Heatmap: Cluster_21 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	ATCC_14028	SL1344	ATCC_14028,E-stationary,WT	14028s	ATCC_14028,Log,rpsL*_mut	14028s,mLPM	opgGH_mut	LT2	Florfenicol	NCTC_12023,37_C	Chlortetracycline	SL1344,NarS_defic	ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut	LT2,ridA	fliA_del	High-patho	LT2,Cell_susp_cult	14028s,hilC_del,pBAD24	14028s,sprB_del,pBAD24	14028s,pBAD24	gastro	hfq_mut	Low-patho,42C	plank_cells	ATCC_14028,gastro	Typh_14028s,Expo_phase	14028s,typhoid	14028s,rtcR	Typh_14028s	infection	ATCC_14028,Log,WT	14028s,rtcB	High-patho,42C	LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C	biofilm	ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut	ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL23444 (PSLT002)	0.22	1.0	0.4	0.12	0.19	0.12	0.19	0.25	0.06	0.31	0.09	0.07	0.49	0.23	0.17	0.08	0.11	0.28	0.3	0.36	0.17	0.63	0.04	0.02	0.27	0.13	0.29	0.16	0.02	0.13	0.24	0.14	0.1	0.14	0.03	0.28	0.43
AAL23450 (PSLT020)	0.08	1.0	0.07	0.03	0.06	0.02	0.12	0.1	0.04	0.04	0.1	0.03	0.15	0.08	0.08	0.05	0.05	0.08	0.06	0.1	0.03	0.27	0.04	0.0	0.12	0.05	0.1	0.02	0.02	0.08	0.1	0.02	0.02	0.1	0.0	0.08	0.1
AAL23460 (PSLT036)	0.53	1.0	0.81	0.2	0.2	0.09	0.53	0.44	0.1	0.31	0.17	0.26	0.91	0.44	0.13	0.16	0.23	0.22	0.25	0.34	0.37	0.59	0.07	0.12	0.78	0.26	0.7	0.44	0.12	0.2	0.44	0.45	0.18	0.12	0.14	0.35	0.56
AAL23461 (PSLT042)	0.29	0.96	0.24	0.19	0.17	0.17	0.34	0.31	0.17	0.3	0.35	0.11	0.54	0.35	0.16	0.57	0.08	0.4	0.32	0.47	0.33	1.0	0.22	0.06	0.33	0.17	0.55	0.33	0.06	0.37	0.25	0.32	0.52	0.12	0.06	0.09	0.39
AAL23466 (PSLT056)	0.07	1.0	0.05	0.07	0.02	0.02	0.04	0.09	0.03	0.03	0.04	0.01	0.08	0.06	0.01	0.0	0.02	0.05	0.04	0.04	0.08	0.17	0.0	0.0	0.12	0.02	0.03	0.03	0.01	0.01	0.03	0.05	0.0	0.07	0.0	0.03	0.02
AAL23467 (PSLT057)	0.05	1.0	0.06	0.06	0.02	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.0	0.07	0.05	0.02	0.0	0.01	0.01	0.03	0.03	0.05	0.03	0.0	0.0	0.09	0.01	0.03	0.03	0.0	0.01	0.01	0.05	0.0	0.02	0.0	0.03	0.03
AAL23468 (PSLT059)	0.06	1.0	0.06	0.06	0.03	0.02	0.02	0.09	0.05	0.05	0.08	0.03	0.07	0.11	0.03	0.0	0.02	0.03	0.03	0.03	0.05	0.08	0.0	0.0	0.11	0.04	0.04	0.06	0.0	0.06	0.04	0.07	0.0	0.04	0.0	0.03	0.07
AAL23469 (PSLT060)	0.03	1.0	0.07	0.03	0.0	0.01	0.0	0.11	0.03	0.04	0.04	0.02	0.04	0.15	0.0	0.0	0.01	0.01	0.0	0.01	0.0	0.1	0.0	0.0	0.03	0.06	0.03	0.04	0.01	0.09	0.01	0.04	0.0	0.04	0.0	0.05	0.08
AAL23470 (PSLT061)	0.09	1.0	0.46	0.14	0.08	0.42	0.08	0.23	0.04	0.18	0.04	0.05	0.25	0.32	0.08	0.0	0.1	0.12	0.12	0.14	0.35	0.19	0.0	0.0	0.18	0.13	0.05	0.13	0.01	0.07	0.16	0.12	0.0	0.27	0.0	0.2	0.11
AAL23471 (PSLT062)	0.12	1.0	0.3	0.11	0.14	0.09	0.08	0.19	0.08	0.13	0.1	0.08	0.34	0.25	0.02	0.0	0.03	0.07	0.05	0.07	0.17	0.28	0.0	0.0	0.27	0.19	0.19	0.1	0.07	0.12	0.16	0.09	0.0	0.11	0.0	0.15	0.18
AAL23472 (PSLT063)	0.21	1.0	0.42	0.2	0.2	0.25	0.19	0.24	0.05	0.15	0.06	0.07	0.39	0.19	0.13	0.0	0.2	0.14	0.14	0.16	0.23	0.23	0.0	0.0	0.25	0.23	0.16	0.12	0.02	0.13	0.25	0.11	0.0	0.44	0.0	0.34	0.19
AAL23473 (PSLT064)	0.22	1.0	0.12	0.11	0.06	0.06	0.54	0.23	0.04	0.16	0.07	0.2	0.21	0.37	0.18	0.0	0.13	0.14	0.17	0.2	0.28	0.87	0.0	0.0	0.32	0.16	0.15	0.07	0.06	0.2	0.09	0.08	0.0	0.2	0.0	0.11	0.17
AAL23474 (ssbB)	0.07	1.0	0.07	0.1	0.04	0.02	0.03	0.07	0.03	0.1	0.06	0.02	0.06	0.02	0.05	0.0	0.03	0.06	0.07	0.07	0.04	0.11	0.0	0.0	0.11	0.04	0.08	0.11	0.01	0.02	0.04	0.21	0.0	0.31	0.0	0.06	0.06
AAL23475 (PSLT067)	0.44	1.0	0.28	0.16	0.15	0.07	0.24	0.25	0.31	0.63	0.51	0.15	0.36	0.15	0.05	0.0	0.11	0.04	0.1	0.12	0.19	0.91	0.0	0.0	0.37	0.1	0.26	0.37	0.02	0.07	0.16	0.43	0.0	0.3	0.0	0.19	0.2
AAL23476 (PSLT068)	0.06	1.0	0.06	0.09	0.02	0.02	0.03	0.08	0.02	0.08	0.03	0.02	0.05	0.07	0.05	0.0	0.03	0.07	0.07	0.08	0.06	0.21	0.0	0.01	0.09	0.05	0.05	0.09	0.01	0.03	0.02	0.15	0.0	0.07	0.02	0.05	0.04
AAL23477 (psiB)	0.11	1.0	0.19	0.13	0.11	0.03	0.08	0.24	0.08	0.29	0.13	0.16	0.27	0.29	0.1	0.0	0.08	0.11	0.11	0.15	0.11	0.27	0.0	0.0	0.13	0.15	0.2	0.21	0.03	0.19	0.16	0.22	0.0	0.13	0.0	0.24	0.3
AAL23478 (psiA)	0.15	1.0	0.33	0.22	0.21	0.1	0.12	0.37	0.13	0.34	0.19	0.16	0.48	0.59	0.13	0.05	0.17	0.22	0.19	0.27	0.32	0.26	0.02	0.17	0.26	0.3	0.28	0.36	0.03	0.21	0.2	0.4	0.03	0.26	0.13	0.33	0.41
AAL23480 (traJ)	0.17	1.0	0.02	0.08	0.03	0.02	0.06	0.33	0.04	0.04	0.15	0.0	0.1	0.28	0.07	0.27	0.3	0.09	0.11	0.13	0.09	0.18	0.45	0.04	0.23	0.04	0.06	0.16	0.06	0.01	0.03	0.19	0.14	0.06	0.08	0.05	0.07
AAL23482 (traA)	0.21	0.97	0.32	0.33	0.09	0.46	0.05	0.53	0.03	0.22	0.04	0.07	0.12	0.48	0.05	0.17	0.05	0.14	0.21	0.22	0.14	0.06	0.06	0.05	0.19	0.15	0.14	1.0	0.06	0.05	0.16	0.93	0.04	0.02	0.06	0.12	0.05
AAL23483 (traL)	0.09	1.0	0.07	0.15	0.03	0.06	0.07	0.15	0.11	0.08	0.31	0.05	0.06	0.16	0.03	0.04	0.04	0.1	0.15	0.18	0.03	0.22	0.01	0.02	0.17	0.07	0.09	0.32	0.01	0.03	0.06	0.34	0.03	0.0	0.03	0.03	0.06
AAL23484 (traE)	0.08	1.0	0.09	0.11	0.04	0.03	0.06	0.24	0.07	0.14	0.1	0.04	0.1	0.34	0.08	0.05	0.05	0.12	0.11	0.13	0.06	0.15	0.01	0.02	0.15	0.16	0.13	0.22	0.05	0.08	0.06	0.26	0.02	0.02	0.03	0.08	0.05
AAL23485 (traK)	0.11	1.0	0.24	0.21	0.1	0.04	0.07	0.3	0.07	0.23	0.09	0.07	0.18	0.49	0.17	0.02	0.13	0.37	0.25	0.33	0.13	0.23	0.0	0.03	0.21	0.2	0.13	0.36	0.02	0.15	0.15	0.32	0.01	0.06	0.05	0.17	0.12
AAL23486 (traB)	0.07	1.0	0.14	0.11	0.06	0.02	0.03	0.17	0.05	0.07	0.07	0.04	0.12	0.25	0.05	0.02	0.04	0.09	0.1	0.11	0.05	0.06	0.01	0.02	0.1	0.08	0.07	0.17	0.0	0.05	0.07	0.17	0.01	0.07	0.03	0.1	0.07
AAL23487 (traP)	0.12	1.0	0.25	0.12	0.06	0.04	0.07	0.19	0.06	0.12	0.09	0.07	0.08	0.25	0.08	0.13	0.15	0.19	0.14	0.18	0.02	0.21	0.04	0.07	0.13	0.1	0.07	0.15	0.02	0.06	0.09	0.17	0.12	0.05	0.13	0.13	0.03
AAL23489 (traV)	0.14	1.0	0.9	0.31	0.22	0.36	0.11	0.39	0.11	0.38	0.15	0.11	0.31	0.59	0.09	0.14	0.2	0.26	0.28	0.27	0.11	0.46	0.02	0.14	0.37	0.51	0.24	0.48	0.06	0.18	0.23	0.49	0.05	0.13	0.17	0.31	0.11
AAL23490 (traR)	0.1	1.0	0.13	0.1	0.06	0.13	0.01	0.1	0.07	0.08	0.13	0.03	0.07	0.18	0.03	0.0	0.01	0.04	0.02	0.02	0.02	0.14	0.0	0.0	0.15	0.15	0.06	0.12	0.02	0.02	0.07	0.14	0.0	0.0	0.0	0.1	0.05
AAL23491 (PSLT087)	0.08	1.0	0.23	0.16	0.08	0.22	0.1	0.2	0.07	0.12	0.11	0.02	0.1	0.36	0.05	0.0	0.07	0.23	0.23	0.25	0.06	0.09	0.0	0.0	0.2	0.24	0.08	0.19	0.01	0.06	0.08	0.2	0.0	0.04	0.0	0.17	0.03
AAL23492 (traC)	0.1	1.0	0.25	0.15	0.1	0.15	0.13	0.25	0.09	0.12	0.09	0.05	0.21	0.3	0.2	0.0	0.07	0.23	0.2	0.25	0.08	0.16	0.0	0.0	0.17	0.17	0.1	0.14	0.01	0.1	0.13	0.16	0.0	0.12	0.0	0.15	0.14
AAL23493 (trbI)	0.06	1.0	0.17	0.13	0.08	0.15	0.05	0.18	0.03	0.08	0.03	0.05	0.11	0.26	0.03	0.0	0.12	0.17	0.17	0.16	0.08	0.07	0.0	0.0	0.17	0.12	0.05	0.12	0.03	0.03	0.06	0.15	0.0	0.19	0.0	0.14	0.07
AAL23494 (traW)	0.08	1.0	0.22	0.19	0.12	0.23	0.08	0.23	0.06	0.11	0.06	0.07	0.14	0.36	0.18	0.0	0.09	0.16	0.2	0.23	0.12	0.29	0.0	0.0	0.17	0.22	0.08	0.15	0.01	0.05	0.1	0.21	0.0	0.15	0.0	0.18	0.11
AAL23495 (traU)	0.09	1.0	0.28	0.14	0.15	0.22	0.07	0.23	0.08	0.13	0.07	0.09	0.17	0.4	0.11	0.0	0.07	0.12	0.12	0.13	0.13	0.26	0.0	0.0	0.19	0.18	0.11	0.16	0.02	0.06	0.16	0.18	0.0	0.1	0.0	0.16	0.13
AAL23496 (PSLT093)	0.09	1.0	0.16	0.12	0.08	0.12	0.18	0.18	0.03	0.09	0.02	0.05	0.12	0.27	0.13	0.0	0.09	0.2	0.15	0.18	0.02	0.24	0.0	0.0	0.15	0.1	0.08	0.1	0.03	0.08	0.08	0.08	0.0	0.1	0.0	0.09	0.1
AAL23497 (trbC)	0.11	1.0	0.47	0.2	0.2	0.21	0.15	0.34	0.08	0.24	0.07	0.14	0.34	0.55	0.15	0.0	0.11	0.22	0.16	0.22	0.23	0.28	0.0	0.0	0.25	0.24	0.21	0.27	0.01	0.24	0.23	0.23	0.0	0.1	0.0	0.26	0.24
AAL23498 (traN)	0.11	1.0	0.29	0.14	0.1	0.11	0.2	0.27	0.05	0.17	0.04	0.07	0.23	0.37	0.23	0.0	0.12	0.28	0.26	0.31	0.16	0.23	0.0	0.0	0.23	0.13	0.13	0.12	0.01	0.1	0.12	0.13	0.0	0.17	0.0	0.18	0.17
AAL23499 (trbE)	0.13	1.0	0.61	0.09	0.23	0.11	0.46	0.34	0.06	0.15	0.06	0.03	0.59	0.37	0.04	0.0	0.18	0.21	0.08	0.12	0.25	0.14	0.0	0.0	0.3	0.11	0.09	0.06	0.01	0.19	0.25	0.08	0.0	0.22	0.0	0.59	0.2
AAL23500 (traF)	0.16	1.0	0.7	0.17	0.19	0.27	0.15	0.47	0.15	0.27	0.21	0.09	0.6	0.75	0.08	0.0	0.07	0.14	0.15	0.19	0.36	0.41	0.0	0.0	0.37	0.34	0.24	0.3	0.04	0.24	0.26	0.31	0.0	0.04	0.0	0.35	0.3
AAL23501 (traQ)	0.09	1.0	0.31	0.12	0.08	0.07	0.1	0.22	0.06	0.16	0.1	0.03	0.2	0.32	0.11	0.0	0.09	0.22	0.23	0.32	0.26	0.23	0.0	0.0	0.6	0.27	0.14	0.17	0.01	0.18	0.09	0.14	0.0	0.03	0.0	0.18	0.07
AAL23502 (trbB)	0.08	1.0	0.46	0.13	0.11	0.31	0.11	0.22	0.07	0.16	0.1	0.03	0.31	0.33	0.15	0.0	0.07	0.25	0.25	0.28	0.19	0.23	0.0	0.0	0.36	0.31	0.13	0.15	0.01	0.09	0.1	0.12	0.0	0.07	0.0	0.24	0.12
AAL23503 (traH)	0.18	1.0	0.79	0.23	0.2	0.46	0.21	0.35	0.12	0.32	0.13	0.13	0.49	0.58	0.37	0.0	0.12	0.44	0.44	0.49	0.27	0.42	0.0	0.0	0.33	0.43	0.19	0.23	0.04	0.21	0.21	0.21	0.0	0.13	0.0	0.45	0.23
AAL23504 (traG)	0.28	1.0	0.94	0.31	0.46	0.38	0.46	0.59	0.16	0.45	0.15	0.17	0.88	0.8	0.73	0.0	0.28	0.63	0.57	0.72	0.33	0.48	0.0	0.0	0.32	0.36	0.36	0.36	0.06	0.35	0.52	0.31	0.0	0.33	0.0	0.7	0.98
AAL23507 (traD)	0.17	1.0	0.28	0.22	0.15	0.22	0.28	0.37	0.22	0.25	0.49	0.05	0.31	0.63	0.29	0.0	0.25	0.99	0.92	0.97	0.17	0.5	0.0	0.0	0.28	0.17	0.21	0.32	0.02	0.2	0.21	0.29	0.0	0.39	0.0	0.28	0.45
AAL23509 (traI)	0.18	1.0	0.39	0.27	0.28	0.26	0.21	0.54	0.2	0.33	0.2	0.27	0.51	0.92	0.32	0.0	0.3	0.43	0.46	0.48	0.32	0.51	0.0	0.0	0.29	0.37	0.26	0.35	0.03	0.26	0.29	0.34	0.0	0.34	0.0	0.3	0.45
AAL23510 (traX)	0.19	1.0	0.28	0.23	0.28	0.2	0.11	0.53	0.21	0.3	0.24	0.35	0.44	0.95	0.19	0.0	0.1	0.18	0.14	0.17	0.15	0.55	0.0	0.0	0.58	0.34	0.25	0.34	0.03	0.26	0.32	0.36	0.0	0.1	0.0	0.28	0.52
AAL23511 (finO)	0.26	1.0	0.72	0.42	0.29	0.2	0.4	0.66	0.13	0.55	0.12	0.38	0.66	0.93	0.58	0.01	0.26	0.56	0.54	0.6	0.4	0.58	0.0	0.02	0.56	0.35	0.35	0.52	0.03	0.35	0.41	0.43	0.01	0.35	0.02	0.52	0.5
AAL23512 (srgC)	0.19	1.0	0.37	0.19	0.41	0.07	0.46	0.49	0.12	0.27	0.15	0.08	0.52	0.45	0.29	0.26	0.35	0.34	0.39	0.45	0.16	0.89	0.08	0.04	0.25	0.25	0.27	0.24	0.09	0.21	0.28	0.2	0.22	0.33	0.05	0.45	0.45
AAL23515 (srgA)	0.16	1.0	0.17	0.15	0.2	0.06	0.32	0.35	0.21	0.12	0.3	0.13	0.27	0.61	0.07	0.09	0.41	0.37	0.43	0.41	0.13	0.24	0.07	0.34	0.35	0.4	0.19	0.23	0.02	0.08	0.12	0.26	0.07	0.16	0.77	0.23	0.26
AAL23519 (orf5)	0.21	1.0	0.43	0.18	0.22	0.07	0.49	0.36	0.09	0.21	0.14	0.09	0.39	0.31	0.57	0.0	0.33	0.73	0.69	0.8	0.32	0.66	0.0	0.0	0.32	0.2	0.19	0.17	0.03	0.19	0.24	0.15	0.0	0.7	0.0	0.32	0.29
AAL23520 (pefD)	0.18	1.0	0.37	0.23	0.2	0.08	0.18	0.35	0.08	0.25	0.09	0.08	0.35	0.44	0.39	0.06	0.35	0.56	0.48	0.57	0.18	0.22	0.02	0.03	0.26	0.2	0.21	0.27	0.04	0.23	0.2	0.23	0.03	0.55	0.06	0.33	0.31
AAL23521 (pefC)	0.08	1.0	0.17	0.11	0.1	0.05	0.1	0.19	0.07	0.13	0.08	0.08	0.21	0.26	0.17	0.01	0.08	0.32	0.25	0.31	0.08	0.19	0.01	0.03	0.14	0.13	0.11	0.09	0.03	0.07	0.1	0.11	0.01	0.12	0.04	0.16	0.18
AAL23523 (pefB)	0.12	1.0	0.04	0.08	0.03	0.0	0.14	0.14	0.2	0.15	0.46	0.1	0.08	0.04	0.16	0.01	0.13	0.41	0.28	0.5	0.03	0.07	0.0	0.01	0.17	0.03	0.09	0.07	0.09	0.04	0.04	0.1	0.0	0.11	0.02	0.04	0.05
AAL23532 (spvR)	0.12	1.0	0.17	0.09	0.05	0.28	0.29	0.24	0.19	0.05	0.39	0.01	0.69	0.13	0.12	0.15	0.33	0.29	0.36	0.41	0.32	0.94	0.03	0.02	0.79	0.12	0.12	0.07	0.03	0.08	0.04	0.08	0.11	0.2	0.04	0.06	0.09
AAL23540 (samB)	0.17	1.0	0.26	0.26	0.21	0.04	0.33	0.36	0.12	0.17	0.12	0.22	0.28	0.58	0.35	0.07	0.14	0.34	0.31	0.38	0.22	0.47	0.03	0.04	0.27	0.18	0.37	0.77	0.01	0.12	0.2	0.61	0.03	0.61	0.05	0.36	0.21
AAL23542 (finP)	0.08	0.74	0.16	0.11	0.06	0.01	0.19	0.16	0.07	0.21	0.13	0.01	0.22	0.12	0.39	0.21	0.12	0.8	0.56	1.0	0.03	0.25	0.12	0.01	0.11	0.05	0.13	0.06	0.03	0.16	0.16	0.08	0.19	0.14	0.02	0.09	0.25

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)