1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_9 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
ATCC_14028
SL1344
ATCC_14028,E-stationary,WT
14028s
ATCC_14028,Log,rpsL*_mut
14028s,mLPM
opgGH_mut
LT2
Florfenicol
NCTC_12023,37_C
Chlortetracycline
SL1344,NarS_defic
ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut
LT2,ridA
fliA_del
High-patho
LT2,Cell_susp_cult
14028s,hilC_del,pBAD24
14028s,sprB_del,pBAD24
14028s,pBAD24
gastro
hfq_mut
Low-patho,42C
plank_cells
ATCC_14028,gastro
Typh_14028s,Expo_phase
biofilm,cpxR_mut
14028s,typhoid
14028s,rtcR
Typh_14028s
infection
ATCC_14028,Log,WT
14028s,rtcB
High-patho,42C
LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C
plank_cells,cpxR_mut
biofilm
ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut
ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19019 (STM0055)
 0.02 0.83 0.0 0.02 0.0 0.0 0.02 0.1 0.13 0.01 0.14 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.0 0.13 0.08 0.59 0.02 0.01 0.51 0.01 0.01 0.0 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.27 1.0 0.01 0.03
AAL19228 (STM0272)
 0.08 0.44 0.12 0.09 0.06 0.05 0.07 0.13 0.35 0.12 0.56 0.09 0.08 0.13 0.13 0.0 0.1 0.11 0.1 0.12 0.06 0.07 0.0 0.46 0.07 0.22 0.17 0.1 0.07 0.04 0.04 0.07 0.06 0.0 0.06 0.13 1.0 0.11 0.08
AAL19233 (STM0276)
 0.17 0.83 0.45 0.19 0.15 0.35 0.09 0.19 0.32 0.16 0.43 0.21 0.27 0.2 0.11 0.0 0.26 0.08 0.07 0.06 0.05 0.17 0.0 0.59 0.13 0.24 0.29 0.16 0.12 0.06 0.12 0.19 0.12 0.0 0.07 0.35 1.0 0.24 0.17
AAL19238 (STM0281)
 0.05 0.46 0.11 0.05 0.04 0.03 0.03 0.1 0.15 0.06 0.26 0.03 0.12 0.07 0.04 0.0 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.0 0.61 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.0 0.03 0.05 1.0 0.07 0.07
AAL19239 (STM0282)
 0.05 0.3 0.08 0.05 0.03 0.03 0.04 0.13 0.13 0.06 0.2 0.05 0.07 0.16 0.06 0.0 0.08 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.0 0.46 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.01 0.05 0.05 0.07 0.0 0.05 0.06 1.0 0.06 0.06
AAL19242 (STM0285)
 0.16 0.6 0.24 0.09 0.11 0.09 0.07 0.21 0.29 0.14 0.45 0.08 0.26 0.39 0.08 0.0 0.2 0.12 0.12 0.13 0.16 0.2 0.0 0.5 0.14 0.19 0.25 0.1 0.1 0.04 0.12 0.09 0.11 0.0 0.11 0.18 1.0 0.14 0.19
AAL19243 (STM0286)
 0.04 0.32 0.06 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.08 0.04 0.13 0.02 0.07 0.08 0.03 0.0 0.07 0.1 0.07 0.08 0.09 0.04 0.0 0.49 0.07 0.05 0.09 0.04 0.03 0.0 0.03 0.03 0.03 0.0 0.04 0.05 1.0 0.06 0.05
AAL19246 (STM0289)
 0.07 0.42 0.11 0.08 0.06 0.05 0.07 0.13 0.16 0.06 0.22 0.04 0.08 0.14 0.08 0.0 0.1 0.1 0.11 0.12 0.05 0.07 0.0 0.59 0.09 0.09 0.06 0.06 0.06 0.01 0.05 0.07 0.06 0.0 0.05 0.05 1.0 0.09 0.09
AAL19521 (apeE)
 0.03 0.08 1.0 0.04 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.01 0.27 0.05 0.03 0.08 0.05 0.13 0.1 0.13 0.05 0.16 0.02 0.07 0.05 0.07 0.03 0.08 0.03 0.01 0.06 0.06 0.02 0.06 0.03 0.02 0.16 0.19 0.05
AAL19582 (ybeM)
 0.1 0.35 0.3 0.07 0.09 0.05 0.14 0.17 0.11 0.08 0.17 0.04 0.26 0.16 0.06 0.19 0.09 0.39 0.29 0.35 0.45 0.04 0.05 0.49 0.23 0.05 0.1 0.14 0.07 0.01 0.06 0.13 0.08 0.14 0.14 0.12 1.0 0.14 0.16
AAL19706 (dcoB)
 0.04 0.24 0.07 0.07 0.06 0.06 0.02 0.09 0.07 0.04 0.08 0.01 0.08 0.11 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.52 0.07 0.1 0.13 0.04 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.04 0.08 1.0 0.09 0.05
AAL20033 (hpaG)
 0.04 0.37 1.0 0.11 0.17 0.1 0.07 0.12 0.17 0.23 0.16 0.01 0.35 0.08 0.09 0.05 0.21 0.13 0.11 0.12 0.04 0.09 0.03 0.45 0.05 0.2 0.06 0.09 0.04 0.01 0.07 0.11 0.04 0.04 0.21 0.04 0.73 0.23 0.09
AAL20034 (hpaE)
 0.05 0.25 1.0 0.08 0.11 0.14 0.04 0.09 0.11 0.17 0.1 0.01 0.38 0.1 0.05 0.03 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.1 0.01 0.23 0.05 0.12 0.05 0.06 0.04 0.01 0.05 0.08 0.03 0.02 0.06 0.04 0.4 0.22 0.07
AAL20035 (hpaD)
 0.03 0.15 1.0 0.06 0.14 0.14 0.04 0.09 0.08 0.12 0.07 0.01 0.44 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07 0.03 0.14 0.05 0.07 0.03 0.08 0.04 0.01 0.07 0.1 0.03 0.06 0.07 0.02 0.27 0.25 0.1
AAL20036 (hpaF)
 0.04 0.28 1.0 0.08 0.17 0.2 0.03 0.09 0.1 0.17 0.07 0.01 0.42 0.07 0.09 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.12 0.14 0.02 0.2 0.09 0.11 0.05 0.07 0.05 0.02 0.06 0.09 0.03 0.04 0.03 0.05 0.32 0.2 0.1
AAL20037 (hpaH)
 0.1 0.6 1.0 0.17 0.35 0.35 0.1 0.24 0.13 0.26 0.15 0.06 0.59 0.29 0.05 0.11 0.1 0.11 0.12 0.15 0.16 0.18 0.03 0.68 0.17 0.28 0.16 0.21 0.15 0.01 0.15 0.21 0.12 0.07 0.15 0.1 0.8 0.42 0.24
AAL20038 (hpaI)
 0.1 0.63 0.76 0.2 0.35 0.42 0.11 0.22 0.16 0.23 0.18 0.09 0.43 0.29 0.1 0.08 0.11 0.16 0.14 0.18 0.17 0.17 0.03 0.62 0.17 0.29 0.21 0.16 0.2 0.02 0.12 0.18 0.19 0.03 0.17 0.13 1.0 0.38 0.24
AAL20494 (narU)
 0.09 0.42 0.4 0.06 0.09 0.06 0.15 0.2 0.06 0.08 0.11 0.02 0.28 0.08 0.06 0.21 0.07 0.1 0.12 0.13 0.14 0.26 0.22 0.79 0.24 0.22 0.12 0.09 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04 0.16 0.09 0.05 1.0 0.1 0.1
AAL20495 (narZ)
 0.06 0.31 1.0 0.09 0.13 0.09 0.13 0.16 0.07 0.08 0.1 0.03 0.54 0.12 0.05 0.1 0.04 0.13 0.12 0.15 0.14 0.1 0.03 0.43 0.2 0.17 0.08 0.09 0.05 0.01 0.06 0.08 0.04 0.05 0.06 0.04 0.61 0.12 0.1
AAL20496 (narY)
 0.05 0.27 1.0 0.12 0.14 0.15 0.22 0.22 0.05 0.08 0.06 0.02 0.64 0.09 0.05 0.17 0.05 0.15 0.15 0.19 0.17 0.08 0.04 0.53 0.23 0.12 0.09 0.09 0.06 0.01 0.07 0.12 0.05 0.08 0.13 0.04 0.82 0.1 0.11
AAL20497 (narW)
 0.06 0.4 1.0 0.11 0.15 0.23 0.12 0.17 0.08 0.09 0.12 0.04 0.72 0.12 0.05 0.17 0.03 0.07 0.08 0.1 0.22 0.13 0.04 0.39 0.33 0.12 0.11 0.12 0.09 0.01 0.08 0.14 0.07 0.08 0.06 0.05 0.46 0.09 0.14
AAL20498 (narV)
 0.11 0.36 1.0 0.11 0.13 0.37 0.1 0.25 0.1 0.11 0.16 0.02 0.73 0.18 0.07 0.19 0.04 0.13 0.12 0.15 0.21 0.14 0.06 0.73 0.28 0.11 0.11 0.14 0.1 0.01 0.12 0.15 0.09 0.11 0.06 0.07 0.99 0.13 0.18
AAL21028 (alkA)
 0.33 1.0 0.44 0.24 0.19 0.16 0.14 0.43 0.13 0.19 0.22 0.11 0.69 0.45 0.23 0.08 0.15 0.28 0.26 0.28 0.45 0.28 0.03 0.69 0.5 0.3 0.3 0.22 0.39 0.03 0.19 0.26 0.47 0.05 0.19 0.22 0.7 0.2 0.47
AAL21079 (STM2175)
 0.2 0.8 1.0 0.3 0.29 0.37 0.18 0.48 0.31 0.58 0.33 0.13 0.59 0.72 0.25 0.2 0.28 0.42 0.47 0.53 0.31 0.33 0.08 0.64 0.35 0.43 0.32 0.39 0.29 0.03 0.34 0.31 0.27 0.13 0.32 0.33 0.78 0.5 0.37
AAL21080 (STM2176)
 0.24 0.73 1.0 0.29 0.31 0.36 0.2 0.38 0.26 0.48 0.24 0.14 0.66 0.43 0.22 0.2 0.19 0.47 0.47 0.57 0.14 0.37 0.09 0.56 0.27 0.32 0.22 0.42 0.2 0.05 0.4 0.39 0.22 0.12 0.35 0.19 0.78 0.56 0.33
AAL21081 (STM2177)
 0.09 0.46 0.67 0.14 0.17 0.18 0.04 0.17 0.14 0.35 0.1 0.07 0.4 0.16 0.04 0.19 0.04 0.15 0.18 0.22 0.08 0.13 0.1 0.64 0.11 0.17 0.11 0.22 0.12 0.01 0.37 0.17 0.12 0.18 0.08 0.09 1.0 0.31 0.17
AAL21082 (STM2178)
 0.05 0.31 0.39 0.09 0.09 0.1 0.04 0.12 0.07 0.19 0.05 0.02 0.23 0.09 0.1 0.05 0.04 0.28 0.2 0.29 0.03 0.08 0.02 0.7 0.07 0.05 0.06 0.11 0.04 0.02 0.19 0.1 0.04 0.04 0.14 0.04 1.0 0.17 0.08
AAL21893 (kduD)
 0.06 0.31 0.22 0.07 0.11 0.05 0.08 0.19 0.22 0.2 0.28 0.03 0.21 0.15 0.16 0.1 0.16 0.37 0.31 0.47 0.05 0.09 0.06 0.49 0.1 0.09 0.09 0.14 0.04 0.04 0.09 0.16 0.04 0.13 0.38 0.08 1.0 0.18 0.14
AAL22073 (yqiK)
 0.23 0.34 0.16 0.14 0.11 0.11 0.17 0.26 0.17 0.12 0.35 0.09 0.24 0.29 0.36 0.15 0.22 0.26 0.24 0.31 0.08 0.14 0.11 0.57 0.13 0.18 0.19 0.18 0.15 0.04 0.08 0.14 0.14 0.17 0.83 0.11 1.0 0.15 0.21
AAL22219 (STM3350)
 0.12 0.35 0.21 0.07 0.12 0.05 0.13 0.17 0.09 0.13 0.15 0.06 0.16 0.15 0.06 0.13 0.13 0.11 0.08 0.09 0.17 0.13 0.05 0.56 0.11 0.06 0.07 0.09 0.06 0.01 0.1 0.1 0.05 0.06 0.47 0.06 1.0 0.26 0.08
AAL22222 (oadG)
 0.08 1.0 0.09 0.11 0.08 0.05 0.03 0.08 0.17 0.05 0.29 0.01 0.05 0.1 0.06 0.0 0.03 0.07 0.09 0.09 0.1 0.07 0.0 0.1 0.19 0.11 0.06 0.06 0.04 0.0 0.06 0.06 0.05 0.0 0.13 0.04 0.25 0.03 0.05
AAL22350 (hofQ)
 0.09 0.25 0.14 0.08 0.09 0.02 0.17 0.21 0.1 0.11 0.12 0.07 0.22 0.2 0.19 0.09 0.16 0.22 0.19 0.25 0.13 0.07 0.06 0.4 0.1 0.06 0.1 0.12 0.06 0.01 0.09 0.12 0.06 0.08 0.14 0.09 1.0 0.11 0.22
AAL22351 (yrfA)
 0.03 0.23 0.05 0.03 0.05 0.01 0.06 0.13 0.04 0.04 0.06 0.0 0.1 0.09 0.07 0.04 0.12 0.16 0.12 0.18 0.03 0.03 0.03 0.41 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.0 0.02 0.06 0.02 0.03 0.15 0.05 1.0 0.06 0.07
AAL22352 (yrfB)
 0.13 0.64 0.17 0.09 0.12 0.03 0.02 0.19 0.09 0.16 0.15 0.05 0.22 0.18 0.03 0.04 0.11 0.11 0.09 0.12 0.1 0.12 0.02 0.74 0.13 0.08 0.24 0.1 0.08 0.02 0.1 0.11 0.11 0.02 0.11 0.18 1.0 0.23 0.19
AAL22353 (yrfC)
 0.08 0.35 0.11 0.05 0.09 0.03 0.04 0.13 0.08 0.1 0.12 0.03 0.11 0.15 0.04 0.03 0.14 0.1 0.09 0.14 0.06 0.11 0.02 0.39 0.07 0.04 0.11 0.08 0.05 0.01 0.03 0.07 0.06 0.02 0.18 0.08 1.0 0.11 0.14
AAL22533 (lyxK)
 0.03 0.3 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.0 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.0 0.44 0.04 0.03 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.0 0.04 0.07 1.0 0.02 0.03
AAL22534 (sgbH)
 0.05 0.58 0.16 0.1 0.07 0.1 0.03 0.13 0.09 0.09 0.15 0.02 0.08 0.09 0.03 0.02 0.17 0.08 0.08 0.08 0.11 0.04 0.01 0.5 0.13 0.07 0.26 0.03 0.05 0.0 0.01 0.07 0.09 0.01 0.29 0.16 1.0 0.09 0.04
AAL22536 (sgbE)
 0.15 0.39 0.18 0.12 0.09 0.08 0.06 0.16 0.22 0.13 0.38 0.05 0.14 0.16 0.16 0.03 0.14 0.13 0.15 0.17 0.03 0.12 0.01 0.61 0.08 0.12 0.17 0.09 0.07 0.03 0.09 0.14 0.08 0.01 0.15 0.17 1.0 0.11 0.15
AAL22538 (STM3679)
 0.08 0.3 0.31 0.12 0.1 0.05 0.05 0.17 0.17 0.29 0.21 0.07 0.55 0.15 0.18 0.07 0.16 0.37 0.37 0.43 0.08 0.11 0.03 0.49 0.11 0.22 0.12 0.17 0.08 0.05 0.11 0.14 0.07 0.07 0.13 0.12 1.0 0.17 0.18
AAL22598 (yicF)
 0.17 0.43 0.1 0.09 0.11 0.03 0.09 0.23 0.25 0.12 0.37 0.18 0.16 0.33 0.15 0.06 0.16 0.14 0.15 0.17 0.07 0.14 0.05 0.53 0.08 0.12 0.15 0.11 0.1 0.05 0.11 0.12 0.12 0.05 0.17 0.12 1.0 0.13 0.17
AAL22625 (STM3767)
 0.15 0.49 0.48 0.19 0.18 0.21 0.07 0.22 0.25 0.25 0.31 0.14 0.45 0.28 0.14 0.05 0.08 0.12 0.11 0.15 0.22 0.17 0.04 0.64 0.21 0.23 0.28 0.13 0.13 0.02 0.08 0.15 0.14 0.04 0.11 0.24 1.0 0.19 0.2
AAL22626 (STM3768)
 0.08 0.33 0.29 0.18 0.16 0.14 0.07 0.18 0.21 0.19 0.23 0.08 0.26 0.19 0.36 0.07 0.12 0.21 0.17 0.22 0.09 0.12 0.08 0.57 0.09 0.14 0.16 0.12 0.08 0.01 0.08 0.12 0.08 0.08 0.28 0.12 1.0 0.21 0.16
AAL22627 (STM3769)
 0.05 0.28 0.24 0.12 0.14 0.07 0.1 0.12 0.14 0.13 0.12 0.03 0.22 0.08 0.24 0.12 0.08 0.14 0.11 0.17 0.07 0.07 0.2 0.61 0.08 0.06 0.11 0.08 0.05 0.01 0.08 0.12 0.05 0.18 0.22 0.06 1.0 0.17 0.16
AAL22628 (STM3770)
 0.07 0.5 0.23 0.18 0.21 0.11 0.07 0.15 0.22 0.15 0.2 0.04 0.26 0.11 0.36 0.13 0.07 0.17 0.11 0.14 0.11 0.15 0.22 0.47 0.14 0.1 0.29 0.1 0.07 0.02 0.08 0.16 0.09 0.17 0.26 0.15 1.0 0.17 0.27
AAL22629 (STM3771)
 0.16 0.27 0.15 0.17 0.3 0.08 0.04 0.18 0.25 0.14 0.28 0.01 0.23 0.09 0.28 0.17 0.06 0.09 0.08 0.1 0.1 0.11 0.24 0.43 0.11 0.06 0.23 0.09 0.11 0.01 0.1 0.21 0.1 0.25 0.15 0.08 1.0 0.13 0.29
AAL22630 (STM3772)
 0.09 0.27 0.12 0.16 0.3 0.1 0.01 0.14 0.22 0.11 0.24 0.02 0.18 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.41 0.09 0.07 0.21 0.05 0.14 0.01 0.08 0.15 0.17 0.09 0.1 0.05 1.0 0.17 0.23
AAL22863 (yihV)
 0.06 0.32 0.21 0.08 0.06 0.03 0.1 0.15 0.09 0.14 0.09 0.05 0.1 0.13 0.11 0.03 0.11 0.11 0.08 0.12 0.07 0.07 0.02 0.37 0.09 0.06 0.09 0.07 0.05 0.01 0.04 0.09 0.05 0.02 0.18 0.09 1.0 0.11 0.08
AAL23066 (STM4242)
 0.1 0.3 0.54 0.15 0.16 0.04 0.42 0.22 0.12 0.11 0.17 0.04 0.59 0.17 0.21 0.14 0.15 0.24 0.23 0.24 0.11 0.12 0.05 0.51 0.11 0.24 0.09 0.27 0.13 0.03 0.15 0.18 0.11 0.14 0.28 0.09 1.0 0.31 0.24
AAL23195 (yjfM)
 0.22 0.52 0.26 0.14 0.15 0.06 0.1 0.26 0.29 0.2 0.27 0.07 0.25 0.37 0.11 0.19 0.13 0.16 0.23 0.24 0.14 0.18 0.12 0.49 0.2 0.23 0.17 0.3 0.17 0.03 0.11 0.17 0.18 0.18 0.12 0.14 1.0 0.28 0.23
AAL23265 (STM4445)
 0.1 0.55 0.49 0.19 0.2 0.19 0.07 0.24 0.33 0.22 0.34 0.08 0.47 0.29 0.24 0.06 0.13 0.09 0.08 0.12 0.18 0.24 0.06 0.44 0.15 0.23 0.27 0.19 0.17 0.03 0.08 0.22 0.18 0.06 0.22 0.17 1.0 0.28 0.26
AAL23266 (STM4446)
 0.1 0.48 0.39 0.23 0.18 0.2 0.1 0.22 0.16 0.15 0.1 0.08 0.41 0.2 0.5 0.08 0.15 0.16 0.14 0.17 0.15 0.08 0.04 0.57 0.14 0.16 0.21 0.16 0.1 0.01 0.06 0.15 0.11 0.06 0.36 0.13 1.0 0.25 0.2
AAL23267 (STM4447)
 0.09 0.42 0.37 0.19 0.14 0.26 0.07 0.2 0.19 0.16 0.18 0.09 0.37 0.29 0.35 0.07 0.11 0.08 0.08 0.11 0.19 0.1 0.04 0.54 0.13 0.21 0.18 0.13 0.11 0.03 0.06 0.13 0.13 0.05 0.2 0.14 1.0 0.2 0.19
AAL23268 (STM4448)
 0.2 0.43 0.4 0.21 0.2 0.13 0.25 0.36 0.18 0.21 0.21 0.11 0.44 0.49 0.63 0.16 0.23 0.3 0.26 0.32 0.16 0.25 0.11 0.54 0.16 0.21 0.19 0.25 0.23 0.03 0.11 0.22 0.21 0.13 0.29 0.22 1.0 0.27 0.36

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)