1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_16 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
ATCC_14028
SL1344
ATCC_14028,E-stationary,WT
14028s
ATCC_14028,Log,rpsL*_mut
14028s,mLPM
opgGH_mut
LT2
Florfenicol
NCTC_12023,37_C
Chlortetracycline
SL1344,NarS_defic
ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut
LT2,ridA
fliA_del
High-patho
LT2,Cell_susp_cult
14028s,hilC_del,pBAD24
14028s,sprB_del,pBAD24
14028s,pBAD24
gastro
hfq_mut
Low-patho,42C
plank_cells
ATCC_14028,gastro
Typh_14028s,Expo_phase
biofilm,cpxR_mut
14028s,typhoid
14028s,rtcR
Typh_14028s
infection
ATCC_14028,Log,WT
14028s,rtcB
High-patho,42C
LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C
plank_cells,cpxR_mut
biofilm
ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut
ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19248 (STM0291)
 0.13 0.91 0.27 0.14 0.19 0.05 0.88 0.36 0.22 0.24 0.37 0.05 0.51 0.34 0.37 0.0 0.3 0.92 0.56 0.94 0.27 0.2 0.0 0.56 0.19 0.19 0.0 0.21 0.1 0.04 0.17 0.19 0.11 0.0 0.17 0.0 1.0 0.36 0.28
AAL19522 (STM0571)
 0.2 0.76 0.68 0.26 0.23 0.1 0.19 0.39 0.35 0.6 0.43 0.16 0.38 0.34 1.0 0.0 0.54 0.52 0.38 0.55 0.18 0.39 0.0 0.0 0.16 0.22 0.29 0.39 0.15 0.05 0.2 0.33 0.14 0.0 0.41 0.21 0.0 0.25 0.39
AAL19942 (STM1008)
 0.08 1.0 0.28 0.14 0.07 0.11 0.45 0.28 0.15 0.1 0.18 0.08 0.19 0.12 0.79 0.02 0.11 0.07 0.15 0.14 0.06 0.23 0.02 0.01 0.08 0.09 0.0 0.14 0.16 0.01 0.44 0.14 0.14 0.02 0.3 0.0 0.01 0.12 0.1
AAL19962 (STM1028)
 0.1 1.0 0.24 0.14 0.09 0.05 0.18 0.28 0.25 0.12 0.41 0.1 0.25 0.19 0.17 0.15 0.02 0.44 0.26 0.33 0.15 0.45 0.07 0.06 0.21 0.13 0.0 0.18 0.23 0.03 0.42 0.17 0.18 0.11 0.08 0.0 0.07 0.12 0.14
AAL19964 (STM1030)
 0.23 0.98 0.3 0.29 0.18 0.13 0.72 0.92 0.27 0.31 0.39 0.11 0.29 0.43 0.71 1.0 0.18 0.97 0.91 0.97 0.08 0.4 0.76 0.08 0.29 0.23 0.37 0.31 0.29 0.03 0.85 0.19 0.29 0.68 0.66 0.21 0.11 0.25 0.26
AAL19965 (STM1031)
 0.13 1.0 0.26 0.17 0.22 0.1 0.31 0.45 0.25 0.24 0.27 0.1 0.37 0.45 0.24 0.0 0.07 0.4 0.38 0.45 0.21 0.27 0.0 0.0 0.26 0.19 0.28 0.29 0.18 0.04 0.59 0.17 0.17 0.0 0.12 0.2 0.0 0.33 0.29
AAL19966 (STM1032)
 0.19 1.0 0.35 0.23 0.22 0.2 0.51 0.42 0.16 0.28 0.19 0.09 0.45 0.26 0.48 0.0 0.09 0.75 0.68 0.73 0.33 0.3 0.0 0.0 0.29 0.11 0.3 0.24 0.14 0.03 0.63 0.2 0.17 0.0 0.27 0.21 0.0 0.4 0.26
AAL19967 (STM1033)
 0.18 1.0 0.62 0.28 0.3 0.28 0.61 0.61 0.3 0.34 0.28 0.13 0.68 0.45 0.57 0.0 0.12 0.74 0.56 0.77 0.37 0.34 0.0 0.0 0.3 0.19 0.45 0.32 0.22 0.02 0.98 0.34 0.24 0.0 0.31 0.33 0.0 0.47 0.44
AAL19968 (STM1034)
 0.1 0.73 0.21 0.16 0.13 0.23 0.38 0.84 0.46 0.21 0.56 0.06 0.29 0.44 0.2 0.0 0.14 0.22 0.31 0.32 0.27 0.22 0.0 0.0 0.31 0.29 0.74 0.3 0.14 0.06 1.0 0.16 0.17 0.0 0.37 0.47 0.0 0.27 0.26
AAL19969 (STM1035)
 0.07 1.0 0.22 0.14 0.15 0.16 0.35 0.45 0.18 0.12 0.17 0.04 0.23 0.21 0.33 0.0 0.15 0.26 0.31 0.57 0.36 0.1 0.0 0.0 0.2 0.11 0.56 0.18 0.04 0.0 0.85 0.19 0.06 0.0 0.28 0.39 0.0 0.3 0.16
AAL19970 (STM1036)
 0.11 1.0 0.21 0.13 0.15 0.2 0.14 0.36 0.16 0.19 0.17 0.06 0.21 0.2 0.11 0.0 0.09 0.16 0.14 0.19 0.39 0.25 0.0 0.0 0.22 0.14 0.59 0.24 0.1 0.02 0.78 0.15 0.13 0.0 0.2 0.38 0.0 0.25 0.19
AAL19971 (STM1037)
 0.15 1.0 0.41 0.22 0.28 0.26 0.36 0.45 0.27 0.18 0.23 0.1 0.44 0.22 0.39 0.0 0.11 0.38 0.28 0.47 0.27 0.3 0.0 0.0 0.33 0.14 0.47 0.24 0.1 0.01 0.84 0.31 0.12 0.0 0.22 0.38 0.0 0.41 0.36
AAL19972 (STM1038)
 0.16 1.0 0.44 0.28 0.31 0.4 0.5 0.66 0.38 0.29 0.32 0.12 0.46 0.32 0.3 0.01 0.17 0.55 0.51 0.64 0.32 0.36 0.0 0.0 0.3 0.28 0.47 0.31 0.15 0.02 0.71 0.3 0.18 0.0 0.5 0.34 0.0 0.4 0.38
AAL19973 (STM1039)
 0.17 1.0 0.29 0.28 0.29 0.34 0.56 0.47 0.31 0.28 0.29 0.16 0.35 0.35 0.3 0.0 0.18 0.41 0.54 0.56 0.31 0.22 0.0 0.0 0.35 0.29 0.46 0.28 0.28 0.02 0.58 0.22 0.27 0.0 0.42 0.33 0.0 0.33 0.32
AAL19974 (STM1040)
 0.16 1.0 0.35 0.21 0.29 0.3 0.57 0.36 0.24 0.16 0.25 0.06 0.36 0.38 0.37 0.0 0.14 0.43 0.29 0.41 0.41 0.17 0.0 0.0 0.21 0.22 0.42 0.22 0.17 0.02 0.57 0.28 0.19 0.0 0.41 0.23 0.0 0.39 0.26
AAL19975 (STM1041)
 0.13 1.0 0.3 0.21 0.19 0.1 0.52 0.55 0.21 0.22 0.23 0.06 0.36 0.34 0.35 0.0 0.16 0.56 0.64 0.61 0.26 0.24 0.0 0.0 0.21 0.14 0.12 0.25 0.2 0.02 0.36 0.24 0.22 0.0 0.29 0.09 0.0 0.29 0.3
AAL19979 (STM1045)
 0.32 0.89 0.54 0.35 0.33 0.12 0.38 0.66 0.36 0.42 0.4 0.12 0.54 0.43 0.66 0.31 0.48 0.83 0.83 1.0 0.19 0.36 0.26 0.08 0.28 0.27 0.42 0.4 0.23 0.06 0.43 0.37 0.24 0.33 0.71 0.27 0.13 0.32 0.46
AAL19980 (STM1046)
 0.15 0.42 0.2 0.17 0.15 0.09 0.15 0.32 0.18 0.17 0.22 0.05 0.21 0.34 1.0 0.02 0.18 0.55 0.38 0.52 0.09 0.13 0.02 0.01 0.12 0.16 0.18 0.17 0.1 0.01 0.21 0.14 0.09 0.02 0.43 0.08 0.01 0.23 0.22
AAL19981 (STM1047)
 0.19 0.97 0.38 0.33 0.2 0.24 0.26 0.54 0.43 0.43 0.42 0.12 0.29 0.48 1.0 0.0 0.25 0.44 0.51 0.59 0.19 0.4 0.0 0.0 0.24 0.33 0.32 0.21 0.17 0.03 0.28 0.19 0.18 0.0 0.47 0.22 0.0 0.25 0.3
AAL19982 (STM1048)
 0.22 1.0 0.3 0.17 0.21 0.12 0.21 0.52 0.36 0.25 0.51 0.07 0.4 0.66 0.26 0.15 0.08 0.31 0.31 0.36 0.2 0.43 0.11 0.08 0.21 0.2 0.19 0.31 0.2 0.03 0.43 0.27 0.19 0.15 0.16 0.16 0.09 0.23 0.42
AAL19984 (STM1050)
 0.13 0.61 0.64 0.19 0.13 0.35 0.31 0.36 0.12 0.22 0.18 0.05 0.27 0.13 0.2 0.13 0.1 0.38 0.36 0.46 0.83 0.2 0.04 0.04 1.0 0.25 0.01 0.19 0.15 0.06 0.17 0.17 0.15 0.11 0.31 0.02 0.05 0.18 0.1
AAL21483 (STM2588)
 0.27 1.0 0.5 0.22 0.19 0.11 0.31 0.61 0.61 0.3 0.81 0.12 0.48 0.62 0.27 0.06 0.0 0.56 0.52 0.67 0.26 0.33 0.03 0.04 0.29 0.25 0.17 0.36 0.3 0.04 0.4 0.24 0.34 0.07 0.0 0.12 0.12 0.24 0.31
AAL21484 (STM2589)
 0.17 1.0 0.37 0.18 0.11 0.3 0.17 0.28 0.16 0.16 0.23 0.05 0.32 0.21 0.14 0.03 0.01 0.4 0.38 0.44 0.18 0.19 0.02 0.01 0.24 0.13 0.05 0.17 0.13 0.03 0.22 0.16 0.18 0.04 0.03 0.04 0.01 0.16 0.21
AAL21485 (STM2590)
 0.18 1.0 0.37 0.27 0.16 0.73 0.12 0.25 0.16 0.2 0.22 0.11 0.31 0.3 0.28 0.0 0.0 0.35 0.31 0.35 0.37 0.18 0.0 0.0 0.36 0.28 0.0 0.14 0.28 0.04 0.11 0.17 0.33 0.0 0.0 0.0 0.0 0.21 0.36
AAL21486 (STM2591)
 0.18 0.84 0.28 0.31 0.17 0.4 0.43 0.37 0.2 0.18 0.26 0.13 0.3 0.34 0.46 0.0 0.0 1.0 0.77 0.9 0.13 0.14 0.0 0.0 0.31 0.3 0.0 0.2 0.21 0.04 0.16 0.15 0.29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.37
AAL21487 (STM2592)
 0.41 0.83 0.67 0.32 0.45 0.25 0.29 0.6 0.34 0.5 0.4 0.11 0.8 0.58 0.34 0.0 0.0 0.94 0.8 1.0 0.38 0.27 0.0 0.0 0.36 0.33 0.0 0.37 0.3 0.1 0.25 0.58 0.36 0.0 0.0 0.0 0.0 0.47 0.86
AAL21488 (STM2593)
 0.25 1.0 0.69 0.29 0.24 0.19 0.28 0.33 0.16 0.36 0.19 0.05 0.97 0.26 0.28 0.0 0.0 0.56 0.7 0.79 0.25 0.12 0.0 0.0 0.43 0.15 0.0 0.33 0.22 0.03 0.3 0.42 0.28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.39 0.67
AAL21489 (STM2594)
 0.28 0.86 0.58 0.33 0.25 0.27 0.32 0.42 0.17 0.31 0.2 0.08 0.63 0.35 0.46 0.0 0.0 0.89 0.82 1.0 0.27 0.25 0.0 0.0 0.28 0.21 0.03 0.4 0.33 0.03 0.26 0.39 0.35 0.0 0.0 0.03 0.0 0.32 0.53
AAL21490 (STM2595)
 0.13 1.0 0.5 0.24 0.11 0.49 0.09 0.17 0.08 0.12 0.1 0.03 0.36 0.13 0.05 0.0 0.0 0.32 0.25 0.31 0.11 0.13 0.0 0.0 0.2 0.1 0.0 0.13 0.26 0.0 0.16 0.17 0.32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.23
AAL21491 (STM2596)
 0.1 1.0 0.44 0.21 0.09 0.4 0.22 0.21 0.07 0.11 0.09 0.03 0.29 0.1 0.23 0.0 0.0 0.57 0.68 0.64 0.13 0.11 0.0 0.0 0.14 0.1 0.0 0.11 0.08 0.0 0.22 0.14 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.15
AAL21492 (STM2597)
 0.21 0.59 1.0 0.42 0.25 0.86 0.2 0.47 0.21 0.44 0.21 0.09 0.74 0.48 0.39 0.0 0.0 0.74 0.81 0.88 0.46 0.26 0.0 0.0 0.46 0.44 0.0 0.5 0.54 0.03 0.29 0.32 0.52 0.0 0.0 0.0 0.0 0.36 0.39
AAL21493 (STM2598)
 0.28 0.66 0.79 0.4 0.28 0.67 0.34 0.5 0.25 0.43 0.32 0.05 0.67 0.5 0.37 0.0 0.0 0.99 0.85 1.0 0.46 0.28 0.0 0.0 0.34 0.31 0.0 0.68 0.44 0.05 0.37 0.42 0.38 0.0 0.0 0.0 0.0 0.42 0.48
AAL21495 (STM2600)
 0.54 0.75 0.81 0.26 0.36 0.21 0.42 0.47 0.19 0.29 0.21 0.13 0.75 0.42 0.5 0.0 0.0 0.85 0.78 1.0 0.22 0.3 0.0 0.0 0.28 0.21 0.0 0.42 0.3 0.04 0.25 0.45 0.29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.43 0.63
AAL21496 (STM2601)
 0.17 0.79 1.0 0.28 0.24 0.46 0.2 0.31 0.16 0.29 0.15 0.09 0.74 0.18 0.25 0.0 0.0 0.53 0.5 0.62 0.44 0.19 0.0 0.0 0.42 0.16 0.0 0.4 0.24 0.02 0.45 0.38 0.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.49 0.5
AAL21497 (STM2602)
 0.21 1.0 0.97 0.38 0.16 0.62 0.48 0.58 0.18 0.41 0.17 0.09 0.66 0.25 0.51 0.0 0.0 0.71 0.7 0.75 0.28 0.17 0.0 0.0 0.36 0.19 0.0 0.45 0.27 0.03 0.51 0.34 0.35 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 0.47
AAL21498 (STM2603)
 0.12 0.77 1.0 0.24 0.16 0.74 0.15 0.23 0.12 0.27 0.12 0.08 0.63 0.17 0.19 0.0 0.0 0.28 0.26 0.3 0.21 0.16 0.0 0.0 0.24 0.13 0.0 0.3 0.23 0.03 0.35 0.42 0.31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.26 0.45
AAL21499 (STM2604)
 0.1 0.6 0.82 0.23 0.11 1.0 0.08 0.15 0.09 0.21 0.09 0.07 0.46 0.09 0.09 0.0 0.0 0.13 0.17 0.19 0.42 0.16 0.0 0.0 0.4 0.16 0.0 0.16 0.24 0.02 0.33 0.27 0.31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.29
AAL21500 (STM2605)
 0.17 1.0 0.92 0.3 0.15 0.98 0.09 0.24 0.18 0.21 0.26 0.07 0.56 0.18 0.2 0.0 0.0 0.2 0.19 0.24 0.2 0.24 0.0 0.0 0.24 0.16 0.0 0.24 0.32 0.02 0.35 0.35 0.45 0.0 0.0 0.0 0.0 0.23 0.34
AAL21501 (STM2606)
 0.34 1.0 0.82 0.3 0.32 0.39 0.2 0.48 0.26 0.36 0.35 0.07 0.67 0.5 0.13 0.0 0.0 0.41 0.42 0.48 0.41 0.28 0.0 0.0 0.41 0.31 0.0 0.5 0.47 0.05 0.44 0.48 0.58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.41 0.56
AAL21502 (STM2607)
 0.19 1.0 0.11 0.25 0.04 0.41 0.29 0.26 0.08 0.13 0.09 0.02 0.07 0.09 0.85 0.0 0.0 0.83 0.34 0.63 0.36 0.18 0.0 0.0 0.15 0.09 0.0 0.12 0.25 0.0 0.1 0.09 0.23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0
AAL21503 (STM2608)
 0.18 1.0 0.49 0.23 0.16 0.23 0.19 0.29 0.18 0.22 0.29 0.06 0.46 0.26 0.18 0.0 0.0 0.38 0.37 0.41 0.21 0.3 0.0 0.0 0.24 0.22 0.0 0.24 0.27 0.04 0.21 0.23 0.38 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.26
AAL21504 (STM2609)
 0.24 1.0 0.69 0.24 0.1 0.35 0.08 0.29 0.13 0.15 0.28 0.03 0.43 0.1 0.11 0.0 0.0 0.2 0.24 0.24 0.11 0.32 0.0 0.0 0.28 0.1 0.0 0.23 0.33 0.02 0.28 0.16 0.57 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 0.11
AAL21508 (STM2613)
 0.09 1.0 0.07 0.1 0.03 0.02 0.04 0.24 0.09 0.03 0.21 0.05 0.13 0.02 0.03 0.04 0.0 0.11 0.13 0.13 0.04 0.22 0.02 0.02 0.18 0.06 0.0 0.13 0.16 0.01 0.26 0.03 0.31 0.05 0.04 0.0 0.03 0.01 0.05
AAL21627 (STM2741)
 0.07 0.35 0.24 0.09 0.14 0.02 0.03 0.24 0.1 0.38 0.14 0.02 0.55 0.03 0.18 0.0 0.02 0.6 0.41 0.63 0.05 0.05 0.0 0.0 0.07 0.02 0.08 0.25 0.03 0.0 0.47 0.47 0.03 0.0 0.09 0.04 0.0 0.15 1.0
AAL21649 (STM2763)
 0.14 0.84 0.65 0.32 0.21 0.04 0.48 0.43 0.22 0.46 0.22 0.09 0.47 0.24 1.0 0.0 0.32 0.83 0.72 0.93 0.22 0.65 0.0 0.0 0.12 0.17 0.13 0.38 0.37 0.23 0.32 0.4 0.27 0.0 0.34 0.2 0.0 0.36 0.33
AAL22612 (STM3754)
 0.3 0.85 0.65 0.37 0.33 0.12 0.79 0.62 0.41 0.57 0.4 0.35 0.63 0.55 1.0 0.04 0.48 0.5 0.51 0.67 0.29 0.56 0.04 0.12 0.18 0.31 0.26 0.56 0.41 0.09 0.33 0.6 0.3 0.06 0.49 0.27 0.24 0.32 0.6

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)