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Heatmap: Cluster_32 (HCCA)

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Gene
strain_5001420,control,fromUrine
strain_5001420,fromUrine
ch1034,13h_old_biofilm,biofilm_dispersed
ch1034,13h_old_biofilm,sessile
ch1034,7h_old_biofilm,sessile
ch1034,Log,planktonic
ch1034,Stationary,planktonic
control,fromNasalSwab,fromSwine
dmc1097
dmc1097,control,fromBlood
dmc1097,fromBlood
ekp16,fromSputum
eugenol,fromNasalSwab,fromSwine
fromBlood
fromHospitalPatients
fromRectalSwab
fromUrine
je01
k26,mero_susceptible,fromHospitalPatients
k56,mero_resistant,fromHospitalPatients
kctc2242
kp4,FeLimited,fromRespiratoryTract
kpr1,+CTX
kpr1,+gent
kpr1,+mero
kpr1,+TMP/SMX
kpr1,control
kpr2,+CTX
kpr2,+gent
kpr2,+mero
kpr2,+TMP/SMX
kpr2,control
kps1,+CTX
kps1,+gent
kps1,+mero
kps1,+TMP/SMX
kps1,control
kps2,+CTX
kps2,+gent
kps2,+mero
kps2,+TMP/SMX
kps2,control
mrsn 1319
ms6671
njst258-1,FeLimited,fromUrine
njst258-1,fromUrine
rb011,+mero,mero_resistant
rb011,control,mero_resistant
rb012,+gent,gent_resistant
rb012,control,gent_resistant
rb013,+cip,cip_resistant
rb013,control,cip_resistant
rb039,+cip,cip_resistant
rb039,+mero,mero_susceptible
rb039,control,cip_resistant
rb039,control,mero_susceptible
rb040,+cip,cip_susceptible
rb040,+gent,gent_susceptible
rb040,control,cip_susceptible
rb040,control,gent_susceptible
rb041,+cip,cip_susceptible
rb041,control,cip_susceptible
rb121,+gent,gent_susceptible
rb121,+mero,mero_susceptible
rb121,control,gent_susceptible
rb121,control,mero_susceptible
rb122,+gent,gent_resistant
rb122,control,gent_resistant
rb257,+mero,mero_resistant
rb257,control,mero_resistant
uhkpc05,FeLimited,fromBlood
uhkpc05,fromBlood
uhkpc07
uhkpc07,control,fromUrine
uhkpc07,fromUrine
uhkpc18
uhkpc18,control,fromUrine
uhkpc18,fromUrine
uhkpc33
uhkpc33,control,fromUrine
uhkpc33,fromUrine
uhkpc48
uhkpc48,FeLimited,fromUrine
uhkpc67
uhkpc67,control,fromBlood
uhkpc67,fromBlood
vakpc297
vakpc297,FeLimited,fromUrine
AGT22858 (N559_1084)
 0.27 0.23 0.22 0.32 0.44 0.05 0.27 0.47 0.15 0.26 0.43 4.1 0.22 0.78 3.0 0.0 1.36 0.0 0.97 1.09 10.64 0.11 0.57 0.24 0.68 0.12 0.32 0.56 0.19 0.23 0.14 0.24 0.26 0.39 0.67 0.1 0.2 0.56 0.76 0.13 0.62 0.23 0.6 0.09 0.12 0.33 0.65 0.64 0.19 0.19 0.14 0.16 0.43 1.14 0.29 0.16 0.22 0.97 0.35 0.35 0.21 0.23 0.39 0.22 0.17 0.69 0.24 0.32 0.18 0.58 0.07 0.0 0.09 0.26 0.36 0.0 0.29 0.21 0.34 0.19 0.45 0.25 0.21 0.0 0.25 0.3 0.44 0.14
AGT22951 (N559_1184)
 2.25 2.33 2.68 7.75 3.18 1.34 9.28 2.5 0.98 2.01 2.81 6.54 2.79 2.23 5.73 1.96 2.88 0.07 12.83 11.5 23.63 1.09 1.99 2.91 3.71 2.65 2.82 5.57 3.95 5.12 1.69 3.61 2.81 3.46 3.19 4.33 3.34 5.27 2.91 3.04 4.74 3.84 5.9 1.87 2.99 1.87 3.71 3.15 3.95 4.05 1.81 2.69 2.01 4.84 1.99 3.02 4.5 4.35 3.17 4.28 3.48 3.5 3.46 4.98 3.9 3.63 2.91 2.22 5.73 4.5 2.35 2.24 0.42 2.54 2.66 1.14 3.08 3.58 0.22 2.52 2.89 1.26 3.02 2.4 2.42 2.84 3.43 2.93
AGT23350 (N559_1603)
 0.9 0.96 1.66 4.53 1.95 0.91 14.62 0.62 1.08 1.11 1.55 5.61 1.45 2.4 6.45 3.64 2.57 0.06 19.19 12.45 14.13 0.71 3.73 2.71 2.44 1.74 2.61 4.34 1.55 2.31 1.37 2.03 1.7 2.31 1.57 1.29 2.68 2.98 2.29 1.3 3.14 2.21 4.33 1.53 0.96 1.18 2.2 3.29 1.55 1.41 0.61 0.57 0.9 2.11 1.4 2.03 0.87 3.4 1.1 2.79 0.46 1.08 2.31 2.48 2.63 4.61 2.71 2.04 4.24 3.53 0.94 0.98 0.13 0.98 0.96 0.8 1.2 1.43 1.72 0.85 1.18 1.75 0.97 1.42 0.86 1.19 0.72 1.05
AGT23463 (N559_1721)
 0.34 0.46 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.58 0.8 0.49 0.47 1.84 0.67 1.12 3.81 1.45 1.87 0.0 0.0 0.0 12.76 0.16 1.64 1.3 1.45 0.63 0.98 1.52 0.47 2.88 0.6 1.02 0.65 1.25 0.92 0.53 1.04 1.2 0.0 0.45 6.0 0.86 4.34 0.63 0.18 0.88 1.28 1.1 0.47 0.55 0.3 0.2 0.31 1.56 0.44 1.14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.37 0.43 1.25 2.89 1.41 1.13 1.3 0.48 2.95 2.31 0.2 0.16 0.0 0.42 0.32 0.37 0.31 0.51 0.61 0.48 0.49 0.98 0.18 1.16 0.3 0.4 0.85 0.22
AGT23465 (N559_1723)
 1.01 0.79 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.32 0.17 0.74 1.22 1.33 0.74 1.24 5.43 1.13 1.62 0.0 0.0 0.0 16.76 0.33 1.65 1.09 2.98 0.81 1.52 2.24 1.26 2.1 0.65 1.01 1.8 2.92 1.2 2.04 1.19 2.2 0.0 1.1 3.4 1.11 4.43 0.66 0.44 0.63 2.84 2.29 1.26 0.55 0.36 0.7 0.73 1.21 0.54 1.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.54 0.56 2.92 3.32 1.77 2.5 1.09 0.91 1.77 1.29 0.6 0.16 0.52 0.93 1.04 0.0 1.04 0.95 0.39 1.3 1.08 0.15 0.87 0.31 1.03 0.92 0.26 0.49
AGT23466 (N559_1724)
 2.59 2.34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.45 0.36 2.43 2.57 3.52 2.65 2.77 5.45 2.02 3.6 0.0 0.0 0.0 15.14 1.73 2.66 2.82 3.46 1.96 2.79 3.5 2.44 3.28 2.16 2.4 2.58 6.17 3.32 2.46 2.42 3.93 0.0 2.35 3.04 1.61 3.3 1.4 1.76 2.17 2.87 4.79 2.44 2.96 1.5 1.28 1.56 3.83 1.74 1.97 0.0 0.0 0.0 0.0 1.71 2.07 6.17 4.19 3.67 1.89 2.82 1.86 3.35 3.2 1.32 0.58 0.44 3.22 3.03 0.45 2.73 2.53 0.41 1.89 2.49 0.77 1.24 1.3 1.96 2.05 1.08 1.66
AGT23596 (N559_1863)
 1.15 1.35 2.25 12.48 4.57 2.09 17.38 0.71 0.0 1.31 1.51 2.78 1.67 4.45 8.94 4.34 5.06 0.63 25.23 14.33 22.18 0.73 3.71 2.14 2.69 1.93 2.83 3.55 1.38 5.77 2.02 2.95 1.9 2.98 2.31 2.54 3.14 2.72 1.33 0.97 3.73 3.1 4.19 2.07 0.88 2.31 2.61 3.0 1.38 1.45 0.39 0.46 0.55 2.67 0.83 2.55 1.42 2.99 0.81 2.27 0.72 1.64 2.98 3.23 3.24 4.0 2.14 2.23 5.38 5.53 1.24 0.21 0.38 1.12 0.63 0.0 1.32 1.09 0.36 1.32 1.0 1.2 1.04 0.65 1.05 1.09 0.12 0.79
AGT23597 (N559_1864)
 1.08 1.01 2.18 7.78 3.65 1.73 14.56 0.45 0.28 1.21 1.17 1.72 2.35 3.07 6.23 3.65 3.8 0.3 14.03 9.62 21.33 0.75 2.55 1.96 3.39 1.31 2.09 2.88 1.12 3.28 1.45 1.6 2.89 3.35 1.56 2.57 2.41 3.05 2.19 1.55 2.0 2.27 2.37 1.13 0.54 2.28 3.11 3.0 1.12 0.87 0.58 0.44 0.6 2.11 0.87 1.68 0.58 3.86 0.74 2.23 0.72 0.98 3.35 2.98 2.07 3.36 1.96 1.18 3.31 2.23 0.81 0.04 0.06 0.92 0.76 0.61 0.95 1.27 0.0 0.91 1.02 0.16 0.78 0.94 0.82 0.9 0.55 0.81
AGT23728 (N559_2002)
 0.11 0.19 0.34 0.89 0.46 0.19 1.19 0.08 0.0 0.18 0.32 3.0 0.27 0.57 2.75 0.05 0.97 0.0 0.66 0.56 9.61 0.16 0.09 0.18 0.49 0.07 0.19 0.19 0.11 0.14 0.02 0.15 0.42 0.48 0.2 0.08 0.15 0.45 0.4 0.31 0.17 0.19 0.4 0.06 0.05 0.28 0.47 0.35 0.11 0.15 0.08 0.12 0.23 0.28 0.2 0.22 0.59 0.73 0.13 0.25 0.22 0.18 0.48 0.33 0.14 0.1 0.18 0.15 0.24 0.62 0.08 0.04 0.0 0.22 0.25 0.0 0.15 0.28 0.0 0.2 0.25 0.07 0.13 0.15 0.25 0.35 0.0 0.06
AGT23751 (N559_2029)
 0.63 0.57 3.07 2.7 2.34 1.59 4.56 1.31 0.42 0.6 0.6 2.14 1.55 0.62 9.1 0.44 0.42 0.3 2.38 2.57 14.13 0.14 0.91 0.87 4.11 0.44 0.89 0.97 1.31 0.76 1.05 1.09 1.48 2.07 2.03 2.89 0.7 1.38 0.71 1.39 2.49 0.7 2.04 0.69 0.77 1.02 3.84 2.01 1.31 1.88 0.47 0.77 0.42 1.22 0.41 0.43 0.41 1.95 0.57 1.14 1.0 0.69 2.07 2.63 0.66 0.23 0.87 0.47 0.61 0.84 0.53 0.0 0.0 0.3 0.13 0.0 0.34 0.93 0.0 0.34 0.59 0.36 0.9 0.25 0.34 0.29 0.94 0.54
AGT23752 (N559_2030)
 1.45 1.62 1.97 2.88 2.74 0.7 4.9 2.87 0.49 1.92 2.09 2.92 2.49 0.77 5.57 0.82 3.62 0.99 4.69 2.48 17.97 2.48 1.74 1.62 6.96 1.78 2.45 1.4 2.17 1.87 0.48 1.51 1.22 2.3 1.83 7.78 1.27 1.95 1.63 2.29 3.79 1.38 2.21 0.9 1.74 1.18 6.08 4.21 2.17 1.19 1.09 0.78 1.85 4.78 1.49 0.99 0.79 3.51 1.2 1.71 0.67 2.07 2.3 3.97 1.22 1.88 1.62 1.7 1.49 0.56 0.75 0.89 0.59 0.77 1.47 1.61 1.55 1.89 4.43 2.12 1.58 0.41 1.36 0.58 1.78 1.2 0.0 0.58
AGT23774 (N559_2053)
 0.29 0.56 2.46 2.69 1.91 0.46 2.34 0.44 0.37 0.48 0.73 3.95 0.94 1.14 9.05 0.33 1.72 0.3 3.09 2.62 19.36 1.39 0.69 0.71 2.77 1.15 1.31 1.0 0.89 0.92 0.51 0.74 1.22 2.42 2.15 0.71 0.81 1.71 1.59 0.87 1.09 0.68 1.01 0.26 0.84 0.91 2.28 1.98 0.89 0.86 0.75 0.56 2.25 2.59 1.89 1.34 1.19 3.56 0.86 0.73 0.28 0.48 2.42 2.54 0.8 1.06 0.71 0.91 0.87 1.16 1.15 0.4 1.13 0.49 1.03 0.31 0.81 0.55 1.41 0.5 0.47 0.42 0.66 0.45 0.54 0.5 0.28 0.71
AGT23853 (N559_2137)
 0.7 0.93 1.84 6.08 5.03 1.75 11.51 1.9 0.46 1.05 1.33 5.84 2.38 2.81 14.33 2.31 2.48 0.05 12.15 10.7 15.96 0.58 2.91 2.83 5.06 1.23 2.88 1.9 1.58 3.28 1.72 1.82 2.41 2.81 2.52 1.73 1.92 2.23 2.86 2.25 2.97 1.87 4.39 1.76 0.9 1.93 4.33 4.07 1.58 1.47 1.1 1.39 1.24 2.72 1.15 1.42 1.05 3.92 1.12 2.02 0.67 1.46 2.81 1.73 2.88 1.57 2.83 2.48 2.84 2.44 0.74 0.14 0.46 0.81 1.06 0.38 1.15 0.88 0.0 1.17 1.51 0.91 1.41 1.46 0.72 1.21 0.23 0.79
AGT23884 (N559_2172)
 0.6 0.84 0.66 1.16 1.04 0.2 3.03 0.55 0.32 0.78 0.95 0.94 0.54 0.51 4.97 0.27 0.44 0.07 1.85 1.74 8.86 0.38 1.18 0.58 2.66 0.19 0.74 0.47 0.31 1.55 0.38 0.63 0.66 0.88 0.49 0.52 0.31 0.91 0.6 0.39 0.9 0.41 0.71 0.99 0.98 0.49 2.2 1.29 0.31 0.51 0.54 0.4 0.3 0.55 0.58 0.25 1.02 1.03 0.26 0.51 0.45 0.41 0.88 0.54 0.41 0.32 0.58 0.46 1.24 0.57 0.79 0.22 0.29 0.95 0.87 0.13 0.92 0.95 0.0 0.76 0.98 0.83 1.32 0.58 0.75 0.95 0.72 1.29
AGT23949 (N559_2242)
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AGT23950 (N559_2243)
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AGT23951 (N559_2244)
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AGT23952 (N559_2245)
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AGT23953 (N559_2246)
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AGT23954 (N559_2247)
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AGT23955 (N559_2248)
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AGT23956 (N559_2249)
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AGT24078 (N559_2379)
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AGT24091 (N559_2394)
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AGT24101 (N559_2405)
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AGT24116 (N559_2420)
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AGT24145 (N559_2452)
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AGT24178 (N559_2492)
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AGT24181 (N559_2495)
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AGT24198 (N559_2514)
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AGT24229 (N559_2547)
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AGT24254 (N559_2574)
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AGT24255 (N559_2575)
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AGT24256 (N559_2576)
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AGT24257 (N559_2577)
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AGT24267 (N559_2589)
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AGT24268 (N559_2590)
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AGT24313 (N559_2637)
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AGT24314 (N559_2638)
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AGT24320 (N559_2644)
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AGT24323 (N559_2647)
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AGT24324 (N559_2648)
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AGT24325 (N559_2649)
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AGT24440 (N559_2767)
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AGT24569 (N559_2902)
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AGT24575 (N559_2910)
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AGT24576 (N559_2911)
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AGT24578 (N559_2913)
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AGT24579 (N559_2914)
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AGT24581 (N559_2916)
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AGT24582 (N559_2917)
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AGT24587 (N559_2922)
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AGT24588 (N559_2923)
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AGT24589 (N559_2924)
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AGT24594 (N559_2929)
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AGT24595 (N559_2930)
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AGT24808 (N559_3148)
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AGT24809 (N559_3149)
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AGT24882 (MdtG)
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AGT24968 (N559_3310)
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AGT24976 (N559_3318)
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AGT25156 (N559_3508)
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AGT25392 (N559_3756)
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AGT25434 (N559_3798)
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AGT25435 (N559_3799)
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AGT25436 (N559_3800)
 0.18 0.21 0.24 1.21 0.64 0.32 3.73 0.35 0.24 0.11 0.2 1.4 0.37 4.35 3.23 3.3 5.73 0.03 8.43 9.71 11.42 0.05 1.41 1.32 0.09 1.9 0.95 1.62 0.9 2.39 0.47 1.1 0.61 1.38 0.5 1.2 1.0 1.67 0.71 0.72 0.55 1.31 1.25 1.03 0.0 2.46 0.25 0.22 0.9 0.88 0.21 0.35 0.77 0.77 0.77 0.57 0.9 1.37 1.3 1.4 1.25 1.6 1.38 1.68 0.88 1.45 1.32 0.78 2.95 3.49 0.18 0.17 0.0 0.12 0.1 0.1 0.1 0.17 0.0 0.11 0.16 0.0 0.02 0.51 0.15 0.15 1.26 0.2
AGT25446 (N559_3810)
 0.17 0.23 0.31 0.62 0.26 0.14 1.14 0.19 0.13 0.16 0.19 4.87 0.5 0.59 16.56 0.39 1.27 0.02 1.89 0.88 12.99 0.07 0.81 1.2 0.0 0.15 0.34 0.74 0.79 0.84 0.13 0.47 1.05 0.93 0.25 0.5 0.44 0.85 1.17 0.48 0.83 0.56 1.13 0.57 0.19 0.36 0.09 0.07 0.79 0.32 0.27 0.27 0.35 0.33 0.23 0.21 0.73 2.36 0.24 0.54 0.49 0.56 0.93 0.87 0.64 0.52 1.2 0.58 0.67 0.32 0.45 0.23 0.08 0.24 0.21 0.1 0.2 0.34 1.14 0.26 0.26 0.11 0.42 0.6 0.22 0.29 0.74 0.43
AGT25654 (N559_4025)
 3.42 4.14 1.03 2.33 1.45 0.45 7.18 0.62 2.57 3.14 4.8 2.16 0.54 1.91 12.71 0.67 4.26 0.0 15.59 10.45 15.03 0.31 2.13 2.52 6.05 1.08 2.55 2.04 2.06 5.85 1.96 2.3 1.87 4.15 1.84 3.01 1.24 2.38 1.21 1.28 5.72 1.58 2.6 1.13 2.29 2.76 5.01 4.89 2.06 1.5 1.73 1.16 1.01 2.97 1.02 1.29 1.3 3.21 0.94 1.85 0.95 1.13 4.15 3.42 1.12 1.4 2.52 1.45 5.13 5.11 2.34 1.79 0.48 3.03 3.23 1.14 5.42 5.89 0.45 2.92 5.74 0.17 1.55 2.82 3.69 4.22 2.49 1.81
AGT25691 (N559_4063)
 1.22 1.6 2.0 6.56 2.47 1.16 22.07 1.24 0.59 1.77 2.07 3.75 1.59 4.2 12.81 4.9 6.05 0.39 7.39 4.2 15.89 1.07 2.5 1.22 4.02 0.8 1.97 1.64 0.92 1.24 1.02 1.27 1.48 3.3 1.09 1.72 1.6 2.46 2.12 1.1 2.52 1.36 3.03 0.84 1.23 2.86 3.44 2.95 0.92 0.97 0.7 0.74 0.85 1.91 0.87 1.14 1.85 3.57 0.67 1.36 0.77 0.95 3.3 2.18 1.31 2.4 1.22 1.2 1.85 2.25 1.57 0.57 1.64 1.17 1.54 1.21 1.72 1.93 3.16 1.4 1.68 2.31 1.65 1.53 1.41 1.67 0.54 1.97
AGT25692 (N559_4064)
 2.5 2.57 2.48 12.13 4.42 1.55 27.3 1.55 0.71 2.84 2.76 2.2 2.52 3.97 16.23 7.4 2.97 0.8 13.78 6.99 19.61 1.44 2.69 1.8 3.55 1.04 1.78 1.93 1.13 3.25 0.85 2.11 1.94 3.54 0.74 1.25 1.76 1.64 1.77 1.42 2.92 1.6 4.35 0.93 0.97 1.71 3.03 3.28 1.13 2.31 0.71 1.49 1.12 2.0 1.12 1.57 2.09 4.62 0.51 1.81 0.96 1.23 3.54 2.26 1.68 3.34 1.8 0.62 4.75 3.4 1.71 0.0 1.28 1.65 1.72 2.04 3.49 3.27 0.0 2.54 2.63 1.2 2.21 0.63 2.72 3.04 0.78 1.5
AGT26394 (N559_4804)
 2.2 2.38 1.05 4.84 2.19 0.76 8.93 3.22 0.53 2.24 3.11 5.86 2.89 3.93 7.16 1.6 6.69 0.12 10.46 9.09 11.85 1.78 4.54 3.88 4.63 2.4 3.44 5.39 3.27 7.42 3.29 4.15 2.83 2.09 3.42 2.73 2.96 5.18 1.33 2.34 3.25 3.85 3.78 1.4 2.68 0.01 4.26 4.24 3.27 3.44 1.65 1.72 1.95 5.47 1.93 2.84 1.98 1.86 1.87 4.12 1.42 3.06 2.09 3.74 3.76 4.13 3.88 3.19 7.15 6.87 2.62 0.88 1.59 2.41 2.64 3.39 3.07 3.35 9.06 2.69 2.96 3.14 2.16 3.14 2.65 2.87 2.0 2.76
AGT26483 (N559_4899)
 2.98 3.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 4.09 1.39 3.84 3.3 0.21 4.51 0.75 6.55 0.0 4.46 0.0 5.88 5.99 20.4 1.98 2.84 2.59 6.06 0.02 2.58 0.0 0.0 5.95 1.86 1.66 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 10.31 1.29 1.94 1.38 1.61 2.18 4.85 4.68 0.0 0.0 3.05 3.21 0.0 1.67 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.04 0.0 0.0 2.59 1.94 4.76 4.43 2.1 0.37 0.21 3.43 3.36 0.29 4.22 3.6 2.11 3.59 3.92 0.2 1.74 1.45 3.45 3.84 1.29 2.26
AGT26484 (N559_4900)
 6.93 5.75 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 4.25 1.2 5.87 6.66 0.77 14.16 1.35 6.54 0.0 6.79 0.0 13.39 12.43 25.7 1.91 10.17 9.22 23.45 0.03 9.6 0.0 0.0 10.77 5.76 3.03 0.05 0.0 0.04 0.14 0.03 0.0 0.0 0.0 15.97 1.83 6.55 3.69 5.04 4.17 18.76 18.96 0.0 0.0 4.18 3.56 0.0 5.06 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 3.28 0.0 0.0 9.22 6.63 8.61 5.58 7.62 0.82 0.97 5.19 5.43 0.5 7.36 7.28 1.82 6.51 7.9 0.85 4.79 3.7 6.68 6.15 1.19 4.65

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)