1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_29 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
25RC,0.25% glucose
3RC,0.25% glucose
58RC,0.25% glucose
ATCC 29212,0% glucose
ATCC 29212,0.15% glucose
ATCC 29212,0.25% glucose
ATCC 29212,15min
ATCC 29212,ampicillin,15min
ATCC 29212,bacitracin,15min
ATCC 29212,chloramphenicol,15min
ATCC 29212,erythromycin,15min
ATCC 29212,kanamycin,15min
ATCC 29212,lincomycin,15min
ATCC 29212,ofloxacin,15min
ATCC 33186,TSB
ATCC 33186,pH10
EF16C185,37C,4h,20mlMH
EF16C185-O2,37C,4h,20mlMH
F4,37C,4h,20mlMH
F4-11,37C,4h,20mlMH
OG1RF
OG1RF,(p)ppGpp0
OG1RF,(p)ppGpp0 codY-KO
OG1RF,Untreated,0min
OG1RF,Untreated,10min
OG1RF,Untreated,20min
OG1RF,Untreated,40min
OG1RF,WT
OG1RF,cellobiose
OG1RF,clpP-KO
OG1RF,gentiobiose
OG1RF,glucose
OG1RF,pCF10
OG1RF,pCIE
OG1RF,pDAK1010A,highFstpAD1
OG1RF,pDAK1010E,highFstEF0409
OG1RF,pDAK1010E,lowFstEF0409
OG1RF,phageVPE25,0min
OG1RF,phageVPE25,10min
OG1RF,phageVPE25,20min
V649,LVX
V649,Untreated
V649,pGR-IS256
V649,pGR-tetM
AEA92897 (hslO)
 0.72 0.67 0.61 0.05 0.33 0.96 0.15 0.14 0.31 0.19 0.21 0.16 0.27 0.14 0.03 0.12 0.06 0.01 0.03 0.02 0.46 0.77 1.0 0.39 0.68 0.31 0.29 0.16 0.52 0.1 0.16 0.18 0.29 0.34 0.33 0.31 0.33 0.41 0.82 0.98 0.12 0.08 0.13 0.12
AEA92898 (dus)
 0.6 0.86 0.78 0.08 0.59 0.87 0.15 0.14 0.31 0.18 0.22 0.15 0.22 0.15 0.05 0.22 0.1 0.03 0.04 0.04 0.35 0.52 0.66 0.41 0.76 0.27 0.35 0.2 0.5 0.2 0.23 0.4 0.39 0.31 0.3 0.26 0.27 0.4 0.93 1.0 0.11 0.08 0.14 0.11
AEA92910 (OG1RF_10223)
 0.71 0.88 0.81 0.45 0.16 1.0 0.1 0.09 0.11 0.14 0.2 0.1 0.22 0.12 0.2 0.11 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.37 0.45 0.23 0.52 0.15 0.21 0.18 0.23 0.14 0.13 0.19 0.17 0.18 0.15 0.18 0.18 0.17 0.61 0.99 0.24 0.06 0.08 0.08
AEA92927 (copY)
 0.77 0.9 0.81 0.11 0.04 1.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.0 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.01 0.01 0.28 0.02 0.0 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.34 0.59 0.75 0.03 0.01 0.01 0.03
AEA92928 (actP)
 0.77 0.99 0.89 0.11 0.09 0.99 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.18 0.04 0.03 0.55 0.07 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.02 0.06 0.05 0.03 0.46 0.82 1.0 0.05 0.02 0.03 0.05
AEA92979 (mtlA)
 1.0 0.48 0.5 0.12 0.63 0.99 0.29 0.29 0.28 0.31 0.34 0.26 0.32 0.23 0.13 0.12 0.11 0.05 0.29 0.16 0.34 0.61 0.56 0.43 0.35 0.23 0.54 0.27 0.23 0.39 0.27 0.37 0.19 0.17 0.22 0.18 0.19 0.44 0.55 0.55 0.16 0.07 0.26 0.16
AEA93036 (dapF)
 0.86 0.53 0.51 0.31 0.4 1.0 0.16 0.17 0.18 0.15 0.21 0.14 0.17 0.14 0.1 0.25 0.1 0.11 0.05 0.1 0.73 0.29 0.21 0.72 0.42 0.25 0.23 0.1 0.3 0.16 0.26 0.23 0.43 0.28 0.19 0.2 0.26 0.56 0.59 0.68 0.2 0.07 0.1 0.11
AEA93128 (OG1RF_10441)
 0.62 0.43 0.55 0.12 0.25 1.0 0.11 0.07 0.12 0.09 0.27 0.12 0.21 0.12 0.14 0.13 0.04 0.02 0.03 0.02 0.09 0.36 0.54 0.16 0.3 0.23 0.27 0.16 0.18 0.14 0.21 0.21 0.28 0.25 0.15 0.24 0.26 0.45 0.57 0.62 0.21 0.12 0.15 0.11
AEA93156 (argF)
 0.94 0.46 0.42 0.16 0.43 1.0 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.1 0.02 0.03 0.07 0.03 0.03 0.11 0.05 0.69 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.14 0.32 0.06 0.01 0.04 0.03
AEA93184 (uvrB)
 0.76 1.0 0.95 0.36 0.45 0.96 0.17 0.16 0.22 0.14 0.14 0.16 0.17 0.28 0.35 0.13 0.05 0.13 0.06 0.09 0.38 0.5 0.51 0.58 0.3 0.16 0.14 0.13 0.25 0.1 0.08 0.12 0.17 0.18 0.17 0.15 0.18 0.37 0.47 0.57 0.56 0.21 0.25 0.41
AEA93192 (clpP)
 0.36 1.0 0.96 0.87 0.26 0.4 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.24 0.18 0.07 0.13 0.03 0.04 0.98 0.13 0.2 0.15 0.21 0.13 0.06 0.07 0.25 0.0 0.17 0.19 0.11 0.08 0.11 0.09 0.08 0.1 0.14 0.14 0.14 0.08 0.09 0.33
AEA93276 (OG1RF_10589)
 0.55 0.56 0.51 0.07 0.53 1.0 0.12 0.11 0.13 0.13 0.22 0.11 0.21 0.09 0.06 0.16 0.23 0.02 0.04 0.04 0.97 0.25 0.28 0.17 0.36 0.28 0.2 0.1 0.14 0.1 0.08 0.15 0.13 0.15 0.27 0.21 0.22 0.22 0.48 0.68 0.06 0.04 0.1 0.11
AEA93317 (mvd)
 0.58 1.0 0.89 0.11 0.83 0.81 0.25 0.24 0.63 0.27 0.31 0.27 0.3 0.25 0.16 0.36 0.07 0.02 0.03 0.04 0.18 0.46 0.57 0.33 0.44 0.46 0.34 0.13 0.23 0.06 0.22 0.39 0.25 0.2 0.14 0.15 0.19 0.35 0.63 0.77 0.26 0.12 0.26 0.21
AEA93318 (mvk)
 0.58 0.84 0.73 0.04 0.37 0.76 0.18 0.17 0.56 0.19 0.28 0.15 0.26 0.18 0.09 0.16 0.02 0.0 0.02 0.01 0.1 0.72 0.87 0.39 0.44 0.34 0.36 0.07 0.14 0.02 0.05 0.08 0.1 0.14 0.12 0.14 0.15 0.29 0.73 1.0 0.41 0.11 0.29 0.37
AEA93603 (puuD)
 0.72 0.75 0.82 0.07 0.1 0.97 0.11 0.11 0.09 0.15 0.17 0.1 0.26 0.1 0.15 0.22 0.06 0.01 0.01 0.02 0.24 0.41 0.5 0.77 0.59 0.28 0.16 0.13 0.43 0.1 0.07 0.08 0.1 0.2 0.13 0.12 0.16 0.5 0.85 1.0 0.21 0.16 0.15 0.23
AEA93727 (nusA)
 0.25 0.18 0.15 0.03 0.18 0.33 0.13 0.12 0.13 0.16 0.2 0.11 0.26 0.11 0.08 0.08 0.11 0.06 0.01 0.06 1.0 0.19 0.22 0.31 0.22 0.25 0.13 0.09 0.04 0.07 0.06 0.03 0.11 0.15 0.1 0.11 0.13 0.31 0.29 0.29 0.08 0.09 0.11 0.11
AEA93729 (rplL)
 0.46 0.37 0.31 0.02 0.28 0.58 0.24 0.21 0.2 0.3 0.35 0.21 0.47 0.24 0.11 0.14 0.2 0.14 0.03 0.2 1.0 0.31 0.38 0.51 0.42 0.38 0.23 0.11 0.04 0.09 0.13 0.03 0.14 0.2 0.14 0.15 0.17 0.44 0.43 0.47 0.1 0.11 0.15 0.15
AEA93751 (truB)
 0.67 0.59 0.5 0.19 0.28 0.81 0.38 0.3 0.32 0.33 0.41 0.41 0.36 0.34 0.14 0.26 0.31 0.06 0.06 0.04 0.38 0.69 0.73 0.83 0.69 0.52 0.66 0.29 0.99 0.17 0.27 0.38 0.38 0.6 0.47 0.53 0.71 0.43 0.82 1.0 0.17 0.22 0.2 0.15
AEA93765 (dnaK)
 0.66 0.61 0.58 0.77 0.52 0.42 0.03 0.03 0.15 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.5 0.12 0.04 0.05 0.04 0.04 1.0 0.23 0.53 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.08 0.23 0.08 0.04 0.03 0.12 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.1 0.05 0.25 0.82
AEA93877 (OG1RF_11190)
 0.47 0.45 0.38 0.25 0.35 0.91 0.26 0.24 0.56 0.26 0.33 0.24 0.27 0.25 0.35 0.34 0.04 0.01 0.03 0.03 0.32 0.79 1.0 0.58 0.47 0.52 0.35 0.29 0.28 0.19 0.16 0.13 0.37 0.39 0.6 0.37 0.39 0.59 0.73 0.74 0.43 0.32 0.44 0.4
AEA93881 (uvrC)
 0.69 0.75 0.67 0.28 0.22 0.89 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.1 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 1.0 0.1 0.12 0.1 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.09 0.08 0.05 0.09 0.04 0.05 0.13 0.14 0.15 0.03 0.02 0.05 0.1
AEA93928 (dnaG)
 0.93 0.58 0.48 0.21 0.45 1.0 0.33 0.3 0.3 0.27 0.34 0.28 0.62 0.29 0.45 0.35 0.09 0.06 0.04 0.08 0.75 0.26 0.33 0.49 0.38 0.41 0.36 0.18 0.25 0.12 0.18 0.16 0.38 0.34 0.47 0.25 0.27 0.52 0.68 0.68 0.21 0.33 0.27 0.23
AEA93953 (cmk)
 0.55 0.92 0.87 0.03 0.66 1.0 0.23 0.23 0.4 0.31 0.37 0.22 0.36 0.2 0.24 0.26 0.14 0.04 0.03 0.03 0.1 0.58 0.81 0.31 0.81 0.42 0.45 0.36 0.42 0.38 0.24 0.42 0.66 0.34 0.49 0.47 0.35 0.31 0.6 0.67 0.18 0.25 0.41 0.19
AEA93977 (OG1RF_11290)
 1.0 0.49 0.57 0.31 0.57 0.47 0.02 0.07 0.11 0.07 0.07 0.02 0.16 0.02 0.14 0.3 0.22 0.16 0.09 0.11 0.95 0.41 0.57 0.61 0.72 0.65 0.34 0.19 0.14 0.33 0.45 0.11 0.15 0.12 0.14 0.15 0.19 0.53 0.63 0.62 0.17 0.12 0.23 0.2
AEA93980 (OG1RF_11293)
 1.0 0.84 0.73 0.68 0.61 0.99 0.48 0.45 0.68 0.43 0.57 0.47 0.56 0.47 0.66 0.28 0.22 0.15 0.09 0.19 0.56 0.74 0.83 0.53 0.47 0.41 0.5 0.35 0.5 0.21 0.3 0.54 0.71 0.47 0.65 0.44 0.48 0.49 0.62 0.67 0.56 0.36 0.45 0.42
AEA94010 (bglP2)
 0.63 0.6 0.46 0.04 0.32 1.0 0.1 0.09 0.1 0.16 0.21 0.12 0.3 0.11 0.06 0.17 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.17 0.27 0.32 0.31 0.08 0.08 0.09 0.24 0.11 0.1 0.22 0.12 0.14 0.1 0.13 0.12 0.29 0.49 0.48 0.13 0.15 0.15 0.08
AEA94095 (OG1RF_11408)
 0.66 0.7 0.69 0.05 0.45 1.0 0.17 0.19 0.16 0.14 0.15 0.15 0.15 0.15 0.1 0.17 0.06 0.04 0.03 0.05 0.09 0.09 0.1 0.25 0.28 0.22 0.22 0.08 0.21 0.15 0.08 0.13 0.19 0.14 0.14 0.13 0.14 0.49 0.55 0.36 0.12 0.09 0.13 0.08
AEA94125 (ebsa)
 0.49 0.74 0.89 0.15 0.59 1.0 0.26 0.31 0.68 0.26 0.36 0.42 0.41 0.42 0.13 0.35 0.11 0.06 0.04 0.07 0.45 0.5 0.86 0.47 0.4 0.4 0.29 0.26 0.44 0.46 0.14 0.2 0.56 0.44 0.4 0.39 0.43 0.45 0.53 0.54 0.26 0.24 0.41 0.39
AEA94128 (aroD)
 0.62 0.91 0.9 0.83 0.6 1.0 0.2 0.17 0.24 0.39 0.71 0.24 0.68 0.22 0.37 0.41 0.06 0.04 0.06 0.06 0.17 0.57 0.49 0.57 0.56 0.19 0.37 0.21 0.61 0.26 0.29 0.28 0.4 0.4 0.86 0.68 0.5 0.48 0.75 0.82 0.53 0.22 0.38 0.38
AEA94274 (OG1RF_11587)
 0.7 1.0 0.94 0.99 0.61 0.94 0.1 0.12 0.09 0.12 0.15 0.1 0.14 0.11 0.11 0.11 0.09 0.04 0.03 0.02 1.0 0.08 0.11 0.25 0.34 0.33 0.32 0.08 0.18 0.08 0.15 0.13 0.06 0.11 0.09 0.1 0.14 0.29 0.42 0.47 0.29 0.07 0.17 0.22
AEA94355 (topB)
 0.68 0.47 0.38 0.03 0.28 1.0 0.2 0.2 0.27 0.2 0.26 0.18 0.18 0.2 0.15 0.42 0.18 0.15 0.04 0.14 0.29 0.47 0.53 0.47 0.46 0.38 0.34 0.21 0.14 0.2 0.22 0.12 0.31 0.25 0.26 0.26 0.26 0.51 0.64 0.72 0.19 0.17 0.22 0.14
AEA94433 (OG1RF_11746)
 1.0 0.94 0.89 0.65 0.42 0.92 0.41 0.36 0.39 0.3 0.29 0.31 0.21 0.41 0.29 0.66 0.14 0.09 0.11 0.08 0.21 0.78 0.59 0.58 0.53 0.22 0.66 0.26 0.19 0.26 0.39 0.3 0.54 0.31 0.17 0.31 0.3 0.56 0.67 0.66 0.48 0.28 0.29 0.24
AEA94466 (OG1RF_11779)
 0.75 0.55 0.52 0.13 0.24 1.0 0.09 0.09 0.06 0.11 0.13 0.07 0.11 0.06 0.0 0.0 0.09 0.12 0.06 0.08 0.8 0.16 0.09 0.17 0.12 0.09 0.1 0.07 0.13 0.11 0.19 0.13 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.16 0.2 0.23 0.09 0.02 0.03 0.03
AEA94481 (OG1RF_11794)
 0.71 0.16 0.16 0.15 0.22 0.89 0.1 0.14 0.12 0.07 0.12 0.12 0.05 0.1 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.09 1.0 0.01 0.02 0.0 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04
AEA94671 (OG1RF_11984)
 0.72 0.72 0.71 0.04 0.08 1.0 0.03 0.07 0.1 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.09 0.06 0.01 0.0 0.03 0.02 0.21 0.08 0.08 0.44 0.29 0.09 0.17 0.05 0.06 0.03 0.1 0.01 0.12 0.3 0.26 0.31 0.47 0.37 0.58 0.57 0.16 0.08 0.16 0.25
AEA94693 (groEL)
 0.86 0.8 0.75 1.0 0.43 0.54 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 1.0 0.18 0.07 0.04 0.03 0.03 0.86 0.31 0.61 0.03 0.03 0.1 0.07 0.09 0.14 0.13 0.49 0.32 0.08 0.03 0.18 0.09 0.07 0.05 0.05 0.07 0.19 0.06 0.19 0.51
AEA94694 (groES)
 0.51 0.25 0.19 0.83 0.18 0.31 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.41 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 1.0 0.12 0.24 0.02 0.02 0.05 0.05 0.08 0.04 0.09 0.33 0.07 0.04 0.02 0.15 0.06 0.05 0.02 0.03 0.06 0.14 0.06 0.13 0.37
AEA94780 (secE)
 0.4 0.46 0.51 0.13 0.15 0.68 0.53 0.22 0.27 0.46 0.27 0.64 0.35 0.53 0.1 0.21 0.01 0.0 0.03 0.02 1.0 0.03 0.06 0.16 0.13 0.14 0.16 0.04 0.0 0.04 0.09 0.0 0.6 0.39 0.22 0.25 0.27 0.28 0.27 0.36 0.24 0.15 0.27 0.27
AEA94804 (dinB)
 0.57 0.59 0.62 0.34 0.27 0.46 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.19 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 1.0 0.07 0.09 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.09 0.1 0.11 0.37 0.02 0.08 0.24
AEA94848 (vanYB)
 0.73 0.62 0.61 0.01 0.61 1.0 0.12 0.11 0.39 0.08 0.13 0.1 0.08 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.03 0.07 0.38 0.37 0.21 0.56 0.5 0.35 0.11 0.07 0.15 0.09 0.06 0.27 0.13 0.15 0.12 0.11 0.24 0.47 0.68 0.0 0.0 0.0 0.0
AEA94849 (vanS)
 0.76 0.56 0.54 0.04 0.63 1.0 0.13 0.15 0.61 0.13 0.17 0.14 0.13 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.02 0.09 0.22 0.23 0.17 0.46 0.43 0.3 0.11 0.06 0.18 0.1 0.05 0.3 0.13 0.13 0.13 0.14 0.19 0.39 0.51 0.0 0.0 0.0 0.0
AEA94850 (vanR)
 0.98 0.41 0.43 0.06 0.66 0.96 0.21 0.13 0.55 0.12 0.16 0.09 0.14 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.05 0.09 0.52 0.67 0.34 0.77 0.47 0.52 0.15 0.06 0.29 0.14 0.07 0.37 0.21 0.21 0.19 0.19 0.23 0.66 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AEA95009 (OG1RF_12322)
 0.94 0.95 0.91 0.11 0.39 1.0 0.31 0.29 0.23 0.26 0.3 0.32 0.31 0.33 0.12 0.13 0.08 0.02 0.04 0.03 0.18 0.14 0.2 0.4 0.51 0.15 0.45 0.11 0.24 0.14 0.13 0.15 0.24 0.36 0.32 0.36 0.38 0.36 0.69 0.79 0.33 0.11 0.17 0.26
AEA95129 (OG1RF_12442)
 0.45 0.53 0.46 0.02 0.03 0.76 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.03 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 1.0 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
AEA95160 (OG1RF_12473)
 0.35 0.82 0.83 0.02 0.62 0.73 0.19 0.16 0.2 0.23 0.43 0.17 0.28 0.16 0.08 0.24 0.04 0.03 0.06 0.04 0.11 0.5 0.56 0.53 0.63 0.22 0.39 0.2 0.71 0.2 0.2 0.43 0.18 0.35 0.25 0.37 0.36 0.41 0.9 1.0 0.13 0.08 0.07 0.05
AEA95188 (OG1RF_12501)
 0.63 1.0 0.84 0.08 0.14 0.82 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.03 0.01 0.01 0.13 0.1 0.04 0.1 0.15 0.21 0.08 0.09 0.08 0.03 0.0 0.02 0.0 0.0 0.01 0.05 0.1 0.05 0.04 0.44 0.51 0.5 0.21 0.1 0.11 0.16

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)