0.62 0.2 0.32 0.23 0.24 0.5 0.02 0.04 0.53 0.26 0.41 0.4 0.51 0.4 0.03 0.38 1.0 0.36 0.85 0.49 0.56 0.39 0.44 0.38 0.32 0.47
AHY40714 (CJ8421_07700)
0.14 0.13 0.26 0.16 0.24 0.09 0.08 0.61 0.85 0.82 1.0 0.43 0.93 0.9 0.81 0.07 0.07 0.45 0.8 0.49 0.79 0.86 0.93 0.08 0.36 0.87 0.38 0.39 0.42 0.57 0.5 0.11 0.81 0.41 0.7
AHY40736 (CJ8421_07820)
0.14 0.4 0.22 0.2 0.16 0.02 0.02 0.6 0.59 0.65 0.28 1.0 0.35 0.44 0.36 0.02 0.02 0.65 0.58 0.64 0.56 0.89 0.65 0.02 0.63 0.41 0.61 0.39 0.24 0.15 0.66 0.51 0.46 0.53 0.4
AHY40770 (hisG)
0.15 0.13 0.44 0.3 0.35 0.18 0.17 0.55 0.43 0.39 0.42 0.55 0.42 0.39 0.39 0.17 0.19 0.52 0.42 0.5 0.39 0.49 0.38 0.17 0.67 0.75 0.89 1.0 0.76 0.91 0.48 0.85 0.7 0.68 0.61
AHY40771 (hisD)
0.44 0.21 0.84 0.6 0.42 0.18 0.16 0.58 0.47 0.43 0.48 0.53 0.48 0.44 0.4 0.13 0.17 0.58 0.49 0.56 0.45 0.54 0.44 0.17 0.7 0.67 0.98 1.0 0.72 0.64 0.57 0.61 0.77 0.8 0.77
AHY40796 (CJ8421_08120)
0.09 0.04 0.12 0.03 0.04 0.16 0.13 0.26 0.08 0.03 0.03 0.19 0.03 0.03 0.02 0.13 0.17 0.24 0.07 0.31 0.07 0.17 0.04 0.16 0.16 0.31 0.08 0.13 0.43 0.26 0.09 1.0 0.04 0.15 0.03
AHY40883 (rpsQ)
0.64 0.11 0.36 0.42 0.11 0.2 0.32 0.22 0.36 0.16 0.1 0.35 0.12 0.18 0.09 0.22 0.14 0.35 0.23 0.42 0.45 0.17 0.43 0.24 0.37 0.62 0.25 0.25 1.0 0.74 0.22 0.3 0.33 0.36 0.24
AHY40900 (CJ8421_08640)
0.06 0.2 0.03 0.02 0.02 0.11 0.1 0.74 0.18 0.08 0.03 0.32 0.05 0.04 0.02 0.09 0.09 0.67 0.18 0.62 0.19 0.56 0.18 0.11 0.58 1.0 0.46 0.62 0.69 0.96 0.21 0.72 0.09 0.27 0.07

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)