Heatmap: Cluster_39 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	ATCC_14028	SL1344	ATCC_14028,E-stationary,WT	14028s	ATCC_14028,Log,rpsL*_mut	14028s,mLPM	opgGH_mut	LT2	Florfenicol	NCTC_12023,37_C	Chlortetracycline	SL1344,NarS_defic	ATCC_14028,E-stationary,rpsD*_mut	LT2,ridA	fliA_del	High-patho	LT2,Cell_susp_cult	14028s,hilC_del,pBAD24	14028s,sprB_del,pBAD24	14028s,pBAD24	gastro	hfq_mut	Low-patho,42C	plank_cells	ATCC_14028,gastro	Typh_14028s,Expo_phase	biofilm,cpxR_mut	14028s,typhoid	14028s,rtcR	Typh_14028s	infection	ATCC_14028,Log,WT	14028s,rtcB	High-patho,42C	LT2,Cell_susp_cult,Rho_Y80C	plank_cells,cpxR_mut	biofilm	ATCC_14028,E-stationary,rpsL*_mut	ATCC_14028,Log,rpsD*_mut
AAL18966 (thrA)	0.09	0.15	0.2	0.09	0.03	0.16	0.02	0.58	0.08	0.1	0.14	0.03	0.15	1.0	0.03	0.04	0.01	0.12	0.23	0.17	0.04	0.05	0.01	0.09	0.07	0.23	0.04	0.38	0.25	0.0	0.04	0.05	0.17	0.01	0.01	0.03	0.15	0.15	0.05
AAL18967 (thrB)	0.19	0.22	0.24	0.13	0.07	0.28	0.1	0.6	0.09	0.12	0.1	0.05	0.19	1.0	0.09	0.16	0.05	0.19	0.22	0.22	0.7	0.64	0.04	0.09	0.4	0.27	0.08	0.33	0.29	0.01	0.11	0.09	0.2	0.04	0.04	0.08	0.11	0.21	0.09
AAL18968 (thrC)	0.15	0.21	0.19	0.18	0.08	0.37	0.1	0.56	0.09	0.11	0.09	0.09	0.15	1.0	0.16	0.12	0.06	0.22	0.24	0.31	0.5	0.27	0.03	0.07	0.3	0.26	0.09	0.32	0.44	0.01	0.08	0.08	0.27	0.03	0.05	0.06	0.1	0.15	0.1
AAL19074 (leuD)	0.25	0.17	0.15	0.2	0.06	1.0	0.04	0.86	0.05	0.06	0.05	0.03	0.11	0.91	0.07	0.07	0.03	0.04	0.06	0.06	0.06	0.12	0.03	0.13	0.06	0.23	0.07	0.08	0.54	0.01	0.02	0.07	0.4	0.02	0.02	0.05	0.28	0.11	0.09
AAL19075 (leuC)	0.15	0.15	0.14	0.19	0.04	1.0	0.03	0.83	0.04	0.05	0.04	0.03	0.1	0.86	0.05	0.02	0.01	0.04	0.07	0.06	0.03	0.09	0.01	0.09	0.07	0.25	0.07	0.1	0.5	0.01	0.02	0.06	0.42	0.0	0.01	0.05	0.2	0.1	0.07
AAL19076 (leuB)	0.27	0.22	0.17	0.27	0.06	0.81	0.05	1.0	0.07	0.09	0.07	0.03	0.16	0.99	0.06	0.05	0.01	0.06	0.1	0.09	0.06	0.16	0.03	0.12	0.17	0.36	0.1	0.16	0.73	0.01	0.05	0.1	0.6	0.02	0.02	0.06	0.33	0.13	0.13
AAL19077 (leuA)	0.32	0.17	0.12	0.13	0.03	0.45	0.05	0.76	0.06	0.04	0.1	0.02	0.12	1.0	0.08	0.07	0.03	0.17	0.29	0.22	0.06	0.07	0.03	0.2	0.3	0.24	0.09	0.23	0.29	0.01	0.04	0.08	0.29	0.01	0.04	0.05	0.58	0.06	0.12
AAL19114 (aroP)	0.12	0.3	0.17	0.18	0.07	0.42	0.05	0.85	0.08	0.08	0.11	0.1	0.16	1.0	0.11	0.07	0.06	0.1	0.08	0.12	0.08	0.19	0.03	0.14	0.15	0.12	0.12	0.07	0.55	0.01	0.05	0.08	0.69	0.04	0.04	0.06	0.26	0.1	0.15
AAL19208 (yaeC)	0.18	0.28	0.21	0.24	0.12	0.75	0.42	0.53	0.09	0.13	0.08	0.07	0.19	1.0	0.25	0.16	0.2	0.13	0.12	0.14	0.15	0.37	0.17	0.17	0.16	0.32	0.22	0.19	0.39	0.04	0.06	0.22	0.35	0.1	0.17	0.12	0.28	0.17	0.2
AAL19209 (yaeE)	0.09	0.16	0.07	0.08	0.03	0.09	0.16	0.44	0.09	0.04	0.08	0.09	0.06	1.0	0.07	0.05	0.04	0.06	0.06	0.07	0.08	0.17	0.03	0.19	0.09	0.13	0.1	0.09	0.12	0.04	0.05	0.07	0.17	0.03	0.04	0.06	0.3	0.07	0.04
AAL19210 (abc)	0.11	0.16	0.06	0.1	0.03	0.09	0.13	0.49	0.25	0.06	0.31	0.13	0.06	1.0	0.05	0.08	0.04	0.04	0.04	0.05	0.12	0.29	0.06	0.12	0.13	0.18	0.11	0.15	0.21	0.05	0.06	0.05	0.37	0.05	0.06	0.08	0.2	0.04	0.05
AAL19553 (ybdH)	0.04	0.14	0.16	0.07	0.05	0.11	0.05	0.46	0.09	0.05	0.12	0.02	0.13	1.0	0.02	0.06	0.03	0.08	0.08	0.11	0.13	0.33	0.02	0.1	0.13	0.05	0.03	0.07	0.14	0.01	0.06	0.05	0.24	0.04	0.12	0.02	0.12	0.07	0.04
AAL19554 (ybdL)	0.03	0.1	0.04	0.07	0.01	0.13	0.05	0.38	0.05	0.02	0.08	0.03	0.04	1.0	0.03	0.06	0.02	0.02	0.02	0.03	0.23	0.2	0.03	0.12	0.24	0.05	0.07	0.06	0.14	0.01	0.04	0.03	0.25	0.03	0.06	0.05	0.22	0.02	0.02
AAL19859 (STM0923)	0.03	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.7	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.09	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.12	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.1	0.0	0.0	0.0	0.0
AAL19933 (ompF)	0.19	0.08	0.42	0.09	0.43	0.04	0.01	0.43	0.09	0.04	0.08	0.01	0.17	1.0	0.02	0.08	0.13	0.01	0.01	0.01	0.0	0.1	0.05	0.04	0.01	0.2	0.08	0.01	0.15	0.0	0.0	0.17	0.15	0.01	0.03	0.01	0.11	0.75	0.04
AAL20694 (ipk)	0.14	0.17	0.19	0.14	0.31	0.16	0.06	0.54	0.2	0.22	0.21	0.14	0.24	1.0	0.08	0.06	0.03	0.06	0.11	0.07	0.07	0.11	0.06	0.11	0.06	0.21	0.16	0.22	0.16	0.07	0.15	0.27	0.18	0.06	0.04	0.15	0.12	0.3	0.37
AAL21097 (folE)	0.09	0.1	0.38	0.11	0.06	0.04	0.08	0.2	0.06	0.06	0.07	0.08	0.59	1.0	0.04	0.06	0.03	0.1	0.11	0.12	0.04	0.05	0.05	0.08	0.06	0.13	0.1	0.14	0.26	0.01	0.07	0.45	0.27	0.05	0.04	0.08	0.11	0.15	0.49
AAL21937 (serA)	0.06	0.07	0.02	0.06	0.01	0.29	0.07	0.3	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	1.0	0.04	0.02	0.02	0.04	0.04	0.04	0.02	0.07	0.01	0.02	0.08	0.03	0.03	0.02	0.14	0.0	0.02	0.01	0.2	0.01	0.02	0.01	0.04	0.02	0.02
AAL21965 (metK)	0.09	0.13	0.03	0.11	0.02	0.18	0.34	0.58	0.16	0.04	0.2	0.15	0.04	1.0	0.06	0.06	0.04	0.07	0.06	0.07	0.08	0.18	0.03	0.13	0.09	0.2	0.13	0.13	0.18	0.05	0.13	0.04	0.22	0.03	0.04	0.13	0.11	0.03	0.03
AAL22035 (metC)	0.09	0.21	0.16	0.13	0.05	0.24	0.13	0.48	0.08	0.1	0.09	0.06	0.14	1.0	0.11	0.09	0.04	0.1	0.09	0.11	0.15	0.18	0.06	0.25	0.22	0.14	0.11	0.15	0.23	0.01	0.07	0.1	0.25	0.06	0.07	0.08	0.45	0.08	0.1
AAL22199 (gltB)	0.05	0.09	0.02	0.08	0.01	0.14	0.02	0.66	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	1.0	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.03	0.05	0.01	0.05	0.03	0.07	0.05	0.02	0.22	0.0	0.02	0.02	0.22	0.0	0.01	0.02	0.09	0.02	0.02
AAL22200 (gltD)	0.08	0.1	0.03	0.1	0.02	0.31	0.03	0.71	0.03	0.02	0.02	0.02	0.02	1.0	0.02	0.03	0.01	0.02	0.02	0.02	0.05	0.05	0.01	0.06	0.02	0.07	0.05	0.02	0.24	0.0	0.02	0.04	0.22	0.01	0.01	0.02	0.11	0.03	0.03
AAL22427 (livJ)	0.24	0.08	0.05	0.1	0.02	1.0	0.01	0.85	0.05	0.03	0.12	0.03	0.03	0.29	0.04	0.01	0.05	0.02	0.02	0.02	0.03	0.04	0.01	0.07	0.04	0.04	0.04	0.03	0.17	0.01	0.01	0.03	0.1	0.0	0.1	0.03	0.17	0.02	0.03
AAL22469 (yhjE)	0.06	0.15	0.1	0.06	0.02	0.15	0.03	0.63	0.03	0.03	0.06	0.01	0.11	1.0	0.02	0.03	0.02	0.04	0.05	0.05	0.04	0.09	0.01	0.08	0.18	0.05	0.03	0.04	0.19	0.0	0.03	0.03	0.18	0.02	0.06	0.02	0.18	0.05	0.04
AAL22486 (yhjV)	0.06	0.1	0.03	0.02	0.02	0.01	0.03	0.39	0.05	0.01	0.09	0.03	0.07	1.0	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.01	0.02	0.03	0.17	0.02	0.04	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.03	0.34	0.02	0.04
AAL22487 (dppF)	0.01	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.0	0.36	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	1.0	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.0	0.01	0.05	0.0	0.0	0.01	0.05	0.0	0.01	0.0	0.03	0.02	0.04
AAL22488 (dppD)	0.01	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.0	0.34	0.0	0.01	0.0	0.01	0.06	1.0	0.01	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.02	0.02	0.02	0.01	0.04	0.0	0.02	0.05	0.0	0.0	0.01	0.05	0.01	0.01	0.0	0.02	0.02	0.06
AAL22489 (dppC)	0.01	0.03	0.03	0.01	0.01	0.0	0.0	0.31	0.0	0.0	0.0	0.01	0.05	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.03	0.0	0.02	0.02	0.04	0.0	0.01	0.05	0.0	0.0	0.01	0.04	0.0	0.0	0.0	0.03	0.01	0.06
AAL22490 (dppB)	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.0	0.0	0.31	0.0	0.0	0.0	0.0	0.06	1.0	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.0	0.01	0.05	0.0	0.0	0.02	0.04	0.0	0.0	0.0	0.03	0.01	0.08
AAL22491 (dppA)	0.02	0.03	0.07	0.02	0.03	0.02	0.0	0.36	0.0	0.01	0.0	0.0	0.12	1.0	0.02	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.04	0.03	0.02	0.05	0.02	0.0	0.02	0.03	0.0	0.01	0.04	0.03	0.03	0.01	0.0	0.03	0.04	0.1
AAL22524 (avtA)	0.13	0.14	0.03	0.08	0.04	0.12	0.21	0.61	0.04	0.05	0.07	0.16	0.05	1.0	0.15	0.03	0.11	0.06	0.08	0.08	0.03	0.06	0.03	0.15	0.06	0.22	0.13	0.05	0.1	0.02	0.04	0.05	0.09	0.02	0.49	0.14	0.24	0.04	0.09
AAL22751 (ilvG)	0.06	0.08	0.09	0.13	0.02	0.07	0.02	0.44	0.03	0.03	0.05	0.01	0.08	1.0	0.03	0.05	0.03	0.03	0.05	0.04	0.02	0.06	0.01	0.06	0.08	0.11	0.03	0.17	0.42	0.0	0.01	0.02	0.3	0.01	0.03	0.02	0.13	0.11	0.02
AAL22752 (ilvM)	0.08	0.06	0.22	0.07	0.03	0.19	0.02	0.59	0.03	0.05	0.03	0.01	0.17	1.0	0.01	0.15	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.05	0.02	0.06	0.03	0.08	0.03	0.11	0.24	0.0	0.01	0.02	0.19	0.02	0.03	0.02	0.13	0.32	0.02
AAL22753 (ilvE)	0.04	0.1	0.08	0.1	0.03	0.12	0.04	0.41	0.05	0.09	0.06	0.04	0.08	1.0	0.04	0.11	0.03	0.02	0.03	0.03	0.04	0.08	0.03	0.07	0.03	0.13	0.11	0.12	0.36	0.0	0.02	0.04	0.28	0.02	0.04	0.09	0.12	0.14	0.05
AAL22754 (ilvD)	0.05	0.07	0.08	0.11	0.03	0.1	0.02	0.43	0.03	0.05	0.03	0.03	0.08	1.0	0.06	0.04	0.02	0.02	0.03	0.03	0.03	0.06	0.01	0.04	0.02	0.11	0.04	0.08	0.29	0.01	0.02	0.02	0.25	0.01	0.02	0.02	0.07	0.07	0.03
AAL22755 (ilvA)	0.07	0.09	0.07	0.1	0.03	0.14	0.02	0.45	0.04	0.06	0.04	0.03	0.08	1.0	0.04	0.04	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.08	0.01	0.04	0.02	0.11	0.04	0.06	0.27	0.03	0.03	0.02	0.21	0.01	0.02	0.03	0.07	0.06	0.03
AAL22808 (metR)	0.1	0.14	0.06	0.1	0.01	0.09	0.03	0.31	0.09	0.03	0.14	0.03	0.05	1.0	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.12	0.18	0.0	0.13	0.16	0.11	0.11	0.1	0.22	0.01	0.04	0.03	0.33	0.0	0.05	0.05	0.24	0.04	0.03
AAL22809 (metE)	0.02	0.01	0.0	0.03	0.0	0.12	0.0	0.2	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.02	0.11	0.0	0.0	0.0	0.09	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0
AAL22940 (metB)	0.07	0.11	0.03	0.09	0.04	0.08	0.12	0.24	0.09	0.05	0.14	0.08	0.04	1.0	0.13	0.02	0.13	0.15	0.1	0.15	0.11	0.07	0.02	0.16	0.1	0.08	0.12	0.06	0.14	0.02	0.03	0.04	0.27	0.01	0.11	0.08	0.27	0.05	0.05
AAL22941 (metL)	0.04	0.05	0.03	0.05	0.02	0.03	0.02	0.16	0.06	0.03	0.07	0.06	0.03	1.0	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.03	0.04	0.04	0.01	0.05	0.04	0.06	0.06	0.03	0.11	0.01	0.01	0.02	0.17	0.01	0.02	0.03	0.08	0.04	0.03
AAL22942 (STM4102)	0.11	0.14	0.04	0.03	0.03	0.02	0.04	0.18	0.06	0.03	0.13	0.02	0.05	1.0	0.03	0.02	0.06	0.04	0.03	0.05	0.03	0.03	0.01	0.02	0.03	0.05	0.03	0.04	0.06	0.02	0.02	0.03	0.09	0.03	0.07	0.02	0.02	0.05	0.03
AAL22945 (metF)	0.03	0.04	0.01	0.07	0.0	0.05	0.04	0.36	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	1.0	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.05	0.03	0.01	0.04	0.06	0.01	0.02	0.03	0.17	0.0	0.02	0.02	0.3	0.01	0.02	0.01	0.07	0.01	0.01
AAL23006 (metA)	0.03	0.05	0.03	0.03	0.02	0.09	0.02	0.27	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	1.0	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.06	0.03	0.1	0.05	0.03	0.03	0.04	0.08	0.01	0.02	0.02	0.09	0.03	0.02	0.01	0.21	0.02	0.02

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)