Heatmap: Cluster_44 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	ATCC_14028	SL1344	ATCC_14028,E-stationary,WT	14028s	ATCC_14028,Log,rpsL*_mut	14028s,mLPM	opgGH_mut	LT2	Florfenicol	NCTC_12023,37_C	Chlortetracycline	SL1344,NarS_defic	ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut	LT2,ridA	fliA_del	High-patho	LT2,Cell_susp_cult	14028s,hilC_del,pBAD24	14028s,sprB_del,pBAD24	14028s,pBAD24	gastro	hfq_mut	Low-patho,42C	plank_cells	ATCC_14028,gastro	Typh_14028s,Expo_phase	biofilm,cpxR_mut	14028s,typhoid	14028s,rtcR	Typh_14028s	infection	ATCC_14028,Log,WT	14028s,rtcB	High-patho,42C	LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C	plank_cells,cpxR_mut	biofilm	ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut	ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19102 (yacG)	0.15	0.26	0.36	0.18	0.33	0.07	1.0	0.11	0.13	0.1	0.13	0.16	0.25	0.07	0.16	0.04	0.55	0.06	0.12	0.12	0.16	0.12	0.04	0.19	0.08	0.07	0.09	0.23	0.09	0.04	0.12	0.38	0.06	0.04	0.87	0.12	0.2	0.49	0.39
AAL19105 (guaC)	0.29	0.37	0.16	0.39	0.22	0.28	0.67	0.35	0.24	0.42	0.21	0.72	0.14	0.6	1.0	0.14	0.3	0.37	0.22	0.35	0.2	0.25	0.11	0.31	0.15	0.43	0.37	0.19	0.36	0.1	0.06	0.4	0.27	0.07	0.37	0.34	0.29	0.22	0.42
AAL19130 (speE)	0.4	0.37	0.14	0.72	0.57	0.51	0.67	0.79	0.36	0.28	0.49	0.24	0.2	1.0	0.15	0.1	0.41	0.32	0.42	0.41	0.06	0.19	0.11	0.3	0.06	0.99	0.34	0.23	0.47	0.12	0.15	0.52	0.51	0.06	0.37	0.47	0.27	0.86	0.52
AAL19131 (yacC)	0.3	0.23	0.24	0.16	0.19	0.03	0.49	0.43	0.18	0.14	0.29	0.1	0.46	0.38	0.68	0.41	0.88	0.4	0.35	0.5	0.14	0.16	0.37	0.33	0.26	0.17	0.23	0.26	0.19	0.22	0.1	0.39	0.23	0.36	1.0	0.21	0.36	0.22	0.45
AAL19134 (hpt)	0.65	0.49	0.18	0.51	0.4	0.13	0.63	0.31	0.5	0.35	0.57	0.85	0.31	0.38	0.24	0.18	0.3	0.24	0.34	0.31	0.07	0.35	0.27	0.59	0.09	0.57	0.66	0.33	0.51	0.72	0.18	0.38	0.67	0.19	1.0	0.78	0.6	0.34	0.47
AAL19181 (tsf)	0.71	0.37	0.07	1.0	0.49	0.35	0.69	0.39	0.64	0.4	0.67	0.47	0.07	0.4	0.38	0.13	0.86	0.4	0.47	0.43	0.05	0.24	0.18	0.39	0.04	0.72	0.5	0.23	0.49	0.39	0.09	0.36	0.41	0.09	0.74	0.59	0.34	0.38	0.32
AAL19360 (yajC)	0.34	0.36	0.24	0.67	0.43	0.37	0.63	0.63	0.5	0.57	0.36	0.67	0.29	0.69	0.83	0.12	1.0	0.46	0.54	0.59	0.1	0.26	0.22	0.5	0.11	0.74	0.6	0.43	0.44	0.23	0.11	0.43	0.41	0.16	0.83	0.69	0.39	0.38	0.54
AAL19389 (yajQ)	0.28	0.46	0.52	0.5	0.53	0.24	0.57	0.38	0.54	0.44	0.58	0.52	0.44	0.39	0.65	0.45	0.83	0.27	0.25	0.31	0.11	0.17	0.56	0.43	0.17	0.47	0.5	0.33	0.39	0.35	0.12	0.54	0.29	0.43	0.73	1.0	0.32	0.71	0.62
AAL19402 (tig)	0.42	0.33	0.08	0.48	0.45	0.14	0.31	0.34	0.58	0.36	0.66	0.73	0.14	0.39	0.32	0.1	0.91	0.19	0.24	0.21	0.03	0.21	0.2	0.43	0.07	0.64	0.56	0.3	0.38	0.26	0.09	0.32	0.36	0.1	1.0	0.57	0.35	0.26	0.36
AAL19439 (ybaB)	0.12	0.1	0.06	0.2	0.13	0.1	0.17	0.18	0.14	0.14	0.15	0.21	0.06	0.24	0.37	0.04	0.53	0.11	0.12	0.12	0.04	0.1	0.04	0.12	0.03	0.2	0.14	0.1	0.18	0.02	0.07	0.1	0.14	0.02	1.0	0.16	0.1	0.09	0.14
AAL19692 (tolB)	0.28	0.39	0.28	0.46	0.7	0.47	0.41	0.75	0.45	0.25	0.38	0.27	0.4	0.8	0.88	0.18	0.82	0.29	0.25	0.31	0.19	0.68	0.18	0.2	0.21	0.68	0.6	0.24	0.22	0.09	0.15	0.68	0.22	0.11	1.0	0.27	0.35	0.87	0.72
AAL19864 (nanH)	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.41	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.04	0.0	0.0	0.49	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0
AAL19893 (trxB)	0.23	0.26	0.28	0.36	0.16	0.5	0.86	0.46	0.22	0.29	0.26	0.25	0.35	0.58	0.73	0.11	0.66	0.54	0.51	0.56	0.2	0.27	0.06	0.19	0.29	0.44	0.2	0.29	0.23	0.06	0.11	0.32	0.19	0.05	1.0	0.24	0.2	0.21	0.41
AAL20065 (ycdW)	0.31	0.44	0.28	0.69	0.4	0.65	0.56	0.39	0.31	0.73	0.38	0.36	0.21	0.6	0.45	0.08	0.49	0.62	0.49	0.64	0.04	0.25	0.07	0.45	0.11	1.0	0.52	0.34	0.33	0.07	0.15	0.47	0.27	0.07	0.83	0.52	0.55	0.65	0.41
AAL20080 (mdoG)	0.09	0.15	0.13	0.11	0.13	0.09	1.0	0.16	0.09	0.17	0.09	0.22	0.21	0.19	0.22	0.11	0.13	0.19	0.2	0.24	0.07	0.23	0.2	0.13	0.05	0.18	0.14	0.18	0.1	0.04	0.12	0.14	0.1	0.14	0.16	0.12	0.16	0.11	0.2
AAL20081 (mdoH)	0.16	0.24	0.14	0.17	0.19	0.16	1.0	0.29	0.11	0.17	0.09	0.42	0.19	0.49	0.18	0.09	0.14	0.2	0.21	0.22	0.12	0.42	0.12	0.24	0.07	0.28	0.21	0.18	0.17	0.06	0.15	0.18	0.15	0.07	0.15	0.16	0.24	0.14	0.21
AAL20126 (fabF)	0.26	0.2	0.08	0.27	0.17	0.19	0.23	0.18	0.32	0.18	0.32	0.42	0.12	0.25	0.2	0.06	0.29	0.14	0.17	0.17	0.07	0.16	0.09	0.22	0.07	0.35	0.41	0.17	0.27	0.09	0.06	0.15	0.32	0.07	1.0	0.33	0.19	0.13	0.22
AAL20247 (yniC)	0.38	0.53	0.62	0.58	0.3	0.98	0.55	0.62	0.34	0.63	0.4	0.67	0.56	0.97	0.64	0.27	0.62	0.55	0.46	0.55	0.58	0.73	0.13	0.47	0.47	1.0	0.44	0.72	0.5	0.19	0.35	0.3	0.44	0.15	0.54	0.4	0.74	0.41	0.49
AAL20259 (infC)	0.87	0.47	0.46	0.55	0.9	0.25	0.68	0.56	0.44	0.37	0.44	0.31	0.37	0.65	0.69	0.27	0.98	0.58	0.65	0.68	0.14	0.43	0.39	0.25	0.12	0.39	0.36	0.51	0.31	0.31	0.35	0.59	0.32	0.24	1.0	0.35	0.22	0.77	0.66
AAL20260 (rpmI)	0.32	0.3	0.13	0.29	0.3	0.18	0.61	0.27	0.25	0.12	0.38	0.19	0.09	0.4	0.11	0.12	1.0	0.09	0.08	0.1	0.05	0.24	0.15	0.16	0.06	0.09	0.22	0.18	0.13	0.24	0.18	0.19	0.13	0.1	0.83	0.23	0.15	0.26	0.2
AAL20383 (ydgT)	0.46	0.39	0.13	0.17	0.35	0.25	0.93	0.3	0.17	0.25	0.27	0.13	0.28	0.45	0.16	0.46	1.0	0.17	0.3	0.3	0.4	0.97	0.37	0.2	0.39	0.12	0.14	0.27	0.09	0.13	0.11	0.21	0.11	0.28	0.78	0.13	0.3	0.23	0.37
AAL20449 (STM1530)	0.02	0.2	0.02	0.08	0.01	0.21	1.0	0.04	0.07	0.01	0.06	0.01	0.02	0.02	0.06	0.02	0.08	0.03	0.03	0.04	0.01	0.06	0.04	0.16	0.01	0.01	0.08	0.07	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.08	0.11	0.39	0.02	0.02
AAL20731 (minE)	0.12	0.36	0.35	0.18	0.26	0.22	0.18	0.2	0.21	0.39	0.17	0.13	0.23	0.24	0.18	0.16	0.94	0.08	0.14	0.1	0.12	0.19	0.15	0.17	0.06	0.21	0.24	0.17	0.13	0.25	0.11	0.16	0.14	0.16	1.0	0.3	0.19	0.37	0.15
AAL20815 (yebC)	0.32	0.4	0.33	0.63	0.5	0.41	0.71	0.61	0.44	0.53	0.27	0.74	0.29	1.0	0.54	0.25	0.51	0.64	0.65	0.71	0.32	0.33	0.19	0.51	0.18	0.69	0.51	0.32	0.68	0.1	0.24	0.25	0.82	0.15	0.34	0.51	0.51	0.51	0.24
AAL20861 (yecF)	0.19	0.18	0.06	0.2	0.07	0.07	1.0	0.14	0.09	0.15	0.13	0.22	0.15	0.03	0.22	0.09	0.61	0.2	0.26	0.27	0.02	0.11	0.12	0.39	0.03	0.12	0.44	0.09	0.23	0.78	0.06	0.12	0.35	0.11	0.53	0.38	0.39	0.04	0.11
AAL20876 (yedD)	0.3	0.45	0.33	0.56	0.51	0.44	0.64	0.51	0.25	0.36	0.28	0.7	0.55	0.66	0.43	0.07	0.67	0.42	0.69	0.61	0.35	0.29	0.06	0.59	0.46	0.89	0.62	0.28	0.79	0.1	0.14	0.34	1.0	0.05	0.49	0.64	0.53	0.35	0.62
AAL21051 (STM2148)	0.13	0.24	0.2	0.17	0.05	0.14	1.0	0.2	0.12	0.1	0.19	0.17	0.12	0.15	0.22	0.08	0.62	0.09	0.12	0.12	0.16	0.15	0.09	0.27	0.36	0.25	0.35	0.13	0.14	0.09	0.04	0.06	0.16	0.06	0.75	0.35	0.34	0.06	0.06
AAL21114 (yeiP)	0.12	0.14	0.06	0.14	0.1	0.1	0.41	0.19	0.12	0.09	0.14	0.14	0.08	0.26	0.53	0.03	0.58	0.18	0.13	0.19	0.03	0.12	0.05	0.19	0.03	0.15	0.26	0.07	0.07	0.03	0.03	0.1	0.07	0.02	1.0	0.21	0.38	0.06	0.15
AAL21247 (STM2346)	0.44	0.52	0.51	0.47	0.21	0.53	0.58	0.59	0.28	0.39	0.35	0.52	0.38	1.0	0.86	0.22	0.61	0.62	0.44	0.56	0.42	0.73	0.12	0.34	0.53	0.51	0.7	0.27	0.48	0.12	0.22	0.22	0.47	0.12	0.72	0.67	0.41	0.28	0.32
AAL21612 (STM2726)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.18	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.14	0.0	0.01	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.22	0.04	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.02	0.76	0.0	0.04	0.0	0.0
AAL21618 (STM2732)	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.28	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.02	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.3	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.1	0.0	0.7	0.0	0.0
AAL21805 (nlpD)	0.21	0.22	0.53	0.2	0.24	0.19	0.48	0.75	0.14	0.2	0.17	0.04	0.41	1.0	0.19	0.19	0.27	0.38	0.38	0.45	0.1	0.27	0.11	0.17	0.11	0.22	0.08	0.39	0.2	0.08	0.23	0.17	0.19	0.14	0.26	0.1	0.16	0.41	0.17
AAL22163 (secG)	0.42	0.22	0.16	0.18	0.14	0.07	0.7	0.3	0.36	0.11	0.57	0.67	0.21	0.43	0.67	0.08	0.34	0.28	0.22	0.36	0.13	0.13	0.12	0.23	0.14	0.31	0.44	0.13	0.2	1.0	0.1	0.22	0.24	0.1	0.46	0.3	0.43	0.09	0.29
AAL22168 (yhbY)	0.4	0.25	0.14	0.27	0.2	0.08	0.8	0.43	0.18	0.19	0.33	0.38	0.26	0.52	0.72	0.19	0.69	0.42	0.6	0.6	0.09	0.14	0.33	0.4	0.09	0.26	0.31	0.39	0.3	1.0	0.11	0.26	0.36	0.28	0.93	0.27	0.39	0.16	0.36
AAL22169 (greA)	0.56	0.4	0.21	0.51	0.27	0.21	0.89	0.47	0.35	0.34	0.64	0.46	0.39	0.48	0.55	0.33	1.0	0.55	0.61	0.64	0.22	0.33	0.32	0.35	0.21	0.44	0.36	0.47	0.61	0.79	0.32	0.24	0.73	0.4	0.98	0.23	0.5	0.27	0.37
AAL22189 (rpoN)	0.51	0.37	0.87	0.41	0.4	0.59	0.51	0.76	0.27	0.37	0.28	0.32	0.81	1.0	0.75	0.28	0.57	0.34	0.34	0.38	0.19	0.37	0.23	0.34	0.23	0.43	0.25	0.41	0.44	0.11	0.19	0.48	0.41	0.2	0.69	0.28	0.37	0.6	0.56
AAL22191 (ptsN)	0.37	0.48	0.67	0.53	0.4	0.66	0.78	0.67	0.34	0.5	0.29	0.28	0.69	1.0	0.51	0.19	0.52	0.29	0.34	0.38	0.2	0.5	0.12	0.31	0.18	0.49	0.29	0.42	0.49	0.05	0.16	0.52	0.43	0.11	0.81	0.31	0.33	0.54	0.47
AAL22318 (slyD)	0.34	0.31	0.17	0.45	0.32	0.21	0.76	0.33	0.27	0.2	0.36	0.51	0.24	0.25	1.0	0.1	0.65	0.4	0.44	0.49	0.15	0.16	0.11	0.39	0.11	0.3	0.67	0.26	0.39	0.04	0.1	0.3	0.35	0.08	0.93	0.73	0.4	0.16	0.45
AAL22319 (yheV)	0.25	0.26	0.43	0.13	0.32	0.2	1.0	0.28	0.2	0.07	0.33	0.05	0.29	0.39	0.06	0.15	0.48	0.05	0.07	0.06	0.99	0.24	0.06	0.16	0.23	0.1	0.12	0.32	0.08	0.02	0.18	0.39	0.08	0.08	0.68	0.12	0.32	0.33	0.42
AAL22343 (trpS)	0.33	0.46	0.28	0.57	0.36	0.37	0.68	0.52	0.34	0.39	0.28	0.55	0.29	0.77	0.64	0.24	0.81	0.3	0.29	0.35	0.22	0.3	0.26	0.41	0.16	0.54	0.56	0.28	0.34	0.16	0.17	0.35	0.37	0.23	1.0	0.38	0.52	0.33	0.39
AAL22344 (gph)	0.38	0.43	0.36	0.59	0.5	0.54	0.56	0.63	0.36	0.44	0.35	0.53	0.35	0.86	1.0	0.12	0.49	0.35	0.4	0.41	0.14	0.29	0.09	0.33	0.17	0.58	0.55	0.25	0.36	0.1	0.16	0.53	0.4	0.06	0.7	0.39	0.42	0.39	0.5
AAL22373 (yhgI)	0.07	0.13	0.07	0.09	0.03	0.05	1.0	0.14	0.08	0.1	0.11	0.05	0.07	0.15	0.19	0.04	0.37	0.23	0.37	0.26	0.04	0.16	0.09	0.13	0.04	0.14	0.08	0.14	0.06	0.04	0.09	0.04	0.07	0.04	0.63	0.09	0.27	0.03	0.04
AAL22561 (grxC)	0.56	0.32	0.44	0.46	0.53	0.3	0.3	0.39	0.44	0.28	0.57	0.42	0.65	0.32	1.0	0.16	0.55	0.23	0.2	0.24	0.09	0.16	0.17	0.29	0.13	0.27	0.41	0.39	0.24	0.16	0.09	0.39	0.22	0.17	0.59	0.41	0.32	0.7	0.54
AAL22562 (yibN)	0.64	0.38	0.6	0.66	0.65	0.39	0.81	0.54	0.38	0.38	0.54	0.51	1.0	0.54	0.75	0.32	0.6	0.34	0.34	0.4	0.21	0.25	0.44	0.37	0.21	0.75	0.53	0.6	0.49	0.35	0.2	0.46	0.54	0.45	0.74	0.48	0.4	0.73	0.83
AAL22586 (rpmG)	0.25	0.19	0.0	0.05	0.01	0.02	1.0	0.02	0.0	0.02	0.0	0.05	0.0	0.0	0.0	0.02	0.27	0.0	0.0	0.0	0.0	0.37	0.04	0.03	0.0	0.02	0.0	0.03	0.08	0.01	0.0	0.01	0.11	0.02	0.31	0.0	0.16	0.0	0.01
AAL22748 (yifE)	0.07	0.14	0.23	0.17	0.29	0.05	0.19	0.11	0.17	0.13	0.19	0.13	0.07	0.07	0.35	0.2	0.6	0.05	0.03	0.06	0.11	0.16	0.09	0.14	0.12	0.17	0.64	0.05	0.04	0.4	0.05	0.16	0.04	0.05	1.0	0.62	0.18	0.48	0.11
AAL22760 (ppiC)	0.39	0.29	0.15	0.25	0.26	0.14	0.71	0.56	0.24	0.22	0.23	0.34	0.14	0.38	0.51	0.14	1.0	0.15	0.2	0.21	0.11	0.18	0.33	0.8	0.15	0.23	0.73	0.2	0.23	0.6	0.05	0.27	0.17	0.16	1.0	0.69	0.83	0.16	0.35
AAL22998 (hupA)	0.16	0.18	0.1	0.21	0.06	0.21	0.19	0.14	0.14	0.26	0.13	0.19	0.02	0.12	0.38	0.12	1.0	0.05	0.06	0.06	0.02	0.08	0.19	0.06	0.05	0.2	0.27	0.14	0.15	0.67	0.03	0.14	0.12	0.12	0.76	0.37	0.03	0.03	0.07
AAL23080 (ssb)	0.58	0.33	0.31	0.54	0.3	0.29	0.43	0.36	0.35	0.3	0.44	0.52	0.31	0.33	0.78	0.13	0.7	0.41	0.4	0.48	0.19	0.15	0.11	0.51	0.31	0.57	0.76	0.23	0.88	0.06	0.1	0.28	1.0	0.12	0.7	0.71	0.56	0.27	0.34
AAL23110 (lpxO)	0.09	0.26	0.15	0.07	0.06	0.18	1.0	0.2	0.08	0.08	0.12	0.02	0.08	0.25	0.08	0.27	0.58	0.23	0.23	0.24	0.2	0.5	0.04	0.17	0.18	0.27	0.04	0.07	0.04	0.06	0.14	0.04	0.03	0.1	0.71	0.05	0.47	0.07	0.04
AAL23157 (efp)	0.22	0.15	0.05	0.26	0.18	0.09	0.28	0.16	0.18	0.16	0.19	0.36	0.07	0.15	0.49	0.05	0.82	0.14	0.11	0.15	0.03	0.07	0.09	0.24	0.05	0.25	0.23	0.12	0.14	0.26	0.04	0.16	0.17	0.06	1.0	0.28	0.22	0.09	0.19
AAL23234 (ppa)	0.21	0.19	0.1	0.23	0.22	0.12	0.21	0.22	0.2	0.18	0.23	0.49	0.13	0.24	0.25	0.07	0.36	0.06	0.09	0.08	0.04	0.07	0.08	0.28	0.08	0.36	0.35	0.15	0.22	1.0	0.06	0.2	0.24	0.04	0.47	0.48	0.2	0.16	0.26
AAL23259 (cybC)	0.19	0.41	0.62	0.33	0.47	0.05	0.37	0.25	0.18	0.37	0.17	0.07	0.52	0.26	0.18	0.1	1.0	0.17	0.21	0.26	0.07	0.53	0.09	0.24	0.16	0.45	0.18	0.26	0.22	0.43	0.11	0.38	0.14	0.1	0.45	0.23	0.22	0.41	0.49

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)