1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_14 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
25RC,0.25% glucose
3RC,0.25% glucose
58RC,0.25% glucose
ATCC 29212,0% glucose
ATCC 29212,0.15% glucose
ATCC 29212,0.25% glucose
ATCC 29212,15min
ATCC 29212,ampicillin,15min
ATCC 29212,bacitracin,15min
ATCC 29212,chloramphenicol,15min
ATCC 29212,erythromycin,15min
ATCC 29212,kanamycin,15min
ATCC 29212,lincomycin,15min
ATCC 29212,ofloxacin,15min
ATCC 33186,TSB
ATCC 33186,pH10
EF16C185,37C,4h,20mlMH
EF16C185-O2,37C,4h,20mlMH
F4,37C,4h,20mlMH
F4-11,37C,4h,20mlMH
OG1RF
OG1RF,(p)ppGpp0
OG1RF,(p)ppGpp0 codY-KO
OG1RF,Untreated,0min
OG1RF,Untreated,10min
OG1RF,Untreated,20min
OG1RF,Untreated,40min
OG1RF,WT
OG1RF,cellobiose
OG1RF,clpP-KO
OG1RF,gentiobiose
OG1RF,glucose
OG1RF,pCF10
OG1RF,pCIE
OG1RF,pDAK1010A,highFstpAD1
OG1RF,pDAK1010E,highFstEF0409
OG1RF,pDAK1010E,lowFstEF0409
OG1RF,phageVPE25,0min
OG1RF,phageVPE25,10min
OG1RF,phageVPE25,20min
V649,LVX
V649,Untreated
V649,pGR-IS256
V649,pGR-tetM
AEA92698 (rplI)
 0.47 0.45 0.42 0.44 0.53 0.36 0.31 0.37 0.4 0.3 0.41 0.32 0.36 0.34 0.55 0.43 0.31 0.47 0.53 0.5 0.14 0.62 0.64 0.24 0.25 0.12 0.22 0.27 0.32 0.37 1.0 0.43 0.51 0.23 0.56 0.39 0.27 0.19 0.2 0.18 0.47 0.25 0.26 0.18
AEA92719 (OG1RF_10032)
 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.18 0.0 0.67 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
AEA92785 (argR)
 0.51 0.49 0.44 0.19 0.47 1.0 0.24 0.25 0.29 0.24 0.26 0.25 0.37 0.29 0.14 0.58 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.02 0.02 0.02 0.22 0.03 0.03 0.04 0.18 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.08 0.06 0.41 0.1 0.02 0.04
AEA93061 (OG1RF_10374)
 0.63 0.63 0.64 0.26 0.49 1.0 0.07 0.2 0.07 0.1 0.2 0.12 0.08 0.17 0.59 0.13 0.3 0.18 0.14 0.29 0.36 0.22 0.24 0.3 0.36 0.34 0.3 0.21 0.24 0.37 0.67 0.28 0.46 0.17 0.16 0.21 0.15 0.24 0.29 0.27 0.28 0.13 0.16 0.13
AEA93062 (OG1RF_10375)
 0.8 0.94 1.0 0.21 0.38 0.65 0.08 0.1 0.07 0.07 0.12 0.08 0.08 0.06 0.24 0.15 0.2 0.26 0.08 0.16 0.26 0.23 0.24 0.13 0.2 0.22 0.19 0.19 0.16 0.27 0.45 0.24 0.17 0.1 0.08 0.09 0.09 0.14 0.18 0.18 0.21 0.07 0.08 0.08
AEA93083 (OG1RF_10396)
 1.0 0.2 0.22 0.26 0.12 0.14 0.0 0.01 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.4 0.01 0.02 0.07 0.62 0.09 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.09 0.0 0.07 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.14
AEA93090 (OG1RF_10403)
 0.45 0.21 0.19 0.29 1.0 0.74 0.03 0.05 0.06 0.08 0.11 0.13 0.13 0.05 0.3 0.05 0.28 0.57 0.13 0.07 0.09 0.15 0.11 0.06 0.03 0.06 0.01 0.1 0.13 0.12 0.12 0.29 0.45 0.21 0.24 0.25 0.21 0.09 0.05 0.04 0.25 0.22 0.17 0.13
AEA93119 (OG1RF_10432)
 0.23 0.23 0.21 0.02 0.3 0.4 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.0 0.28 0.12 0.01 0.33 0.23 0.56 0.07 0.04 0.02 0.02 0.0 0.0 0.0 0.01 0.2 0.02 1.0 0.16 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03
AEA93120 (OG1RF_10433)
 0.2 0.16 0.19 0.01 0.23 0.33 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.0 0.0 0.22 0.13 0.02 0.55 0.18 0.61 0.05 0.03 0.01 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.15 0.01 1.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02
AEA93121 (lacD1)
 0.14 0.19 0.18 0.01 0.27 0.34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.22 0.11 0.02 0.74 0.36 0.95 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.12 0.01 1.0 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02
AEA93161 (OG1RF_10474)
 0.2 0.16 0.12 0.01 1.0 0.45 0.04 0.03 0.07 0.04 0.08 0.05 0.09 0.04 0.06 0.02 0.04 0.06 0.01 0.02 0.02 0.09 0.12 0.13 0.07 0.02 0.09 0.11 0.07 0.12 0.05 0.08 0.68 0.23 0.24 0.38 0.28 0.13 0.24 0.22 0.33 0.08 0.24 0.15
AEA93162 (OG1RF_10475)
 0.26 0.31 0.26 0.17 1.0 0.52 0.11 0.12 0.18 0.16 0.28 0.13 0.2 0.09 0.1 0.13 0.08 0.15 0.04 0.04 0.09 0.09 0.1 0.1 0.09 0.09 0.11 0.12 0.1 0.12 0.11 0.16 0.49 0.2 0.16 0.25 0.2 0.13 0.15 0.13 0.24 0.08 0.14 0.09
AEA93360 (OG1RF_10673)
 0.6 0.54 0.57 0.81 0.62 1.0 0.29 0.23 0.25 0.22 0.35 0.26 0.24 0.28 0.65 0.52 0.37 0.5 0.19 0.3 0.3 0.26 0.23 0.25 0.17 0.26 0.28 0.27 0.41 0.38 0.4 0.5 0.54 0.17 0.25 0.22 0.18 0.31 0.28 0.33 0.44 0.25 0.26 0.22
AEA93534 (OG1RF_10847)
 0.44 0.52 0.42 0.0 0.84 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.34 0.19 0.37 0.11 0.0 0.05 0.06 0.0 0.06 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.26 0.23 0.0 0.0 0.0 0.24 0.43 0.02 0.15 0.11
AEA93589 (OG1RF_10902)
 1.0 0.19 0.21 0.43 0.21 0.28 0.1 0.14 0.13 0.13 0.12 0.13 0.15 0.11 0.56 0.19 0.25 0.47 0.31 0.39 0.12 0.29 0.11 0.16 0.11 0.09 0.23 0.13 0.2 0.16 0.35 0.24 0.12 0.04 0.08 0.06 0.07 0.13 0.11 0.08 0.24 0.14 0.17 0.13
AEA93620 (OG1RF_10933)
 0.89 0.56 0.54 0.86 0.33 0.83 0.14 0.14 0.27 0.17 0.18 0.19 0.18 0.14 1.0 0.38 0.17 0.64 0.27 0.32 0.35 0.32 0.24 0.24 0.18 0.21 0.53 0.27 0.32 0.32 0.4 0.34 0.18 0.11 0.44 0.2 0.14 0.28 0.23 0.31 0.47 0.11 0.16 0.17
AEA93621 (OG1RF_10934)
 1.0 0.68 0.65 0.5 0.38 0.76 0.16 0.18 0.22 0.15 0.15 0.16 0.13 0.15 1.0 0.43 0.17 0.86 0.49 0.57 0.24 0.36 0.27 0.13 0.1 0.18 0.33 0.25 0.3 0.31 0.4 0.46 0.2 0.08 0.29 0.14 0.11 0.18 0.15 0.17 0.32 0.08 0.17 0.12
AEA93622 (ansB)
 1.0 0.42 0.35 0.05 0.24 0.4 0.1 0.09 0.04 0.07 0.12 0.08 0.06 0.04 0.11 0.1 0.05 0.52 0.26 0.3 0.14 0.25 0.08 0.05 0.05 0.02 0.28 0.09 0.1 0.18 0.21 0.1 0.02 0.03 0.07 0.04 0.04 0.05 0.09 0.14 0.11 0.02 0.07 0.09
AEA93623 (celA4)
 0.37 0.22 0.11 0.03 0.19 0.21 0.11 0.07 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.18 0.04 0.05 1.0 0.29 0.25 0.11 0.09 0.04 0.05 0.06 0.04 0.13 0.03 0.06 0.1 0.11 0.04 0.0 0.03 0.0 0.03 0.07 0.04 0.04 0.1 0.12 0.01 0.09 0.1
AEA93624 (celB2)
 0.51 0.34 0.3 0.04 0.28 0.49 0.11 0.14 0.12 0.16 0.13 0.19 0.12 0.15 0.12 0.28 0.08 1.0 0.62 0.45 0.17 0.21 0.08 0.09 0.11 0.08 0.32 0.07 0.15 0.09 0.32 0.18 0.05 0.04 0.07 0.09 0.08 0.14 0.21 0.25 0.17 0.05 0.24 0.24
AEA93625 (OG1RF_10938)
 0.37 0.11 0.12 0.06 0.06 0.23 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.15 0.04 1.0 0.64 0.3 0.29 0.49 0.08 0.01 0.01 0.0 0.02 0.05 0.05 0.02 0.21 0.14 0.0 0.04 0.06 0.06 0.02 0.02 0.06 0.02 0.17 0.03 0.24 0.25
AEA93626 (OG1RF_10939)
 0.03 0.13 0.07 0.01 0.04 0.09 0.04 0.09 0.06 0.06 0.07 0.04 0.02 0.08 0.08 0.04 0.03 1.0 0.66 0.28 0.03 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01 0.0 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.05
AEA93826 (OG1RF_11139)
 0.8 0.46 0.5 0.66 0.46 1.0 0.11 0.12 0.1 0.17 0.21 0.15 0.19 0.14 0.39 0.28 0.18 0.13 0.12 0.21 0.06 0.05 0.04 0.14 0.06 0.03 0.04 0.08 0.35 0.15 0.21 0.23 0.06 0.07 0.2 0.17 0.1 0.08 0.12 0.19 0.44 0.17 0.31 0.32
AEA93933 (gap)
 0.64 0.06 0.06 0.3 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 1.0 0.06 0.05 0.16 0.68 0.2 0.29 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.11 0.05 0.15 0.06 0.07 0.01 0.12 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.09 0.13
AEA94054 (panE)
 1.0 0.14 0.08 0.08 0.63 0.19 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.64 0.15 0.07 0.05 0.9 0.31 0.11 0.04 0.06 0.05 0.17 0.12 0.04 0.04 0.06 0.06 0.17 0.08 0.07 0.04 0.1 0.08 0.04 0.05 0.08 0.11 0.16 0.03 0.53 0.18
AEA94057 (bkdC)
 1.0 0.09 0.1 0.07 0.56 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.79 0.15 0.01 0.38 0.43 0.28 0.13 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.02 0.02 0.15 0.02 0.55 0.27
AEA94058 (bkdB)
 1.0 0.07 0.05 0.07 0.69 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.49 0.19 0.01 0.36 0.31 0.52 0.09 0.02 0.0 0.02 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.02 0.02 0.17 0.01 0.45 0.28
AEA94135 (OG1RF_11448)
 0.0 0.23 0.0 0.38 0.74 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.2 0.11 0.02 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.04 0.0 0.97 0.43 0.15 0.11 0.14 0.0 0.0 0.0 0.03 0.1 0.14 0.03
AEA94196 (OG1RF_11509)
 1.0 0.28 0.31 0.37 0.47 0.53 0.07 0.07 0.11 0.08 0.12 0.09 0.14 0.08 0.44 0.28 0.06 0.76 0.54 0.49 0.16 0.35 0.12 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.65 0.04 0.06 0.03 0.08 0.04 0.04 0.09 0.16 0.21 0.12 0.03 0.11 0.2
AEA94197 (OG1RF_11510)
 1.0 0.12 0.21 0.35 0.38 0.15 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.92 0.04 0.03 0.85 0.73 0.3 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.28 0.02 0.01 0.0 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.09 0.01 0.1 0.2
AEA94198 (OG1RF_11511)
 0.62 0.08 0.13 0.2 0.36 0.17 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 1.0 0.12 0.04 0.8 0.48 0.28 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.29 0.03 0.01 0.0 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.14 0.03 0.12 0.35
AEA94199 (OG1RF_11512)
 0.45 0.11 0.11 0.16 0.28 0.19 0.04 0.07 0.08 0.06 0.11 0.05 0.05 0.05 1.0 0.1 0.04 0.77 0.5 0.2 0.07 0.1 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.25 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.1 0.16 0.03 0.11 0.44
AEA94200 (levE)
 0.46 0.09 0.09 0.11 0.09 0.17 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 1.0 0.04 0.03 0.86 0.34 0.15 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.0 0.05 0.02 0.03 0.02 0.18 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.11 0.03 0.07 0.14
AEA94201 (bgaL2)
 1.0 0.15 0.15 0.29 0.42 0.25 0.07 0.06 0.07 0.05 0.1 0.07 0.06 0.07 0.99 0.15 0.05 0.57 0.57 0.31 0.22 0.18 0.13 0.03 0.04 0.05 0.12 0.03 0.06 0.04 0.23 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.11 0.24 0.3 0.08 0.19 0.27
AEA94202 (lacC)
 0.74 0.06 0.09 1.0 0.98 0.23 0.08 0.08 0.07 0.07 0.13 0.08 0.06 0.07 0.5 0.13 0.04 0.61 0.97 0.36 0.23 0.07 0.03 0.03 0.02 0.04 0.13 0.04 0.07 0.05 0.15 0.1 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.1 0.04 0.09 0.18
AEA94203 (lacD2)
 0.54 0.06 0.07 0.34 0.3 0.15 0.04 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.05 0.06 0.53 0.07 0.05 1.0 0.98 0.35 0.33 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.06 0.04 0.13 0.08 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.09 0.04 0.07 0.16
AEA94204 (agaS)
 0.45 0.04 0.07 0.25 0.23 0.19 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.05 0.07 0.57 0.07 0.07 1.0 0.54 0.33 0.62 0.09 0.05 0.03 0.02 0.03 0.09 0.05 0.04 0.07 0.11 0.07 0.05 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.11 0.07 0.09 0.14
AEA94461 (OG1RF_11774)
 0.74 0.39 0.38 0.2 0.49 1.0 0.06 0.05 0.07 0.03 0.06 0.04 0.03 0.03 0.0 0.0 0.06 0.19 0.49 0.68 0.04 0.27 0.01 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 0.02 0.34 0.01 0.15 0.08
AEA94462 (OG1RF_11775)
 0.53 0.29 0.29 0.25 0.53 1.0 0.07 0.08 0.08 0.04 0.08 0.08 0.05 0.05 0.0 0.0 0.06 0.08 0.1 0.31 0.08 0.4 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.09 0.5 0.03 0.14 0.11
AEA94463 (OG1RF_11776)
 0.53 0.27 0.25 0.33 0.49 1.0 0.05 0.07 0.08 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.0 0.0 0.04 0.06 0.12 0.2 0.25 0.27 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.08 0.1 0.03 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.57 0.05 0.16 0.12
AEA95002 (OG1RF_12315)
 0.89 0.4 0.25 0.55 0.64 1.0 0.07 0.0 0.0 0.05 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.08 0.18 0.12 0.0 0.05 0.04 0.07 0.09 0.03 0.04 0.04 0.03 0.07 0.11 0.04 0.08 0.03 0.13 0.05 0.07 0.02 0.14 0.12 0.43 0.08 0.22 0.09
AEA95236 (tal)
 0.77 0.49 0.51 0.44 0.43 0.28 0.31 0.34 0.43 0.34 0.32 0.32 0.31 0.35 0.33 0.29 0.23 1.0 0.89 0.59 0.04 0.28 0.33 0.13 0.08 0.05 0.11 0.07 0.06 0.06 0.2 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.14 0.12 0.13 0.32 0.09 0.18 0.15
AEA95237 (OG1RF_12550)
 0.57 0.08 0.12 0.09 0.15 0.18 0.13 0.1 0.04 0.16 0.2 0.12 0.12 0.13 0.27 0.02 0.23 1.0 0.8 0.59 0.07 0.56 0.51 0.15 0.05 0.03 0.1 0.11 0.05 0.14 0.28 0.04 0.04 0.04 0.04 0.08 0.03 0.14 0.15 0.11 0.23 0.04 0.08 0.05
AEA95238 (srlE)
 0.59 0.13 0.16 0.12 0.39 0.3 0.16 0.23 0.25 0.17 0.31 0.2 0.14 0.18 0.25 0.06 0.22 0.84 1.0 0.7 0.06 0.52 0.53 0.19 0.09 0.05 0.14 0.1 0.06 0.09 0.37 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.2 0.2 0.18 0.3 0.05 0.09 0.06
AEA95239 (OG1RF_12552)
 0.28 0.06 0.04 0.03 0.12 0.12 0.11 0.09 0.1 0.08 0.18 0.12 0.08 0.12 0.16 0.04 0.18 1.0 0.84 0.31 0.03 0.13 0.15 0.07 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.18 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.07 0.18 0.02 0.03 0.03
AEA95262 (OG1RF_12575)
 0.43 0.66 0.65 0.57 1.0 0.59 0.31 0.31 0.28 0.27 0.31 0.27 0.31 0.31 0.34 0.39 0.37 0.28 0.23 0.41 0.4 0.47 0.37 0.38 0.3 0.38 0.4 0.37 0.41 0.41 0.79 0.66 0.5 0.24 0.27 0.3 0.26 0.59 0.53 0.49 0.47 0.32 0.31 0.28

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)