Heatmap: Cluster_2 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	ATCC_14028	SL1344	ATCC_14028,E-stationary,WT	14028s	ATCC_14028,Log,rpsL*_mut	14028s,mLPM	opgGH_mut	LT2	Florfenicol	NCTC_12023,37_C	Chlortetracycline	SL1344,NarS_defic	ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut	LT2,ridA	fliA_del	High-patho	LT2,Cell_susp_cult	14028s,hilC_del,pBAD24	14028s,sprB_del,pBAD24	14028s,pBAD24	gastro	hfq_mut	Low-patho,42C	plank_cells	ATCC_14028,gastro	Typh_14028s,Expo_phase	biofilm,cpxR_mut	14028s,typhoid	14028s,rtcR	Typh_14028s	infection	ATCC_14028,Log,WT	14028s,rtcB	High-patho,42C	LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C	plank_cells,cpxR_mut	biofilm	ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut	ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19071 (yabK)	0.14	0.27	0.05	0.07	0.03	0.02	0.03	0.37	0.09	0.05	0.18	0.12	0.05	1.0	0.03	0.04	0.04	0.04	0.03	0.04	0.14	0.23	0.01	0.2	0.1	0.41	0.1	0.06	0.19	0.04	0.02	0.03	0.18	0.01	0.07	0.12	0.24	0.04	0.04
AAL19072 (tbpA)	0.13	0.24	0.08	0.1	0.05	0.02	0.12	0.38	0.12	0.11	0.13	0.15	0.11	1.0	0.23	0.12	0.12	0.17	0.16	0.21	0.21	0.16	0.02	0.21	0.19	0.58	0.11	0.08	0.17	0.02	0.04	0.05	0.17	0.03	0.31	0.18	0.29	0.07	0.09
AAL19156 (fhuC)	0.25	0.13	0.08	0.03	0.01	0.1	0.12	0.37	0.02	0.01	0.04	0.01	0.08	1.0	0.0	0.09	0.05	0.02	0.04	0.03	0.15	0.31	0.0	0.2	0.07	0.11	0.16	0.04	0.05	0.02	0.01	0.03	0.01	0.0	0.05	0.18	0.32	0.1	0.02
AAL19157 (fhuD)	0.2	0.15	0.05	0.03	0.01	0.1	0.17	0.38	0.03	0.01	0.05	0.01	0.04	1.0	0.01	0.07	0.07	0.03	0.04	0.03	0.17	0.38	0.01	0.22	0.08	0.1	0.11	0.02	0.04	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.09	0.13	0.28	0.05	0.02
AAL19158 (fhuB)	0.25	0.23	0.05	0.04	0.02	0.15	0.11	0.4	0.04	0.01	0.09	0.02	0.04	1.0	0.01	0.04	0.07	0.01	0.02	0.02	0.13	0.34	0.0	0.19	0.06	0.1	0.11	0.03	0.06	0.03	0.01	0.03	0.02	0.0	0.1	0.12	0.26	0.04	0.03
AAL19541 (fepC)	0.52	0.22	0.19	0.07	0.08	0.15	0.21	0.49	0.21	0.06	0.31	0.06	0.19	1.0	0.03	0.13	0.07	0.07	0.07	0.08	0.1	0.16	0.04	0.19	0.09	0.19	0.31	0.15	0.11	0.04	0.1	0.16	0.08	0.03	0.07	0.35	0.38	0.11	0.2
AAL19542 (fepG)	0.43	0.19	0.06	0.03	0.02	0.04	0.05	0.43	0.1	0.02	0.2	0.03	0.04	1.0	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.02	0.05	0.15	0.01	0.18	0.04	0.13	0.17	0.06	0.05	0.02	0.02	0.03	0.03	0.01	0.03	0.2	0.23	0.03	0.06
AAL19543 (fepD)	0.82	0.28	0.07	0.03	0.02	0.05	0.07	0.48	0.08	0.01	0.23	0.02	0.05	1.0	0.01	0.02	0.04	0.02	0.03	0.02	0.11	0.18	0.0	0.2	0.13	0.16	0.22	0.09	0.06	0.02	0.03	0.11	0.03	0.0	0.03	0.29	0.42	0.02	0.2
AAL19544 (ybdA)	0.6	0.4	0.06	0.05	0.02	0.05	0.32	0.43	0.06	0.02	0.15	0.03	0.05	1.0	0.02	0.03	0.15	0.08	0.09	0.09	0.06	0.14	0.01	0.63	0.06	0.17	0.32	0.06	0.03	0.02	0.02	0.07	0.02	0.01	0.16	0.42	0.88	0.02	0.16
AAL19731 (bioB)	0.1	0.23	0.11	0.02	0.0	0.16	0.01	0.43	0.01	0.01	0.01	0.0	0.04	1.0	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.2	0.48	0.01	0.1	0.01	0.36	0.11	0.06	0.07	0.0	0.0	0.01	0.02	0.0	0.01	0.01	0.18	0.05	0.01
AAL19732 (bioF)	0.04	0.18	0.05	0.02	0.0	0.1	0.0	0.31	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	1.0	0.0	0.05	0.0	0.0	0.0	0.0	0.18	0.36	0.0	0.05	0.01	0.22	0.1	0.02	0.06	0.0	0.0	0.01	0.02	0.0	0.0	0.01	0.08	0.04	0.0
AAL19733 (bioC)	0.04	0.18	0.05	0.02	0.0	0.06	0.01	0.31	0.02	0.01	0.04	0.0	0.03	1.0	0.0	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.15	0.17	0.0	0.09	0.01	0.16	0.11	0.02	0.06	0.0	0.0	0.01	0.02	0.0	0.02	0.02	0.17	0.04	0.01
AAL19734 (bioD)	0.06	0.23	0.15	0.03	0.01	0.4	0.0	0.46	0.02	0.02	0.04	0.01	0.06	1.0	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.29	0.27	0.0	0.07	0.03	0.31	0.12	0.02	0.09	0.0	0.01	0.03	0.04	0.0	0.01	0.02	0.13	0.07	0.02
AAL19813 (potF)	0.12	0.13	0.15	0.06	0.03	0.72	0.1	0.7	0.03	0.04	0.04	0.01	0.18	1.0	0.02	0.07	0.1	0.14	0.13	0.15	0.27	0.05	0.02	0.25	0.19	0.18	0.05	0.04	0.09	0.01	0.02	0.02	0.08	0.03	0.31	0.02	0.43	0.1	0.04
AAL19814 (potG)	0.11	0.12	0.08	0.05	0.03	0.32	0.04	0.57	0.02	0.03	0.02	0.01	0.12	1.0	0.02	0.04	0.04	0.08	0.05	0.07	0.23	0.06	0.02	0.2	0.11	0.11	0.03	0.03	0.06	0.01	0.02	0.02	0.06	0.02	0.12	0.01	0.32	0.08	0.02
AAL19815 (potH)	0.09	0.21	0.08	0.04	0.04	0.26	0.07	0.59	0.05	0.04	0.06	0.02	0.11	1.0	0.04	0.07	0.06	0.09	0.06	0.08	0.17	0.08	0.02	0.44	0.09	0.08	0.03	0.03	0.05	0.01	0.03	0.03	0.04	0.03	0.11	0.03	0.62	0.07	0.04
AAL19816 (potI)	0.07	0.14	0.1	0.04	0.05	0.3	0.04	0.51	0.04	0.03	0.03	0.02	0.14	1.0	0.02	0.03	0.04	0.04	0.04	0.05	0.21	0.05	0.01	0.16	0.1	0.07	0.04	0.05	0.06	0.01	0.03	0.04	0.06	0.01	0.06	0.03	0.24	0.08	0.05
AAL20245 (ydjN)	0.1	0.1	0.05	0.05	0.01	0.12	0.18	0.47	0.02	0.03	0.02	0.02	0.04	1.0	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.12	0.01	0.24	0.2	0.31	0.14	0.07	0.08	0.0	0.01	0.01	0.12	0.01	0.02	0.25	0.09	0.09	0.02
AAL20619 (yciW)	0.18	0.27	0.08	0.08	0.04	0.11	0.47	0.59	0.07	0.09	0.13	0.03	0.12	1.0	0.08	0.05	0.03	0.09	0.07	0.09	0.14	0.44	0.03	0.3	0.21	0.61	0.12	0.18	0.2	0.0	0.02	0.04	0.33	0.04	0.16	0.4	0.38	0.09	0.08
AAL21048 (yegW)	0.23	0.4	0.21	0.17	0.11	0.04	0.1	0.52	0.21	0.2	0.32	0.15	0.18	1.0	0.08	0.2	0.07	0.11	0.12	0.14	0.42	0.51	0.09	0.15	0.44	0.33	0.13	0.19	0.45	0.04	0.23	0.15	0.41	0.11	0.06	0.16	0.2	0.14	0.18
AAL21049 (thiD)	0.12	0.21	0.07	0.11	0.02	0.01	0.02	0.39	0.09	0.04	0.19	0.02	0.04	1.0	0.05	0.11	0.05	0.09	0.07	0.08	0.57	0.34	0.0	0.06	0.45	0.44	0.02	0.04	0.36	0.01	0.04	0.02	0.26	0.01	0.12	0.02	0.1	0.04	0.02
AAL21050 (thiM)	0.17	0.22	0.04	0.16	0.02	0.01	0.02	0.34	0.09	0.04	0.2	0.03	0.04	1.0	0.02	0.06	0.04	0.03	0.04	0.04	0.62	0.31	0.0	0.04	0.63	0.55	0.03	0.04	0.53	0.01	0.02	0.02	0.43	0.01	0.09	0.03	0.08	0.02	0.04
AAL21165 (yojI)	0.26	0.23	0.19	0.08	0.07	0.06	0.26	0.43	0.12	0.04	0.21	0.02	0.23	1.0	0.03	0.09	0.32	0.21	0.27	0.25	0.18	0.21	0.03	0.38	0.12	0.28	0.23	0.11	0.1	0.03	0.06	0.12	0.06	0.04	0.53	0.24	0.59	0.1	0.26
AAL21324 (cysK)	0.15	0.25	0.16	0.19	0.04	0.27	0.97	1.0	0.03	0.23	0.03	0.04	0.15	0.88	0.11	0.05	0.03	0.04	0.04	0.05	0.12	0.48	0.02	0.45	0.41	0.68	0.17	0.24	0.28	0.01	0.03	0.05	0.33	0.02	0.1	0.4	0.23	0.22	0.06
AAL21333 (yfeL)	0.16	0.2	0.1	0.08	0.06	0.08	0.21	0.7	0.1	0.05	0.18	0.04	0.13	1.0	0.24	0.0	0.05	0.11	0.11	0.13	0.12	0.31	0.0	0.0	0.13	0.16	0.0	0.12	0.1	0.02	0.07	0.08	0.11	0.0	0.12	0.0	0.0	0.1	0.09
AAL21334 (cysM)	0.1	0.08	0.04	0.06	0.03	0.06	0.12	0.56	0.04	0.03	0.05	0.03	0.06	1.0	0.06	0.03	0.07	0.07	0.08	0.07	0.07	0.09	0.01	0.09	0.16	0.24	0.06	0.06	0.1	0.01	0.03	0.03	0.09	0.01	0.13	0.04	0.1	0.07	0.06
AAL21335 (cysA)	0.1	0.09	0.07	0.06	0.0	0.08	0.15	0.61	0.0	0.07	0.01	0.0	0.07	1.0	0.0	0.04	0.0	0.0	0.0	0.01	0.13	0.22	0.0	0.18	0.39	0.23	0.07	0.08	0.12	0.0	0.0	0.0	0.11	0.0	0.06	0.11	0.08	0.22	0.01
AAL21336 (cysW)	0.08	0.11	0.04	0.06	0.0	0.05	0.24	0.6	0.0	0.04	0.01	0.0	0.05	1.0	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.29	0.0	0.14	0.26	0.32	0.06	0.07	0.08	0.0	0.0	0.0	0.14	0.0	0.05	0.07	0.14	0.1	0.01
AAL21337 (cysU)	0.08	0.14	0.1	0.06	0.02	0.05	0.13	0.68	0.05	0.06	0.05	0.0	0.1	1.0	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.04	0.29	0.0	0.17	0.37	0.32	0.07	0.12	0.12	0.02	0.04	0.03	0.2	0.0	0.02	0.12	0.14	0.17	0.03
AAL21338 (cysP)	0.06	0.13	0.13	0.06	0.01	0.07	0.37	0.71	0.01	0.11	0.01	0.0	0.11	1.0	0.01	0.01	0.0	0.01	0.01	0.01	0.05	0.35	0.01	0.21	0.82	0.57	0.1	0.16	0.12	0.0	0.01	0.01	0.21	0.0	0.03	0.28	0.19	0.21	0.01
AAL21812 (ygbE)	0.15	0.48	0.12	0.09	0.03	0.18	0.51	0.94	0.08	0.09	0.13	0.07	0.18	1.0	0.08	0.16	0.07	0.06	0.07	0.07	0.42	0.98	0.1	0.39	0.52	0.36	0.16	0.33	0.11	0.11	0.06	0.05	0.22	0.11	0.05	0.21	0.36	0.15	0.07
AAL21813 (cysC)	0.2	0.23	0.09	0.1	0.01	0.13	0.23	0.75	0.03	0.08	0.05	0.01	0.08	1.0	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.2	0.5	0.01	0.31	0.31	0.72	0.1	0.15	0.17	0.01	0.01	0.02	0.33	0.01	0.02	0.21	0.18	0.18	0.03
AAL21814 (cysN)	0.11	0.15	0.08	0.09	0.01	0.1	0.38	0.63	0.02	0.07	0.02	0.01	0.05	1.0	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.25	0.0	0.2	0.3	0.57	0.09	0.19	0.15	0.0	0.01	0.01	0.29	0.0	0.02	0.22	0.13	0.19	0.02
AAL21815 (cysD)	0.12	0.09	0.04	0.11	0.0	0.11	0.61	0.57	0.0	0.06	0.01	0.0	0.03	1.0	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.07	0.19	0.0	0.17	0.66	0.54	0.08	0.21	0.22	0.0	0.0	0.0	0.4	0.0	0.01	0.27	0.15	0.08	0.0
AAL21826 (cysH)	0.13	0.1	0.06	0.05	0.0	0.28	0.17	0.77	0.01	0.04	0.01	0.0	0.1	1.0	0.01	0.06	0.0	0.01	0.01	0.01	0.11	0.08	0.0	0.1	0.12	0.3	0.07	0.14	0.06	0.0	0.0	0.0	0.07	0.0	0.04	0.05	0.08	0.17	0.0
AAL21827 (cysI)	0.08	0.09	0.04	0.05	0.0	0.09	0.13	0.66	0.0	0.04	0.01	0.0	0.05	1.0	0.01	0.02	0.0	0.01	0.01	0.01	0.07	0.1	0.0	0.09	0.14	0.46	0.06	0.12	0.06	0.0	0.0	0.0	0.1	0.0	0.04	0.04	0.07	0.12	0.0
AAL21828 (cysJ)	0.05	0.07	0.02	0.04	0.0	0.06	0.08	0.51	0.0	0.02	0.0	0.0	0.03	1.0	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.04	0.07	0.0	0.09	0.13	0.44	0.06	0.14	0.07	0.0	0.0	0.0	0.13	0.0	0.01	0.05	0.06	0.04	0.01
AAL21869 (recD)	0.17	0.38	0.25	0.24	0.25	0.33	0.16	0.59	0.21	0.25	0.21	0.4	0.22	1.0	0.22	0.09	0.12	0.11	0.11	0.13	0.25	0.36	0.08	0.33	0.13	0.25	0.27	0.19	0.29	0.04	0.16	0.3	0.3	0.05	0.14	0.27	0.44	0.19	0.31
AAL22420 (livF)	0.33	0.21	0.19	0.15	0.06	0.51	0.05	1.0	0.06	0.05	0.06	0.04	0.18	0.85	0.06	0.03	0.08	0.09	0.09	0.12	0.14	0.07	0.0	0.24	0.08	0.08	0.08	0.08	0.23	0.01	0.03	0.05	0.14	0.01	0.1	0.05	0.47	0.1	0.08
AAL22421 (livG)	0.24	0.18	0.15	0.13	0.05	0.35	0.04	1.0	0.05	0.06	0.05	0.03	0.14	0.79	0.06	0.04	0.09	0.1	0.08	0.11	0.09	0.1	0.01	0.27	0.07	0.08	0.08	0.07	0.19	0.01	0.04	0.04	0.14	0.03	0.1	0.05	0.66	0.09	0.07
AAL22422 (livM)	0.2	0.41	0.16	0.13	0.05	0.54	0.05	1.0	0.1	0.07	0.12	0.05	0.18	0.92	0.06	0.07	0.06	0.09	0.09	0.11	0.12	0.15	0.02	0.69	0.11	0.13	0.11	0.11	0.29	0.01	0.05	0.06	0.21	0.04	0.08	0.08	0.88	0.08	0.11
AAL22423 (livH)	0.16	0.27	0.17	0.09	0.05	0.29	0.05	0.79	0.09	0.06	0.11	0.04	0.16	0.64	0.07	0.06	0.07	0.11	0.13	0.12	0.14	0.22	0.02	0.51	0.13	0.11	0.1	0.08	0.16	0.01	0.05	0.07	0.17	0.03	0.09	0.06	1.0	0.06	0.11
AAL22424 (livK)	0.21	0.32	0.16	0.13	0.07	0.41	0.13	0.6	0.09	0.1	0.14	0.02	0.28	0.38	0.12	0.12	0.1	0.3	0.28	0.32	0.1	0.13	0.04	0.45	0.13	0.12	0.11	0.1	0.13	0.01	0.07	0.07	0.13	0.09	0.13	0.07	1.0	0.09	0.15
AAL22807 (yigM)	0.38	0.28	0.14	0.07	0.04	0.05	0.05	0.47	0.08	0.03	0.15	0.05	0.12	1.0	0.06	0.1	0.06	0.04	0.04	0.05	0.13	0.21	0.03	0.28	0.11	0.25	0.35	0.11	0.18	0.01	0.03	0.07	0.14	0.03	0.16	0.08	0.57	0.09	0.1
AAL22880 (STM4041)	0.8	0.54	0.23	0.18	0.27	0.06	0.55	0.67	0.14	0.07	0.22	0.17	0.21	0.9	0.22	0.16	0.29	0.06	0.1	0.09	0.04	0.61	0.02	0.58	0.33	0.22	0.26	0.27	0.3	0.07	0.29	0.28	0.33	0.03	0.57	0.21	1.0	0.18	0.42
AAL22881 (STM4042)	0.79	0.26	0.09	0.13	0.1	0.05	0.26	0.57	0.13	0.06	0.24	0.08	0.08	1.0	0.08	0.05	0.15	0.04	0.06	0.05	0.03	0.22	0.02	0.22	0.26	0.21	0.12	0.17	0.22	0.04	0.14	0.14	0.27	0.01	0.28	0.12	0.45	0.07	0.17
AAL22987 (thiH)	0.08	0.12	0.02	0.04	0.01	0.01	0.01	0.28	0.01	0.02	0.02	0.0	0.02	1.0	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.21	0.3	0.0	0.04	0.11	0.42	0.01	0.01	0.15	0.0	0.0	0.01	0.08	0.0	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01
AAL22988 (thiG)	0.08	0.12	0.02	0.06	0.01	0.01	0.0	0.26	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	1.0	0.0	0.02	0.01	0.0	0.01	0.01	0.26	0.28	0.0	0.03	0.13	0.57	0.01	0.01	0.2	0.0	0.0	0.01	0.1	0.0	0.02	0.01	0.04	0.01	0.01
AAL22989 (STM4161)	0.15	0.08	0.03	0.03	0.01	0.0	0.0	0.32	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	1.0	0.0	0.03	0.0	0.0	0.0	0.0	0.13	0.23	0.0	0.01	0.04	0.58	0.0	0.01	0.09	0.0	0.0	0.02	0.06	0.0	0.0	0.01	0.0	0.02	0.02
AAL22990 (thiF)	0.07	0.11	0.01	0.05	0.01	0.0	0.0	0.23	0.01	0.01	0.01	0.0	0.01	1.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.1	0.32	0.0	0.01	0.04	0.45	0.0	0.01	0.14	0.0	0.0	0.01	0.09	0.0	0.03	0.0	0.03	0.01	0.01
AAL22991 (thiE)	0.08	0.12	0.01	0.04	0.01	0.0	0.01	0.26	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	1.0	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.14	0.33	0.0	0.02	0.05	0.56	0.01	0.01	0.13	0.0	0.0	0.01	0.09	0.0	0.04	0.01	0.04	0.01	0.01
AAL22992 (thiC)	0.15	0.12	0.01	0.04	0.01	0.0	0.01	0.24	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	1.0	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.14	0.27	0.0	0.03	0.07	0.53	0.01	0.01	0.12	0.0	0.0	0.01	0.08	0.0	0.1	0.01	0.04	0.01	0.01

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)