Heatmap: Cluster_7 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
BHI
Basal Medium
CD196,BHI
CD196,Basal Medium
CD196,Log,BHI
ClnR mutant
LB-CD16
Log,BHI
LuxS KO
ND-CD12
ND-CD13
ND-CD17
R20291
R20291,BHI
R20291,Basal Medium
R20291,Heme+
R20291,Log
R20291,Log,BHI
Strain 630
Strain 630,BHI
Strain 630,Basal Medium
Strain 630,Faecal water+
Strain 630,HPUra+
Strain 630,Lag
Strain 630,Log
Strain 630,Log,BHI
Strain 630,Sporulating
TW11
UK1
CCL17061 (BN171_1170003)
-0.37 -2.32 -0.81 -2.07 -0.8 0.61 -4.17 -0.78 -0.48 -4.73 -3.07 -3.17 0.15 -1.07 -2.08 -3.17 -1.08 -0.76 -0.7 0.46 -2.21 -5.1 0.04 2.32 1.43 -1.1 3.15 -2.38 -
CCL17067 (BN171_1190001)
-1.94 -2.37 -0.08 0.47 -1.05 -3.87 1.98 -4.26 -4.26 2.45 1.71 0.94 2.29 -2.05 -2.0 -1.5 -4.88 -3.09 -3.09 -2.88 -1.77 -1.02 -3.32 -6.25 -4.84 -3.46 1.59 -1.85 -0.92
CCL17238 (BN171_1400010)
-6.48 -7.55 -4.56 -5.07 -5.42 -3.07 -0.34 -7.74 -6.66 -1.06 0.06 -0.73 3.03 -6.21 -4.98 -5.85 -8.47 -7.4 -5.02 - -4.85 - -6.42 -5.72 -5.99 - 4.03 -3.55 0.03
CCL17240 (BN171_1410002)
-6.05 -5.51 -6.1 -5.21 -6.0 -4.15 1.54 -6.78 -8.11 -0.79 -1.44 -1.97 0.82 -6.33 -5.79 -6.3 -6.89 -6.27 -4.69 -6.29 -3.14 1.09 -8.02 -7.97 -7.85 -6.96 4.34 -3.85 -2.08
CCL17241 (BN171_1410003)
-2.4 -2.75 -1.77 -1.87 -2.26 -2.42 3.04 -2.34 -2.11 0.19 -0.08 -0.15 2.17 -2.51 -2.35 -1.0 -2.08 -2.67 -1.63 -2.37 -2.58 0.83 -1.14 -3.21 -3.33 -3.31 2.51 0.0 -1.49
CCL17242 (BN171_1410004)
-5.27 -4.89 -4.85 -3.97 -5.32 -5.02 1.13 -6.12 -5.3 1.57 0.84 0.45 2.19 -5.65 -4.53 -5.83 -6.49 -5.51 -3.71 -5.82 -3.91 -1.83 -4.84 -6.01 -5.95 -6.92 3.87 -5.25 -0.67
CCL17283 (BN171_1430010)
-3.14 -4.8 -2.57 -3.03 -3.38 -0.16 1.44 -4.25 -4.0 1.06 0.84 0.73 2.11 -1.8 -4.4 0.68 -2.05 -4.15 -0.96 -2.52 -2.93 -0.85 -0.22 0.54 0.06 -3.75 2.66 -0.38 -0.38
CCL17382 (sigK)
-1.75 -2.28 -1.89 -2.33 -3.07 -1.64 0.86 -2.88 -0.92 0.19 0.46 -0.1 1.06 -2.0 -2.42 -1.13 -1.97 -2.62 -1.51 -1.89 -1.28 -0.62 -1.01 -0.59 -0.74 -3.48 3.78 -2.36 -0.35
CCL17394 (sigE)
-4.98 -5.93 -4.01 -3.95 -5.29 -3.42 1.81 -6.38 -7.43 1.79 1.35 0.85 1.11 -6.35 -5.39 -5.28 -5.92 -4.83 -3.91 -7.63 -3.65 -3.06 -4.92 -4.35 -7.58 -7.95 3.72 -4.15 0.55
CCL17618 (BN171_1640008)
-4.62 -4.74 -4.26 -3.16 -4.41 -4.95 0.83 -5.76 -6.41 1.24 1.08 0.6 1.4 -4.11 -3.69 -3.65 -5.0 -4.18 -3.6 -4.75 -2.73 -0.99 -5.39 -5.25 -4.39 -5.52 4.01 -3.58 -0.31
CCL17665 (BN171_1660006)
-4.32 -3.96 -5.36 -3.88 -3.64 -4.56 - -4.0 - - - - -2.68 -5.44 -3.21 - -5.87 -6.21 -9.66 -4.6 -2.62 - - 3.64 -4.56 -4.84 3.96 -6.41 -
CCL17718 (feoB)
-2.13 -1.95 -2.09 -1.03 -2.18 -3.08 -0.03 -3.12 -0.18 1.05 0.5 0.27 1.59 -2.77 -1.83 -1.65 -1.22 -2.25 -0.07 -2.21 -1.81 0.13 1.11 0.41 -1.0 -3.17 3.02 0.0 -0.6
CCL17719 (feoA)
-2.31 -1.32 -2.65 -0.54 -1.75 -2.5 -1.79 -3.23 1.08 -0.73 -2.01 -2.01 1.99 -2.21 -0.58 -1.59 -1.92 -1.75 -0.68 -0.49 -0.94 1.1 0.13 0.37 -0.84 -1.64 3.22 -0.55 -1.14
CCL17783 (BN171_1800006)
-4.72 -3.63 -3.9 -3.43 -3.84 -3.98 1.56 -3.79 -8.25 0.18 -0.4 0.07 3.32 -7.1 -5.47 -4.9 -5.91 -5.22 -5.35 -5.55 -4.61 -3.41 -7.35 -6.2 -5.67 -4.27 3.58 -4.55 -1.78
CCL17818 (BN171_1810025)
-3.33 -4.4 -3.82 -3.67 -4.07 -4.63 2.04 -4.99 -3.25 1.42 0.63 0.94 3.18 -4.38 -4.61 -3.34 -4.03 -4.19 -3.56 -3.47 -4.27 -3.94 -3.68 -3.05 -2.76 -5.03 2.92 -5.31 -0.67
CCL17956 (BN171_1970025)
-1.49 -0.76 -1.28 0.01 -1.46 -3.92 1.7 -3.07 -0.95 1.02 0.27 0.27 0.12 -1.66 -1.0 0.06 -1.69 -1.92 -2.14 -3.62 -2.48 1.07 -3.32 -3.38 -4.08 -4.44 3.29 -0.74 0.14
CCL17957 (grdF)
-1.27 -0.28 -0.88 0.51 -0.67 -3.16 1.93 -2.26 -0.84 1.45 0.67 0.66 -0.02 -1.08 -0.31 0.05 -1.3 -1.4 -2.0 -3.33 -2.36 1.13 -2.77 -3.04 -3.58 -4.0 2.57 -0.92 -0.18
CCL17958 (BN171_1970027)
-0.47 0.9 -0.04 1.5 -0.34 -3.49 - -1.17 0.41 0.41 -1.5 -1.56 -0.51 -0.08 0.34 -0.03 -0.68 -0.54 -1.83 -1.97 -0.99 1.69 -2.84 -2.3 -3.1 -3.02 2.79 -0.32 -2.38
CCL17993 (BN171_200014)
-0.76 -2.09 -0.33 0.21 -0.5 -1.27 1.59 -2.03 -1.41 1.05 0.75 0.7 1.44 -1.13 -2.19 0.47 -1.54 -1.27 0.59 -0.61 -1.52 0.48 0.03 -0.65 0.05 -1.52 1.13 -1.01 -0.11
CCL17994 (BN171_200015)
-3.79 -5.32 -3.19 -2.74 -3.92 -1.29 1.91 -5.77 -2.27 1.64 1.21 1.31 2.02 -3.96 -5.82 0.68 -1.47 -4.27 0.95 -3.23 -3.71 -0.3 0.56 -0.97 -0.51 -4.4 0.73 0.6 0.35
CCL18140 (ytlA)
-6.05 -6.0 -5.6 -4.32 -6.18 -2.76 -0.02 -7.19 -0.81 0.91 0.38 -0.31 1.15 -5.48 -4.8 -4.83 -3.68 -5.11 0.42 -2.59 -3.22 0.55 0.9 0.26 -1.57 -3.63 3.77 -3.37 -1.11
CCL18146 (BN171_2130003)
-3.45 -2.86 -2.28 -1.55 -2.52 -1.13 1.06 -4.33 1.04 1.07 1.06 1.1 1.25 -3.98 -2.96 -1.36 0.47 -3.92 0.95 -1.62 -0.26 -2.93 1.64 0.63 -1.05 -3.56 0.65 -1.28 1.14
CCL18147 (BN171_2130004)
-1.42 0.27 -1.27 -0.11 -1.33 -1.57 1.15 -1.39 0.62 1.11 1.14 1.08 0.79 -3.37 -0.88 -1.67 -0.14 -1.88 0.56 -1.1 0.35 -1.25 1.08 0.42 -1.72 -2.04 0.46 -2.07 0.71
CCL18153 (BN171_2130010)
-4.38 -4.41 -3.42 -2.91 -3.54 -4.96 1.63 -5.22 -3.07 2.38 1.87 1.81 2.09 -3.39 -3.91 -2.51 -3.42 -3.78 -2.88 -4.45 -3.89 -1.79 -2.9 -4.57 -3.98 -5.63 2.5 -1.59 0.45
CCL18179 (tauB)
-4.03 -5.71 -4.04 -3.15 -4.35 -5.27 2.03 -6.44 -5.07 2.7 1.93 1.78 1.7 -4.41 -5.26 -2.88 -4.1 -4.07 -3.74 -4.92 -4.39 -2.92 -4.56 -4.42 -4.52 -5.81 2.28 -2.23 0.79
CCL18286 (BN171_220038)
-3.31 -1.25 -4.05 -2.14 -5.07 -4.8 -1.78 -3.79 2.69 -1.7 -1.98 -1.73 0.44 -3.59 -0.8 -3.05 1.1 -3.07 0.86 -2.96 -1.14 -2.21 -1.97 0.01 -2.99 -4.25 3.37 0.52 -2.28
CCL18301 (BN171_2210001)
- - - 3.1 2.71 - - - - - - - 2.97 - - - 2.35 - - - - - - - - - - -0.04 -
CCL18394 (BN171_2280010)
-3.41 -4.39 -1.81 -1.09 -2.97 -2.78 1.83 -4.87 -3.58 2.6 2.05 1.42 2.36 -3.35 -3.78 -0.8 -2.84 -3.74 -2.37 -3.63 -2.38 -3.18 -1.97 -3.89 -2.37 -4.72 1.16 -0.76 0.33
CCL18527 (BN171_2410009)
-1.16 -1.77 -0.45 1.24 0.32 -2.55 1.46 -1.98 -3.1 0.5 -0.28 -0.34 1.79 -0.6 -1.16 -1.36 -2.37 -1.13 -1.66 -1.31 -0.81 -0.08 -1.05 -2.07 -1.6 -1.65 2.8 -0.26 -0.8
CCL18528 (BN171_2410010)
-1.05 -2.14 0.17 1.69 0.67 -1.73 1.34 -2.84 -3.27 0.55 -0.12 0.03 2.32 -0.21 -1.35 -0.26 -1.51 -0.65 -1.79 -0.95 -0.09 0.03 -1.77 -2.34 -0.64 -1.06 0.95 0.02 -1.09
CCL18529 (BN171_2410011)
-4.2 -4.56 -1.38 -0.23 -1.36 -2.11 1.41 -5.4 -4.38 1.09 0.48 0.37 3.49 -2.09 - 0.09 -1.88 -4.06 -1.49 -4.01 -1.43 -2.73 -1.21 -2.34 -0.37 -4.26 0.72 0.65 0.07
CCL18530 (BN171_2410012)
-3.66 -5.25 -2.67 -1.39 -2.94 -3.38 0.91 -4.95 -4.29 1.53 1.23 0.95 3.59 -2.93 -4.65 -1.52 -2.83 -3.49 -2.35 -3.35 -3.19 -4.43 -2.65 -3.17 -0.72 -3.79 1.44 -0.74 0.58
CCL18573 (BN171_2440014)
-1.52 -2.36 -0.66 -0.22 -0.94 -3.32 1.79 -2.18 -2.14 1.69 1.3 1.44 2.64 -1.72 -2.21 -1.57 -3.14 -2.32 -3.24 -2.58 -2.87 -2.34 -2.36 -2.96 -3.19 -3.44 2.14 -2.38 -0.14
CCL18752 (BN171_2600011)
-4.64 -6.73 -3.37 -3.31 -3.9 -2.27 1.51 -4.85 1.38 1.88 1.6 1.26 2.02 -3.49 -5.35 -0.63 -0.39 -4.35 -0.13 -3.97 -3.37 -2.29 0.64 -0.24 0.24 -4.7 0.21 -0.13 0.38
CCL18809 (BN171_2650006)
-6.84 -8.45 -4.73 -5.6 -5.3 -4.43 -2.17 -7.64 - -0.06 -0.6 -0.75 0.63 -5.63 - -5.57 -8.55 -6.69 -5.18 -6.22 -3.42 -2.39 -9.81 -7.17 -7.48 -8.49 4.58 -2.86 -1.23
CCL18810 (cotJB)
-6.9 -7.85 -5.78 -6.84 -6.76 -6.48 -0.78 -7.36 -8.7 1.14 0.71 0.58 0.58 -6.86 -5.44 -5.63 -6.86 -6.49 -4.21 -6.74 -4.91 -1.04 -8.58 -7.06 -6.59 -7.96 4.29 -2.55 0.24
CCL18811 (cotJC)
-5.51 -6.2 -5.75 -5.46 -6.23 -5.42 -0.9 -6.44 -7.26 0.34 -0.09 -0.42 0.93 -6.43 -5.47 -4.78 -6.15 -5.62 -3.23 -6.38 -4.5 -0.86 -4.98 -5.88 -5.6 -7.85 4.44 -1.97 -0.85
CCL18819 (BN171_2670001)
-3.98 -1.83 -2.0 -0.41 -1.77 -2.75 1.26 -5.36 -4.48 -0.22 0.98 -0.05 2.69 -4.26 -1.49 -2.96 -3.36 -5.34 -1.38 -4.36 0.99 -0.2 -2.56 -3.63 -3.77 -4.88 3.09 -0.81 0.14
CCL18956 (BN171_2770007)
-1.35 -0.0 -1.57 1.15 -1.97 - - -2.71 3.99 - - - 1.81 -3.1 0.97 - 0.44 -2.28 -1.04 -4.72 -1.19 - -2.96 -4.76 -4.89 - -1.33 -4.19 -
CCL19308 (BN171_3020020)
-2.73 -3.61 -1.87 -1.78 -3.68 -0.18 1.36 -5.86 1.99 0.83 0.58 0.84 1.69 -2.27 -2.5 -0.26 -1.71 -3.06 -0.97 -1.6 -0.32 -2.6 -0.12 0.87 0.02 -2.98 1.51 0.33 -0.03
CCL19313 (BN171_3020025)
-2.3 -1.86 -2.29 -0.7 -2.15 -4.03 1.87 -2.85 1.36 1.36 -1.3 -0.01 -0.88 -2.8 -2.43 -1.23 -0.34 -2.26 -0.73 -4.02 -1.59 1.34 -1.73 -0.61 -2.16 -3.19 3.3 - -3.36
CCL19314 (BN171_3020026)
-3.5 -2.82 -3.75 -1.93 -2.9 -3.5 2.62 -3.54 1.05 2.3 -0.37 0.21 -1.16 -3.94 -3.8 -1.31 -1.03 -3.01 -1.03 -4.41 -2.83 0.68 -1.93 -0.71 -2.45 -4.06 3.0 - -4.33
CCL19401 (spoVFB)
-1.12 -2.35 -0.28 1.05 -0.14 -2.8 -0.11 -1.81 -0.69 0.48 0.31 -0.28 0.58 -1.4 -2.2 -0.8 -1.91 -1.45 -1.17 -1.49 -1.36 -0.75 -0.32 -1.0 -0.75 -2.23 3.39 -0.81 -0.22
CCL19402 (dpaA)
-4.13 -3.34 -1.47 0.49 -0.77 -2.96 -0.14 -3.88 -4.2 0.73 0.47 0.08 1.03 -3.91 -2.86 -1.8 -3.17 -2.86 -2.76 -3.08 -1.44 -0.37 -2.77 -3.58 -2.52 -3.11 3.96 -2.18 -0.42
CCL19440 (BN171_3150003)
-0.69 -0.77 -1.07 -0.32 -0.91 -1.51 1.15 -0.83 -0.08 0.72 0.05 0.32 0.96 -1.64 -1.14 0.35 -1.17 -0.77 -0.25 -1.16 -0.92 -0.1 0.29 -0.07 -0.84 -1.67 2.28 0.35 0.02
CCL19467 (BN171_3170001)
-4.06 -4.71 -4.18 -3.35 -4.19 -4.33 1.76 -5.89 -4.82 1.64 0.97 1.1 2.37 -4.67 -4.59 -2.95 -3.83 -4.68 -1.29 -3.99 -3.5 -1.71 -1.44 -3.62 -3.48 -4.33 3.35 - -0.33
CCL19483 (BN171_3180007)
-1.45 0.09 -0.91 1.6 -0.3 -3.2 1.99 -2.18 -0.96 1.74 0.36 1.37 1.09 -2.13 0.33 -0.15 -1.25 -1.13 0.49 -2.98 -1.62 -0.92 -0.91 -1.75 -1.38 -4.1 0.13 -0.83 -1.1
CCL19484 (BN171_3180008)
-1.49 0.09 -0.48 1.59 0.09 -2.12 1.7 -1.88 -0.21 1.77 0.63 1.85 0.48 -1.26 0.48 -1.91 -0.62 -1.1 0.13 -2.23 -1.9 - -0.98 -2.59 -2.24 -2.64 -0.32 0.23 -1.17
CCL19814 (BN171_3510002)
-3.7 -5.17 -4.24 -3.1 -3.89 -4.2 2.21 -5.41 -6.74 1.46 1.18 0.33 0.93 -4.05 -4.23 -1.24 -5.49 -3.86 1.24 -4.42 -2.7 0.34 -1.36 -5.31 -4.52 -4.67 3.17 -0.78 0.29
CCL19991 (BN171_3610034)
-4.54 -4.96 -3.7 -2.47 -2.51 -4.26 3.36 -4.87 - 0.07 -2.05 -1.05 1.56 -4.06 -4.41 -0.43 -2.71 -4.2 -1.19 -4.17 -4.11 2.19 -2.31 -4.56 -4.38 -4.94 2.58 -0.16 -3.56
CCL20036 (BN171_3670019)
-0.33 0.07 -0.53 -0.63 -0.5 -0.98 0.8 -0.5 -0.99 0.88 0.63 0.66 1.05 -0.48 -0.57 0.6 -1.26 -0.42 -0.07 -0.06 -0.63 1.37 -0.67 -0.7 -0.69 -0.69 0.32 -1.16 0.29
CCL20048 (BN171_3670031)
-3.92 -5.22 -2.96 -2.94 -2.72 -3.48 1.7 -4.87 -3.71 1.77 0.68 0.18 1.68 -3.33 -5.65 -1.34 -2.67 -3.23 0.16 -2.88 -2.03 -1.55 -0.15 -2.34 -1.95 -3.36 3.34 -0.61 -0.25
CCL20088 (BN171_3690032)
-0.68 -1.28 -0.79 -0.9 -0.67 -2.39 2.7 -0.43 -3.27 1.38 0.97 0.97 1.8 -1.41 -1.85 -1.26 -2.59 -0.9 -0.81 -0.21 -1.31 -2.62 -1.26 -2.28 -1.37 -0.22 0.84 -1.91 0.0
CCL20438 (sleC)
-5.82 -5.14 -5.06 -4.24 -5.47 -6.51 0.11 -6.61 -7.85 0.15 -0.23 -0.84 1.78 -5.89 -5.57 -4.51 -5.9 -6.2 -3.73 -7.18 -3.95 -0.01 -4.66 -6.88 -7.21 -7.6 4.33 -4.26 -1.75
CCL20500 (BN171_580009)
-3.47 -5.35 -1.75 -1.36 -2.36 -7.96 2.56 -9.71 -7.69 1.14 1.02 1.47 3.53 -4.1 -4.28 -6.72 -6.99 -5.25 -4.48 -4.32 -2.71 -7.04 -6.06 -7.84 -6.82 -5.57 1.09 -4.33 -0.11
CCL20501 (cotJB)
-6.43 -6.35 -5.0 -4.11 -5.68 -7.86 3.04 -8.8 -8.81 1.84 1.45 1.97 2.85 -6.12 -6.27 -4.94 -7.77 -6.81 -4.8 -7.02 -6.04 - -7.24 -7.4 -6.97 -7.65 0.96 -4.23 0.06
CCL20502 (cotJC)
-4.89 -4.51 -3.68 -2.79 -4.4 -5.57 2.71 -5.82 -7.57 1.57 0.92 1.25 3.39 -5.53 -5.3 -4.66 -5.53 -5.46 -4.44 -6.25 -4.01 -5.38 -5.48 -6.26 -6.3 -6.92 1.66 -4.41 -0.33
CCL20503 (BN171_590001)
- - - - - 1.13 - - - - - - 2.66 - - - -1.74 - -3.28 - - - -1.24 - - - -1.85 - 4.28
CCL20751 (BN171_990001)
-1.39 -1.77 -0.26 0.04 0.22 -0.14 1.32 -0.54 -1.68 1.0 0.7 0.7 1.71 -0.78 -1.37 0.32 -1.3 -0.37 -0.25 -0.28 -0.81 -1.4 0.64 -0.35 -0.13 -0.03 -1.88 -0.41 0.14

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.