1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_26 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

 Transpose table  Download table
Gene
25RC,0.25% glucose
3RC,0.25% glucose
58RC,0.25% glucose
ATCC 29212,0% glucose
ATCC 29212,0.15% glucose
ATCC 29212,0.25% glucose
ATCC 29212,15min
ATCC 29212,ampicillin,15min
ATCC 29212,bacitracin,15min
ATCC 29212,chloramphenicol,15min
ATCC 29212,erythromycin,15min
ATCC 29212,kanamycin,15min
ATCC 29212,lincomycin,15min
ATCC 29212,ofloxacin,15min
ATCC 33186,TSB
ATCC 33186,pH10
EF16C185,37C,4h,20mlMH
EF16C185-O2,37C,4h,20mlMH
F4,37C,4h,20mlMH
F4-11,37C,4h,20mlMH
OG1RF
OG1RF,(p)ppGpp0
OG1RF,(p)ppGpp0 codY-KO
OG1RF,Untreated,0min
OG1RF,Untreated,10min
OG1RF,Untreated,20min
OG1RF,Untreated,40min
OG1RF,WT
OG1RF,cellobiose
OG1RF,clpP-KO
OG1RF,gentiobiose
OG1RF,glucose
OG1RF,pCF10
OG1RF,pCIE
OG1RF,pDAK1010A,highFstpAD1
OG1RF,pDAK1010E,highFstEF0409
OG1RF,pDAK1010E,lowFstEF0409
OG1RF,phageVPE25,0min
OG1RF,phageVPE25,10min
OG1RF,phageVPE25,20min
V649,LVX
V649,Untreated
V649,pGR-IS256
V649,pGR-tetM
AEA92730 (cysE)
 0.53 0.12 0.12 0.18 0.24 0.22 0.22 0.19 0.18 0.12 0.12 0.17 0.09 0.18 0.55 0.27 0.16 0.13 0.08 0.16 0.09 0.63 0.61 0.43 0.45 0.2 0.39 0.37 0.36 0.37 1.0 0.65 0.39 0.22 0.22 0.2 0.17 0.4 0.42 0.36 0.38 0.33 0.18 0.13
AEA92731 (cysS)
 0.46 0.13 0.14 0.3 0.33 0.26 0.26 0.27 0.29 0.18 0.2 0.26 0.15 0.24 0.77 0.26 0.19 0.2 0.25 0.29 0.12 0.56 0.62 0.37 0.42 0.26 0.36 0.37 0.33 0.45 1.0 0.51 0.39 0.21 0.2 0.23 0.19 0.36 0.34 0.31 0.35 0.3 0.17 0.14
AEA92732 (cysS2)
 0.37 0.17 0.13 0.14 0.25 0.24 0.29 0.29 0.29 0.2 0.24 0.24 0.17 0.23 1.0 0.25 0.2 0.2 0.18 0.31 0.11 0.28 0.32 0.26 0.29 0.2 0.25 0.32 0.41 0.48 0.99 0.52 0.45 0.21 0.17 0.25 0.21 0.23 0.22 0.23 0.36 0.27 0.16 0.13
AEA92733 (OG1RF_10046)
 0.43 0.16 0.16 0.24 0.25 0.27 0.31 0.29 0.32 0.22 0.24 0.25 0.22 0.29 1.0 0.4 0.23 0.2 0.24 0.38 0.17 0.53 0.55 0.37 0.43 0.32 0.33 0.28 0.44 0.35 0.9 0.56 0.42 0.21 0.19 0.24 0.21 0.39 0.35 0.3 0.42 0.36 0.23 0.17
AEA92734 (OG1RF_10047)
 0.19 0.11 0.11 0.23 0.21 0.19 0.29 0.33 0.34 0.27 0.23 0.36 0.2 0.35 1.0 0.44 0.22 0.25 0.24 0.39 0.2 0.34 0.38 0.19 0.22 0.22 0.16 0.23 0.41 0.32 0.8 0.52 0.45 0.22 0.17 0.23 0.21 0.25 0.18 0.16 0.37 0.29 0.2 0.15
AEA92921 (celA)
 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0
AEA92922 (celB)
 0.01 0.01 0.01 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.14 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0
AEA92937 (chiC)
 0.09 0.06 0.06 0.04 0.04 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.42 0.26 0.02 0.16 0.07 0.02 0.15 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 1.0 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.0 0.03 0.03 0.03 0.35 0.02 0.23 0.17
AEA92938 (OG1RF_10251)
 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.07 0.0 0.0 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.01 0.15 0.07 0.01 0.14 0.14 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 1.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.02 0.02 0.25 0.02 0.15 0.12
AEA92959 (OG1RF_10272)
 0.21 0.04 0.06 0.11 0.08 0.13 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.74 0.1 0.01 0.02 0.52 0.2 0.03 0.85 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 1.0 0.02 0.01 0.0 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.2 0.01 0.05 0.05
AEA92960 (OG1RF_10273)
 0.24 0.08 0.1 0.15 0.19 0.18 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.66 0.19 0.01 0.02 0.63 0.25 0.04 0.65 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 1.0 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.08 0.09 0.1 0.43 0.02 0.07 0.07
AEA93023 (OG1RF_10336)
 0.1 0.06 0.05 0.0 0.1 0.24 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 1.0 0.04 0.26 0.11 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.09 0.08 0.09 0.03 0.04 0.02 0.01
AEA93118 (fruK)
 0.32 0.23 0.23 0.01 0.16 0.3 0.01 0.01 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.21 0.04 0.03 0.19 0.04 0.24 0.13 0.05 0.02 0.03 0.0 0.0 0.01 0.03 0.24 0.05 1.0 0.2 0.02 0.01 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03
AEA93151 (yegS)
 0.28 0.23 0.22 0.06 0.37 0.31 0.47 0.47 0.46 0.55 0.44 0.45 0.29 0.44 0.53 0.44 0.33 0.29 0.24 0.58 0.11 1.0 0.82 0.49 0.5 0.39 0.55 0.55 0.56 0.47 0.74 0.73 0.81 0.37 0.36 0.36 0.33 0.58 0.62 0.57 0.41 0.25 0.3 0.19
AEA93190 (OG1RF_10503)
 0.38 0.2 0.21 0.68 0.35 0.33 0.07 0.08 0.11 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.13 0.16 0.26 0.38 0.49 0.37 0.45 0.23 0.12 0.1 0.03 0.04 0.14 0.28 0.77 0.39 1.0 0.3 0.13 0.06 0.04 0.04 0.05 0.12 0.11 0.09 0.15 0.16 0.12 0.25
AEA93245 (dhdh)
 0.74 0.32 0.34 0.65 0.36 0.32 0.23 0.19 0.27 0.21 0.28 0.2 0.25 0.26 0.42 0.76 0.26 0.41 0.22 0.36 0.14 0.68 0.19 0.25 0.18 0.11 0.51 0.23 0.62 0.38 1.0 0.7 0.32 0.11 0.1 0.09 0.1 0.16 0.22 0.25 0.3 0.19 0.29 0.14
AEA93262 (ppx)
 0.52 0.3 0.31 0.27 0.44 0.79 0.51 0.57 0.42 0.49 0.55 0.55 0.5 0.51 0.83 0.5 0.36 0.3 0.21 0.38 0.25 0.96 0.93 0.57 0.52 0.85 0.61 0.47 0.61 0.32 0.89 0.99 1.0 0.55 0.43 0.49 0.47 0.77 0.61 0.6 0.6 0.34 0.32 0.21
AEA93433 (OG1RF_10746)
 0.21 0.01 0.01 0.18 0.24 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.0 0.01 0.5 0.05 0.14 0.16 0.41 0.2 0.08 0.05 0.01 0.09 0.01 0.0 0.01 0.23 0.42 0.26 1.0 0.24 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.1 0.05 0.04 0.12 0.07 0.07 0.1
AEA93434 (OG1RF_10747)
 0.44 0.03 0.02 0.03 0.15 0.08 0.0 0.03 0.0 0.01 0.01 0.01 0.02 0.0 0.48 0.02 0.06 0.12 0.12 0.09 0.02 0.04 0.0 0.03 0.02 0.0 0.01 0.06 0.14 0.06 1.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03
AEA93435 (OG1RF_10748)
 0.0 0.0 0.0 0.09 0.25 0.11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.05 0.06 0.12 0.22 0.1 0.03 0.27 0.05 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.11 0.02 0.76 0.02 0.02 0.0 0.02 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.1 0.11 0.19
AEA93436 (OG1RF_10749)
 0.17 0.01 0.01 0.03 0.16 0.05 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.38 0.02 0.06 0.17 0.31 0.15 0.02 0.01 0.0 0.04 0.01 0.0 0.01 0.05 0.11 0.05 1.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 0.06 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04
AEA93439 (OG1RF_10752)
 0.09 0.0 0.0 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 0.0 0.01 0.14 0.01 0.09 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.0 0.05 0.01 0.0 0.04 0.24 1.0 0.43 0.88 0.18 0.06 0.01 0.0 0.0 0.02 0.09 0.07 0.05 0.04 0.21 0.02 0.03
AEA93440 (bglA2)
 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.0 0.05 0.01 0.0 0.03 0.08 0.54 0.18 1.0 0.04 0.01 0.0 0.0 0.0 0.01 0.08 0.05 0.03 0.02 0.14 0.01 0.02
AEA93441 (OG1RF_10754)
 0.1 0.02 0.02 0.11 0.21 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.45 0.15 1.0 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.04 0.09 0.03 0.03
AEA93686 (OG1RF_10999)
 0.25 0.13 0.11 0.01 0.22 0.41 0.09 0.09 0.1 0.09 0.13 0.08 0.05 0.08 0.84 0.08 0.31 0.28 0.09 0.26 0.01 0.11 0.13 0.22 0.08 0.16 0.61 0.22 0.27 0.25 1.0 0.45 0.28 0.09 0.27 0.4 0.22 0.23 0.18 0.16 0.51 0.18 0.17 0.12
AEA93701 (yckE)
 0.1 0.04 0.04 0.04 0.04 0.16 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.11 0.08 0.07 0.04 1.0 0.05 0.1 0.09 0.03 0.05 0.22 0.1 0.07 0.04 0.09 0.11 0.05 0.04 0.05 0.05
AEA93702 (OG1RF_11015)
 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.12 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.09 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.08 0.1 0.05 0.04 1.0 0.05 0.09 0.09 0.02 0.04 0.18 0.11 0.06 0.04 0.07 0.08 0.03 0.03 0.04 0.04
AEA93886 (licH)
 0.14 0.12 0.11 0.01 0.12 0.12 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.2 0.03 0.01 0.0 0.01 0.01 1.0 0.01 0.68 0.02 0.01 0.0 0.1 0.07 0.04 0.22 0.15 0.16 0.27 0.2 0.59 0.38
AEA94217 (amiD4)
 0.0 0.22 0.22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.18 0.3 0.09 0.07 0.07 0.05 0.11 0.06 0.09 0.08 1.0 0.09 0.09 0.03 0.08 0.06 0.04 0.14 0.15 0.19 0.25 0.05 0.14 0.1
AEA94218 (OG1RF_11531)
 0.01 0.33 0.32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.23 0.35 0.1 0.05 0.03 0.03 0.13 0.06 0.05 0.08 1.0 0.06 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.11 0.11 0.18 0.2 0.02 0.09 0.09
AEA94515 (sufD)
 0.36 0.21 0.2 0.37 0.3 0.4 0.28 0.3 0.32 0.24 0.23 0.26 0.17 0.27 0.53 0.26 0.13 0.2 0.15 0.27 0.25 0.23 0.15 0.3 0.56 0.46 0.41 0.31 0.48 0.67 1.0 0.68 0.56 0.26 0.21 0.24 0.21 0.21 0.32 0.35 0.41 0.21 0.24 0.23
AEA94516 (sufC)
 0.47 0.23 0.19 0.33 0.25 0.47 0.31 0.32 0.41 0.22 0.21 0.33 0.19 0.27 0.6 0.24 0.17 0.16 0.05 0.09 0.24 0.25 0.18 0.36 0.62 0.51 0.46 0.31 0.64 0.68 1.0 0.59 0.49 0.29 0.25 0.28 0.29 0.19 0.33 0.36 0.5 0.3 0.27 0.31
AEA94934 (ulaA2)
 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.11 0.05 0.06 0.05 0.18 0.02 0.04 0.08 0.02 0.09 0.0 0.04 0.02 0.08 0.01 0.0 0.03 0.03 0.1 0.04 1.0 0.05 0.02 0.01 0.0 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.38 0.11 0.03 0.02
AEA94935 (ptsB)
 0.13 0.01 0.01 0.0 0.01 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.12 0.07 0.06 0.05 0.46 0.02 0.09 0.1 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.0 0.03 0.05 0.13 0.05 1.0 0.06 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.03 0.02 0.31 0.14 0.02 0.02
AEA95053 (opp2A)
 0.09 0.38 0.39 0.02 0.08 0.12 0.12 0.13 0.23 0.09 0.13 0.12 0.07 0.11 0.18 1.0 0.03 0.19 0.28 0.45 0.02 0.66 0.46 0.24 0.06 0.03 0.24 0.33 0.36 0.15 0.99 0.55 0.22 0.04 0.27 0.07 0.06 0.09 0.14 0.13 0.08 0.03 0.07 0.06
AEA95054 (opp2C)
 0.17 0.44 0.42 0.09 0.14 0.24 0.24 0.23 0.42 0.18 0.22 0.22 0.13 0.21 0.25 0.99 0.03 0.09 0.08 0.19 0.04 0.99 0.8 0.76 0.07 0.04 0.55 0.41 0.54 0.71 1.0 0.75 0.4 0.08 0.67 0.11 0.11 0.25 0.37 0.35 0.13 0.05 0.11 0.1
AEA95055 (opp2B)
 0.12 0.29 0.27 0.08 0.1 0.18 0.15 0.14 0.26 0.13 0.15 0.14 0.1 0.14 0.25 1.0 0.02 0.06 0.04 0.1 0.04 0.81 0.63 0.51 0.04 0.04 0.33 0.33 0.52 0.48 0.58 0.59 0.3 0.06 0.47 0.07 0.08 0.21 0.24 0.22 0.09 0.04 0.07 0.06
AEA95056 (opp2F)
 0.24 0.44 0.41 0.16 0.11 0.26 0.2 0.19 0.35 0.18 0.18 0.16 0.14 0.19 0.24 0.58 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.82 0.64 0.62 0.04 0.06 0.42 0.28 1.0 0.65 0.6 0.67 0.3 0.1 0.68 0.09 0.12 0.31 0.3 0.28 0.09 0.05 0.07 0.08
AEA95057 (opp2D)
 0.13 0.29 0.29 0.09 0.06 0.16 0.15 0.13 0.26 0.12 0.15 0.14 0.14 0.15 0.18 0.39 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.71 0.66 0.54 0.11 0.05 0.34 0.23 1.0 0.51 0.38 0.54 0.22 0.09 0.98 0.11 0.13 0.3 0.39 0.34 0.06 0.04 0.06 0.06
AEA95152 (OG1RF_12465)
 0.09 0.13 0.1 0.1 0.13 0.14 0.38 0.36 0.22 0.42 0.39 0.38 0.37 0.37 0.06 0.02 0.08 0.38 0.23 0.31 0.2 0.33 0.07 0.71 0.34 0.03 0.08 0.13 1.0 0.29 0.15 0.25 0.11 0.12 0.08 0.1 0.14 0.29 0.52 0.33 0.24 0.22 0.2 0.22
AEA95153 (OG1RF_12466)
 0.22 0.12 0.08 0.17 0.12 0.12 0.33 0.26 0.22 0.43 0.38 0.35 0.4 0.29 0.07 0.03 0.03 0.08 0.15 0.12 0.3 0.51 0.11 0.4 0.17 0.02 0.06 0.16 1.0 0.23 0.17 0.32 0.11 0.13 0.1 0.13 0.2 0.2 0.37 0.25 0.21 0.17 0.2 0.25

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)