Heatmap: Cluster_16 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	11168-O,WT,biofilm extract	11168-O,WT,planktonic cell extract	CG8433,WT,mid-log,Mueller Hinton agar plate	CG8433,WT,mid-log,Mueller Hinton broth	CG8433,WT,mid-log,blood agar plate	NCTC11168,CRISPR-tracrRNA-KO	NCTC11168,WT	NCTC11168,WT,Fe limited	NCTC11168,WT,Fe replete	NCTC11168,WT,chicken intestinal mucus	NCTC11168,WT,cow intestinal mucus	NCTC11168,WT,defined media	NCTC11168,WT,pig intestinal mucus	NCTC11168,WT,sheep intestinal mucus	NCTC11168,WT,turkey intestinal mucus	NCTC11168,cas9-KO	NCTC11168,crRNA3-KO	NCTC11168,fur-KO,Fe limited	NCTC11168,fur-KO,Fe replete	NCTC11168,fur-KO,perR-KO,Fe limited	NCTC11168,fur-KO,perR-KO,Fe replete	NCTC11168,perR-KO,Fe limited	NCTC11168,perR-KO,Fe replete	NCTC11168,tracrRNA-KO	NCTC12661,WT,exponential,spiral	NCTC12661,WT,stationary,filamentous	NCTC12661,WT,stationary,spiral	PT14,WT,exponential,spiral	PT14,WT,stationary,filamentous	PT14,WT,stationary,spiral	Sheep Abortion,WT,24h bile inoculate	Sheep Abortion,WT,24h gallbladder inoculate	Sheep Abortion,WT,2h bile inoculate	Sheep Abortion,WT,2h gallbladder inoculate	Sheep Abortion,WT,laboratory culture
AHY39287 (rnhB)	0.23	0.44	0.35	0.12	0.1	0.13	0.15	0.12	0.18	0.08	0.21	0.25	0.21	0.15	0.05	0.12	0.15	0.16	0.14	0.18	0.36	0.11	0.23	0.42	0.7	0.16	0.95	1.0	0.36	0.19	0.31	0.57	0.26	0.71	0.33
AHY39332 (CJ8421_00305)	1.0	0.19	0.02	0.01	0.01	0.45	0.49	0.47	0.19	0.29	0.06	0.41	0.08	0.09	0.09	0.36	0.42	0.35	0.17	0.41	0.25	0.39	0.28	0.44	0.37	0.13	0.34	0.5	0.35	0.28	0.15	0.68	0.03	0.18	0.09
AHY39388 (CJ8421_00585)	0.38	0.72	0.7	0.52	0.32	0.28	0.25	0.33	0.55	0.2	0.34	0.3	0.26	0.27	0.23	0.19	0.26	0.34	0.55	0.38	0.44	0.29	0.39	0.24	0.36	0.26	0.63	0.25	0.16	0.09	0.63	0.37	0.72	1.0	0.62
AHY39392 (CJ8421_00605)	0.04	0.08	0.07	0.02	0.01	1.0	0.83	0.36	0.45	0.03	0.01	0.2	0.01	0.01	0.0	0.59	0.95	0.42	0.43	0.54	0.41	0.15	0.16	0.76	0.52	0.11	0.6	0.48	0.38	0.04	0.34	0.65	0.1	0.49	0.13
AHY39414 (CJ8421_00725)	0.71	0.64	0.31	0.16	0.17	0.35	0.37	0.78	0.58	0.4	0.58	0.98	0.54	0.58	0.32	0.31	0.44	0.91	0.64	1.0	0.75	0.58	0.52	0.33	0.58	0.33	0.76	0.76	0.46	0.25	0.5	0.4	0.45	0.79	0.47
AHY39535 (CJ8421_01375)	1.0	0.3	0.72	0.52	0.3	0.39	0.33	0.25	0.32	0.21	0.28	0.31	0.21	0.25	0.19	0.25	0.34	0.28	0.35	0.27	0.29	0.15	0.26	0.36	0.46	0.33	0.51	0.41	0.32	0.17	0.61	0.44	0.68	0.79	0.59
AHY39546 (CJ8421_01430)	0.15	0.06	0.35	0.15	0.14	0.33	0.31	0.6	0.46	0.15	0.16	0.48	0.18	0.16	0.09	0.33	0.36	0.55	0.45	0.59	0.52	0.44	0.34	0.31	0.34	0.09	0.15	1.0	0.46	0.38	0.35	0.52	0.15	0.47	0.25
AHY39634 (CJ8421_01895)	0.25	0.18	0.03	0.01	0.03	0.46	0.44	0.93	0.06	0.06	0.01	0.61	0.0	0.0	0.04	0.39	0.47	0.94	0.05	0.84	0.35	0.62	0.33	0.45	0.68	0.58	0.86	1.0	0.44	0.21	0.36	0.59	0.23	0.43	0.13
AHY39676 (CJ8421_02105)	0.32	0.41	0.04	0.01	0.02	0.33	0.33	0.21	0.05	0.04	0.01	0.46	0.0	0.01	0.0	0.27	0.29	0.27	0.05	0.27	0.1	0.13	0.08	0.41	0.49	0.14	0.43	0.83	0.58	0.45	0.23	1.0	0.08	0.42	0.26
AHY39684 (CJ8421_02145)	0.01	0.1	0.25	0.39	0.55	0.1	0.12	0.08	0.53	0.28	0.38	0.47	0.58	0.35	0.37	0.1	0.09	0.06	0.29	0.1	0.32	0.63	0.71	0.12	0.78	0.25	1.0	0.71	0.46	0.71	0.48	0.84	0.27	0.42	0.41
AHY39738 (CJ8421_02425)	0.05	0.25	0.26	0.13	0.16	0.97	0.84	0.62	0.58	0.26	0.13	0.57	0.12	0.16	0.19	0.74	1.0	0.64	0.53	0.57	0.44	0.43	0.36	0.79	0.59	0.43	0.58	0.45	0.45	0.19	0.39	0.69	0.26	0.74	0.34
AHY39789 (CJ8421_02690)	0.11	0.18	0.03	0.02	0.02	0.08	0.09	0.25	0.46	0.16	0.02	0.5	0.01	0.01	0.01	0.07	0.08	0.21	0.48	0.17	0.23	0.31	0.37	0.1	0.25	0.12	0.07	0.39	0.33	0.4	0.29	1.0	0.17	0.73	0.17
AHY39896 (era)	1.0	0.3	0.78	0.42	0.25	0.13	0.15	0.41	0.42	0.28	0.39	0.37	0.35	0.37	0.26	0.11	0.14	0.39	0.43	0.42	0.42	0.23	0.29	0.12	0.36	0.14	0.49	0.34	0.18	0.06	0.47	0.46	0.36	0.7	0.44
AHY40027 (CJ8421_03990)	0.35	0.28	0.2	0.19	0.21	0.28	0.18	0.5	0.37	0.21	0.16	0.44	0.16	0.16	0.14	0.18	0.28	0.49	0.35	0.47	0.33	0.61	0.47	0.21	0.6	0.37	0.6	1.0	0.32	0.37	0.42	0.41	0.33	0.49	0.38
AHY40028 (CJ8421_03995)	0.57	0.27	0.27	0.21	0.19	0.41	0.38	0.64	0.5	0.37	0.47	0.5	0.48	0.51	0.42	0.3	0.47	0.65	0.47	0.65	0.44	0.7	0.57	0.33	0.66	0.31	0.63	1.0	0.3	0.3	0.52	0.56	0.65	0.74	0.7
AHY40053 (CJ8421_04130)	0.29	0.29	0.01	0.02	0.05	0.48	0.4	0.65	0.22	0.17	0.04	0.44	0.04	0.04	0.03	0.52	0.5	0.66	0.18	0.64	0.15	0.62	0.27	0.48	0.67	0.65	0.47	1.0	0.42	0.29	0.41	0.44	0.13	0.18	0.03
AHY40073 (CJ8421_04230)	1.0	0.18	0.16	0.08	0.06	0.67	0.55	0.66	0.36	0.07	0.05	0.31	0.05	0.05	0.02	0.46	0.67	0.49	0.36	0.56	0.28	0.42	0.32	0.64	0.87	0.3	0.64	0.62	0.4	0.39	0.49	0.84	0.17	0.49	0.17
AHY40078 (CJ8421_04255)	0.63	0.25	0.48	0.21	0.26	0.48	0.39	0.41	0.37	0.18	0.24	0.39	0.2	0.22	0.15	0.34	0.47	0.49	0.37	0.51	0.48	0.34	0.34	0.39	0.53	0.22	0.52	0.58	0.25	0.19	0.4	0.68	0.34	1.0	0.52
AHY40079 (CJ8421_04260)	0.97	0.25	0.52	0.2	0.23	0.33	0.28	0.42	0.48	0.2	0.27	0.36	0.24	0.26	0.19	0.23	0.31	0.47	0.46	0.52	0.61	0.32	0.46	0.26	0.38	0.12	0.31	0.4	0.17	0.17	0.43	0.63	0.42	1.0	0.69
AHY40105 (CJ8421_04410)	0.67	0.44	0.66	0.48	0.2	0.4	0.34	0.31	0.44	0.26	0.33	0.3	0.22	0.34	0.22	0.28	0.42	0.3	0.48	0.33	0.44	0.19	0.39	0.34	0.5	0.41	0.74	0.54	0.57	0.3	0.66	0.66	0.59	1.0	0.61
AHY40106 (CJ8421_04415)	0.29	0.64	0.46	0.28	0.18	0.26	0.26	0.26	0.32	0.32	0.62	0.38	0.43	0.53	0.28	0.21	0.25	0.25	0.36	0.25	0.33	0.14	0.22	0.22	0.38	0.21	0.48	0.44	0.45	0.1	0.5	0.72	0.42	1.0	0.54
AHY40124 (CJ8421_04505)	0.25	0.39	0.32	0.23	0.11	0.8	0.8	0.69	0.55	0.23	0.3	0.62	0.24	0.33	0.19	0.67	1.0	0.66	0.54	0.57	0.51	0.5	0.37	0.75	0.49	0.18	0.65	0.81	0.46	0.33	0.47	0.58	0.31	0.79	0.53
AHY40162 (CJ8421_04695)	0.32	0.13	0.13	0.08	0.06	0.43	0.37	0.24	0.43	0.04	0.04	0.15	0.03	0.04	0.02	0.37	0.48	0.98	0.83	1.0	0.93	0.16	0.3	0.34	0.28	0.08	0.3	0.55	0.15	0.15	0.24	0.43	0.16	0.46	0.18
AHY40210 (CJ8421_04980)	0.61	0.73	0.07	0.02	0.05	0.42	0.38	0.17	0.14	0.05	0.09	0.15	0.09	0.1	0.05	0.4	0.45	0.22	0.1	0.22	0.17	0.15	0.12	0.45	1.0	0.49	0.82	0.35	0.36	0.42	0.17	0.3	0.07	0.12	0.08
AHY40235 (CJ8421_05105)	0.47	1.0	0.01	0.0	0.01	0.36	0.48	0.28	0.19	0.03	0.01	0.5	0.01	0.01	0.0	0.37	0.35	0.24	0.15	0.28	0.2	0.25	0.19	0.34	0.65	0.23	0.38	0.8	0.54	0.43	0.27	0.72	0.04	0.2	0.07
AHY40248 (CJ8421_05170)	0.52	0.34	0.31	0.32	0.2	0.21	0.19	0.95	0.43	0.25	0.11	0.36	0.15	0.15	0.12	0.19	0.2	0.67	0.44	0.64	0.39	0.82	0.61	0.18	0.65	0.55	0.68	1.0	0.37	0.4	0.35	0.32	0.15	0.3	0.19
AHY40281 (CJ8421_05345)	0.12	0.47	0.14	0.1	0.15	0.93	0.81	0.38	0.58	0.39	0.05	0.97	0.04	0.1	0.04	1.0	0.96	0.3	0.56	0.28	0.45	0.49	0.54	0.85	0.65	0.26	0.76	0.58	0.28	0.49	0.51	0.64	0.29	0.44	0.22
AHY40322 (CJ8421_05550)	0.46	0.62	0.51	0.36	0.31	0.28	0.22	0.57	0.35	0.39	0.47	0.58	0.49	0.42	0.39	0.19	0.26	0.52	0.35	0.54	0.38	0.4	0.32	0.25	0.59	0.26	0.88	0.78	0.65	0.51	0.71	0.88	1.0	0.91	0.82
AHY40361 (CJ8421_05755)	0.25	0.07	0.0	0.0	0.0	0.46	0.64	0.13	0.08	0.01	0.01	0.38	0.0	0.0	0.01	0.55	0.48	0.17	0.08	0.16	0.09	0.15	0.1	0.5	0.58	0.36	0.64	1.0	0.52	0.4	0.12	0.7	0.08	0.28	0.1
AHY40381 (CJ8421_05855)	0.23	0.83	0.29	0.23	0.23	1.0	0.65	0.78	0.59	0.61	0.12	0.87	0.15	0.19	0.07	0.55	0.99	0.72	0.57	0.58	0.42	0.63	0.45	0.87	0.63	0.63	0.72	0.63	0.42	0.64	0.49	0.53	0.33	0.49	0.5
AHY40411 (CJ8421_06020)	0.21	0.33	0.21	0.08	0.1	0.43	0.28	0.66	0.49	0.44	0.07	0.87	0.06	0.1	0.07	0.29	0.47	0.6	0.48	0.49	0.4	0.75	0.45	0.38	0.66	0.53	0.93	1.0	0.58	0.92	0.47	0.56	0.3	0.48	0.5
AHY40412 (CJ8421_06025)	0.51	0.93	0.06	0.04	0.04	0.66	1.0	0.41	0.7	0.17	0.01	0.97	0.02	0.03	0.02	0.82	0.65	0.46	0.65	0.43	0.67	0.48	0.41	0.81	0.94	0.57	0.65	0.98	0.48	0.64	0.53	0.92	0.23	0.39	0.19
AHY40473 (CJ8421_06330)	0.89	0.6	0.66	0.49	0.4	0.49	0.39	0.63	0.47	0.43	0.67	0.46	0.54	0.56	0.45	0.34	0.51	0.56	0.5	0.61	0.46	0.44	0.37	0.41	0.58	0.41	0.68	0.6	0.42	0.29	0.69	0.64	0.86	1.0	0.83
AHY40502 (CJ8421_06475)	0.06	0.15	0.1	0.04	0.03	0.11	0.1	0.89	0.55	0.41	0.15	0.75	0.13	0.24	0.09	0.15	0.17	0.82	0.67	0.88	0.7	0.65	0.64	0.14	0.19	0.0	0.0	1.0	0.43	0.23	0.89	0.91	0.43	0.87	0.67
AHY40509 (CJ8421_06520)	0.51	0.57	0.38	0.32	0.23	0.43	0.3	0.83	0.62	0.43	0.28	0.85	0.29	0.35	0.28	0.28	0.43	0.68	0.66	0.58	0.52	0.8	0.77	0.34	0.69	0.49	0.96	0.75	0.51	0.43	0.99	0.87	0.73	1.0	0.74
AHY40510 (CJ8421_06525)	0.89	0.52	0.24	0.16	0.13	0.95	0.75	0.64	0.48	0.2	0.14	0.45	0.12	0.15	0.1	0.78	1.0	0.57	0.48	0.48	0.43	0.58	0.5	0.8	0.41	0.16	0.38	0.37	0.17	0.16	0.85	0.91	0.56	0.83	0.48
AHY40520 (CJ8421_06585)	1.0	0.21	0.14	0.13	0.09	0.25	0.21	0.24	0.12	0.09	0.14	0.14	0.14	0.13	0.09	0.17	0.26	0.22	0.13	0.21	0.12	0.16	0.14	0.21	0.23	0.08	0.22	0.28	0.17	0.11	0.16	0.14	0.11	0.18	0.11
AHY40521 (CJ8421_06590)	1.0	0.26	0.62	0.5	0.32	0.77	0.84	0.66	0.63	0.44	0.68	0.39	0.65	0.62	0.43	0.64	0.84	0.65	0.68	0.64	0.62	0.47	0.55	0.68	0.68	0.23	0.65	0.62	0.27	0.07	0.21	0.17	0.17	0.33	0.23
AHY40525 (CJ8421_06620)	0.85	0.2	0.14	0.13	0.16	0.15	0.18	0.32	0.18	0.24	0.37	0.33	0.4	0.33	0.3	0.12	0.18	0.31	0.23	0.34	0.26	0.26	0.18	0.16	0.36	0.07	0.07	0.68	0.28	0.19	0.32	1.0	0.16	0.48	0.14
AHY40526 (CJ8421_06625)	1.0	0.09	0.1	0.05	0.05	0.37	0.42	0.44	0.22	0.06	0.06	0.18	0.06	0.07	0.05	0.3	0.47	0.4	0.24	0.39	0.24	0.25	0.18	0.41	0.31	0.05	0.05	0.64	0.21	0.06	0.27	0.97	0.11	0.5	0.09
AHY40527 (CJ8421_06630)	1.0	0.28	0.17	0.1	0.12	0.92	0.97	0.58	0.44	0.14	0.14	0.28	0.15	0.17	0.1	0.73	0.92	0.61	0.45	0.55	0.41	0.39	0.34	0.94	0.45	0.08	0.25	0.78	0.21	0.07	0.34	0.75	0.15	0.46	0.12
AHY40528 (CJ8421_06635)	0.57	0.08	0.05	0.02	0.03	0.33	0.35	0.26	0.21	0.06	0.04	0.13	0.04	0.05	0.03	0.25	0.33	0.25	0.23	0.25	0.2	0.16	0.16	0.34	0.33	0.03	0.06	0.6	0.12	0.13	0.72	1.0	0.43	0.48	0.29
AHY40531 (CJ8421_06660)	1.0	0.45	0.12	0.06	0.08	0.44	0.42	0.31	0.22	0.07	0.12	0.18	0.1	0.1	0.06	0.35	0.44	0.3	0.25	0.28	0.21	0.19	0.16	0.43	0.34	0.08	0.24	0.53	0.16	0.12	0.28	0.44	0.24	0.47	0.21
AHY40532 (CJ8421_06665)	0.86	0.78	0.19	0.14	0.26	0.6	0.6	0.37	0.35	0.12	0.05	0.38	0.05	0.06	0.04	0.52	0.61	0.41	0.39	0.36	0.33	0.34	0.35	0.65	0.42	0.12	0.27	0.42	0.09	0.11	0.73	0.92	0.57	1.0	0.37
AHY40535 (CJ8421_06690)	1.0	0.3	0.17	0.15	0.1	0.27	0.27	0.7	0.55	0.13	0.1	0.25	0.09	0.12	0.06	0.2	0.26	0.56	0.37	0.7	0.41	0.16	0.21	0.21	0.5	0.2	0.41	0.59	0.29	0.08	0.38	0.33	0.22	0.38	0.28
AHY40540 (CJ8421_06745)	0.83	0.73	0.22	0.17	0.18	0.46	0.44	1.0	0.38	0.26	0.32	0.61	0.3	0.3	0.18	0.41	0.46	0.78	0.38	0.82	0.3	0.62	0.3	0.4	0.69	0.68	0.65	0.92	0.56	0.45	0.58	0.84	0.27	0.47	0.34
AHY40559 (CJ8421_06855)	0.91	0.25	0.3	0.14	0.11	0.49	0.44	0.39	0.28	0.19	0.08	0.43	0.09	0.09	0.06	0.38	0.51	0.39	0.31	0.46	0.34	0.28	0.25	0.43	1.0	0.41	0.73	0.88	0.36	0.37	0.34	0.42	0.13	0.34	0.13
AHY40629 (CJ8421_07250)	0.1	0.02	0.07	0.03	0.07	0.06	0.06	0.31	0.28	0.08	0.05	0.28	0.07	0.06	0.03	0.05	0.06	0.39	0.25	0.39	0.25	0.28	0.19	0.06	0.74	0.21	0.79	1.0	0.57	0.29	0.52	0.66	0.13	0.49	0.2
AHY40633 (CJ8421_07270)	0.88	0.12	0.03	0.01	0.03	0.67	0.64	0.42	0.29	0.22	0.14	0.66	0.13	0.14	0.1	0.55	0.77	0.36	0.34	0.31	0.23	0.33	0.31	0.68	1.0	0.18	0.96	0.8	0.24	0.25	0.38	0.65	0.2	0.43	0.13
AHY40656 (CJ8421_07395)	0.54	0.44	0.34	0.15	0.1	0.22	0.24	0.51	0.9	0.17	0.2	0.64	0.16	0.22	0.12	0.18	0.2	0.58	0.92	0.71	0.75	0.52	0.69	0.21	0.55	0.16	0.55	0.84	0.62	0.38	0.84	0.92	0.34	1.0	0.7
AHY40693 (CJ8421_07580)	1.0	0.26	0.49	0.42	0.72	0.5	0.43	0.43	0.31	0.2	0.24	0.35	0.23	0.25	0.2	0.45	0.53	0.42	0.35	0.39	0.37	0.6	0.41	0.46	0.32	0.17	0.25	0.36	0.13	0.14	0.58	0.45	0.66	0.6	0.68
AHY40700 (CJ8421_07615)	1.0	0.78	0.31	0.42	0.33	0.23	0.21	0.32	0.44	0.35	0.31	0.37	0.28	0.36	0.3	0.0	0.23	0.27	0.44	0.21	0.3	0.4	0.47	0.19	0.34	0.1	0.27	0.37	0.15	0.12	0.63	0.47	0.57	0.54	0.46
AHY40707 (CJ8421_07665)	0.11	0.2	0.0	0.0	0.0	0.08	0.1	0.2	0.07	0.03	0.0	0.23	0.0	0.0	0.01	0.07	0.08	0.16	0.07	0.15	0.15	0.13	0.1	0.07	0.22	0.16	0.14	1.0	0.44	0.25	0.18	0.9	0.06	0.17	0.03
AHY40758 (CJ8421_07930)	0.94	0.19	0.04	0.01	0.03	0.32	0.32	0.9	0.09	0.19	0.03	0.25	0.03	0.04	0.08	0.27	0.2	0.87	0.11	0.97	0.2	0.9	0.48	0.25	0.73	0.33	0.4	1.0	0.71	0.47	0.3	0.2	0.13	0.26	0.35
AHY40840 (CJ8421_08340)	0.1	0.24	0.81	0.34	0.47	0.41	0.35	0.32	0.3	0.12	0.17	0.36	0.16	0.13	0.09	0.3	0.42	0.38	0.18	0.43	0.26	0.28	0.29	0.31	0.84	0.32	0.63	1.0	0.53	0.96	0.46	0.55	0.49	0.8	0.51
AHY40867 (CJ8421_08475)	1.0	0.24	0.48	0.37	0.19	0.25	0.22	0.21	0.33	0.12	0.2	0.27	0.19	0.22	0.13	0.2	0.25	0.24	0.33	0.23	0.31	0.26	0.32	0.21	0.26	0.06	0.44	0.2	0.09	0.05	0.5	0.29	0.36	0.37	0.54

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)