1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_29 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
ATCC_14028
SL1344
ATCC_14028,E-stationary,WT
14028s
ATCC_14028,Log,rpsL*_mut
14028s,mLPM
opgGH_mut
LT2
Florfenicol
NCTC_12023,37_C
Chlortetracycline
SL1344,NarS_defic
ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut
LT2,ridA
fliA_del
High-patho
LT2,Cell_susp_cult
14028s,hilC_del,pBAD24
14028s,sprB_del,pBAD24
14028s,pBAD24
gastro
hfq_mut
Low-patho,42C
plank_cells
ATCC_14028,gastro
Typh_14028s,Expo_phase
biofilm,cpxR_mut
14028s,typhoid
14028s,rtcR
Typh_14028s
infection
ATCC_14028,Log,WT
14028s,rtcB
High-patho,42C
LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C
plank_cells,cpxR_mut
biofilm
ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut
ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19011 (lspA)
 0.41 0.55 0.35 0.34 0.5 0.41 0.14 0.65 0.62 0.41 0.46 0.67 0.46 1.0 0.18 0.2 0.05 0.11 0.1 0.11 0.22 0.35 0.26 0.43 0.21 0.54 0.57 0.45 0.46 0.13 0.32 0.57 0.48 0.16 0.04 0.49 0.52 0.57 0.54
AAL19217 (dniR)
 0.31 0.39 0.18 0.37 0.11 0.07 0.24 0.7 0.38 0.59 0.66 0.58 0.62 1.0 0.39 0.18 0.09 0.44 0.45 0.68 0.07 0.47 0.2 0.25 0.08 0.29 0.18 0.48 0.53 0.26 0.21 0.21 0.58 0.19 0.05 0.29 0.37 0.14 0.33
AAL19249 (STM0292)
 0.18 0.72 0.39 0.11 0.11 0.02 1.0 0.3 0.15 0.25 0.22 0.06 0.71 0.29 0.14 0.0 0.1 0.64 0.33 0.7 0.32 0.34 0.0 0.55 0.22 0.16 0.0 0.27 0.13 0.1 0.26 0.22 0.13 0.0 0.05 0.0 0.47 0.3 0.32
AAL19287 (STM0333)
 0.14 0.64 0.28 0.13 0.1 0.07 0.26 0.28 0.17 0.19 0.3 0.09 0.3 0.29 0.31 0.34 0.21 0.25 0.28 0.37 0.13 0.23 0.19 0.08 0.15 0.22 0.17 0.21 0.14 0.08 0.1 0.14 0.13 0.33 1.0 0.16 0.08 0.15 0.2
AAL19358 (queA)
 0.43 0.48 0.09 0.2 0.21 0.06 0.34 0.54 0.41 0.15 0.56 1.0 0.29 0.75 0.34 0.05 0.16 0.26 0.31 0.31 0.07 0.17 0.08 0.66 0.07 0.47 0.52 0.25 0.27 0.13 0.12 0.21 0.33 0.05 0.25 0.51 0.61 0.14 0.47
AAL19409 (ybaW)
 0.15 0.43 0.68 0.11 0.23 0.13 0.24 0.21 0.12 0.17 0.17 0.1 0.57 0.27 0.11 0.82 0.1 0.17 0.19 0.19 0.27 0.53 0.26 0.39 0.4 0.19 0.12 0.37 0.15 0.04 0.12 0.18 0.13 1.0 0.28 0.08 0.52 0.32 0.27
AAL19523 (STM0572)
 0.19 0.76 0.97 0.26 0.25 0.16 0.08 0.35 0.41 0.86 1.0 0.1 0.44 0.28 0.09 0.0 0.11 0.09 0.11 0.14 0.08 0.19 0.0 0.0 0.17 0.35 0.37 0.19 0.22 0.04 0.1 0.29 0.17 0.0 0.98 0.21 0.0 0.47 0.26
AAL19524 (STM0573)
 0.19 0.93 0.51 0.15 0.11 0.11 0.11 0.31 0.49 0.44 1.0 0.08 0.27 0.26 0.09 0.0 0.13 0.14 0.14 0.19 0.19 0.16 0.0 0.0 0.26 0.21 0.45 0.15 0.14 0.02 0.05 0.15 0.13 0.0 0.75 0.23 0.0 0.17 0.15
AAL19525 (STM0574)
 0.21 0.76 0.41 0.1 0.08 0.07 0.1 0.29 0.35 0.25 0.65 0.06 0.23 0.22 0.14 0.0 0.12 0.18 0.22 0.26 0.08 0.24 0.0 0.0 0.12 0.14 0.23 0.13 0.09 0.01 0.09 0.14 0.09 0.0 1.0 0.21 0.0 0.11 0.14
AAL19527 (STM0576)
 0.2 1.0 0.32 0.11 0.11 0.11 0.02 0.25 0.23 0.42 0.67 0.04 0.14 0.09 0.05 0.0 0.03 0.04 0.03 0.06 0.08 0.1 0.0 0.0 0.13 0.08 0.28 0.12 0.08 0.01 0.08 0.13 0.08 0.0 0.9 0.16 0.0 0.09 0.15
AAL19528 (STM0577)
 0.24 0.43 0.19 0.07 0.09 0.04 0.08 0.26 0.16 0.18 0.34 0.01 0.19 0.11 0.04 0.07 0.05 0.09 0.08 0.12 0.08 0.09 0.01 0.15 0.11 0.05 0.12 0.15 0.05 0.02 0.09 0.15 0.07 0.03 1.0 0.07 0.39 0.07 0.16
AAL19535 (entD)
 0.46 0.86 0.15 0.1 0.08 0.2 0.5 0.7 0.11 0.09 0.37 0.04 0.15 1.0 0.06 0.13 0.1 0.06 0.08 0.09 0.22 0.58 0.02 0.24 0.15 0.14 0.12 0.12 0.12 0.03 0.07 0.11 0.11 0.04 0.11 0.06 0.54 0.07 0.15
AAL19811 (rimK)
 0.46 0.55 0.19 0.25 0.31 0.1 0.22 0.48 0.37 0.3 0.3 0.57 0.41 0.87 0.26 0.09 0.17 0.38 0.36 0.44 0.26 0.29 0.14 0.74 0.23 0.38 1.0 0.31 0.31 0.05 0.24 0.28 0.41 0.09 0.23 0.73 0.93 0.31 0.54
AAL19914 (cmk)
 0.49 0.35 0.27 0.24 0.46 0.15 0.24 0.41 0.8 0.21 1.0 0.66 0.76 0.74 0.24 0.12 0.09 0.17 0.16 0.18 0.2 0.13 0.14 0.55 0.17 0.47 0.8 0.6 0.33 0.24 0.14 0.36 0.37 0.11 0.15 0.63 0.55 0.26 0.78
AAL20016 (yccX)
 0.37 1.0 0.41 0.2 0.23 0.14 0.6 0.43 0.27 0.24 0.5 0.11 0.55 0.4 0.61 0.35 0.23 0.39 0.51 0.59 0.34 0.67 0.1 0.66 0.43 0.17 0.22 0.42 0.28 0.01 0.16 0.27 0.22 0.16 0.32 0.2 0.78 0.22 0.46
AAL20045 (scsA)
 0.68 0.92 0.36 0.18 0.24 0.08 0.44 0.58 0.25 0.48 0.5 0.46 1.0 0.96 0.29 0.08 0.29 0.29 0.23 0.34 0.28 0.76 0.12 0.51 0.28 0.74 0.28 0.52 0.31 0.08 0.15 0.37 0.31 0.06 0.36 0.35 0.62 0.23 0.77
AAL20100 (mviN)
 0.23 0.43 0.18 0.14 0.19 0.05 0.18 0.31 0.17 0.18 0.16 0.27 0.27 0.62 0.23 0.19 0.12 0.28 0.33 0.34 0.14 0.22 0.21 0.79 0.17 0.25 0.25 0.31 0.24 0.04 0.18 0.18 0.25 0.2 1.0 0.15 0.93 0.19 0.41
AAL20226 (STM1301)
 0.15 0.7 0.71 0.13 0.12 0.03 0.09 0.17 0.17 0.26 0.31 0.19 0.22 0.12 0.03 0.09 0.09 0.17 0.15 0.15 0.05 0.16 0.01 0.09 0.1 0.09 0.16 0.32 0.2 0.01 0.15 1.0 0.24 0.1 0.11 0.57 0.17 0.1 0.24
AAL20271 (ydiE)
 0.89 1.0 0.69 0.14 0.26 0.06 0.3 0.18 0.12 0.02 0.38 0.02 0.6 0.27 0.14 0.11 0.03 0.16 0.06 0.11 0.56 0.72 0.01 0.26 0.27 0.13 0.07 0.5 0.05 0.06 0.06 0.81 0.04 0.02 0.05 0.06 0.51 0.28 0.79
AAL20312 (orf70)
 0.16 0.64 0.3 0.15 0.28 0.03 0.53 0.25 0.13 0.27 0.12 0.07 0.33 0.33 0.2 0.43 0.23 0.54 0.9 1.0 0.1 0.32 0.55 0.88 0.16 0.15 0.51 0.31 0.09 0.06 0.12 0.31 0.07 0.5 0.39 0.63 0.51 0.24 0.48
AAL20377 (ydgP)
 0.47 0.5 0.21 0.24 0.52 0.52 0.34 0.6 0.24 0.24 0.2 0.27 0.15 1.0 0.18 0.3 0.15 0.18 0.34 0.26 0.3 0.58 0.18 0.33 0.19 0.43 0.22 0.21 0.32 0.07 0.18 0.3 0.27 0.11 0.27 0.19 0.34 0.41 0.2
AAL20611 (sapC)
 0.29 0.54 0.33 0.23 0.36 0.16 0.24 0.57 0.2 0.22 0.24 0.54 0.34 0.8 0.18 0.11 0.12 0.22 0.25 0.28 0.12 0.28 0.09 0.63 0.13 0.36 0.27 0.28 0.35 0.1 0.25 0.36 0.32 0.07 0.17 0.28 1.0 0.2 0.38
AAL20892 (fliQ)
 0.46 1.0 0.37 0.2 0.17 0.04 0.6 0.23 0.26 0.3 0.39 0.93 0.13 0.13 0.26 0.54 0.25 0.37 0.25 0.28 0.11 0.54 0.47 0.43 0.1 0.08 0.76 0.29 0.31 0.04 0.17 0.63 0.31 0.47 0.38 0.49 0.69 0.08 0.15
AAL21203 (STM2302)
 0.19 0.69 0.6 0.18 0.15 0.5 0.26 0.54 0.15 0.23 0.26 0.12 0.24 0.82 0.1 0.22 0.14 0.19 0.24 0.24 0.3 1.0 0.07 0.57 0.28 0.22 0.33 0.17 0.35 0.02 0.1 0.24 0.37 0.07 0.26 0.2 0.62 0.1 0.24
AAL21268 (dedA)
 0.41 0.53 0.21 0.33 0.27 0.32 0.38 0.37 0.25 0.28 0.32 0.31 0.26 0.5 0.2 0.35 0.11 0.25 0.3 0.3 0.25 0.44 0.4 0.68 0.26 0.45 0.35 0.23 0.43 0.13 0.1 0.22 0.47 0.27 0.15 0.17 1.0 0.32 0.28
AAL21287 (yfcN)
 0.66 0.76 0.56 0.34 0.41 0.15 0.36 0.92 0.56 0.43 0.92 0.51 0.78 1.0 0.46 0.37 0.17 0.37 0.4 0.47 0.45 0.36 0.45 0.8 0.63 0.35 0.51 0.45 0.55 0.04 0.33 0.54 0.52 0.42 0.24 0.63 0.99 0.4 0.69
AAL21319 (yfeH)
 0.39 0.55 0.24 0.2 0.22 0.09 0.22 0.4 0.43 0.18 0.71 0.4 0.38 0.61 0.31 0.16 0.2 0.25 0.25 0.31 0.08 0.33 0.16 0.71 0.19 0.29 0.32 0.24 0.36 0.05 0.19 0.29 0.34 0.1 0.37 0.26 1.0 0.22 0.35
AAL21320 (STM2426)
 0.47 0.65 0.75 0.28 0.49 0.13 0.24 0.49 0.54 0.24 0.28 0.38 0.54 0.53 0.22 0.22 0.14 0.17 0.22 0.2 0.17 0.59 0.2 0.44 0.21 0.41 0.31 0.33 0.41 0.07 0.14 0.42 0.31 0.22 0.14 0.25 1.0 0.52 0.56
AAL21694 (proV)
 0.41 0.37 0.06 0.21 0.01 0.02 0.35 0.22 0.31 0.43 1.0 0.03 0.02 0.16 0.4 0.09 0.02 0.69 0.97 0.91 0.0 0.13 0.02 0.2 0.05 0.07 0.01 0.52 0.16 0.11 0.19 0.03 0.19 0.05 0.04 0.26 0.31 0.02 0.01
AAL21695 (proW)
 0.43 0.47 0.08 0.25 0.02 0.07 0.11 0.26 0.35 0.6 1.0 0.05 0.03 0.2 0.07 0.02 0.02 0.2 0.3 0.24 0.02 0.12 0.0 0.21 0.05 0.08 0.02 0.42 0.2 0.09 0.19 0.04 0.24 0.01 0.03 0.24 0.24 0.04 0.01
AAL21697 (STM2812)
 0.26 0.43 0.16 0.1 0.1 0.04 0.16 0.23 0.17 0.08 0.25 0.18 0.3 0.3 0.2 0.05 0.06 0.14 0.15 0.16 0.08 0.11 0.03 0.48 0.13 0.15 0.28 0.21 0.15 0.03 0.08 0.15 0.17 0.04 0.1 0.19 1.0 0.09 0.31
AAL21700 (emrB)
 0.44 0.48 0.08 0.17 0.24 0.08 0.4 0.42 0.34 0.14 0.41 1.0 0.1 0.53 0.32 0.12 0.14 0.13 0.17 0.15 0.09 0.19 0.1 0.58 0.12 0.23 0.32 0.44 0.2 0.07 0.17 0.19 0.24 0.06 0.25 0.24 0.72 0.12 0.27
AAL21865 (ygdL)
 0.47 0.68 0.2 0.29 0.17 0.1 0.66 0.58 0.28 0.24 0.23 0.67 0.36 1.0 0.49 0.16 0.59 0.56 0.6 0.6 0.25 0.33 0.11 0.66 0.2 0.36 0.47 0.33 0.48 0.1 0.22 0.22 0.43 0.15 0.79 0.37 0.95 0.19 0.35
AAL22137 (yraN)
 0.31 1.0 0.49 0.31 0.27 0.16 0.51 0.64 0.26 0.34 0.22 0.4 0.38 0.83 0.45 0.08 0.31 0.38 0.39 0.42 0.13 0.98 0.05 0.74 0.1 0.38 0.38 0.27 0.37 0.09 0.1 0.39 0.3 0.05 0.31 0.24 0.88 0.36 0.37
AAL22182 (yrbF)
 0.78 0.55 0.21 0.37 0.2 0.13 0.3 0.53 0.45 0.36 0.55 0.64 0.31 1.0 0.41 0.07 0.64 0.3 0.5 0.34 0.09 0.36 0.06 0.61 0.14 0.61 0.74 0.5 0.53 0.22 0.14 0.27 0.72 0.05 0.64 0.59 0.96 0.19 0.44
AAL22193 (ptsO)
 0.34 0.65 0.84 0.25 0.5 0.49 0.66 0.43 0.18 0.23 0.2 0.32 1.0 0.37 0.3 0.17 0.14 0.23 0.2 0.27 0.24 0.89 0.1 0.39 0.24 0.32 0.32 0.26 0.3 0.04 0.11 0.76 0.26 0.1 0.26 0.18 0.75 0.43 0.73
AAL22369 (yhgG)
 0.16 0.48 0.22 0.15 0.09 0.55 0.42 0.11 0.05 0.04 0.03 0.02 0.09 0.1 0.13 0.1 0.12 0.19 0.15 0.18 0.67 1.0 0.02 0.13 0.42 0.09 0.25 0.14 0.3 0.15 0.17 0.15 0.11 0.01 0.18 0.15 0.45 0.09 0.1
AAL22441 (yhhS)
 0.24 0.47 0.13 0.15 0.21 0.05 0.19 0.32 0.14 0.14 0.18 0.17 0.21 0.58 0.39 0.09 0.2 0.29 0.28 0.34 0.1 0.31 0.07 0.61 0.22 0.12 0.14 0.2 0.17 0.01 0.13 0.29 0.16 0.08 0.18 0.15 1.0 0.16 0.41
AAL22583 (kdtA)
 0.72 0.49 0.22 0.23 0.26 0.07 0.26 0.57 0.39 0.32 0.46 0.75 0.34 1.0 0.4 0.11 0.21 0.23 0.28 0.34 0.05 0.35 0.15 0.53 0.06 0.43 0.47 0.39 0.31 0.25 0.2 0.33 0.37 0.09 0.31 0.58 0.67 0.21 0.5
AAL22652 (STM3794)
 0.25 0.45 0.24 0.21 0.42 0.05 0.19 0.31 0.38 0.27 0.47 0.16 0.25 0.3 0.32 0.17 0.3 0.37 0.41 0.54 0.06 0.24 0.17 0.57 0.09 0.26 0.22 0.31 0.25 0.05 0.12 0.3 0.23 0.13 0.36 0.24 1.0 0.59 0.31
AAL22735 (asnA)
 0.04 0.27 0.02 0.23 0.01 0.02 0.01 0.22 0.01 0.05 0.03 0.0 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.07 0.16 0.04 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.06 1.0 0.0 0.07 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.15 0.05 0.01
AAL22847 (STM4008)
 0.72 0.49 0.04 0.19 0.33 0.02 0.31 0.52 0.58 0.2 1.0 0.44 0.07 0.99 0.22 0.1 0.21 0.11 0.15 0.14 0.01 0.08 0.18 0.37 0.02 0.15 0.4 0.25 0.27 0.34 0.1 0.22 0.28 0.15 0.13 0.3 0.41 0.15 0.26
AAL22956 (yijO)
 0.22 0.57 0.25 0.17 0.19 0.07 0.39 0.42 0.25 0.24 0.3 0.25 0.41 0.55 0.38 0.2 0.18 0.33 0.3 0.35 0.18 0.32 0.09 0.6 0.21 0.24 0.2 0.26 0.27 0.01 0.17 0.29 0.28 0.21 0.27 0.25 1.0 0.24 0.44
AAL22969 (murI)
 0.47 0.71 0.45 0.36 0.55 0.14 0.43 0.57 0.36 0.55 0.43 0.86 0.69 0.53 0.42 0.25 0.15 0.27 0.26 0.3 0.17 0.4 0.36 0.52 0.19 0.39 0.5 0.54 0.57 0.16 0.29 0.82 0.59 0.26 0.18 0.53 0.58 0.35 1.0
AAL22970 (murB)
 0.24 0.7 0.28 0.27 0.22 0.04 0.47 0.41 0.46 0.44 0.46 0.46 0.45 0.5 0.41 0.34 0.26 0.41 0.4 0.47 0.12 0.33 0.53 0.59 0.2 0.29 0.29 0.45 0.46 0.05 0.2 0.38 0.52 0.34 0.39 0.35 1.0 0.28 0.55
AAL23007 (aceB)
 0.06 0.45 0.68 0.11 0.03 0.47 0.09 0.41 0.08 0.19 0.07 0.01 0.49 0.29 0.07 0.17 0.05 0.91 0.82 1.0 0.05 0.23 0.11 0.5 0.07 0.15 0.08 0.11 0.06 0.01 0.25 0.05 0.06 0.12 0.07 0.04 0.89 0.21 0.09
AAL23008 (aceA)
 0.05 0.38 1.0 0.08 0.08 0.68 0.04 0.35 0.07 0.16 0.09 0.02 0.71 0.27 0.04 0.1 0.05 0.38 0.33 0.45 0.04 0.33 0.04 0.33 0.05 0.1 0.08 0.09 0.05 0.02 0.12 0.09 0.05 0.05 0.04 0.05 0.44 0.3 0.13
AAL23009 (aceK)
 0.21 0.43 0.28 0.06 0.06 0.14 0.1 0.25 0.09 0.07 0.16 0.04 0.33 0.18 0.12 0.09 0.12 0.24 0.22 0.3 0.05 0.33 0.06 0.68 0.06 0.08 0.09 0.1 0.05 0.01 0.07 0.07 0.06 0.11 0.24 0.07 1.0 0.1 0.11
AAL23018 (yjbD)
 0.36 0.57 0.3 0.37 0.33 0.07 0.33 0.53 0.23 0.26 0.25 0.22 0.34 0.24 1.0 0.23 0.37 0.4 0.36 0.47 0.24 0.28 0.26 0.37 0.28 0.18 0.29 0.31 0.29 0.03 0.21 0.36 0.29 0.16 0.34 0.35 0.43 0.3 0.54
AAL23299 (yjgQ)
 0.65 0.58 0.43 0.45 0.26 0.15 0.45 0.63 0.46 0.24 0.28 0.81 0.49 0.88 0.7 0.16 0.48 0.46 0.51 0.53 0.25 0.3 0.12 0.87 0.27 0.53 0.78 0.45 0.55 0.13 0.22 0.32 0.58 0.11 0.57 0.53 1.0 0.38 0.44
AAL23319 (STM4501)
 0.2 1.0 0.33 0.11 0.31 0.05 0.06 0.17 0.36 0.47 0.6 0.12 0.43 0.04 0.22 0.33 0.11 0.28 0.21 0.32 0.04 0.12 0.2 0.56 0.08 0.07 0.07 0.31 0.08 0.02 0.11 0.46 0.07 0.23 0.61 0.05 0.95 0.27 0.4

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)