1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_23 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
ATCC_14028
SL1344
ATCC_14028,E-stationary,WT
14028s
ATCC_14028,Log,rpsL*_mut
14028s,mLPM
opgGH_mut
LT2
Florfenicol
NCTC_12023,37_C
Chlortetracycline
SL1344,NarS_defic
ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut
LT2,ridA
fliA_del
High-patho
LT2,Cell_susp_cult
14028s,hilC_del,pBAD24
14028s,sprB_del,pBAD24
14028s,pBAD24
gastro
hfq_mut
Low-patho,42C
plank_cells
ATCC_14028,gastro
Typh_14028s,Expo_phase
biofilm,cpxR_mut
14028s,typhoid
14028s,rtcR
Typh_14028s
infection
ATCC_14028,Log,WT
14028s,rtcB
High-patho,42C
LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C
plank_cells,cpxR_mut
biofilm
ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut
ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19180 (rpsB)
 0.86 0.35 0.13 0.84 0.69 0.34 0.54 0.56 0.92 0.41 1.0 0.51 0.15 0.8 0.23 0.17 0.32 0.31 0.38 0.36 0.05 0.17 0.26 0.45 0.1 0.73 0.7 0.32 0.6 0.38 0.12 0.47 0.52 0.17 0.26 0.74 0.39 0.61 0.56
AAL19915 (rpsA)
 0.62 0.33 0.13 0.67 1.0 0.3 0.59 0.63 0.68 0.46 0.67 0.59 0.17 0.77 0.2 0.23 0.65 0.4 0.46 0.42 0.07 0.18 0.48 0.5 0.17 0.99 0.75 0.35 0.48 0.25 0.18 0.48 0.44 0.2 0.58 0.65 0.34 0.59 0.48
AAL20119 (yceD)
 0.7 0.25 0.3 0.45 0.62 0.14 0.32 0.37 0.82 0.22 1.0 0.43 0.29 0.56 0.26 0.09 0.15 0.24 0.17 0.22 0.06 0.13 0.16 0.4 0.06 0.37 0.6 0.32 0.42 0.24 0.12 0.46 0.45 0.12 0.12 0.6 0.37 0.44 0.5
AAL20261 (rplT)
 0.95 0.45 0.42 0.65 1.0 0.44 0.43 0.83 0.66 0.61 0.53 0.63 0.26 0.93 0.22 0.33 0.83 0.21 0.26 0.28 0.22 0.37 0.45 0.6 0.23 0.75 0.89 0.45 0.67 0.73 0.44 0.6 0.78 0.27 0.63 0.89 0.44 0.71 0.64
AAL21127 (rplY)
 0.6 0.22 0.02 0.46 0.15 0.44 0.13 0.33 0.49 0.3 0.54 0.96 0.05 0.62 0.11 0.08 0.11 0.1 0.11 0.12 0.09 0.14 0.11 0.69 0.09 0.69 0.91 0.12 0.37 0.64 0.06 0.08 0.47 0.08 0.1 1.0 0.41 0.1 0.08
AAL21562 (rplS)
 0.69 0.43 0.07 0.49 0.76 0.31 0.77 0.5 0.8 0.32 0.85 0.68 0.07 0.52 0.17 0.14 0.67 0.23 0.36 0.3 0.04 0.24 0.35 0.75 0.09 0.55 0.94 0.19 0.35 0.39 0.1 0.6 0.39 0.13 0.66 1.0 0.5 0.72 0.41
AAL21563 (trmD)
 0.69 0.34 0.09 0.6 0.86 0.24 0.45 0.47 0.75 0.28 1.0 0.62 0.1 0.48 0.15 0.08 0.54 0.32 0.37 0.32 0.04 0.16 0.15 0.55 0.07 0.59 0.7 0.18 0.48 0.17 0.08 0.67 0.48 0.06 0.57 0.68 0.38 0.77 0.5
AAL21564 (rimM)
 0.55 0.33 0.09 0.45 0.72 0.2 0.35 0.52 0.83 0.23 1.0 0.52 0.12 0.68 0.13 0.16 0.27 0.26 0.33 0.3 0.03 0.14 0.32 0.46 0.06 0.48 0.58 0.25 0.45 0.23 0.09 0.56 0.48 0.17 0.24 0.57 0.33 0.65 0.44
AAL21565 (rpsP)
 0.62 0.26 0.08 0.42 0.6 0.22 0.55 0.52 0.63 0.21 1.0 0.65 0.13 0.65 0.09 0.1 0.33 0.16 0.19 0.19 0.04 0.1 0.16 0.34 0.07 0.48 0.44 0.19 0.28 0.24 0.1 0.48 0.31 0.07 0.29 0.43 0.26 0.51 0.39
AAL21984 (yggH)
 0.45 0.48 0.36 0.4 0.25 0.4 0.7 0.69 0.7 0.41 1.0 0.75 0.66 0.75 0.85 0.42 0.52 0.41 0.39 0.51 0.3 0.39 0.44 0.69 0.39 0.75 0.58 0.55 0.28 0.29 0.23 0.28 0.27 0.53 0.59 0.63 0.82 0.38 0.54
AAL22172 (rpmA)
 0.27 0.27 0.06 0.27 0.41 0.11 0.26 0.4 0.62 0.21 0.52 0.5 0.29 0.52 0.16 0.21 0.45 0.2 0.18 0.22 0.06 0.08 0.36 0.78 0.09 0.44 0.88 0.24 0.29 0.78 0.12 0.37 0.27 0.25 0.44 1.0 0.52 0.24 0.43
AAL22173 (rplU)
 0.59 0.39 0.09 0.46 0.46 0.12 0.58 0.5 0.93 0.29 0.81 0.96 0.38 0.65 0.34 0.35 1.0 0.19 0.2 0.22 0.06 0.15 0.51 0.61 0.14 0.56 0.72 0.39 0.48 0.83 0.19 0.44 0.46 0.49 0.96 0.79 0.62 0.28 0.49
AAL22213 (rpsI)
 0.64 0.24 0.04 0.34 0.33 0.19 0.08 0.3 0.66 0.22 0.58 0.77 0.08 0.43 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.07 0.04 0.21 0.15 0.72 0.06 0.59 0.95 0.17 0.43 0.42 0.06 0.17 0.46 0.07 0.06 1.0 0.43 0.17 0.18
AAL22214 (rplM)
 0.85 0.36 0.06 0.48 0.55 0.2 0.47 0.62 0.84 0.32 1.0 0.84 0.22 0.78 0.2 0.12 0.5 0.2 0.32 0.28 0.03 0.15 0.25 0.56 0.06 0.69 0.82 0.32 0.47 0.26 0.11 0.32 0.59 0.16 0.55 0.84 0.44 0.33 0.36
AAL22254 (fis)
 0.54 0.2 0.05 0.18 0.17 0.07 0.21 0.42 0.25 0.14 0.48 0.67 0.07 0.49 0.06 0.14 0.12 0.1 0.12 0.1 0.04 0.05 0.16 0.77 0.03 0.32 1.0 0.21 0.27 0.13 0.05 0.11 0.32 0.12 0.06 0.7 0.45 0.13 0.13
AAL22277 (rplQ)
 0.65 0.28 0.12 0.57 1.0 0.59 0.08 0.47 0.8 0.37 0.75 0.56 0.19 0.52 0.04 0.11 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.29 0.14 0.64 0.09 0.61 0.91 0.22 0.5 0.2 0.09 0.55 0.62 0.08 0.04 0.82 0.39 0.76 0.73
AAL22278 (rpoA)
 0.78 0.35 0.13 0.86 0.72 0.65 0.5 0.5 1.0 0.33 0.85 0.51 0.17 0.53 0.17 0.16 0.36 0.3 0.39 0.35 0.05 0.23 0.23 0.45 0.07 0.59 0.68 0.27 0.66 0.19 0.1 0.43 0.67 0.13 0.28 0.58 0.32 0.59 0.56
AAL22279 (rpsD)
 1.0 0.41 0.13 0.94 0.79 0.38 0.75 0.48 0.89 0.32 0.68 0.6 0.19 0.47 0.53 0.19 0.91 0.58 0.5 0.54 0.06 0.28 0.29 0.54 0.08 0.5 0.78 0.3 0.54 0.21 0.11 0.47 0.59 0.18 0.84 0.67 0.41 0.78 0.64
AAL22280 (rpsK)
 0.93 0.36 0.09 0.85 0.55 0.7 0.72 0.39 0.62 0.3 0.36 0.75 0.14 0.45 0.25 0.19 0.32 0.32 0.38 0.37 0.08 0.08 0.28 0.67 0.09 0.47 1.0 0.26 0.51 0.13 0.12 0.35 0.58 0.16 0.28 0.85 0.47 0.46 0.44
AAL22281 (rpsM)
 0.93 0.48 0.12 1.0 0.72 0.59 0.96 0.53 0.82 0.33 0.47 0.64 0.2 0.5 0.37 0.2 0.43 0.48 0.65 0.62 0.07 0.26 0.27 0.51 0.08 0.57 0.78 0.36 0.77 0.2 0.13 0.47 0.84 0.15 0.38 0.66 0.42 0.71 0.59
AAL22283 (secY)
 0.69 0.49 0.15 0.72 1.0 0.42 0.66 0.52 0.98 0.34 0.58 0.6 0.16 0.57 0.23 0.26 0.37 0.38 0.45 0.42 0.06 0.28 0.39 0.52 0.06 0.59 0.87 0.24 0.49 0.21 0.12 0.75 0.63 0.2 0.24 0.68 0.49 0.89 0.51
AAL22284 (rplO)
 0.44 0.28 0.13 0.45 0.87 0.32 0.17 0.32 0.88 0.26 0.51 0.6 0.1 0.36 0.06 0.13 0.11 0.13 0.14 0.13 0.03 0.09 0.17 0.42 0.04 0.54 0.72 0.17 0.35 0.1 0.1 0.65 0.41 0.07 0.08 0.58 0.36 1.0 0.37
AAL22286 (rpsE)
 0.49 0.39 0.1 0.49 0.65 0.34 0.24 0.32 1.0 0.3 0.62 0.63 0.08 0.37 0.07 0.16 0.06 0.15 0.22 0.17 0.03 0.16 0.24 0.45 0.03 0.59 0.77 0.17 0.35 0.12 0.08 0.49 0.4 0.09 0.05 0.59 0.36 0.68 0.26
AAL22287 (rplR)
 0.48 0.28 0.09 0.42 0.59 0.35 0.24 0.35 1.0 0.26 0.7 0.42 0.07 0.41 0.07 0.12 0.11 0.11 0.15 0.12 0.02 0.16 0.21 0.38 0.02 0.43 0.67 0.19 0.38 0.14 0.08 0.43 0.45 0.07 0.08 0.49 0.32 0.69 0.22
AAL22288 (rplF)
 0.69 0.3 0.11 0.51 0.76 0.28 0.47 0.38 1.0 0.3 0.73 0.58 0.11 0.37 0.15 0.12 0.22 0.29 0.37 0.31 0.03 0.17 0.23 0.37 0.03 0.6 0.64 0.23 0.4 0.16 0.11 0.58 0.5 0.09 0.21 0.43 0.35 0.98 0.3
AAL22289 (rpsH)
 0.69 0.41 0.09 0.55 0.67 0.28 0.81 0.38 1.0 0.29 0.83 0.69 0.09 0.35 0.19 0.14 0.29 0.38 0.56 0.45 0.03 0.23 0.27 0.38 0.04 0.57 0.67 0.2 0.31 0.1 0.1 0.49 0.4 0.12 0.31 0.45 0.44 0.84 0.26
AAL22290 (rpsN)
 0.44 0.21 0.11 0.3 0.69 0.21 0.21 0.32 1.0 0.21 0.76 0.5 0.1 0.35 0.09 0.1 0.09 0.09 0.13 0.1 0.03 0.11 0.17 0.3 0.04 0.41 0.59 0.26 0.37 0.12 0.1 0.53 0.41 0.05 0.11 0.39 0.27 0.8 0.28
AAL22291 (rplE)
 0.58 0.29 0.08 0.44 0.51 0.25 0.34 0.37 1.0 0.26 0.75 0.55 0.09 0.45 0.08 0.14 0.18 0.24 0.32 0.25 0.03 0.24 0.29 0.32 0.04 0.54 0.63 0.24 0.53 0.32 0.09 0.38 0.59 0.12 0.19 0.42 0.31 0.57 0.23
AAL22292 (rplX)
 0.53 0.35 0.07 0.45 0.53 0.26 0.46 0.38 0.99 0.28 1.0 0.54 0.1 0.41 0.16 0.14 0.26 0.22 0.28 0.24 0.03 0.18 0.28 0.37 0.05 0.46 0.69 0.22 0.33 0.28 0.08 0.39 0.38 0.12 0.28 0.49 0.39 0.58 0.27
AAL22293 (rplN)
 0.57 0.54 0.08 0.63 0.55 0.32 0.94 0.43 0.99 0.35 0.93 1.0 0.14 0.51 0.87 0.16 0.4 0.31 0.29 0.31 0.05 0.32 0.3 0.49 0.08 0.86 0.91 0.29 0.71 0.26 0.09 0.41 0.78 0.14 0.39 0.66 0.53 0.51 0.29
AAL22294 (rpsQ)
 0.39 0.28 0.09 0.79 0.81 0.72 0.32 0.35 1.0 0.27 0.85 0.23 0.07 0.35 0.14 0.09 0.32 0.13 0.21 0.15 0.01 0.32 0.14 0.33 0.04 0.63 0.63 0.15 0.33 0.66 0.24 0.48 0.44 0.04 0.28 0.6 0.32 0.66 0.25
AAL22295 (rpmC)
 0.35 0.18 0.07 0.61 0.62 0.59 0.14 0.26 1.0 0.27 0.91 0.3 0.05 0.33 0.03 0.06 0.16 0.06 0.08 0.06 0.01 0.11 0.09 0.35 0.07 0.54 0.56 0.13 0.18 0.28 0.08 0.4 0.21 0.03 0.13 0.5 0.28 0.53 0.17
AAL22296 (rplP)
 0.56 0.33 0.07 0.82 0.65 0.48 0.51 0.28 1.0 0.23 0.87 0.39 0.05 0.26 0.31 0.07 0.63 0.26 0.38 0.29 0.01 0.25 0.1 0.32 0.04 0.43 0.51 0.11 0.33 0.11 0.05 0.41 0.39 0.03 0.56 0.44 0.31 0.58 0.18
AAL22297 (rpsC)
 0.46 0.27 0.06 0.71 0.57 0.47 0.43 0.28 1.0 0.24 0.92 0.44 0.04 0.29 0.07 0.07 0.21 0.18 0.33 0.23 0.01 0.18 0.11 0.28 0.05 0.47 0.48 0.12 0.36 0.11 0.06 0.36 0.43 0.03 0.16 0.38 0.27 0.53 0.15
AAL22298 (rplV)
 0.43 0.23 0.05 0.62 0.56 0.37 0.29 0.24 1.0 0.24 0.95 0.48 0.04 0.26 0.06 0.09 0.12 0.15 0.27 0.18 0.01 0.16 0.19 0.27 0.05 0.39 0.46 0.13 0.42 0.15 0.07 0.32 0.41 0.05 0.09 0.35 0.23 0.61 0.13
AAL22299 (rpsS)
 0.33 0.17 0.04 0.4 0.43 0.26 0.23 0.24 1.0 0.16 0.91 0.28 0.03 0.23 0.08 0.05 0.18 0.13 0.15 0.13 0.0 0.09 0.11 0.19 0.03 0.31 0.31 0.1 0.17 0.07 0.05 0.25 0.24 0.03 0.15 0.23 0.16 0.51 0.1
AAL22300 (rplB)
 0.42 0.22 0.06 0.58 0.57 0.35 0.13 0.24 1.0 0.25 0.86 0.64 0.04 0.23 0.03 0.06 0.07 0.08 0.12 0.09 0.01 0.12 0.12 0.38 0.06 0.47 0.64 0.14 0.38 0.1 0.07 0.33 0.52 0.03 0.05 0.45 0.27 0.55 0.14
AAL22301 (rplW)
 0.41 0.2 0.05 0.5 0.46 0.25 0.25 0.22 0.89 0.21 1.0 0.38 0.03 0.18 0.04 0.07 0.17 0.13 0.26 0.17 0.01 0.1 0.17 0.23 0.04 0.31 0.39 0.14 0.31 0.07 0.06 0.26 0.38 0.06 0.14 0.27 0.23 0.56 0.12
AAL22302 (rplD)
 0.53 0.22 0.04 0.78 0.45 0.37 0.41 0.24 1.0 0.24 0.93 0.82 0.03 0.23 0.13 0.06 0.12 0.35 0.42 0.35 0.01 0.12 0.15 0.37 0.06 0.48 0.65 0.14 0.5 0.09 0.06 0.24 0.6 0.05 0.08 0.43 0.29 0.42 0.12
AAL22303 (rplC)
 0.42 0.16 0.04 0.49 0.4 0.24 0.22 0.22 0.89 0.18 1.0 0.59 0.04 0.2 0.05 0.06 0.18 0.16 0.27 0.19 0.01 0.1 0.17 0.24 0.04 0.3 0.43 0.14 0.32 0.09 0.06 0.21 0.41 0.06 0.16 0.28 0.21 0.39 0.11
AAL22304 (rpsJ)
 0.38 0.17 0.03 0.49 0.32 0.26 0.22 0.18 0.8 0.16 1.0 0.63 0.04 0.15 0.02 0.04 0.06 0.08 0.12 0.09 0.01 0.06 0.07 0.27 0.04 0.3 0.48 0.13 0.39 0.14 0.07 0.17 0.49 0.02 0.05 0.31 0.22 0.27 0.1
AAL22309 (fusA)
 0.66 0.36 0.18 0.77 0.9 0.54 0.47 0.46 0.92 0.38 0.76 0.69 0.12 0.55 0.29 0.14 0.2 0.3 0.38 0.31 0.05 0.27 0.22 0.38 0.05 0.69 0.66 0.26 0.58 0.14 0.1 0.61 0.63 0.08 0.21 0.48 0.3 1.0 0.34
AAL22310 (rpsG)
 0.8 0.39 0.12 0.67 1.0 0.48 0.52 0.48 0.96 0.4 0.81 0.78 0.14 0.62 0.21 0.16 0.21 0.27 0.36 0.31 0.05 0.25 0.28 0.43 0.07 0.71 0.8 0.32 0.46 0.21 0.1 0.63 0.57 0.13 0.21 0.65 0.34 0.86 0.34
AAL22311 (rpsL)
 0.77 0.35 0.12 0.63 0.89 0.4 0.29 0.37 0.64 0.33 0.65 1.0 0.17 0.49 0.11 0.17 0.13 0.11 0.11 0.11 0.08 0.17 0.29 0.42 0.1 0.68 0.78 0.28 0.75 0.3 0.08 0.56 0.86 0.13 0.11 0.6 0.33 0.67 0.34
AAL22587 (rpmB)
 0.54 0.19 0.06 0.3 0.24 0.13 0.24 0.23 0.33 0.13 0.37 0.42 0.11 0.29 0.1 0.09 0.26 0.07 0.05 0.06 0.01 0.06 0.16 0.22 0.03 0.31 0.34 0.15 0.21 1.0 0.05 0.22 0.24 0.1 0.22 0.33 0.19 0.14 0.23
AAL22977 (rplK)
 0.56 0.32 0.05 0.48 0.38 0.24 0.26 0.39 1.0 0.3 1.0 0.83 0.09 0.48 0.06 0.11 0.08 0.13 0.13 0.14 0.02 0.11 0.23 0.39 0.03 0.69 0.62 0.24 0.55 0.25 0.1 0.4 0.66 0.14 0.09 0.55 0.25 0.34 0.26
AAL22978 (rplA)
 0.52 0.29 0.06 0.45 0.45 0.2 0.22 0.36 1.0 0.25 0.93 0.65 0.08 0.44 0.08 0.08 0.13 0.16 0.25 0.2 0.02 0.17 0.13 0.38 0.02 0.61 0.55 0.23 0.52 0.21 0.08 0.46 0.63 0.07 0.15 0.5 0.26 0.45 0.29
AAL22979 (rplJ)
 0.47 0.24 0.05 0.5 0.44 0.21 0.18 0.25 1.0 0.24 0.89 0.43 0.08 0.23 0.12 0.06 0.16 0.11 0.1 0.11 0.01 0.16 0.11 0.4 0.01 0.51 0.51 0.24 0.59 0.16 0.06 0.43 0.59 0.06 0.15 0.62 0.23 0.3 0.34
AAL22980 (rplL)
 0.5 0.34 0.05 0.67 0.37 0.35 0.64 0.3 1.0 0.32 0.94 0.46 0.06 0.25 0.51 0.09 0.34 0.37 0.34 0.36 0.02 0.2 0.17 0.45 0.02 0.59 0.55 0.23 0.54 0.19 0.06 0.35 0.53 0.1 0.33 0.74 0.3 0.25 0.26
AAL23211 (rpsF)
 0.96 0.36 0.08 0.46 0.63 0.37 0.36 0.44 0.79 0.3 1.0 0.85 0.12 0.48 0.05 0.05 0.12 0.1 0.15 0.12 0.02 0.16 0.12 0.6 0.03 0.86 0.93 0.27 0.55 0.16 0.11 0.44 0.63 0.04 0.14 0.82 0.39 0.59 0.22
AAL23212 (priB)
 0.67 0.27 0.05 0.37 0.46 0.25 0.44 0.31 0.63 0.17 1.0 0.43 0.07 0.3 0.18 0.03 0.39 0.23 0.29 0.25 0.01 0.12 0.07 0.39 0.01 0.38 0.57 0.15 0.26 0.1 0.08 0.3 0.29 0.03 0.41 0.54 0.3 0.5 0.14
AAL23213 (rpsR)
 0.63 0.2 0.07 0.34 0.59 0.4 0.2 0.26 0.69 0.15 0.86 0.36 0.07 0.23 0.1 0.05 0.12 0.1 0.14 0.13 0.01 0.12 0.12 0.68 0.01 0.45 1.0 0.17 0.25 0.18 0.07 0.38 0.28 0.05 0.11 0.95 0.46 0.56 0.16
AAL23214 (rplI)
 0.81 0.26 0.07 0.41 0.54 0.41 0.14 0.27 0.63 0.28 0.73 0.62 0.06 0.26 0.04 0.05 0.08 0.12 0.2 0.14 0.01 0.17 0.09 0.7 0.02 0.73 1.0 0.16 0.51 0.3 0.06 0.34 0.57 0.03 0.06 0.99 0.43 0.46 0.15

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)