Heatmap: Cluster_19 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	ATCC_14028	SL1344	ATCC_14028,E-stationary,WT	14028s	ATCC_14028,Log,rpsL*_mut	14028s,mLPM	opgGH_mut	LT2	Florfenicol	NCTC_12023,37_C	Chlortetracycline	SL1344,NarS_defic	ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut	LT2,ridA	fliA_del	High-patho	LT2,Cell_susp_cult	14028s,hilC_del,pBAD24	14028s,sprB_del,pBAD24	14028s,pBAD24	gastro	hfq_mut	Low-patho,42C	plank_cells	ATCC_14028,gastro	Typh_14028s,Expo_phase	biofilm,cpxR_mut	14028s,typhoid	14028s,rtcR	Typh_14028s	infection	ATCC_14028,Log,WT	14028s,rtcB	High-patho,42C	LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C	plank_cells,cpxR_mut	biofilm	ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut	ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL19232 (STM0275)	0.32	1.0	0.35	0.17	0.16	0.1	0.38	0.31	0.26	0.13	0.53	0.06	0.21	0.12	0.38	0.0	0.26	0.26	0.32	0.36	0.27	0.49	0.0	0.0	0.29	0.14	0.0	0.2	0.1	0.16	0.06	0.19	0.1	0.0	0.11	0.0	0.0	0.15	0.17
AAL19234 (STM0277)	0.16	0.69	0.08	0.1	0.07	0.03	0.14	1.0	0.46	0.06	0.9	0.08	0.11	0.1	0.36	0.0	0.53	0.21	0.22	0.27	0.04	0.08	0.0	0.0	0.09	0.09	0.15	0.12	0.08	0.09	0.41	0.08	0.05	0.0	0.15	0.11	0.0	0.05	0.06
AAL19235 (STM0278)	0.12	0.62	0.04	0.06	0.04	0.03	0.06	0.27	0.33	0.04	1.0	0.03	0.05	0.04	0.13	0.0	0.26	0.17	0.1	0.15	0.01	0.03	0.0	0.0	0.07	0.08	0.13	0.11	0.06	0.05	0.07	0.04	0.06	0.0	0.04	0.12	0.0	0.05	0.05
AAL19236 (STM0279)	0.11	0.57	0.13	0.12	0.13	0.04	0.09	0.34	0.41	0.11	1.0	0.04	0.12	0.09	0.16	0.0	0.34	0.16	0.22	0.21	0.08	0.12	0.0	0.0	0.14	0.2	0.16	0.24	0.11	0.07	0.14	0.11	0.09	0.0	0.08	0.13	0.01	0.13	0.14
AAL19241 (STM0284)	0.07	1.0	0.04	0.08	0.01	0.03	0.19	0.39	0.12	0.03	0.37	0.03	0.04	0.03	0.11	0.0	0.26	0.25	0.12	0.16	0.01	0.06	0.0	0.0	0.15	0.05	0.16	0.03	0.03	0.02	0.04	0.03	0.04	0.0	0.04	0.16	0.0	0.04	0.05
AAL19251 (STM0294)	0.19	1.0	0.03	0.07	0.04	0.03	0.25	0.16	0.15	0.04	0.92	0.05	0.05	0.13	0.15	0.0	0.51	0.1	0.16	0.18	0.32	0.06	0.0	0.0	0.27	0.07	0.0	0.2	0.16	0.12	0.02	0.04	0.15	0.0	0.05	0.0	0.0	0.05	0.1
AAL19252 (STM0295)	0.1	0.54	0.09	0.06	0.03	0.02	0.33	0.23	0.17	0.08	1.0	0.04	0.09	0.09	0.12	0.04	0.27	0.17	0.18	0.22	0.09	0.23	0.06	0.05	0.24	0.11	0.0	0.17	0.04	0.16	0.04	0.02	0.04	0.18	0.06	0.0	0.07	0.04	0.07
AAL19426 (maa)	0.39	0.36	0.44	0.13	0.26	0.04	0.41	0.21	0.33	0.12	0.58	0.12	1.0	0.17	0.26	0.29	0.52	0.25	0.25	0.32	0.23	0.5	0.16	0.37	0.4	0.2	0.14	0.36	0.13	0.05	0.09	0.28	0.15	0.26	0.62	0.09	0.61	0.35	0.39
AAL19501 (fimH)	0.03	0.18	0.11	0.05	0.01	0.02	0.08	0.14	0.04	0.18	0.07	0.02	0.03	0.04	0.53	0.04	0.1	0.31	0.57	0.51	0.02	0.03	0.1	0.38	0.03	0.06	0.03	0.1	0.03	0.01	0.22	0.07	0.03	0.07	0.05	0.02	1.0	0.02	0.02
AAL19506 (fimW)	0.05	0.23	0.12	0.04	0.01	0.01	0.06	0.07	0.08	0.26	0.24	0.01	0.02	0.02	0.21	0.06	0.05	0.29	0.32	0.49	0.01	0.05	0.21	0.54	0.04	0.04	0.04	0.09	0.02	0.08	0.11	0.09	0.02	0.07	0.02	0.07	1.0	0.02	0.03
AAL19605 (ybeQ)	0.14	0.36	0.64	0.1	0.4	0.04	0.19	0.22	0.16	0.17	0.21	0.04	1.0	0.11	0.29	0.51	0.1	0.34	0.3	0.45	0.09	0.18	0.33	0.03	0.16	0.1	0.07	0.28	0.06	0.04	0.16	0.67	0.07	0.67	0.09	0.05	0.06	0.35	0.86
AAL19623 (STM0672)	0.37	0.54	0.4	0.15	0.26	0.03	0.4	0.39	0.19	0.18	0.3	0.1	1.0	0.3	0.28	0.55	0.13	0.3	0.35	0.45	0.18	0.21	0.5	0.09	0.2	0.12	0.13	0.32	0.16	0.12	0.27	0.63	0.18	0.75	0.22	0.12	0.08	0.37	0.76
AAL19703 (STM0764)	0.15	0.69	0.14	0.13	0.18	0.03	0.19	0.45	0.12	0.26	0.32	0.12	0.41	0.08	0.45	0.23	0.15	0.23	0.18	0.29	0.08	0.14	0.43	0.06	0.24	0.09	0.11	0.13	0.13	0.22	0.09	0.25	0.11	0.35	0.17	0.08	0.09	0.13	1.0
AAL19704 (STM0765)	0.09	1.0	0.03	0.08	0.03	0.04	0.04	0.47	0.07	0.04	0.25	0.0	0.05	0.02	0.06	0.1	0.17	0.04	0.07	0.09	0.03	0.13	0.07	0.06	0.19	0.03	0.09	0.04	0.04	0.03	0.01	0.02	0.05	0.25	0.1	0.11	0.12	0.02	0.2
AAL19746 (STM0809)	0.07	0.83	0.05	0.06	0.01	0.03	0.13	0.29	0.31	0.03	0.62	0.04	0.08	0.1	0.05	0.72	0.1	0.17	0.17	0.19	0.08	0.12	0.15	0.36	0.16	0.06	0.1	0.1	0.04	0.02	0.01	0.02	0.05	0.67	0.09	0.07	1.0	0.03	0.04
AAL19790 (STM0854)	0.16	1.0	0.1	0.1	0.07	0.04	0.17	0.73	0.14	0.08	0.5	0.08	0.35	0.13	0.14	0.35	0.1	0.16	0.17	0.21	0.26	0.07	0.28	0.06	0.35	0.06	0.17	0.13	0.17	0.08	0.15	0.07	0.18	0.24	0.06	0.1	0.17	0.07	0.18
AAL19791 (STM0855)	0.15	0.74	0.16	0.12	0.12	0.1	0.4	1.0	0.15	0.13	0.57	0.03	0.31	0.13	0.41	0.5	0.2	0.5	0.48	0.49	0.22	0.15	0.38	0.05	0.32	0.08	0.19	0.2	0.17	0.06	0.31	0.15	0.15	0.42	0.1	0.11	0.17	0.13	0.27
AAL19792 (STM0856)	0.18	0.63	0.28	0.12	0.09	0.08	0.36	0.95	0.39	0.13	1.0	0.05	0.31	0.18	0.36	0.39	0.26	0.44	0.47	0.53	0.18	0.18	0.2	0.05	0.24	0.12	0.15	0.21	0.19	0.04	0.17	0.11	0.19	0.51	0.12	0.08	0.12	0.1	0.18
AAL19796 (STM0860)	0.35	0.34	1.0	0.09	0.23	0.06	0.23	0.44	0.35	0.11	0.59	0.03	1.0	0.38	0.14	0.4	0.12	0.58	0.63	0.87	0.34	0.09	0.16	0.03	0.15	0.13	0.1	0.47	0.12	0.07	0.52	0.22	0.16	0.36	0.1	0.05	0.04	0.36	0.32
AAL20169 (envF)	0.22	0.44	0.06	0.08	0.04	0.01	0.1	0.26	0.32	0.04	1.0	0.01	0.08	0.15	0.06	0.25	0.3	0.13	0.16	0.19	0.24	0.06	0.12	0.02	0.21	0.07	0.1	0.13	0.23	0.02	0.05	0.04	0.3	0.36	0.59	0.04	0.04	0.12	0.04
AAL20269 (ydiV)	0.16	0.43	0.34	0.09	0.12	0.12	0.54	0.32	0.13	0.16	0.19	0.05	0.6	0.64	0.19	0.45	0.11	0.29	0.3	0.43	0.63	0.89	0.13	0.53	0.36	0.42	0.1	0.25	0.16	0.06	0.17	0.05	0.15	0.35	0.11	0.04	1.0	0.29	0.14
AAL20275 (ydiD)	0.32	1.0	0.48	0.23	0.41	0.21	0.43	0.63	0.34	0.5	0.51	0.07	0.65	0.71	0.4	0.84	0.17	0.56	0.78	0.71	0.26	0.56	0.6	0.17	0.22	0.39	0.2	0.38	0.28	0.08	0.33	0.33	0.28	0.74	0.24	0.16	0.19	0.6	0.39
AAL20276 (ydiT)	0.2	1.0	0.15	0.18	0.2	0.18	0.1	0.3	0.13	0.18	0.27	0.18	0.19	0.29	0.04	0.55	0.04	0.08	0.14	0.21	0.54	0.17	0.27	0.11	0.54	0.33	0.2	0.21	0.21	0.02	0.11	0.17	0.11	0.38	0.07	0.21	0.18	0.13	0.13
AAL20286 (ydiM)	0.12	1.0	0.17	0.11	0.05	0.01	0.12	0.54	0.16	0.08	0.38	0.02	0.13	0.09	0.1	0.24	0.1	0.37	0.28	0.49	0.06	0.1	0.19	0.06	0.21	0.09	0.13	0.19	0.1	0.02	0.1	0.05	0.11	0.36	0.17	0.09	0.09	0.08	0.1
AAL20316 (ssrA)	0.03	0.27	0.27	0.02	0.01	0.15	0.14	0.2	0.05	0.09	0.13	0.01	0.04	0.06	0.04	0.18	0.07	0.13	0.12	0.16	0.35	0.78	0.04	0.41	0.35	0.03	0.02	0.06	0.02	0.03	0.33	0.03	0.02	0.07	0.02	0.04	1.0	0.01	0.01
AAL20585 (STM1668)	0.01	0.13	0.02	0.01	0.01	0.0	0.01	0.04	0.02	0.01	0.08	0.0	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.02	0.29	0.03	0.01	0.0	0.02	0.01	0.0	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.0	1.0	0.01	0.01
AAL20812 (STM1896)	0.15	1.0	0.1	0.1	0.01	0.02	0.31	0.37	0.14	0.04	0.48	0.01	0.2	0.19	0.08	0.0	0.27	0.19	0.15	0.29	0.08	0.15	0.0	0.0	0.37	0.1	0.0	0.08	0.1	0.05	0.04	0.03	0.13	0.0	0.23	0.0	0.0	0.04	0.05
AAL20846 (araH)	0.07	0.28	0.12	0.12	0.1	0.02	0.06	0.17	0.11	0.11	0.1	0.17	0.15	0.08	0.14	0.07	0.06	0.18	0.17	0.21	0.05	0.05	0.08	0.83	0.06	0.03	0.18	0.15	0.26	0.0	0.15	0.12	0.33	0.07	0.09	0.23	1.0	0.09	0.17
AAL20913 (STM2007)	0.16	1.0	0.1	0.2	0.07	0.17	0.21	0.35	0.18	0.19	0.45	0.04	0.09	0.09	0.42	0.11	0.23	0.25	0.27	0.34	0.05	0.23	0.18	0.05	0.19	0.12	0.15	0.15	0.18	0.06	0.09	0.11	0.24	0.16	0.13	0.13	0.08	0.1	0.11
AAL21591 (STM2704)	0.0	0.18	0.0	0.0	0.0	0.0	0.13	0.19	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.04	0.06	0.0	0.2	0.0	0.0	0.0	0.0	0.04	0.0	0.28	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.07	0.0	0.0	0.0	0.2	0.0	1.0	0.0	0.0
AAL21835 (STM2955)	0.43	0.52	0.8	0.3	0.35	0.34	0.55	0.54	0.47	0.38	0.99	0.13	0.61	0.49	0.66	0.0	0.38	0.36	0.27	0.46	0.38	0.57	0.0	0.45	0.28	0.36	0.11	0.52	0.39	0.49	0.74	0.47	0.3	0.0	0.34	0.12	1.0	0.63	0.59
AAL21899 (yohL)	0.1	0.19	0.12	0.08	0.03	0.02	0.19	0.12	0.16	0.08	0.44	0.13	0.05	0.06	0.21	0.16	0.24	0.13	0.12	0.17	0.08	0.12	0.09	0.2	0.1	0.05	0.05	0.15	0.07	0.21	0.18	0.04	0.15	1.0	0.18	0.07	0.85	0.04	0.03
AAL21992 (STM3118)	0.1	0.17	0.15	0.06	0.06	0.03	0.12	0.1	0.09	0.06	0.41	0.03	0.12	0.08	0.13	0.18	0.11	0.12	0.11	0.14	0.05	0.04	0.11	0.03	0.04	0.07	0.06	0.09	0.05	0.01	0.05	0.07	0.06	0.13	1.0	0.05	0.05	0.07	0.1
AAL21993 (STM3119)	0.33	0.73	0.75	0.33	0.37	0.2	0.41	0.53	0.5	0.36	0.86	0.22	0.87	0.61	0.34	0.84	0.19	0.3	0.28	0.39	0.35	0.24	0.56	0.22	0.24	0.45	0.38	0.61	0.39	0.08	0.49	0.49	0.43	0.66	1.0	0.27	0.32	0.51	0.6
AAL21994 (STM3120)	0.34	1.0	0.97	0.48	0.38	0.23	0.51	0.84	0.49	0.37	0.89	0.16	0.88	0.73	0.8	0.79	0.41	0.61	0.66	0.86	0.39	0.6	0.64	0.28	0.37	0.41	0.34	0.67	0.46	0.12	0.63	0.54	0.47	0.6	0.77	0.32	0.38	0.45	0.62
AAL21996 (STM3122)	0.29	0.6	0.8	0.2	0.45	0.05	0.52	0.63	0.29	0.25	0.42	0.1	1.0	0.41	0.43	0.48	0.43	0.77	0.62	0.89	0.27	0.33	0.43	0.11	0.22	0.19	0.23	0.43	0.21	0.05	0.31	0.72	0.2	0.53	0.44	0.2	0.13	0.52	0.87
AAL21997 (STM3123)	0.22	1.0	0.61	0.14	0.16	0.11	0.3	0.55	0.32	0.24	0.72	0.1	0.58	0.42	0.17	0.36	0.36	0.39	0.4	0.53	0.24	0.25	0.16	0.11	0.31	0.34	0.17	0.33	0.17	0.04	0.18	0.16	0.19	0.49	0.24	0.18	0.13	0.28	0.22
AAL22034 (STM3160)	0.06	0.09	0.03	0.0	0.0	0.0	0.64	0.04	0.0	0.03	0.01	0.0	0.04	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.03	0.0	0.0	0.67	0.07	0.0	0.01	0.05	0.0	0.0	0.0	0.04	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.02	0.03
AAL22258 (envR)	0.31	1.0	0.06	0.15	0.04	0.01	0.15	0.52	0.22	0.08	0.64	0.09	0.13	0.07	0.57	0.13	0.39	0.19	0.15	0.2	0.06	0.12	0.11	0.11	0.3	0.04	0.29	0.08	0.1	0.1	0.05	0.06	0.13	0.36	0.33	0.19	0.17	0.06	0.1
AAL22481 (yhjR)	0.13	0.29	0.86	0.13	0.19	0.1	1.0	0.21	0.48	0.26	0.95	0.12	0.88	0.28	0.18	0.23	0.16	0.12	0.22	0.22	0.33	0.14	0.04	0.37	0.53	0.38	0.16	0.66	0.09	0.22	0.37	0.31	0.08	0.27	0.07	0.23	0.57	0.4	0.35
AAL22482 (yhjS)	0.24	0.49	1.0	0.28	0.31	0.12	0.38	0.28	0.3	0.33	0.42	0.27	0.96	0.23	0.34	0.36	0.25	0.42	0.4	0.49	0.31	0.2	0.09	0.45	0.42	0.57	0.26	0.71	0.44	0.16	0.3	0.46	0.33	0.41	0.19	0.25	0.73	0.38	0.63
AAL22500 (lpfA)	0.21	0.38	0.23	0.1	0.12	0.19	0.08	0.27	0.4	0.11	1.0	0.05	0.34	0.09	0.05	0.45	0.12	0.1	0.05	0.1	0.17	0.18	0.4	0.14	0.18	0.16	0.17	0.19	0.16	0.22	0.05	0.18	0.15	0.5	0.03	0.15	0.16	0.16	0.25
AAL22616 (fidL)	0.35	0.46	0.64	0.15	0.26	0.11	0.42	0.29	0.18	0.1	0.46	0.1	1.0	0.26	0.23	0.89	0.25	0.38	0.41	0.47	0.54	0.16	0.19	0.27	0.63	0.31	0.19	0.34	0.2	0.13	0.25	0.23	0.23	0.91	0.45	0.11	0.74	0.39	0.35
AAL22756 (STM3906)	0.28	0.39	0.29	0.13	0.13	0.06	0.65	0.34	0.44	0.19	1.0	0.1	0.22	0.44	0.56	0.22	0.47	0.22	0.13	0.28	0.06	0.11	0.31	0.37	0.06	0.15	0.14	0.35	0.13	0.39	0.09	0.15	0.14	0.5	1.0	0.13	0.81	0.22	0.16
AAL22757 (STM3907)	0.29	0.43	0.37	0.22	0.23	0.2	0.41	0.39	0.54	0.31	1.0	0.13	0.32	0.7	0.38	0.39	0.33	0.19	0.2	0.29	0.17	0.19	0.44	0.41	0.19	0.25	0.21	0.41	0.27	0.67	0.19	0.23	0.28	0.64	0.5	0.19	0.82	0.34	0.26
AAL22789 (STM3944)	0.39	0.67	0.58	0.14	0.21	0.04	0.51	0.25	0.27	0.15	0.91	0.11	0.66	0.16	0.13	0.36	0.27	0.27	0.4	0.46	0.21	0.3	0.16	0.53	0.28	0.14	0.13	0.27	0.14	0.03	0.06	0.25	0.12	0.4	0.45	0.13	1.0	0.27	0.42
AAL22872 (STM4033)	0.27	0.43	0.34	0.11	0.19	0.06	0.7	0.17	0.47	0.32	1.0	0.11	0.32	0.14	0.23	0.26	0.13	0.18	0.21	0.24	0.16	0.18	0.23	0.12	0.2	0.11	0.13	0.34	0.12	0.11	0.22	0.25	0.11	0.27	0.13	0.19	0.09	0.29	0.35
AAL23021 (STM4197)	0.14	1.0	0.0	0.06	0.08	0.01	0.04	0.22	0.11	0.05	0.53	0.1	0.11	0.04	0.07	0.12	0.23	0.02	0.05	0.07	0.06	0.07	0.02	0.05	0.38	0.05	0.21	0.09	0.09	0.09	0.04	0.06	0.11	0.26	0.04	0.15	0.11	0.06	0.07
AAL23240 (STM4420)	0.32	0.62	0.45	0.45	0.46	0.31	0.16	0.65	0.8	0.69	0.81	0.15	0.41	0.37	0.49	0.0	0.39	0.41	0.37	0.51	0.14	0.27	0.0	0.0	0.21	0.28	0.0	0.49	0.19	0.08	0.23	0.64	0.18	0.0	0.31	0.0	0.0	0.37	1.0
AAL23241 (STM4421)	0.39	1.0	0.51	0.99	0.56	0.66	0.23	0.53	0.8	0.96	0.8	0.23	0.46	0.47	0.77	0.0	0.43	0.62	0.7	0.81	0.17	0.21	0.0	0.0	0.24	0.38	0.0	0.73	0.31	0.04	0.36	0.96	0.27	0.0	0.38	0.0	0.0	0.58	0.86
AAL23243 (STM4423)	0.1	0.62	0.37	0.23	0.35	0.01	0.11	0.47	0.42	1.0	0.38	0.04	0.2	0.05	0.37	0.0	0.64	0.7	0.44	0.83	0.02	0.06	0.0	0.0	0.11	0.06	0.0	0.44	0.04	0.03	0.03	0.54	0.05	0.0	0.23	0.0	0.0	0.36	0.31
AAL23244 (STM4424)	0.1	1.0	0.38	0.15	0.09	0.1	0.05	0.55	0.18	0.25	0.48	0.04	0.27	0.05	0.13	0.0	0.11	0.11	0.1	0.17	0.17	0.23	0.0	0.0	0.35	0.05	0.0	0.42	0.09	0.04	0.02	0.13	0.07	0.0	0.06	0.0	0.0	0.09	0.11
AAL23245 (STM4425)	0.37	0.92	0.82	0.23	0.2	0.2	0.25	0.42	0.6	0.42	1.0	0.15	0.74	0.36	0.16	0.0	0.26	0.21	0.23	0.32	0.27	0.41	0.0	0.0	0.35	0.45	0.0	0.56	0.29	0.18	0.19	0.27	0.31	0.0	0.2	0.0	0.0	0.25	0.25
AAL23255 (STM4435)	0.11	0.7	1.0	0.22	0.12	0.33	0.14	0.27	0.3	0.27	0.5	0.04	0.33	0.07	0.23	0.0	0.41	0.47	0.42	0.58	0.12	0.11	0.0	0.0	0.22	0.17	0.0	0.29	0.11	0.01	0.11	0.17	0.11	0.0	0.16	0.0	0.0	0.28	0.11
AAL23304 (idnK)	0.13	0.52	0.29	0.26	0.19	0.05	0.24	0.26	0.33	0.39	0.55	0.06	0.26	0.07	0.93	0.72	0.17	0.74	0.59	0.8	0.08	0.2	0.87	0.07	0.23	0.13	0.11	0.31	0.09	0.07	0.25	0.31	0.09	1.0	0.17	0.11	0.09	0.19	0.44
AAL23479 (traM)	0.21	0.75	0.11	0.15	0.17	0.21	0.22	0.28	0.04	0.17	0.1	0.08	0.14	0.22	0.24	0.14	1.0	0.21	0.3	0.29	0.1	0.21	0.58	0.14	0.25	0.21	0.0	0.17	0.12	0.27	0.17	0.12	0.09	0.16	0.45	0.0	0.4	0.13	0.21
AAL23488 (trbD)	0.21	0.9	0.93	0.21	0.18	0.49	0.15	0.51	0.06	0.49	0.11	0.06	0.34	0.99	0.02	1.0	0.16	0.15	0.12	0.17	0.25	0.13	0.31	0.14	0.37	0.46	0.0	0.25	0.3	0.04	0.18	0.24	0.31	0.74	0.05	0.0	0.23	0.41	0.11

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)