Heatmap: Cluster_30 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	25RC,0.25% glucose	3RC,0.25% glucose	58RC,0.25% glucose	ATCC 29212,0% glucose	ATCC 29212,0.15% glucose	ATCC 29212,0.25% glucose	ATCC 29212,15min	ATCC 29212,ampicillin,15min	ATCC 29212,bacitracin,15min	ATCC 29212,chloramphenicol,15min	ATCC 29212,erythromycin,15min	ATCC 29212,kanamycin,15min	ATCC 29212,lincomycin,15min	ATCC 29212,ofloxacin,15min	ATCC 33186,TSB	ATCC 33186,pH10	EF16C185,37C,4h,20mlMH	EF16C185-O2,37C,4h,20mlMH	F4,37C,4h,20mlMH	F4-11,37C,4h,20mlMH	OG1RF	OG1RF,(p)ppGpp0	OG1RF,(p)ppGpp0 codY-KO	OG1RF,Untreated,0min	OG1RF,Untreated,10min	OG1RF,Untreated,20min	OG1RF,Untreated,40min	OG1RF,WT	OG1RF,cellobiose	OG1RF,clpP-KO	OG1RF,gentiobiose	OG1RF,glucose	OG1RF,pCF10	OG1RF,pCIE	OG1RF,pDAK1010A,highFstpAD1	OG1RF,pDAK1010E,highFstEF0409	OG1RF,pDAK1010E,lowFstEF0409	OG1RF,phageVPE25,0min	OG1RF,phageVPE25,10min	OG1RF,phageVPE25,20min	V649,LVX	V649,Untreated	V649,pGR-IS256	V649,pGR-tetM
AEA92703 (OG1RF_10016)	0.35	0.42	0.39	0.85	1.0	0.63	0.38	0.39	0.35	0.29	0.37	0.36	0.31	0.4	0.14	0.45	0.29	0.15	0.11	0.17	0.4	0.44	0.44	0.43	0.79	0.85	0.53	0.27	0.49	0.28	0.3	0.59	0.47	0.5	0.33	0.42	0.43	0.7	0.76	0.73	0.36	0.27	0.22	0.18
AEA92724 (proB)	0.31	0.52	0.51	0.01	1.0	0.65	0.29	0.23	0.51	0.21	0.34	0.26	0.25	0.27	0.1	0.35	0.1	0.01	0.04	0.04	0.05	0.23	0.33	0.31	0.66	0.34	0.4	0.11	0.15	0.22	0.08	0.18	0.33	0.21	0.24	0.28	0.29	0.48	0.75	0.84	0.17	0.09	0.16	0.12
AEA92768 (hupB)	0.06	0.01	0.02	0.39	0.68	0.59	0.03	0.01	0.01	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.13	0.05	0.0	0.0	0.01	0.0	0.04	0.89	1.0	0.02	0.01	0.01	0.0	0.11	0.0	0.01	0.0	0.0	0.1	0.1	0.03	0.05	0.04	0.02	0.03	0.03	0.33	0.35	0.38	0.34
AEA92784 (OG1RF_10097)	0.36	0.4	0.4	0.84	0.93	1.0	0.16	0.15	0.19	0.15	0.22	0.17	0.22	0.17	0.5	0.4	0.11	0.06	0.12	0.1	0.06	0.15	0.13	0.09	0.08	0.07	0.08	0.1	0.16	0.14	0.12	0.12	0.31	0.08	0.12	0.09	0.07	0.23	0.24	0.24	0.92	0.27	0.15	0.15
AEA92968 (OG1RF_10281)	0.39	0.44	0.39	0.01	0.62	0.79	0.36	0.35	0.16	0.37	0.43	0.33	0.33	0.35	0.26	1.0	0.07	0.23	0.08	0.34	0.45	0.25	0.27	0.12	0.38	0.7	0.81	0.08	0.14	0.05	0.22	0.36	0.62	0.14	0.05	0.07	0.11	0.16	0.25	0.24	0.41	0.09	0.2	0.07
AEA93013 (dtpT)	0.23	0.18	0.17	0.03	1.0	0.67	0.41	0.4	0.46	0.36	0.37	0.39	0.33	0.39	0.16	0.1	0.26	0.09	0.03	0.1	0.05	0.01	0.01	0.08	0.21	0.25	0.23	0.09	0.2	0.11	0.1	0.33	0.17	0.19	0.06	0.09	0.13	0.2	0.19	0.17	0.09	0.15	0.15	0.07
AEA93034 (OG1RF_10347)	0.35	0.97	1.0	0.1	0.79	0.7	0.38	0.37	0.42	0.36	0.39	0.38	0.36	0.41	0.3	0.33	0.29	0.09	0.08	0.1	0.16	0.22	0.22	0.57	0.69	0.53	0.49	0.24	0.58	0.38	0.23	0.41	0.4	0.48	0.52	0.68	0.54	0.56	0.83	0.92	0.72	0.27	0.28	0.23
AEA93087 (OG1RF_10400)	0.26	0.45	0.47	0.16	0.99	0.77	0.33	0.32	0.53	0.31	0.37	0.33	0.26	0.34	0.21	0.45	0.23	0.15	0.06	0.16	0.17	0.34	0.29	0.39	0.59	0.51	0.51	0.23	0.35	0.27	0.23	0.54	0.51	0.39	0.29	0.33	0.34	0.79	1.0	0.82	0.4	0.21	0.37	0.29
AEA93216 (OG1RF_10529)	0.22	0.31	0.26	0.0	1.0	0.6	0.1	0.11	0.21	0.12	0.16	0.11	0.15	0.12	0.09	0.28	0.08	0.02	0.03	0.04	0.07	0.54	0.91	0.19	0.3	0.26	0.25	0.16	0.29	0.13	0.14	0.35	0.18	0.16	0.26	0.25	0.18	0.4	0.43	0.42	0.12	0.13	0.14	0.07
AEA93220 (lyzl6)	0.27	0.28	0.29	0.16	0.36	0.47	0.18	0.15	0.13	0.25	0.2	0.15	0.22	0.17	0.22	1.0	0.11	0.1	0.06	0.13	0.18	0.33	0.34	0.27	0.42	0.28	0.63	0.2	0.25	0.28	0.29	0.36	0.56	0.15	0.11	0.1	0.13	0.24	0.43	0.37	0.41	0.12	0.23	0.11
AEA93329 (rpmI)	0.64	0.82	0.81	0.02	0.84	1.0	0.09	0.09	0.07	0.1	0.14	0.09	0.21	0.07	0.12	0.18	0.23	0.11	0.03	0.11	0.21	0.06	0.09	0.52	0.41	0.43	0.55	0.29	0.07	0.32	0.08	0.07	0.09	0.24	0.31	0.18	0.21	0.74	0.83	0.79	0.21	0.32	0.26	0.12
AEA93358 (OG1RF_10671)	0.21	0.48	0.42	0.02	0.68	1.0	0.16	0.13	0.11	0.16	0.19	0.15	0.28	0.15	0.1	0.34	0.1	0.08	0.04	0.08	0.14	0.18	0.24	0.1	0.3	0.44	0.31	0.07	0.1	0.05	0.07	0.11	0.23	0.2	0.06	0.1	0.14	0.1	0.18	0.17	0.45	0.11	0.28	0.06
AEA93375 (OG1RF_10688)	0.87	0.41	0.45	0.13	0.66	1.0	0.13	0.19	0.18	0.13	0.21	0.18	0.2	0.2	0.39	0.23	0.23	0.24	0.16	0.21	0.2	0.31	0.35	0.5	0.73	0.35	0.46	0.31	0.19	0.42	0.21	0.23	0.28	0.17	0.18	0.15	0.21	0.38	0.68	0.65	0.31	0.18	0.22	0.22
AEA93559 (OG1RF_10872)	0.43	0.65	0.57	0.07	0.37	0.52	0.48	0.54	0.57	0.37	0.5	0.41	0.37	0.43	0.08	0.24	0.25	0.28	0.04	0.31	0.3	0.42	0.32	0.38	0.37	0.47	0.68	0.31	0.51	0.3	0.48	0.57	1.0	0.34	0.2	0.24	0.3	0.82	0.73	0.61	0.24	0.22	0.29	0.16
AEA93560 (OG1RF_10873)	0.55	0.8	1.0	0.01	0.19	0.36	0.54	0.41	0.36	0.33	0.37	0.33	0.36	0.42	0.08	0.11	0.2	0.22	0.02	0.26	0.29	0.23	0.18	0.34	0.29	0.43	0.57	0.23	0.57	0.28	0.4	0.48	0.74	0.31	0.19	0.21	0.32	0.61	0.47	0.5	0.22	0.22	0.24	0.13
AEA93633 (murA)	0.46	0.38	0.36	0.22	0.4	0.64	0.57	0.56	0.5	0.55	1.0	0.54	0.47	0.54	0.21	0.29	0.14	0.03	0.04	0.08	0.17	0.45	0.5	0.33	0.43	0.32	0.64	0.2	0.31	0.1	0.23	0.4	0.28	0.36	0.23	0.25	0.32	0.29	0.4	0.4	0.17	0.18	0.21	0.14
AEA93698 (OG1RF_11011)	0.71	0.7	0.7	0.34	1.0	0.94	0.56	0.54	0.49	0.44	0.57	0.46	0.42	0.47	0.72	0.92	0.19	0.36	0.3	0.37	0.26	0.56	0.46	0.36	0.46	0.29	0.75	0.29	0.37	0.26	0.66	0.5	0.59	0.47	0.37	0.3	0.32	0.4	0.54	0.53	0.69	0.28	0.49	0.3
AEA93715 (OG1RF_11028)	0.45	0.86	0.83	0.07	0.71	1.0	0.42	0.41	0.41	0.45	0.56	0.41	0.48	0.43	0.65	0.78	0.41	0.15	0.07	0.15	0.12	0.3	0.27	0.31	0.37	0.33	0.57	0.41	0.51	0.61	0.32	0.73	0.45	0.55	0.43	0.47	0.57	0.46	0.51	0.41	0.43	0.26	0.28	0.22
AEA93776 (OG1RF_11089)	0.31	0.86	0.87	0.38	0.76	0.86	0.21	0.23	0.31	0.23	0.33	0.33	0.3	0.25	0.15	0.39	0.32	0.18	0.05	0.12	0.18	0.15	0.2	0.34	0.75	0.75	0.53	0.26	0.39	0.39	0.22	0.45	0.27	0.36	0.35	0.26	0.3	0.61	0.89	1.0	0.21	0.17	0.18	0.09
AEA93845 (OG1RF_11158)	0.3	0.33	0.33	0.1	1.0	0.71	0.16	0.13	0.13	0.14	0.26	0.15	0.24	0.16	0.23	0.17	0.16	0.08	0.07	0.1	0.13	0.06	0.07	0.14	0.38	0.27	0.21	0.17	0.17	0.21	0.11	0.22	0.29	0.36	0.33	0.34	0.33	0.41	0.52	0.49	0.19	0.15	0.23	0.13
AEA93858 (OG1RF_11171)	0.45	0.26	0.28	0.15	0.77	1.0	0.27	0.33	0.23	0.51	0.66	0.33	0.63	0.44	0.42	0.42	0.07	0.01	0.03	0.05	0.09	0.41	0.4	0.23	0.46	0.34	0.6	0.28	0.27	0.22	0.35	0.27	0.37	0.68	0.36	0.6	0.56	0.45	0.61	0.52	0.28	0.29	0.3	0.18
AEA93859 (OG1RF_11172)	0.36	0.46	0.43	0.06	0.5	1.0	0.45	0.4	0.28	0.46	0.65	0.44	0.58	0.4	0.23	0.27	0.04	0.02	0.03	0.03	0.09	0.46	0.65	0.15	0.27	0.23	0.38	0.22	0.28	0.04	0.19	0.42	0.19	0.42	0.21	0.25	0.29	0.31	0.41	0.35	0.13	0.14	0.13	0.08
AEA93917 (sacT)	0.32	0.12	0.1	0.03	0.63	1.0	0.59	0.6	0.27	0.51	0.79	0.57	0.79	0.58	0.02	0.08	0.02	0.01	0.04	0.02	0.42	0.73	0.78	0.12	0.11	0.07	0.53	0.07	0.22	0.07	0.26	0.25	0.04	0.22	0.11	0.14	0.19	0.12	0.21	0.16	0.02	0.06	0.07	0.03
AEA93932 (fur)	0.48	0.95	1.0	0.04	0.64	0.91	0.26	0.25	0.35	0.3	0.41	0.26	0.3	0.28	0.15	0.24	0.12	0.07	0.07	0.1	0.17	0.15	0.18	0.3	0.42	0.25	0.26	0.17	0.41	0.38	0.15	0.34	0.73	0.67	0.4	0.36	0.4	0.63	0.94	0.85	0.26	0.27	0.46	0.43
AEA93942 (OG1RF_11255)	1.0	0.52	0.52	0.05	0.78	0.96	0.44	0.4	0.53	0.41	0.92	0.47	0.48	0.5	0.35	0.45	0.27	0.21	0.08	0.21	0.11	0.25	0.27	0.46	0.63	0.7	0.69	0.4	0.39	0.64	0.22	0.49	0.56	0.38	0.4	0.51	0.41	0.55	0.64	0.57	0.19	0.18	0.23	0.18
AEA93989 (amiD3)	0.49	0.84	0.79	0.2	0.43	0.67	0.56	0.49	0.44	0.65	0.56	0.55	0.68	0.57	0.26	1.0	0.08	0.02	0.04	0.02	0.13	0.17	0.21	0.25	0.32	0.29	0.24	0.11	0.44	0.13	0.1	0.21	0.23	0.3	0.18	0.2	0.26	0.2	0.34	0.32	0.26	0.16	0.27	0.19
AEA94042 (plsY)	0.44	0.78	0.93	0.06	0.89	0.82	0.61	0.56	0.3	0.65	1.0	0.57	0.84	0.63	0.22	0.84	0.16	0.02	0.04	0.03	0.1	0.22	0.25	0.23	0.52	0.56	0.72	0.22	0.67	0.26	0.17	0.58	0.26	0.42	0.22	0.29	0.35	0.35	0.5	0.47	0.17	0.13	0.23	0.11
AEA94063 (OG1RF_11376)	0.67	1.0	0.94	0.14	0.61	0.6	0.26	0.27	0.21	0.31	0.4	0.28	0.3	0.24	0.07	0.21	0.52	0.19	0.07	0.08	0.57	0.08	0.08	0.41	0.88	0.53	0.31	0.23	0.6	0.48	0.18	0.4	0.26	0.32	0.28	0.33	0.3	0.55	0.87	0.93	0.43	0.26	0.43	0.3
AEA94340 (OG1RF_11653)	0.44	0.82	0.79	0.16	0.57	1.0	0.3	0.26	0.23	0.38	0.65	0.33	0.67	0.27	0.14	0.24	0.08	0.01	0.07	0.05	0.1	0.31	0.39	0.17	0.43	0.22	0.17	0.13	0.36	0.09	0.07	0.3	0.17	0.42	0.26	0.32	0.36	0.3	0.62	0.75	0.21	0.1	0.24	0.26
AEA94428 (OG1RF_11741)	0.57	0.85	0.95	0.08	0.3	0.81	0.9	0.95	0.71	0.82	0.75	0.77	0.68	0.93	0.39	0.56	0.24	0.05	0.05	0.03	0.09	0.2	0.3	0.57	0.69	0.46	0.81	0.39	0.34	0.35	0.25	0.31	0.5	1.0	0.42	0.62	0.67	0.64	1.0	0.82	0.28	0.26	0.29	0.24
AEA94443 (OG1RF_11756)	0.55	0.8	0.7	0.01	0.45	1.0	0.31	0.3	0.29	0.36	0.7	0.27	0.58	0.32	0.1	0.2	0.09	0.02	0.08	0.09	0.19	0.72	0.87	0.36	0.46	0.4	0.37	0.19	0.18	0.12	0.1	0.23	0.14	0.45	0.32	0.32	0.38	0.48	0.68	0.66	0.19	0.17	0.27	0.16
AEA94882 (OG1RF_12195)	0.24	0.52	0.56	0.14	0.98	1.0	0.44	0.38	0.51	0.3	0.39	0.42	0.37	0.44	0.23	0.24	0.21	0.08	0.09	0.06	0.05	0.95	1.0	0.2	0.22	0.32	0.13	0.39	0.22	0.12	0.04	0.12	0.32	0.46	0.32	0.45	0.47	0.2	0.26	0.26	0.31	0.3	0.22	0.16
AEA94901 (greA)	0.41	0.64	0.65	0.14	0.54	0.61	0.5	0.48	1.0	0.52	0.44	0.52	0.37	0.51	0.16	0.25	0.23	0.21	0.09	0.18	0.15	0.61	0.53	0.46	0.4	0.42	0.52	0.26	0.41	0.28	0.22	0.39	0.32	0.29	0.3	0.38	0.4	0.46	0.44	0.43	0.32	0.25	0.23	0.22
AEA94909 (OG1RF_12222)	0.54	0.58	0.27	0.04	0.79	0.69	0.43	0.34	0.44	0.3	0.52	0.24	0.34	0.46	0.13	0.11	0.49	0.16	0.2	0.16	0.22	0.11	0.12	0.69	0.65	0.55	0.47	0.14	0.19	0.29	0.12	0.08	0.33	0.36	0.32	0.36	0.43	0.71	1.0	0.88	0.42	0.24	0.3	0.24
AEA94921 (thiI)	0.67	0.74	0.71	0.06	0.91	1.0	0.7	0.75	0.59	0.76	0.94	0.64	0.96	0.64	0.26	0.72	0.38	0.12	0.09	0.23	0.15	0.51	0.52	0.4	0.79	0.77	0.94	0.4	0.55	0.34	0.33	0.84	0.58	0.61	0.38	0.55	0.56	0.58	0.67	0.66	0.45	0.32	0.4	0.27
AEA95025 (OG1RF_12338)	0.21	0.16	0.13	0.03	1.0	0.97	0.26	0.23	0.23	0.19	0.26	0.17	0.29	0.23	0.04	0.15	0.11	0.01	0.02	0.01	0.13	0.57	0.55	0.33	0.32	0.3	0.31	0.22	0.16	0.06	0.11	0.19	0.3	0.24	0.14	0.13	0.17	0.32	0.44	0.47	0.09	0.11	0.07	0.03
AEA95026 (OG1RF_12339)	0.18	0.34	0.34	0.02	1.0	0.92	0.27	0.25	0.21	0.19	0.19	0.25	0.2	0.3	0.11	0.37	0.24	0.02	0.01	0.02	0.05	0.19	0.16	0.15	0.34	0.75	0.31	0.16	0.18	0.08	0.08	0.26	0.39	0.28	0.13	0.21	0.22	0.23	0.21	0.21	0.31	0.2	0.18	0.14
AEA95048 (OG1RF_12361)	0.42	1.0	0.93	0.01	0.85	0.77	0.78	0.72	0.83	0.66	0.87	0.6	0.49	0.67	0.11	0.37	0.24	0.14	0.12	0.35	0.08	0.28	0.26	0.51	0.51	0.4	0.59	0.28	0.54	0.28	0.43	0.59	0.81	0.42	0.31	0.32	0.45	0.46	0.61	0.51	0.19	0.33	0.32	0.25
AEA95058 (acpP2)	0.16	0.25	0.25	0.28	0.6	0.43	0.28	0.24	0.35	0.28	0.24	0.31	0.27	0.29	0.17	0.13	0.18	0.11	0.07	0.08	0.13	0.75	1.0	0.09	0.1	0.14	0.14	0.19	0.19	0.08	0.12	0.24	0.31	0.49	0.52	0.42	0.56	0.12	0.12	0.13	0.12	0.09	0.11	0.08
AEA95079 (OG1RF_12392)	0.5	0.49	0.51	0.46	1.0	0.72	0.36	0.34	0.32	0.4	0.42	0.36	0.32	0.34	0.32	0.72	0.29	0.2	0.38	0.31	0.17	0.42	0.32	0.43	0.45	0.47	0.4	0.29	0.41	0.33	0.3	0.57	0.4	0.3	0.29	0.26	0.28	0.44	0.41	0.37	0.62	0.32	0.3	0.24
AEA95114 (OG1RF_12427)	0.02	0.01	0.0	0.4	1.0	0.48	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.04	0.02	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.32	0.09	0.1	0.07

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)