1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_4 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
11168-O,WT,biofilm extract
11168-O,WT,planktonic cell extract
CG8433,WT,mid-log,Mueller Hinton agar plate
CG8433,WT,mid-log,Mueller Hinton broth
CG8433,WT,mid-log,blood agar plate
NCTC11168,CRISPR-tracrRNA-KO
NCTC11168,WT
NCTC11168,WT,Fe limited
NCTC11168,WT,Fe replete
NCTC11168,WT,chicken intestinal mucus
NCTC11168,WT,cow intestinal mucus
NCTC11168,WT,defined media
NCTC11168,WT,pig intestinal mucus
NCTC11168,WT,sheep intestinal mucus
NCTC11168,WT,turkey intestinal mucus
NCTC11168,cas9-KO
NCTC11168,crRNA3-KO
NCTC11168,fur-KO,Fe limited
NCTC11168,fur-KO,Fe replete
NCTC11168,fur-KO,perR-KO,Fe limited
NCTC11168,fur-KO,perR-KO,Fe replete
NCTC11168,perR-KO,Fe limited
NCTC11168,perR-KO,Fe replete
NCTC11168,tracrRNA-KO
NCTC12661,WT,exponential,spiral
NCTC12661,WT,stationary,filamentous
NCTC12661,WT,stationary,spiral
PT14,WT,exponential,spiral
PT14,WT,stationary,filamentous
PT14,WT,stationary,spiral
Sheep Abortion,WT,24h bile inoculate
Sheep Abortion,WT,24h gallbladder inoculate
Sheep Abortion,WT,2h bile inoculate
Sheep Abortion,WT,2h gallbladder inoculate
Sheep Abortion,WT,laboratory culture
AHY39308 (CJ8421_00175)
 0.0 0.0 0.96 0.28 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY39310 (CJ8421_00185)
 0.11 0.23 0.39 0.31 1.0 0.04 0.04 0.28 0.1 0.3 0.2 0.19 0.23 0.19 0.25 0.04 0.04 0.22 0.1 0.2 0.11 0.53 0.32 0.04 0.19 0.06 0.05 0.55 0.2 0.31 0.38 0.2 0.3 0.29 0.25
AHY39313 (CJ8421_00200)
 0.1 0.06 0.11 0.07 1.0 0.01 0.01 0.11 0.21 0.29 0.74 0.71 0.96 0.62 0.5 0.01 0.01 0.09 0.12 0.13 0.28 0.31 0.41 0.01 0.3 0.28 0.18 0.33 0.09 0.18 0.21 0.05 0.15 0.09 0.18
AHY39318 (flgD)
 0.13 0.27 0.32 0.47 1.0 0.08 0.06 0.03 0.14 0.16 0.29 0.21 0.36 0.23 0.3 0.06 0.06 0.01 0.1 0.02 0.1 0.23 0.24 0.09 0.34 0.02 0.05 0.39 0.14 0.4 0.46 0.9 0.55 0.57 0.3
AHY39330 (CJ8421_00285)
 0.0 0.0 0.7 0.69 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY39595 (CJ8421_01700)
 0.0 0.0 1.0 0.38 0.45 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY39596 (CJ8421_01705)
 0.41 0.38 1.0 0.21 0.52 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY39597 (CJ8421_01710)
 1.0 0.08 0.66 0.39 0.43 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY39647 (CJ8421_01960)
 0.02 0.11 0.13 0.21 1.0 0.01 0.01 0.03 0.1 0.25 0.33 0.17 0.32 0.27 0.32 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.05 0.08 0.09 0.02 0.34 0.11 0.07 0.38 0.18 0.62 0.3 0.45 0.38 0.28 0.26
AHY39679 (CJ8421_02120)
 0.0 0.01 1.0 0.6 0.47 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY39680 (CJ8421_02125)
 0.0 0.0 1.0 0.44 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY39681 (CJ8421_02130)
 0.0 0.0 1.0 0.5 0.37 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY39765 (fliE)
 0.03 0.13 0.29 0.28 0.43 0.31 0.23 0.42 0.19 0.38 0.55 0.28 0.59 0.51 0.4 0.27 0.31 0.4 0.15 0.31 0.14 0.4 0.2 0.28 0.56 0.52 0.35 0.48 0.57 0.83 0.4 1.0 0.4 0.5 0.33
AHY39766 (flgC)
 0.09 0.25 0.25 0.27 0.57 0.33 0.31 0.33 0.21 0.41 0.66 0.32 0.79 0.59 0.52 0.28 0.3 0.29 0.18 0.25 0.16 0.39 0.22 0.34 0.67 0.44 0.42 0.74 0.59 0.85 0.42 1.0 0.42 0.47 0.31
AHY39767 (flgB)
 0.09 0.28 0.11 0.09 0.4 0.07 0.07 0.06 0.1 0.1 0.11 0.19 0.16 0.11 0.1 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.22 0.12 0.08 0.36 0.07 0.08 0.42 0.21 0.58 0.3 1.0 0.27 0.35 0.21
AHY39865 (CJ8421_03070)
 0.0 0.0 1.0 0.76 0.74 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY39866 (CJ8421_03075)
 0.0 0.0 1.0 0.62 0.46 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY39917 (flgH)
 0.17 0.3 0.12 0.18 1.0 0.04 0.03 0.02 0.07 0.08 0.14 0.12 0.21 0.13 0.14 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.14 0.1 0.04 0.23 0.02 0.03 0.19 0.07 0.27 0.19 0.51 0.17 0.18 0.1
AHY39927 (CJ8421_03430)
 0.13 0.28 0.17 0.26 0.78 0.07 0.06 0.03 0.11 0.09 0.18 0.19 0.27 0.15 0.16 0.05 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.23 0.18 0.07 0.4 0.03 0.03 0.37 0.22 0.58 0.33 1.0 0.41 0.36 0.26
AHY39928 (flgG)
 0.15 0.16 0.17 0.27 0.81 0.03 0.02 0.06 0.11 0.09 0.17 0.18 0.23 0.12 0.15 0.02 0.02 0.03 0.08 0.04 0.08 0.21 0.17 0.04 0.41 0.03 0.05 0.4 0.21 0.59 0.34 1.0 0.46 0.47 0.26
AHY39986 (CJ8421_03785)
 0.03 0.2 0.14 0.21 1.0 0.03 0.03 0.09 0.08 0.33 0.35 0.24 0.4 0.33 0.31 0.03 0.03 0.08 0.07 0.07 0.09 0.19 0.12 0.04 0.38 0.12 0.19 0.61 0.19 0.59 0.25 0.58 0.51 0.34 0.25
AHY40029 (CJ8421_04000)
 0.0 0.0 0.9 1.0 0.99 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40030 (CJ8421_04005)
 0.0 0.0 0.38 0.49 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40031 (CJ8421_04010)
 0.0 0.0 0.48 0.52 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40035 (CJ8421_04030)
 0.0 0.0 0.59 1.0 0.77 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.58 0.55 0.17 0.45 0.21
AHY40036 (CJ8421_04035)
 0.0 0.0 0.56 1.0 0.6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40037 (CJ8421_04040)
 0.0 0.0 0.63 0.97 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40082 (CJ8421_04275)
 0.18 0.34 0.11 0.15 1.0 0.03 0.03 0.03 0.04 0.3 0.35 0.21 0.53 0.37 0.48 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.11 0.08 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.0 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01
AHY40101 (CJ8421_04390)
 0.21 0.27 0.08 0.12 0.75 0.04 0.04 0.03 0.08 0.14 0.22 0.2 0.29 0.2 0.23 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.12 0.14 0.04 0.23 0.02 0.03 0.19 0.12 0.3 0.32 1.0 0.25 0.4 0.15
AHY40219 (CJ8421_05025)
 0.0 0.0 1.0 0.0 0.65 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40233 (CJ8421_05095)
 0.02 0.2 0.27 0.37 1.0 0.06 0.07 0.07 0.14 0.16 0.22 0.23 0.27 0.19 0.19 0.07 0.05 0.06 0.1 0.07 0.1 0.23 0.2 0.08 0.51 0.1 0.1 0.4 0.26 0.57 0.43 0.81 0.61 0.57 0.4
AHY40346 (CJ8421_05670)
 0.0 0.0 1.0 0.26 0.66 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.0
AHY40446 (CJ8421_06195)
 0.02 0.35 0.08 0.12 0.87 0.11 0.1 0.02 0.09 0.1 0.18 0.24 0.33 0.18 0.16 0.08 0.09 0.02 0.06 0.02 0.06 0.16 0.1 0.15 0.31 0.02 0.12 0.16 0.05 0.14 0.24 1.0 0.16 0.3 0.11
AHY40462 (CJ8421_06275)
 0.19 0.2 0.94 0.96 1.0 0.01 0.01 0.08 0.18 0.23 0.23 0.13 0.23 0.2 0.23 0.01 0.01 0.09 0.18 0.11 0.18 0.14 0.21 0.01 0.22 0.16 0.27 0.28 0.16 0.17 0.16 0.05 0.2 0.13 0.2
AHY40495 (CJ8421_06440)
 0.12 0.13 0.09 0.13 1.0 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.15 0.08 0.18 0.12 0.14 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.11 0.03 0.03 0.11 0.03 0.09 0.15 0.33 0.22 0.19 0.11
AHY40534 (CJ8421_06685)
 0.16 0.19 0.36 0.32 1.0 0.01 0.02 0.04 0.12 0.34 0.39 0.17 0.34 0.31 0.43 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.12 0.02 0.17 0.04 0.02 0.15 0.09 0.25 0.31 0.35 0.57 0.43 0.42
AHY40551 (CJ8421_06800)
 0.09 0.58 0.09 0.2 0.25 0.23 0.26 0.02 0.36 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.0 0.27 0.3 0.31 0.28 0.33 0.42 0.03 0.18 0.34 1.0 0.01 0.03 0.36 0.19 0.22 0.23 0.34 0.22 0.17 0.15
AHY40642 (flgI)
 0.05 0.06 0.09 0.13 1.0 0.05 0.05 0.01 0.05 0.1 0.19 0.09 0.27 0.16 0.2 0.05 0.04 0.0 0.03 0.01 0.03 0.1 0.08 0.06 0.2 0.01 0.03 0.18 0.07 0.28 0.12 0.29 0.15 0.16 0.09
AHY40646 (flgK)
 0.38 0.24 0.21 0.3 1.0 0.04 0.04 0.04 0.12 0.19 0.27 0.19 0.33 0.24 0.26 0.03 0.04 0.03 0.09 0.03 0.07 0.18 0.18 0.05 0.25 0.05 0.05 0.19 0.11 0.26 0.31 0.96 0.31 0.44 0.19
AHY40702 (CJ8421_07640)
 0.0 0.0 1.0 0.35 0.66 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40721 (CJ8421_07735)
 0.0 0.0 1.0 0.73 0.71 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40724 (CJ8421_07750)
 0.0 0.0 1.0 0.88 0.59 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40726 (CJ8421_07760)
 0.46 0.16 1.0 0.39 0.44 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40842 (CJ8421_08350)
 0.0 0.0 0.76 0.4 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40843 (CJ8421_08355)
 0.0 0.0 0.72 0.68 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40844 (CJ8421_08360)
 0.0 0.0 1.0 0.47 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40845 (CJ8421_08365)
 0.0 0.0 1.0 0.72 0.91 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40846 (CJ8421_08370)
 0.0 0.0 1.0 0.72 0.69 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40847 (CJ8421_08375)
 0.0 0.0 1.0 0.35 0.71 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40848 (CJ8421_08380)
 0.0 0.0 0.97 1.0 0.8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40851 (CJ8421_08395)
 0.0 0.0 1.0 0.78 0.99 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40852 (CJ8421_08400)
 0.0 0.0 0.8 0.78 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40853 (CJ8421_08405)
 0.0 0.0 0.57 0.06 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40854 (CJ8421_08410)
 0.0 0.0 0.36 0.18 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40855 (CJ8421_08415)
 0.0 0.0 0.84 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40856 (CJ8421_08420)
 0.0 0.0 0.85 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AHY40857 (CJ8421_08425)
 0.0 0.0 1.0 0.8 0.9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)