1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_9 (HCCA)

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
ATCC_14028
SL1344
ATCC_14028,E-stationary,WT
14028s
ATCC_14028,Log,rpsL*_mut
14028s,mLPM
opgGH_mut
LT2
Florfenicol
NCTC_12023,37_C
Chlortetracycline
SL1344,NarS_defic
ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut
LT2,ridA
fliA_del
High-patho
LT2,Cell_susp_cult
14028s,hilC_del,pBAD24
14028s,sprB_del,pBAD24
14028s,pBAD24
gastro
hfq_mut
Low-patho,42C
plank_cells
ATCC_14028,gastro
Typh_14028s,Expo_phase
biofilm,cpxR_mut
14028s,typhoid
14028s,rtcR
Typh_14028s
infection
ATCC_14028,Log,WT
14028s,rtcB
High-patho,42C
LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C
plank_cells,cpxR_mut
biofilm
ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut
ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19019 (STM0055)
 0.47 19.0 0.0 0.4 0.0 0.08 0.55 2.32 2.97 0.2 3.08 1.74 0.27 3.54 0.29 0.52 0.65 0.36 0.25 0.25 0.0 2.98 1.77 13.4 0.51 0.25 11.54 0.26 0.19 0.08 0.52 0.14 0.41 1.7 1.13 6.15 22.78 0.33 0.59
AAL19228 (STM0272)
 2.6 14.07 3.83 2.81 2.05 1.53 2.3 4.17 11.25 3.74 18.17 2.92 2.64 4.29 4.27 0.0 3.08 3.54 3.1 4.03 1.78 2.41 0.0 14.79 2.22 7.1 5.44 3.27 2.15 1.18 1.16 2.21 1.8 0.0 1.99 4.03 32.25 3.7 2.51
AAL19233 (STM0276)
 3.19 15.37 8.23 3.53 2.81 6.48 1.58 3.49 5.95 2.88 7.96 3.81 5.06 3.64 2.08 0.0 4.84 1.43 1.32 1.12 0.98 3.09 0.0 10.84 2.47 4.48 5.3 2.97 2.26 1.03 2.15 3.52 2.15 0.0 1.3 6.42 18.45 4.35 3.08
AAL19238 (STM0281)
 1.86 16.46 4.07 1.79 1.61 0.93 1.22 3.57 5.49 2.12 9.29 1.12 4.19 2.62 1.46 0.0 1.72 2.27 1.8 2.57 1.68 2.29 0.0 21.84 2.3 2.42 2.99 2.24 1.8 0.23 2.32 2.11 1.76 0.0 1.25 1.79 36.02 2.6 2.51
AAL19239 (STM0282)
 2.23 13.69 3.55 2.25 1.51 1.13 1.78 5.78 5.84 2.58 8.9 2.31 3.18 7.02 2.57 0.0 3.55 3.23 2.37 3.03 1.81 3.38 0.0 20.96 2.78 3.48 3.61 3.01 2.77 0.32 2.44 2.06 2.95 0.0 2.03 2.81 45.16 2.56 2.78
AAL19242 (STM0285)
 4.41 15.98 6.3 2.42 3.01 2.35 1.75 5.75 7.85 3.73 12.07 2.26 6.95 10.34 2.12 0.0 5.25 3.09 3.3 3.48 4.38 5.45 0.0 13.41 3.71 4.98 6.65 2.68 2.73 1.09 3.13 2.52 2.92 0.0 3.05 4.71 26.8 3.77 5.06
AAL19243 (STM0286)
 2.65 20.27 3.91 1.84 2.01 1.21 2.98 3.78 5.24 2.34 8.32 1.45 4.7 5.1 1.9 0.0 4.18 6.06 4.35 5.16 5.96 2.61 0.0 31.11 4.43 2.98 6.05 2.57 2.0 0.19 1.65 1.98 1.65 0.0 2.67 3.5 63.7 3.65 3.04
AAL19246 (STM0289)
 3.19 19.18 4.82 3.48 2.65 2.24 3.37 5.77 7.31 2.77 9.83 1.84 3.76 6.41 3.84 0.17 4.59 4.44 5.1 5.29 2.49 3.16 0.03 26.74 3.92 4.14 2.76 2.73 2.86 0.45 2.21 3.04 2.83 0.08 2.25 2.23 45.33 3.87 3.97
AAL19521 (apeE)
 8.41 23.04 271.11 10.79 22.51 15.23 12.36 17.24 14.05 20.0 15.32 3.8 73.2 14.66 8.61 20.55 12.51 36.0 28.34 35.71 14.16 42.83 4.57 19.84 14.01 19.1 8.13 20.35 8.1 2.24 16.32 16.97 6.77 15.77 7.34 6.75 42.91 52.72 13.45
AAL19582 (ybeM)
 8.96 30.17 26.59 5.84 7.91 4.08 12.32 14.54 9.64 7.2 15.1 3.37 22.56 13.53 5.14 16.92 8.13 33.76 25.21 30.72 39.4 3.88 4.22 42.62 19.84 4.51 8.98 12.62 6.27 0.52 5.4 11.51 7.03 11.82 12.18 10.28 87.27 11.9 14.33
AAL19706 (dcoB)
 1.05 6.84 1.93 1.87 1.73 1.84 0.5 2.52 2.01 1.21 2.24 0.4 2.17 3.08 0.46 0.33 0.8 1.77 1.84 2.1 1.39 1.36 0.45 14.69 2.1 2.74 3.83 1.19 1.43 0.16 0.46 1.2 1.45 0.46 1.23 2.3 28.4 2.44 1.35
AAL20033 (hpaG)
 1.67 15.55 41.63 4.56 7.25 4.35 2.82 5.0 7.21 9.43 6.67 0.51 14.54 3.2 3.89 2.27 8.82 5.49 4.42 5.05 1.66 3.66 1.33 18.92 2.11 8.33 2.52 3.79 1.68 0.52 3.07 4.45 1.58 1.85 8.68 1.84 30.41 9.74 3.71
AAL20034 (hpaE)
 3.85 18.06 73.08 5.89 7.99 10.17 2.61 6.71 7.7 12.56 7.44 0.79 27.67 7.28 3.8 2.22 4.65 5.77 4.91 6.79 4.32 7.11 0.56 16.82 3.66 9.05 3.49 4.64 3.19 0.55 3.45 6.13 2.25 1.28 4.07 2.74 28.98 16.14 5.43
AAL20035 (hpaD)
 3.61 18.96 128.49 7.63 18.32 18.47 5.61 11.03 10.38 15.84 8.75 0.97 56.36 9.82 5.95 9.09 8.01 8.7 7.71 9.95 6.08 9.32 3.23 18.11 6.46 9.6 3.43 10.66 4.77 1.0 8.62 12.64 3.8 7.6 8.7 2.49 34.43 32.47 12.64
AAL20036 (hpaF)
 3.03 23.04 81.19 6.4 13.63 16.53 2.79 6.92 7.89 13.73 5.7 1.12 33.84 5.95 7.54 4.88 3.67 4.22 3.19 4.79 9.76 11.23 1.31 16.62 7.51 9.28 3.95 5.95 4.07 1.89 4.77 7.41 2.45 3.09 2.49 4.38 25.63 16.37 8.27
AAL20037 (hpaH)
 2.24 13.71 22.65 3.95 7.82 7.96 2.17 5.47 3.04 5.84 3.3 1.45 13.33 6.65 1.2 2.5 2.27 2.46 2.66 3.49 3.69 4.08 0.59 15.36 3.92 6.28 3.64 4.85 3.34 0.31 3.5 4.75 2.69 1.52 3.48 2.29 18.22 9.45 5.41
AAL20038 (hpaI)
 1.92 11.98 14.33 3.71 6.63 7.88 2.16 4.16 3.04 4.38 3.46 1.72 8.16 5.43 1.97 1.45 2.1 3.03 2.66 3.46 3.25 3.25 0.49 11.74 3.22 5.55 3.95 2.98 3.8 0.35 2.27 3.43 3.51 0.66 3.3 2.41 18.9 7.11 4.62
AAL20494 (narU)
 3.23 14.47 13.88 2.11 3.1 2.11 4.98 6.95 1.94 2.75 3.7 0.65 9.52 2.72 1.9 7.35 2.43 3.57 4.17 4.58 4.73 8.78 7.48 27.12 8.31 7.42 4.13 3.1 1.52 1.04 2.36 2.56 1.46 5.51 3.17 1.61 34.31 3.33 3.57
AAL20495 (narZ)
 2.94 16.09 51.58 4.52 6.56 4.79 6.52 8.43 3.38 4.27 4.96 1.35 27.98 6.08 2.45 5.05 1.81 6.56 6.37 7.62 7.03 5.14 1.32 22.42 10.51 8.88 3.93 4.39 2.6 0.57 3.33 4.34 2.26 2.71 3.26 1.94 31.36 6.34 4.96
AAL20496 (narY)
 2.97 17.83 65.73 7.86 9.36 9.57 14.64 14.29 3.39 5.46 4.2 1.63 41.75 6.0 3.6 11.2 3.3 9.98 10.02 12.4 11.2 5.4 2.39 35.05 15.38 7.97 5.79 6.03 4.12 0.5 4.85 7.78 3.06 5.15 8.5 2.33 54.11 6.47 7.38
AAL20497 (narW)
 2.85 19.67 49.06 5.58 7.33 11.22 5.85 8.57 3.78 4.44 5.65 1.82 35.37 5.76 2.36 8.15 1.64 3.22 4.12 4.97 10.65 6.37 1.75 19.01 15.95 6.11 5.18 5.93 4.23 0.39 4.04 6.64 3.23 3.93 3.02 2.67 22.35 4.59 6.81
AAL20498 (narV)
 7.14 22.17 62.44 6.82 8.08 23.16 6.33 15.72 6.1 7.06 9.98 1.54 45.31 11.54 4.44 11.85 2.72 7.91 7.63 9.49 12.94 8.54 3.48 45.87 17.5 6.87 7.16 8.79 5.94 0.71 7.25 9.59 5.33 6.73 3.69 4.62 61.89 8.22 11.16
AAL21028 (alkA)
 8.47 25.72 11.39 6.23 4.98 4.03 3.59 10.96 3.43 4.94 5.78 2.85 17.69 11.58 5.88 1.98 3.96 7.16 6.68 7.11 11.66 7.07 0.67 17.73 12.92 7.83 7.82 5.74 10.08 0.72 4.88 6.72 12.18 1.29 4.9 5.68 18.08 5.24 12.16
AAL21079 (STM2175)
 7.01 27.55 34.61 10.35 10.02 12.86 6.09 16.7 10.58 20.13 11.39 4.44 20.56 24.91 8.54 6.87 9.86 14.44 16.36 18.31 10.79 11.36 2.72 21.98 12.18 14.89 10.95 13.61 10.04 0.99 11.93 10.88 9.26 4.43 10.97 11.34 26.96 17.15 12.94
AAL21080 (STM2176)
 6.33 19.38 26.49 7.73 8.3 9.55 5.41 10.02 7.01 12.75 6.31 3.59 17.36 11.51 5.81 5.18 5.0 12.48 12.58 15.06 3.73 9.73 2.3 14.93 7.1 8.55 5.81 11.03 5.31 1.44 10.66 10.43 5.7 3.29 9.24 4.97 20.74 14.72 8.64
AAL21081 (STM2177)
 3.94 19.88 29.2 5.95 7.27 7.89 1.85 7.61 6.01 15.49 4.41 3.02 17.32 7.12 1.9 8.47 1.88 6.74 7.9 9.77 3.46 5.64 4.34 27.75 5.01 7.35 4.86 9.8 5.39 0.49 16.13 7.61 5.17 7.77 3.65 4.09 43.63 13.71 7.34
AAL21082 (STM2178)
 2.81 17.54 21.82 4.92 5.1 5.54 1.98 6.84 3.9 10.73 2.82 1.13 12.65 4.91 5.36 2.62 2.45 15.5 11.22 16.18 1.71 4.51 0.85 39.41 4.1 3.01 3.48 6.36 2.51 1.09 10.52 5.48 2.52 1.99 7.95 2.49 56.17 9.29 4.64
AAL21893 (kduD)
 5.5 27.64 19.79 6.31 9.9 4.37 7.15 16.68 19.59 17.26 25.18 2.83 18.18 12.94 14.21 8.91 13.93 32.51 27.76 41.43 4.16 8.38 5.3 42.92 8.86 7.84 7.52 12.41 3.29 3.51 8.19 14.04 3.67 11.39 33.95 7.36 88.47 16.16 12.34
AAL22073 (yqiK)
 18.33 27.07 13.13 11.55 8.93 9.11 13.55 20.64 13.93 9.75 28.29 7.04 18.91 23.49 28.68 11.61 17.57 21.1 19.4 24.38 6.53 11.5 8.54 45.39 10.24 14.36 15.22 14.58 11.85 3.14 6.68 11.28 11.52 13.48 65.88 8.96 79.77 11.61 16.39
AAL22219 (STM3350)
 6.27 19.22 11.25 3.63 6.48 2.68 6.93 9.17 5.07 6.97 7.96 3.0 8.58 8.08 3.49 7.03 7.27 5.99 4.37 5.15 9.01 7.29 2.68 30.77 5.92 3.23 3.79 4.68 3.36 0.29 5.42 5.28 2.65 3.27 25.64 3.49 54.53 14.27 4.52
AAL22222 (oadG)
 4.99 62.96 5.65 6.94 5.05 3.17 2.0 4.89 10.47 3.11 18.05 0.68 3.46 6.19 4.04 0.24 1.6 4.39 5.35 5.79 6.06 4.38 0.09 6.38 11.81 6.75 3.57 3.48 2.68 0.08 3.76 4.01 2.98 0.3 7.88 2.23 15.87 2.05 3.15
AAL22350 (hofQ)
 7.55 20.28 11.0 6.25 7.11 1.91 13.63 17.09 7.83 8.67 10.14 5.36 17.64 16.09 15.63 6.97 12.93 17.65 15.12 20.31 10.76 5.67 4.64 32.84 8.47 4.87 8.52 10.11 5.16 0.58 7.18 9.83 5.02 6.49 11.57 7.56 81.46 8.73 17.76
AAL22351 (yrfA)
 3.0 21.37 4.77 2.99 4.37 0.75 5.2 12.11 3.59 3.22 5.24 0.18 8.87 8.14 6.32 3.56 10.54 14.44 11.06 16.27 2.42 3.2 2.43 37.77 2.96 1.2 4.98 2.62 1.59 0.14 1.81 5.14 1.74 2.44 13.83 4.42 91.56 5.92 6.43
AAL22352 (yrfB)
 3.06 15.37 4.06 2.06 2.9 0.83 0.54 4.56 2.05 3.73 3.49 1.15 5.28 4.33 0.77 1.0 2.51 2.74 2.04 2.79 2.47 2.94 0.37 17.59 2.99 1.97 5.68 2.48 1.99 0.47 2.4 2.59 2.56 0.45 2.6 4.35 23.9 5.39 4.51
AAL22353 (yrfC)
 4.47 20.95 6.38 3.21 5.5 1.49 2.53 7.92 4.6 5.66 6.84 2.01 6.59 8.7 2.25 1.83 8.33 6.18 5.28 8.13 3.55 6.75 1.34 23.19 4.06 2.59 6.38 4.68 2.69 0.32 2.02 4.19 3.5 1.3 10.69 4.73 59.11 6.27 8.3
AAL22533 (lyxK)
 1.72 15.46 2.03 1.53 1.04 0.81 0.44 2.79 1.97 1.34 2.79 0.82 1.11 2.26 1.37 0.21 1.53 0.87 0.58 0.96 0.99 1.6 0.12 22.7 1.93 1.29 4.81 1.06 0.96 0.33 0.54 1.06 1.29 0.17 2.1 3.39 51.69 0.99 1.33
AAL22534 (sgbH)
 0.86 9.45 2.55 1.63 1.19 1.63 0.48 2.04 1.51 1.38 2.42 0.32 1.25 1.42 0.46 0.32 2.77 1.32 1.22 1.24 1.71 0.63 0.08 8.16 2.14 1.12 4.27 0.48 0.85 0.07 0.21 1.11 1.43 0.24 4.73 2.6 16.18 1.48 0.57
AAL22536 (sgbE)
 5.1 13.08 6.14 3.85 3.04 2.75 2.03 5.3 7.4 4.22 12.52 1.53 4.71 5.45 5.15 1.02 4.69 4.29 4.84 5.77 0.84 3.88 0.36 20.13 2.65 4.07 5.73 2.88 2.46 0.9 3.08 4.69 2.78 0.48 5.09 5.75 33.19 3.62 4.99
AAL22538 (STM3679)
 3.71 13.68 14.28 5.44 4.66 2.3 2.5 7.79 7.86 13.02 9.61 3.14 25.13 6.59 8.18 3.13 7.36 16.79 16.96 19.61 3.44 4.81 1.24 22.24 4.91 10.22 5.43 7.67 3.54 2.19 5.14 6.56 3.27 3.23 5.7 5.61 45.46 7.89 8.11
AAL22598 (yicF)
 8.42 21.49 4.98 4.59 5.41 1.42 4.37 11.18 12.6 6.01 18.53 9.05 7.77 16.46 7.22 2.97 7.69 6.73 7.31 8.32 3.3 6.71 2.57 26.36 3.75 5.96 7.26 5.69 4.96 2.39 5.31 6.18 5.94 2.61 8.53 6.17 49.57 6.26 8.63
AAL22625 (STM3767)
 6.77 22.68 22.1 8.85 8.14 9.46 3.0 10.32 11.53 11.64 14.47 6.26 20.63 12.93 6.3 2.51 3.61 5.67 5.14 7.07 9.92 8.0 1.92 29.26 9.72 10.51 12.84 5.86 5.94 1.0 3.51 7.04 6.5 2.07 5.13 11.25 45.95 8.91 8.97
AAL22626 (STM3768)
 4.25 17.8 15.65 9.81 8.53 7.51 3.89 9.58 11.43 10.49 12.45 4.52 14.36 10.23 19.43 3.8 6.49 11.59 9.11 11.98 4.9 6.42 4.11 31.15 4.78 7.78 8.77 6.28 4.51 0.68 4.49 6.5 4.55 4.28 15.34 6.54 54.5 11.23 8.67
AAL22627 (STM3769)
 4.3 22.52 19.17 9.76 10.92 5.32 7.68 9.47 10.92 10.48 9.54 2.75 17.65 6.44 18.81 9.69 6.39 10.78 8.95 13.35 5.37 5.18 16.15 48.55 5.99 5.01 8.66 6.72 4.02 0.56 6.08 9.28 3.68 14.61 17.52 4.76 79.08 13.58 12.5
AAL22628 (STM3770)
 2.92 19.47 8.92 7.12 8.44 4.22 2.67 5.85 8.78 6.09 7.87 1.64 10.08 4.45 14.05 5.13 2.91 6.63 4.2 5.66 4.32 5.74 8.77 18.28 5.46 4.06 11.37 3.95 2.94 0.72 3.21 6.38 3.42 6.5 10.28 6.09 39.3 6.5 10.6
AAL22629 (STM3771)
 10.11 17.47 9.81 10.81 18.91 4.93 2.61 11.49 16.02 8.92 17.91 0.9 14.71 5.86 18.01 11.1 3.58 5.56 4.97 6.44 6.72 6.92 15.7 27.62 7.16 3.74 14.85 5.82 6.77 0.71 6.18 13.36 6.48 15.85 9.72 5.0 64.09 8.47 18.27
AAL22630 (STM3772)
 6.05 18.1 7.82 10.54 19.51 6.34 0.57 8.91 14.2 7.27 15.67 1.06 11.73 4.7 3.24 4.17 2.72 3.61 3.27 3.28 4.16 3.5 4.39 26.94 5.87 4.41 13.7 3.21 9.01 0.39 5.0 10.21 11.15 6.06 6.69 2.98 65.93 11.18 15.02
AAL22863 (yihV)
 4.06 21.76 14.29 5.5 3.78 2.2 6.87 10.28 5.97 9.21 6.36 3.48 7.01 8.91 7.39 2.11 7.64 7.38 5.63 7.76 4.93 4.53 1.47 24.81 6.05 4.18 6.1 4.81 3.64 0.43 2.68 5.82 3.48 1.32 12.46 5.78 67.41 7.38 5.23
AAL23066 (STM4242)
 10.74 30.52 55.39 15.31 16.69 4.13 43.25 22.87 11.95 11.34 17.73 4.46 61.06 17.84 21.73 13.96 15.89 25.1 23.62 25.26 10.98 12.33 5.49 52.54 11.72 24.43 9.32 27.67 13.55 3.03 15.17 18.7 10.98 14.55 29.36 9.58 103.21 31.84 25.25
AAL23195 (yjfM)
 7.62 18.15 9.19 4.98 5.19 1.97 3.67 9.08 10.04 7.01 9.57 2.62 8.77 12.91 3.8 6.54 4.65 5.58 8.13 8.39 4.81 6.4 4.24 17.29 6.85 7.98 6.09 10.6 6.07 1.03 4.01 6.09 6.45 6.37 4.37 5.06 34.98 9.72 7.99
AAL23265 (STM4445)
 3.27 17.85 15.86 6.24 6.49 6.12 2.43 7.69 10.68 7.32 11.02 2.76 15.42 9.38 7.87 2.01 4.13 2.91 2.58 3.89 5.94 7.92 1.94 14.37 4.91 7.63 8.77 6.32 5.53 1.1 2.53 7.14 5.89 1.98 7.12 5.45 32.55 9.02 8.52
AAL23266 (STM4446)
 4.57 21.55 17.7 10.35 7.91 8.82 4.31 9.96 7.43 6.94 4.64 3.49 18.72 8.85 22.7 3.76 6.66 7.14 6.54 7.58 6.74 3.71 1.93 25.71 6.51 7.35 9.56 7.29 4.54 0.57 2.86 6.88 5.1 2.56 16.21 5.7 45.15 11.2 8.85
AAL23267 (STM4447)
 5.21 24.73 21.87 11.31 8.42 15.56 4.01 12.09 11.32 9.78 10.42 5.63 21.65 16.92 20.86 3.93 6.39 4.95 4.78 6.37 11.37 6.04 2.55 32.31 7.49 12.18 10.63 7.58 6.82 1.82 3.54 7.52 7.43 2.86 11.61 8.56 59.28 12.04 11.31
AAL23268 (STM4448)
 14.67 31.36 29.05 15.24 14.96 9.58 18.08 26.49 13.33 15.43 15.72 7.93 32.56 36.08 45.81 11.75 16.47 21.87 18.78 23.31 11.9 18.12 7.91 39.44 12.05 15.42 14.1 17.96 16.48 2.23 8.22 16.43 15.08 9.38 21.45 15.82 73.18 19.62 26.6

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)